python/setup.py

   1 #!/usr/bin/env python
   2 #
   3 # The MIT License
   4 #
   5 # Copyright (c) 2011 Seoul National University.
   6 #
   7 # Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining
   8 # a copy of this software and associated documentation files (the
   9 # "Software"), to deal in the Software without restriction, including
  10 # without limitation the rights to use, copy, modify, merge, publish,
  11 # distribute, sublicense, and/or sell copies of the Software, and to
  12 # permit persons to whom the Software is furnished to do so, subject to
  13 # the following conditions:
  14 #
  15 # The above copyright notice and this permission notice shall be
  16 # included in all copies or substantial portions of the Software.
  17 #
  18 # THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND,
  19 # EXPRESS OR IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF
  20 # MERCHANTABILITY, FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND
  21 # NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS
  22 # BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER LIABILITY, WHETHER IN AN
  23 # ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING FROM, OUT OF OR IN
  24 # CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER DEALINGS IN THE
  25 # SOFTWARE.
  26 #
  27 # Contact: Hyeshik Chang <hyeshik@snu.ac.kr>
  28
  29 from distutils.core import setup, Extension
  30
  31 # Change this to True when you need the knetfile support.
  32 USE_KNETFILE = False
  33
  34 TABIX_SOURCE_FILES = [
  35     '../bgzf.c', '../bgzip.c', '../index.c', '../knetfile.c', '../kstring.c'
  36 ]
  37
  38 define_options = [('_FILE_OFFSET_BITS', 64)]
  39 if USE_KNETFILE:
  40     define_options.append(('_USE_KNETFILE', 1))
  41
  42 ext_modules = [Extension("tabix", ["tabixmodule.c"] + TABIX_SOURCE_FILES,
  43                          include_dirs=['..'],
  44                          libraries=['z'],
  45                          define_macros=define_options)]
  46
  47 setup (name = 'tabix',
  48        version = '1.0',
  49        description = 'Python interface to tabix, a generic indexer '
  50                      'for TAB-delimited genome position files',
  51        author = 'Hyeshik Chang',
  52        author_email = 'hyeshik@snu.ac.kr',
  53        license = 'MIT',
  54        ext_modules = ext_modules
  55 )