perl/t/02remote.t

   1 #-*-Perl-*-
   2 use Test::More tests => 9;
   3 BEGIN { use_ok('Tabix') };
   4
   5 { # FTP access
   6         my $t = Tabix->new(-data=>"ftp://ftp.ncbi.nih.gov/1000genomes/ftp/pilot_data/release/2010_03/pilot1/CEU.SRP000031.2010_03.genotypes.vcf.gz");
   7         ok($t);
   8         my $iter = $t->query("1", 1000000, 1100000);
   9         ok($iter);
  10         $_ = 0;
  11         ++$_ while ($t->read($iter));
  12         is($_, 306);
  13         @_ = $t->getnames;
  14         is(scalar(@_), 22);
  15 }
  16
  17 { # FTP access plus FTP index
  18         my $t = Tabix->new(-data=>"ftp://ftp.ncbi.nih.gov/1000genomes/ftp/pilot_data/release/2010_03/pilot1/CEU.SRP000031.2010_03.genotypes.vcf.gz",
  19                                            -index=>"ftp://ftp.ncbi.nih.gov/1000genomes/ftp/pilot_data/release/2010_03/pilot1/CEU.SRP000031.2010_03.genotypes.vcf.gz.tbi");
  20         ok($t);
  21         my $iter = $t->query("19", 10000000, 10100000);
  22         ok($iter);
  23         $_ = 0;
  24         ++$_ while ($t->read($iter));
  25         is($_, 268);
  26         @_ = $t->getnames;
  27         is(scalar(@_), 22);
  28 }