tabix.h

   1 #ifndef __TABIDX_H
   2 #define __TABIDX_H
   3
   4 #include <stdint.h>
   5 #include "kstring.h"
   6 #include "bgzf.h"
   7
   8 #define TI_PRESET_GENERIC 0
   9 #define TI_PRESET_SAM     1
  10 #define TI_PRESET_VCF     2
  11
  12 #define TI_FLAG_UCSC      0x10000
  13
  14 typedef int (*ti_fetch_f)(int l, const char *s, void *data);
  15
  16 struct __ti_index_t;
  17 typedef struct __ti_index_t ti_index_t;
  18
  19 typedef struct {
  20         int32_t preset;
  21         int32_t sc, bc, ec;
  22         int32_t meta_char, line_skip;
  23 } ti_conf_t;
  24
  25 extern ti_conf_t ti_conf_gff, ti_conf_bed, ti_conf_psltbl, ti_conf_vcf, ti_conf_sam;
  26
  27 #ifdef __cplusplus
  28 extern "C" {
  29 #endif
  30
  31         int ti_readline(BGZF *fp, kstring_t *str);
  32
  33         int ti_index_build(const char *fn, const ti_conf_t *conf);
  34         ti_index_t *ti_index_load(const char *fn);
  35         void ti_index_destroy(ti_index_t *idx);
  36         int ti_parse_region(ti_index_t *idx, const char *str, int *tid, int *begin, int *end);
  37         int ti_fetch(BGZF *fp, const ti_index_t *idx, int tid, int beg, int end, void *data, ti_fetch_f func);
  38
  39 #ifdef __cplusplus
  40 }
  41 #endif
  42
  43 #endif