ChangeLog

   1 ------------------------------------------------------------------------
   2 r573 | lh3lh3 | 2010-05-11 12:08:30 -0400 (Tue, 11 May 2010) | 2 lines
   3 Changed paths:
   4    M /trunk/tabix/Makefile
   5
   6 Added -fPIC
   7
   8 ------------------------------------------------------------------------
   9 r572 | lh3lh3 | 2010-05-11 11:59:07 -0400 (Tue, 11 May 2010) | 2 lines
  10 Changed paths:
  11    M /trunk/tabix/perl/MANIFEST
  12
  13 update
  14
  15 ------------------------------------------------------------------------
  16 r571 | lh3lh3 | 2010-05-11 11:56:54 -0400 (Tue, 11 May 2010) | 4 lines
  17 Changed paths:
  18    A /trunk/tabix/example.gtf.gz
  19    A /trunk/tabix/example.gtf.gz.tbi
  20    M /trunk/tabix/index.c
  21    M /trunk/tabix/main.c
  22    M /trunk/tabix/perl/MANIFEST
  23    M /trunk/tabix/perl/Tabix.pm
  24    M /trunk/tabix/perl/Tabix.xs
  25    A /trunk/tabix/perl/TabixIterator.pm
  26    A /trunk/tabix/perl/t
  27    A /trunk/tabix/perl/t/01local.t
  28    A /trunk/tabix/perl/t/02remote.t
  29    M /trunk/tabix/tabix.1
  30    M /trunk/tabix/tabix.h
  31
  32  * improved C/Perl APIs
  33  * added test for Perl
  34  * added an tiny example
  35
  36 ------------------------------------------------------------------------
  37 r570 | lh3lh3 | 2010-05-11 01:04:21 -0400 (Tue, 11 May 2010) | 2 lines
  38 Changed paths:
  39    M /trunk/tabix/TabixReader.java
  40
  41 fixed the same issue in java
  42
  43 ------------------------------------------------------------------------
  44 r569 | lh3lh3 | 2010-05-11 01:03:24 -0400 (Tue, 11 May 2010) | 3 lines
  45 Changed paths:
  46    M /trunk/tabix/index.c
  47    M /trunk/tabix/perl/Tabix.pm
  48    M /trunk/tabix/perl/Tabix.xs
  49
  50  * fixed a potential issue in index.c
  51  * improve perl APIs
  52
  53 ------------------------------------------------------------------------
  54 r568 | lh3lh3 | 2010-05-10 23:46:21 -0400 (Mon, 10 May 2010) | 2 lines
  55 Changed paths:
  56    M /trunk/tabix/perl/Tabix.xs
  57
  58 return an array from get_names()
  59
  60 ------------------------------------------------------------------------
  61 r567 | lh3lh3 | 2010-05-10 23:38:46 -0400 (Mon, 10 May 2010) | 4 lines
  62 Changed paths:
  63    M /trunk/tabix/TabixReader.java
  64    M /trunk/tabix/index.c
  65    A /trunk/tabix/perl
  66    A /trunk/tabix/perl/MANIFEST
  67    A /trunk/tabix/perl/Makefile.PL
  68    A /trunk/tabix/perl/Tabix.pm
  69    A /trunk/tabix/perl/Tabix.xs
  70    A /trunk/tabix/perl/typemap
  71    M /trunk/tabix/tabix.h
  72
  73  * added the initial perl binding. The interface needs to be improved.
  74  * added a new API for perl binding
  75  * fixed a potential bug in java.
  76
  77 ------------------------------------------------------------------------
  78 r565 | lh3lh3 | 2010-05-09 23:24:35 -0400 (Sun, 09 May 2010) | 2 lines
  79 Changed paths:
  80    M /trunk/tabix/main.c
  81
  82 Release tabix-0.1.6
  83
  84 ------------------------------------------------------------------------
  85 r564 | lh3lh3 | 2010-05-09 23:01:49 -0400 (Sun, 09 May 2010) | 2 lines
  86 Changed paths:
  87    M /trunk/tabix/index.c
  88
  89 fixed a typo
  90
  91 ------------------------------------------------------------------------
  92 r563 | lh3lh3 | 2010-05-09 22:58:26 -0400 (Sun, 09 May 2010) | 2 lines
  93 Changed paths:
  94    A /trunk/tabix/ChangeLog
  95    M /trunk/tabix/NEWS
  96    M /trunk/tabix/index.c
  97    M /trunk/tabix/main.c
  98    M /trunk/tabix/tabix.h
  99
 100 If nothing bad happens, this will become 0.1.6
 101
 102 ------------------------------------------------------------------------
 103 r562 | lh3lh3 | 2010-05-09 19:43:56 -0400 (Sun, 09 May 2010) | 2 lines
 104 Changed paths:
 105    M /trunk/tabix/index.c
 106
 107 Fixed a bug
 108
 109 ------------------------------------------------------------------------
 110 r560 | lh3lh3 | 2010-05-05 10:59:09 -0400 (Wed, 05 May 2010) | 3 lines
 111 Changed paths:
 112    A /trunk/tabix/NEWS
 113    M /trunk/tabix/TabixReader.java
 114    M /trunk/tabix/index.c
 115    M /trunk/tabix/main.c
 116    M /trunk/tabix/tabix.1
 117    M /trunk/tabix/tabix.h
 118
 119  * Release tabix-0.1.5 (r560)
 120  * Improve seeking efficiency. Index file needs to be rebuilt.
 121
 122 ------------------------------------------------------------------------
 123 r559 | lh3lh3 | 2010-05-04 23:11:42 -0400 (Tue, 04 May 2010) | 2 lines
 124 Changed paths:
 125    M /trunk/tabix/main.c
 126
 127 Release tabix-0.1.4 (r559)
 128
 129 ------------------------------------------------------------------------
 130 r558 | lh3lh3 | 2010-05-01 12:48:01 -0400 (Sat, 01 May 2010) | 2 lines
 131 Changed paths:
 132    M /trunk/tabix/TabixReader.java
 133
 134 implement SAM/VCF support; NOT tested yet
 135
 136 ------------------------------------------------------------------------
 137 r557 | lh3lh3 | 2010-05-01 00:42:34 -0400 (Sat, 01 May 2010) | 2 lines
 138 Changed paths:
 139    A /trunk/tabix/TabixReader.java
 140
 141 The Java implementation of tabix.
 142
 143 ------------------------------------------------------------------------
 144 r556 | lh3lh3 | 2010-04-30 22:34:07 -0400 (Fri, 30 Apr 2010) | 4 lines
 145 Changed paths:
 146    M /trunk/tabix/index.c
 147    M /trunk/tabix/knetfile.c
 148    M /trunk/tabix/main.c
 149
 150  * tabix-0.1.3-3 (r556)
 151  * fixed a small memory leak in knetfile
 152  * fixed a minor bug for remote downloading
 153
 154 ------------------------------------------------------------------------
 155 r555 | lh3lh3 | 2010-04-30 22:15:12 -0400 (Fri, 30 Apr 2010) | 4 lines
 156 Changed paths:
 157    M /trunk/tabix/Makefile
 158    M /trunk/tabix/index.c
 159    M /trunk/tabix/main.c
 160
 161  * tabix-0.1.3-2 (r555)
 162  * do not overwrite index file by default
 163  * a little code cleanup
 164
 165 ------------------------------------------------------------------------
 166 r554 | lh3lh3 | 2010-04-30 21:44:31 -0400 (Fri, 30 Apr 2010) | 2 lines
 167 Changed paths:
 168    M /trunk/tabix/index.c
 169
 170 fixed a potential bug for UCSC-like coordinate
 171
 172 ------------------------------------------------------------------------
 173 r553 | lh3lh3 | 2010-04-28 17:43:41 -0400 (Wed, 28 Apr 2010) | 2 lines
 174 Changed paths:
 175    M /trunk/tabix/tabix.tex
 176
 177 minor clarification to the format spec
 178
 179 ------------------------------------------------------------------------
 180 r552 | lh3lh3 | 2010-04-28 16:33:07 -0400 (Wed, 28 Apr 2010) | 3 lines
 181 Changed paths:
 182    M /trunk/tabix/Makefile
 183    M /trunk/tabix/bgzip.c
 184    A /trunk/tabix/tabix.tex
 185
 186  * added the format specification
 187  * fixed a typo in bgzip
 188
 189 ------------------------------------------------------------------------
 190 r550 | petulda | 2010-04-22 11:03:24 -0400 (Thu, 22 Apr 2010) | 1 line
 191 Changed paths:
 192    M /trunk/tabix/bgzip.c
 193
 194 The behaviour changed slightly to mimic gzip. Detect if std descriptors are connected to the terminal.
 195 ------------------------------------------------------------------------
 196 r549 | petulda | 2010-04-22 09:46:10 -0400 (Thu, 22 Apr 2010) | 1 line
 197 Changed paths:
 198    M /trunk/tabix/bgzip.c
 199
 200 Fix in src/dst file detection and slight change of behaviour
 201 ------------------------------------------------------------------------
 202 r548 | petulda | 2010-04-19 04:39:46 -0400 (Mon, 19 Apr 2010) | 1 line
 203 Changed paths:
 204    M /trunk/tabix/index.c
 205
 206 Close file descriptor in ti_list_chromosomes
 207 ------------------------------------------------------------------------
 208 r547 | petulda | 2010-04-16 09:27:11 -0400 (Fri, 16 Apr 2010) | 1 line
 209 Changed paths:
 210    M /trunk/tabix/index.c
 211    M /trunk/tabix/main.c
 212    M /trunk/tabix/tabix.h
 213
 214 Added the -l option for listing chromosomes
 215 ------------------------------------------------------------------------
 216 r544 | lh3lh3 | 2010-03-29 10:58:48 -0400 (Mon, 29 Mar 2010) | 2 lines
 217 Changed paths:
 218    M /trunk/tabix/main.c
 219
 220 removed a line of debugging code
 221
 222 ------------------------------------------------------------------------
 223 r543 | lh3lh3 | 2010-03-19 12:29:16 -0400 (Fri, 19 Mar 2010) | 3 lines
 224 Changed paths:
 225    M /trunk/tabix/index.c
 226    M /trunk/tabix/main.c
 227    M /trunk/tabix/tabix.1
 228
 229  * tabix-0.1.3 (r543)
 230  * fixed another off-by-one bug
 231
 232 ------------------------------------------------------------------------
 233 r542 | lh3lh3 | 2010-03-16 22:35:52 -0400 (Tue, 16 Mar 2010) | 2 lines
 234 Changed paths:
 235    M /trunk/tabix/index.c
 236    M /trunk/tabix/main.c
 237    M /trunk/tabix/tabix.1
 238
 239 Release tabix-0.1.1
 240
 241 ------------------------------------------------------------------------
 242 r506 | lh3lh3 | 2009-11-02 23:20:12 -0500 (Mon, 02 Nov 2009) | 2 lines
 243 Changed paths:
 244    M /trunk/tabix/main.c
 245
 246 Release tabix-0.1.0
 247
 248 ------------------------------------------------------------------------
 249 r505 | lh3lh3 | 2009-11-02 23:15:49 -0500 (Mon, 02 Nov 2009) | 2 lines
 250 Changed paths:
 251    A /trunk/tabix/tabix.1
 252
 253 documentation
 254
 255 ------------------------------------------------------------------------
 256 r504 | lh3lh3 | 2009-11-02 11:08:18 -0500 (Mon, 02 Nov 2009) | 5 lines
 257 Changed paths:
 258    M /trunk/tabix/Makefile
 259    M /trunk/tabix/bgzip.c
 260    M /trunk/tabix/index.c
 261    M /trunk/tabix/main.c
 262    M /trunk/tabix/tabix.h
 263
 264  * tabix-0.0.0-5 (r504)
 265  * fixed a critical bug in fetching data (a typo in fact)
 266  * support SAM (tested on ex1.sam) and VCF (not tested)
 267  * improve the command-line interface
 268
 269 ------------------------------------------------------------------------
 270 r503 | lh3lh3 | 2009-11-02 10:04:43 -0500 (Mon, 02 Nov 2009) | 3 lines
 271 Changed paths:
 272    M /trunk/tabix/Makefile
 273    M /trunk/tabix/index.c
 274    M /trunk/tabix/main.c
 275
 276  * tabix-0.0.0-4 (r503)
 277  * index files are bgzf compressed
 278
 279 ------------------------------------------------------------------------
 280 r502 | lh3lh3 | 2009-11-02 09:47:25 -0500 (Mon, 02 Nov 2009) | 4 lines
 281 Changed paths:
 282    M /trunk/tabix/index.c
 283    M /trunk/tabix/main.c
 284    M /trunk/tabix/tabix.h
 285
 286  * tabix-0.0.0-3 (r502)
 287  * support meta lines (not tested)
 288  * I am going to make the index file in the BGZF format
 289
 290 ------------------------------------------------------------------------
 291 r501 | lh3lh3 | 2009-11-01 22:03:07 -0500 (Sun, 01 Nov 2009) | 3 lines
 292 Changed paths:
 293    M /trunk/tabix/Makefile
 294    M /trunk/tabix/bgzf.h
 295    M /trunk/tabix/index.c
 296    M /trunk/tabix/main.c
 297
 298  * tabix-0.0.0-2 (r501)
 299  * accelerate ti_readline()
 300
 301 ------------------------------------------------------------------------
 302 r500 | lh3lh3 | 2009-11-01 20:49:52 -0500 (Sun, 01 Nov 2009) | 3 lines
 303 Changed paths:
 304    M /trunk/tabix/Makefile
 305    M /trunk/tabix/bgzip.c
 306    M /trunk/tabix/index.c
 307    M /trunk/tabix/main.c
 308
 309  * tabix-0.0.0-1 (r500)
 310  * apparently working
 311
 312 ------------------------------------------------------------------------
 313 r499 | lh3lh3 | 2009-11-01 14:04:52 -0500 (Sun, 01 Nov 2009) | 2 lines
 314 Changed paths:
 315    D /trunk/tabix/parser.c
 316
 317 obsolete file
 318
 319 ------------------------------------------------------------------------
 320 r498 | lh3lh3 | 2009-11-01 14:04:08 -0500 (Sun, 01 Nov 2009) | 2 lines
 321 Changed paths:
 322    M /trunk/tabix/bgzip.c
 323
 324 bgzip is more like gzip in its command-line interface
 325
 326 ------------------------------------------------------------------------
 327 r497 | lh3lh3 | 2009-11-01 13:43:35 -0500 (Sun, 01 Nov 2009) | 2 lines
 328 Changed paths:
 329    A /trunk/tabix/Makefile
 330    A /trunk/tabix/bam_endian.h
 331    A /trunk/tabix/bgzf.c
 332    A /trunk/tabix/bgzf.h
 333    A /trunk/tabix/bgzip.c
 334    A /trunk/tabix/index.c
 335    A /trunk/tabix/khash.h
 336    A /trunk/tabix/knetfile.c
 337    A /trunk/tabix/knetfile.h
 338    A /trunk/tabix/ksort.h
 339    A /trunk/tabix/kstring.c
 340    A /trunk/tabix/kstring.h
 341    A /trunk/tabix/main.c
 342    A /trunk/tabix/parser.c
 343    A /trunk/tabix/tabix.h
 344
 345 initial source code. It is BUGGY!
 346
 347 ------------------------------------------------------------------------
 348 r496 | lh3lh3 | 2009-11-01 13:42:39 -0500 (Sun, 01 Nov 2009) | 2 lines
 349 Changed paths:
 350    A /trunk/tabix
 351
 352 A generic indexer for TAB-delimited genome position files
 353
 354 ------------------------------------------------------------------------