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[tabix.git] / Makefile

diff --git a/Makefile b/Makefile
index 3d7153d4a58bcfb8508eaef041f7f50d22e3191c..03a49969b6d229b49754c3718d4537c2bb8967c6 100644 (file)
--- a/Makefile
+++ b/Makefile
@@ -1,5 +1,5 @@
 CC=                    gcc
-CFLAGS=                -g -Wall -O2 #-m64 #-arch ppc
+CFLAGS=                -g -Wall -O2 -fPIC #-m64 #-arch ppc
 DFLAGS=                -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE
 LOBJS=         bgzf.o kstring.o knetfile.o index.o
 AOBJS=         main.o
@@ -37,6 +37,9 @@ tabix:lib $(AOBJS)
 bgzip:bgzip.o bgzf.o knetfile.o
                $(CC) $(CFLAGS) -o $@ bgzip.o bgzf.o knetfile.o -lz
 
+TabixReader.class:TabixReader.java
+               javac -cp .:sam.jar TabixReader.java
+
 kstring.o:kstring.h
 knetfile.o:knetfile.h
 bgzf.o:bgzf.h knetfile.h
@@ -44,7 +47,10 @@ index.o:bgzf.h tabix.h khash.h ksort.h kstring.h
 main.o:tabix.h kstring.h bgzf.h
 bgzip.o:bgzf.h
 
+tabix.pdf:tabix.tex
+               pdflatex tabix.tex
+
 cleanlocal:
-               rm -fr gmon.out *.o a.out *.dSYM $(PROG) *~ *.a
+               rm -fr gmon.out *.o a.out *.dSYM $(PROG) *~ *.a tabix.aux tabix.log tabix.pdf *.class
 
 clean:cleanlocal-recur