python/test.py

   1 #
   2 # The MIT License
   3 #
   4 # Copyright (c) 2011 Seoul National University.
   5 #
   6 # Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining
   7 # a copy of this software and associated documentation files (the
   8 # "Software"), to deal in the Software without restriction, including
   9 # without limitation the rights to use, copy, modify, merge, publish,
  10 # distribute, sublicense, and/or sell copies of the Software, and to
  11 # permit persons to whom the Software is furnished to do so, subject to
  12 # the following conditions:
  13 #
  14 # The above copyright notice and this permission notice shall be
  15 # included in all copies or substantial portions of the Software.
  16 #
  17 # THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND,
  18 # EXPRESS OR IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF
  19 # MERCHANTABILITY, FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND
  20 # NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS
  21 # BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER LIABILITY, WHETHER IN AN
  22 # ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING FROM, OUT OF OR IN
  23 # CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER DEALINGS IN THE
  24 # SOFTWARE.
  25 #
  26 # Contact: Hyeshik Chang <hyeshik@snu.ac.kr>
  27
  28 import unittest
  29 import random
  30 import gzip
  31 import tabix
  32
  33 EXAMPLEFILE = '../example.gtf.gz'
  34
  35 def load_example_regions(path):
  36     alldata = []
  37     for line in gzip.GzipFile(EXAMPLEFILE):
  38         fields = line.decode('ascii')[:-1].split('\t')
  39         seqid = fields[0]
  40         begin = int(fields[3])
  41         end = int(fields[4])
  42         alldata.append((seqid, begin, end, fields[:7]))
  43
  44     return alldata
  45
  46 def does_overlap(A, B, C, D):
  47     return (A <= D <= B) or (C <= B <= D)
  48
  49 def sample_test_dataset(regions, ntests):
  50     seqids = [seqid for seqid, _, _, _ in regions]
  51     lowerbound = max(0, min(begin for _, begin, _, _ in regions) - 1000)
  52     upperbound = max(end for _, _, end, _ in regions) + 1000
  53
  54     tests = []
  55     for i in range(ntests):
  56         seqid = random.choice(seqids)
  57         low = random.randrange(lowerbound, upperbound)
  58         high = random.randrange(low, upperbound)
  59
  60         # for 1-based both-end inclusive intervals
  61         matches = [info for seq, begin, end, info in regions
  62                    if seqid == seq and does_overlap(begin, end, low, high)]
  63
  64         tests.append((seqid, low, high, matches))
  65
  66     return tests
  67
  68 def tbresult2excerpt(tbmatches):
  69     return [fields[:7] for fields in tbmatches]
  70
  71 class TabixTest(unittest.TestCase):
  72     regions = load_example_regions(EXAMPLEFILE)
  73     testset = sample_test_dataset(regions, 500)
  74
  75     def setUp(self):
  76         self.tb = tabix.Tabix(EXAMPLEFILE)
  77
  78     def testQuery(self):
  79         for seqid, low, high, matches in self.testset:
  80             tbresult = tbresult2excerpt(self.tb.query(seqid, low, high))
  81             self.assertEqual(tbresult, matches)
  82
  83     def testQueryS(self):
  84         for seqid, low, high, matches in self.testset:
  85             tbresult = tbresult2excerpt(self.tb.querys('%s:%d-%d' %
  86                                                        (seqid, low, high)))
  87             self.assertEqual(tbresult, matches)
  88
  89
  90 if __name__ == '__main__':
  91     unittest.main()