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[tabix.git] / Makefile

diff --git a/Makefile b/Makefile
index 3d7153d4a58bcfb8508eaef041f7f50d22e3191c..9c8e9174c443990353ed1576c5d8cdc5ab399069 100644 (file)
--- a/Makefile
+++ b/Makefile
@@ -1,7 +1,7 @@
 CC=                    gcc
-CFLAGS=                -g -Wall -O2 #-m64 #-arch ppc
-DFLAGS=                -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE
-LOBJS=         bgzf.o kstring.o knetfile.o index.o
+CFLAGS=                -g -Wall -O2 -fPIC #-m64 #-arch ppc
+DFLAGS=                -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -DBGZF_CACHE
+LOBJS=         bgzf.o kstring.o knetfile.o index.o bedidx.o
 AOBJS=         main.o
 PROG=          tabix bgzip
 INCLUDES=
@@ -28,23 +28,36 @@ all:$(PROG)
 
 lib:libtabix.a
 
+libtabix.so.1:$(LOBJS)
+               $(CC) -shared -Wl,-soname,libtabix.so -o $@ $(LOBJS) -lc -lz
+
+libtabix.1.dylib:$(LOBJS)
+               libtool -dynamic $(LOBJS) -o $@ -lc -lz
+
 libtabix.a:$(LOBJS)
-               $(AR) -cru $@ $(LOBJS)
+               $(AR) -csru $@ $(LOBJS)
 
 tabix:lib $(AOBJS)
-               $(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(AOBJS) -lm $(LIBPATH) -lz -L. -ltabix
+               $(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(AOBJS) -L. -ltabix -lm $(LIBPATH) -lz
 
 bgzip:bgzip.o bgzf.o knetfile.o
                $(CC) $(CFLAGS) -o $@ bgzip.o bgzf.o knetfile.o -lz
 
+TabixReader.class:TabixReader.java
+               javac -cp .:sam.jar TabixReader.java
+
 kstring.o:kstring.h
 knetfile.o:knetfile.h
 bgzf.o:bgzf.h knetfile.h
 index.o:bgzf.h tabix.h khash.h ksort.h kstring.h
 main.o:tabix.h kstring.h bgzf.h
 bgzip.o:bgzf.h
+bedidx.o:kseq.h khash.h
+
+tabix.pdf:tabix.tex
+               pdflatex tabix.tex
 
 cleanlocal:
-               rm -fr gmon.out *.o a.out *.dSYM $(PROG) *~ *.a
+               rm -fr gmon.out *.o a.out *.dSYM $(PROG) *~ *.a tabix.aux tabix.log tabix.pdf *.class libtabix.*.dylib libtabix.so*
 
 clean:cleanlocal-recur