NEWS

   1 Beta Release 0.2.3 (8 December, 2010)
   2 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
   3
   4 Notable changes:
   5
   6  * Fixed a minor bug where the first record in a headerless file may be
   7    missed.
   8
   9  * Added an option to print header lines.
  10
  11  * Fixed a rare bug which may occasionally happen when retrieving data
  12    from a region without any records.
  13
  14  * Enhanced error reporting.
  15
  16  * Fixed a bug in bgzip which may delete the original file even if not
  17    intended.
  18
  19 (0.2.3: 8 December 2010, r876)
  20
  21
  22
  23 Beta Release 0.2.2 (28 June, 2010)
  24 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  25
  26 Notable changes:
  27
  28  * Dropped the VCF3 support. Added VCF4 support.
  29
  30  * Avoided the function name collision with samtools.
  31
  32 (0.2.2: 28 June 2010, r603)
  33
  34
  35
  36 Beta Release 0.2.1 (3 June, 2010)
  37 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  38
  39 Notable changes:
  40
  41  * Allow shared library to be compiled. Added python binding to the
  42    shared library.
  43
  44 (0.2.1: 3 June 2010, r582)
  45
  46
  47
  48 Beta Release 0.2.0 (11 May, 2010)
  49 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  50
  51 Notable changes:
  52
  53  * Fixed an issue for random access given an interval end larger than
  54    2^29.
  55
  56  * Updated the Java binding.
  57
  58  * Added a Perl module using XS.
  59
  60  * Improved the C APIs.
  61
  62 (0.2.0: 11 May 2010, r574)
  63
  64
  65
  66 Beta Release 0.1.6 (9 May, 2010)
  67 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  68
  69 Notable changes:
  70
  71  * Improved backward compatibility. Release 0.1.5 does not work with the
  72    buggy index file generated by 0.1.2.
  73
  74  * Fixed a bug in building linear index. The bug does not affect the
  75    results, only affects efficiency in rare cases.
  76
  77  * Reduced the number of seek calls given an index generated by old
  78    version of tabix.
  79
  80  * Added new APIs for retrieving data via an iterator. The old callback
  81    APIs are not changed, although internally it uses iterator to
  82    retrieve data.
  83
  84 I am trying to freeze tabix. I just hope I am committing new bugs.
  85
  86 (0.1.6: 9 May 2010, r563)
  87
  88
  89
  90 Beta Release 0.1.5 (5 May, 2010)
  91 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  92
  93 Notable changes:
  94
  95  * Clarified that tabix is released under MIT/X11.
  96
  97  * Improved the robustness of indexing and retrieval.
  98
  99  * Reduced the number of seek calls when the specified region starts
 100    from a 16kb block with no data. The index format is the same, but the
 101    content is changed a little.
 102
 103 (0.1.5: 5 May 2010, r560)