perl/Tabix.pm

   1 package Tabix;
   2
   3 use strict;
   4 use warnings;
   5 use Carp qw/croak/;
   6
   7 use TabixIterator;
   8
   9 require Exporter;
  10
  11 our @ISA = qw/Exporter/;
  12 our @EXPORT = qw/tabix_open tabix_close tabix_read tabix_query tabix_getnames tabix_iter_free/;
  13
  14 our $VERSION = '0.2.0';
  15
  16 require XSLoader;
  17 XSLoader::load('Tabix', $VERSION);
  18
  19 sub new {
  20   my $invocant = shift;
  21   my %args = @_;
  22   $args{-data} || croak("-data argument required");
  23   my $class = ref($invocant) || $invocant;
  24   my $self = {};
  25   bless($self, $class);
  26   $self->open($args{-data}, $args{-index});
  27   return $self;
  28 }
  29
  30 sub open {
  31   my ($self, $fn, $fnidx) = @_;
  32   $self->close;
  33   $self->{_fn} = $fn;
  34   $self->{_fnidx} = $fnidx;
  35   $self->{_} = $fnidx? tabix_open($fn, $fnidx) : tabix_open($fn);
  36 }
  37
  38 sub close {
  39   my $self = shift;
  40   if ($self->{_}) {
  41         tabix_close($self->{_});
  42         delete($self->{_}); delete($self->{_fn}); delete($self->{_fnidx});
  43   }
  44 }
  45
  46 sub DESTROY {
  47   my $self = shift;
  48   $self->close;
  49 }
  50
  51 sub query {
  52   my $self = shift;
  53   my $iter;
  54   if (@_) {
  55         $iter = tabix_query($self->{_}, @_);
  56   } else {
  57         $iter = tabix_query($self->{_});
  58   }
  59   my $i = TabixIterator->new;
  60   $i->set($iter);
  61   return $i;
  62 }
  63
  64 sub read {
  65   my $self = shift;
  66   my $iter = shift;
  67   return tabix_read($self->{_}, $iter->get);
  68 }
  69
  70 sub getnames {
  71   my $self = shift;
  72   return tabix_getnames($self->{_});
  73 }
  74
  75 1;
  76 __END__