cistematic/experiments/randomset.py

   1 ###########################################################################
   2 #                                                                         #
   3 # C O P Y R I G H T   N O T I C E                                         #
   4 #  Copyright (c) 2003-10 by:                                              #
   5 #    * California Institute of Technology                                 #
   6 #                                                                         #
   7 #    All Rights Reserved.                                                 #
   8 #                                                                         #
   9 # Permission is hereby granted, free of charge, to any person             #
  10 # obtaining a copy of this software and associated documentation files    #
  11 # (the "Software"), to deal in the Software without restriction,          #
  12 # including without limitation the rights to use, copy, modify, merge,    #
  13 # publish, distribute, sublicense, and/or sell copies of the Software,    #
  14 # and to permit persons to whom the Software is furnished to do so,       #
  15 # subject to the following conditions:                                    #
  16 #                                                                         #
  17 # The above copyright notice and this permission notice shall be          #
  18 # included in all copies or substantial portions of the Software.         #
  19 #                                                                         #
  20 # THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND,         #
  21 # EXPRESS OR IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF      #
  22 # MERCHANTABILITY, FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND                   #
  23 # NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS     #
  24 # BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER LIABILITY, WHETHER IN AN      #
  25 # ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING FROM, OUT OF OR IN       #
  26 # CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER DEALINGS IN THE        #
  27 # SOFTWARE.                                                               #
  28 ###########################################################################
  29 #
  30 from cistematic.core import getGenomeEntries
  31 import random
  32
  33
  34 def randomEntry(genome):
  35     """ randomEntry() - pick an entry
  36     """
  37     (org, entries) = getGenomeEntries(genome)
  38     if len(entries) > 0:
  39         entry = random.choice(entries)
  40     else:
  41         entry = ""
  42
  43     return (org, entry)
  44
  45
  46 def randomSet(genomeList, number):
  47     """ randomSet() - returns a number of random sequence identifiers for one or more genomes
  48     """
  49     setResults = {}
  50     for genome in genomeList:
  51         (org, entries) = getGenomeEntries(genome)
  52         if len(entries) > 0:
  53             random.shuffle(entries)
  54             setResults[genome] = entries[:number]
  55         else:
  56             setResults[genome] = []
  57
  58     return setResults
  59
  60
  61 def randomSetPercentage(genomeList, percentage):
  62     """ randomSetPercentage() - returns a percentage of random sequence identifiers
  63         for one or more genomes
  64     """
  65     setResults = {}
  66     if percentage < 0 or percentage > 1:
  67         return setResults
  68
  69     for genome in genomeList:
  70         (org, entries) = getGenomeEntries(genome)
  71         if len(entries) > 0:
  72             number = int(round(len(entries) * percentage))
  73             random.shuffle(entries)
  74             setResults[genome] = entries[:number]
  75         else:
  76             setResults[genome] = []
  77
  78     return setResults