debian/README.test

   1 Notes on how to test tabix
   2 ──────────────────────────
   3
   4 The tabix package contains example data to test the tabix program.  It is
   5 already compressed and indexed.  The following instruction decompress,
   6 recompress, re-index and test the example data.
   7
   8 # Create a temporary file
   9 TABIXDATA=$(mktemp)
  10
  11 # Uncompress example data
  12 zcat /usr/share/doc/tabix/examples/example.gtf.gz > $TABIXDATA
  13
  14 # Compress example data with bgzip
  15 bgzip $TABIXDATA
  16
  17 # Index with tabix
  18 tabix $TABIXDATA.gz
  19
  20 # Extract with tabix the he features on chromosome 1 whose coordinates overlap
  21 # the interval 150,309–150,309.
  22 tabix $TABIXDATA.gz chr1:150309-150309 > $TABIXDATA.out
  23
  24 # Reference result at the bottom of this file
  25 grep H\AVANA /usr/share/doc/tabix/README.test > $TABIXDATA.ref
  26
  27 # No difference ?
  28 diff $TABIXDATA.ref $TABIXDATA.out
  29
  30 # Clean
  31 rm $TABIXDATA.gz $TABIXDATA.gz.tbi $TABIXDATA.out $TABIXDATA.ref
  32
  33  -- Charles Plessy <plessy@debian.org>  Tue, 10 May 2011 19:12:19 +0900
  34
  35
  36
  37 chr1    HAVANA  exon    150309  150553  .       +       .       gene_id "ENSG00000241599"; transcript_id "ENST00000496488"; gene_type "processed_transcript"; gene_status "KNOWN"; gene_name "AL627309.12"; transcript_type "processed_transcript"; transcript_status "KNOWN"; transcript_name "AL627309.12-201"; level 2; havana_gene "OTTHUMG00000002525"; havana_transcript "OTTHUMT00000007169";
  38 chr1    HAVANA  gene    150309  151388  .       +       .       gene_id "ENSG00000241599"; transcript_id "ENSG00000241599"; gene_type "processed_transcript"; gene_status "KNOWN"; gene_name "AL627309.12"; transcript_type "processed_transcript"; transcript_status "KNOWN"; transcript_name "AL627309.12"; level 2; havana_gene "OTTHUMG00000002525";
  39 chr1    HAVANA  transcript      150309  151388  .       +       .       gene_id "ENSG00000241599"; transcript_id "ENST00000496488"; gene_type "processed_transcript"; gene_status "KNOWN"; gene_name "AL627309.12"; transcript_type "processed_transcript"; transcript_status "KNOWN"; transcript_name "AL627309.12-201"; level 2; havana_gene "OTTHUMG00000002525"; havana_transcript "OTTHUMT00000007169";