Imported Upstream version 0.1.5

[tabix.git] / Makefile

diff --git a/Makefile b/Makefile
index 3d7153d4a58bcfb8508eaef041f7f50d22e3191c..a51c1757ad139d7135da8ad42a8b71a01b66c04d 100644 (file)
--- a/Makefile
+++ b/Makefile
@@ -37,6 +37,9 @@ tabix:lib $(AOBJS)
 bgzip:bgzip.o bgzf.o knetfile.o
                $(CC) $(CFLAGS) -o $@ bgzip.o bgzf.o knetfile.o -lz
 
+TabixReader.class:TabixReader.java
+               javac -cp .:sam.jar TabixReader.java
+
 kstring.o:kstring.h
 knetfile.o:knetfile.h
 bgzf.o:bgzf.h knetfile.h
@@ -44,7 +47,10 @@ index.o:bgzf.h tabix.h khash.h ksort.h kstring.h
 main.o:tabix.h kstring.h bgzf.h
 bgzip.o:bgzf.h
 
+tabix.pdf:tabix.tex
+               pdflatex tabix.tex
+
 cleanlocal:
-               rm -fr gmon.out *.o a.out *.dSYM $(PROG) *~ *.a
+               rm -fr gmon.out *.o a.out *.dSYM $(PROG) *~ *.a tabix.aux tabix.log tabix.pdf *.class
 
 clean:cleanlocal-recur