debian/patches/use-dpkg-buildflags.patch

   1 Author: Simon Ruderich <simon@ruderich.org>
   2 Date: Sat, 28 Apr 2012 19:09:02 UTC
   3 Description: Fix build system to enable hardening flags
   4
   5 Index: tabix/Makefile
   6 ===================================================================
   7 --- tabix.orig/Makefile 2012-12-21 16:51:42.000000000 -0800
   8 +++ tabix/Makefile      2012-12-21 16:54:56.446027398 -0800
   9 @@ -1,5 +1,6 @@
  10  CC=            gcc
  11 -CFLAGS=                -g -Wall -O2
  12 +# Use flags when CFLAGS is not already defined in the environment.
  13 +CFLAGS?=               -g -Wall -O2
  14  DFLAGS=                -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -DBGZF_CACHE
  15  LOBJS=         bgzf.lo kstring.lo knetfile.lo index.lo bedidx.lo
  16  AOBJS=         main.lo
  17 @@ -30,18 +31,18 @@
  18  .SUFFIXES:.c .o .lo
  19
  20  .c.lo:
  21 -               $(LIBTOOL) $(LTFLAGS) --mode=compile $(CC) -c $(CFLAGS) $(DFLAGS) $(INCLUDES) $<
  22 +               $(LIBTOOL) $(LTFLAGS) --mode=compile $(CC) -c $(CPPFLAGS) $(CFLAGS) $(DFLAGS) $(INCLUDES) $<
  23
  24  all:$(PROG) $(LIBNAME)
  25
  26  $(LIBNAME):$(LOBJS)
  27 -       $(LIBTOOL) $(LTFLAGS) --mode=link $(CC) $(CFLAGS) -version-info $(LIBVERSION) -rpath /usr/lib $(LOBJS) -o $@ -lc -lz
  28 +       $(LIBTOOL) $(LTFLAGS) --mode=link $(CC) $(CFLAGS) $(LDFLAGS) -version-info $(LIBVERSION) -rpath /usr/lib $(LOBJS) -o $@ -lc -lz
  29
  30  tabix:$(AOBJS) $(LIBNAME)
  31 -       $(LIBTOOL) $(LTFLAGS) --mode=link $(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(AOBJS) $(LIBNAME) -lm -lz
  32 +       $(LIBTOOL) $(LTFLAGS) --mode=link $(CC) $(CFLAGS) $(LDFLAGS) -o $@ $(AOBJS) $(LIBNAME) -lm -lz
  33
  34  bgzip:$(BOBJS)
  35 -       $(LIBTOOL) $(LTFLAGS) --mode=link $(CC) $(CFLAGS) -o $@  $(BOBJS) $(LIBNAME) -lz
  36 +       $(LIBTOOL) $(LTFLAGS) --mode=link $(CC) $(CFLAGS) $(LDFLAGS) -o $@  $(BOBJS) $(LIBNAME) -lz
  37
  38  TabixReader.class:TabixReader.java
  39                 javac -cp .:sam.jar TabixReader.java