NEWS

   1 Release 0.2.4 (10 April, 2011)
   2 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
   3
   4 Notable changes:
   5
   6  * Give an error if the index file is older than the data file.
   7
   8  * Avoid a segfault given flawed input.
   9
  10  * Added Python APIs contributed by Hyeshik Chang. The new APIs do not bind to
  11    the dynamic library and are reported to be faster. Pysam also comes with a
  12    tabix binding.
  13
  14  * Added option "-r" for efficient header replacement.
  15
  16  * Added BED support.
  17
  18  * Synchronized the BGZF library between tabix and samtools.
  19
  20 (0.2.4: 10 April 2011, r949)
  21
  22
  23
  24 Beta Release 0.2.3 (8 December, 2010)
  25 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  26
  27 Notable changes:
  28
  29  * Fixed a minor bug where the first record in a headerless file may be
  30    missed.
  31
  32  * Added an option to print header lines.
  33
  34  * Fixed a rare bug which may occasionally happen when retrieving data
  35    from a region without any records.
  36
  37  * Enhanced error reporting.
  38
  39  * Fixed a bug in bgzip which may delete the original file even if not
  40    intended.
  41
  42 (0.2.3: 8 December 2010, r876)
  43
  44
  45
  46 Beta Release 0.2.2 (28 June, 2010)
  47 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  48
  49 Notable changes:
  50
  51  * Dropped the VCF3 support. Added VCF4 support.
  52
  53  * Avoided the function name collision with samtools.
  54
  55 (0.2.2: 28 June 2010, r603)
  56
  57
  58
  59 Beta Release 0.2.1 (3 June, 2010)
  60 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  61
  62 Notable changes:
  63
  64  * Allow shared library to be compiled. Added python binding to the
  65    shared library.
  66
  67 (0.2.1: 3 June 2010, r582)
  68
  69
  70
  71 Beta Release 0.2.0 (11 May, 2010)
  72 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  73
  74 Notable changes:
  75
  76  * Fixed an issue for random access given an interval end larger than
  77    2^29.
  78
  79  * Updated the Java binding.
  80
  81  * Added a Perl module using XS.
  82
  83  * Improved the C APIs.
  84
  85 (0.2.0: 11 May 2010, r574)
  86
  87
  88
  89 Beta Release 0.1.6 (9 May, 2010)
  90 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  91
  92 Notable changes:
  93
  94  * Improved backward compatibility. Release 0.1.5 does not work with the
  95    buggy index file generated by 0.1.2.
  96
  97  * Fixed a bug in building linear index. The bug does not affect the
  98    results, only affects efficiency in rare cases.
  99
 100  * Reduced the number of seek calls given an index generated by old
 101    version of tabix.
 102
 103  * Added new APIs for retrieving data via an iterator. The old callback
 104    APIs are not changed, although internally it uses iterator to
 105    retrieve data.
 106
 107 I am trying to freeze tabix. I just hope I am committing new bugs.
 108
 109 (0.1.6: 9 May 2010, r563)
 110
 111
 112
 113 Beta Release 0.1.5 (5 May, 2010)
 114 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 115
 116 Notable changes:
 117
 118  * Clarified that tabix is released under MIT/X11.
 119
 120  * Improved the robustness of indexing and retrieval.
 121
 122  * Reduced the number of seek calls when the specified region starts
 123    from a 16kb block with no data. The index format is the same, but the
 124    content is changed a little.
 125
 126 (0.1.5: 5 May 2010, r560)