debian/tests/with-example-data

   1 #!/bin/sh -e
   2
   3 # Create a temporary file
   4 TABIXDATA=$(mktemp)
   5
   6 # Uncompress example data
   7 zcat /usr/share/doc/tabix/examples/example.gtf.gz > $TABIXDATA
   8
   9 # Compress example data with bgzip
  10 bgzip $TABIXDATA
  11
  12 # Index with tabix
  13 tabix -p gff $TABIXDATA.gz
  14
  15 # Extract with tabix the he features on chromosome 1 whose coordinates overlap
  16 # the interval 150,309–150,309.
  17 tabix $TABIXDATA.gz chr1:150309-150309 > $TABIXDATA.out
  18
  19 # Reference result at the bottom of this file
  20 grep H\AVANA /usr/share/doc/tabix/README.test > $TABIXDATA.ref
  21
  22 # No difference ?
  23 diff $TABIXDATA.ref $TABIXDATA.out
  24
  25 # Clean
  26 rm $TABIXDATA.gz $TABIXDATA.gz.tbi $TABIXDATA.out $TABIXDATA.ref