cistematic/programs/cisSampler.py

   1 ###########################################################################
   2 #                                                                         #
   3 # C O P Y R I G H T   N O T I C E                                         #
   4 #  Copyright (c) 2003-10 by:                                              #
   5 #    * California Institute of Technology                                 #
   6 #                                                                         #
   7 #    All Rights Reserved.                                                 #
   8 #                                                                         #
   9 # Permission is hereby granted, free of charge, to any person             #
  10 # obtaining a copy of this software and associated documentation files    #
  11 # (the "Software"), to deal in the Software without restriction,          #
  12 # including without limitation the rights to use, copy, modify, merge,    #
  13 # publish, distribute, sublicense, and/or sell copies of the Software,    #
  14 # and to permit persons to whom the Software is furnished to do so,       #
  15 # subject to the following conditions:                                    #
  16 #                                                                         #
  17 # The above copyright notice and this permission notice shall be          #
  18 # included in all copies or substantial portions of the Software.         #
  19 #                                                                         #
  20 # THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND,         #
  21 # EXPRESS OR IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF      #
  22 # MERCHANTABILITY, FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND                   #
  23 # NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS     #
  24 # BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER LIABILITY, WHETHER IN AN      #
  25 # ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING FROM, OUT OF OR IN       #
  26 # CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER DEALINGS IN THE        #
  27 # SOFTWARE.                                                               #
  28 ###########################################################################
  29 #
  30 # covariance.py
  31 from cistematic.programs import Program
  32 import time
  33 import cistematic.programs.gibbs as Gibbs
  34 from cistematic.core.motif import Motif
  35
  36
  37 class CisSampler(Program):
  38
  39
  40     def getSettings(self):
  41         return (self.model, self.nmotifs, self.minwidth, self.maxwidth, self.bON, self.iterations,self.bfile, self.percID,self.MarkovSize,self.findBest)
  42
  43
  44     def setSettings(self, settings):
  45         self.motifs = []
  46         (self.model, self.nmotifs, self.minwidth, self.maxwidth, self.bON, self.iterations, self.bfile,self.percID,self.MarkovSize,self.findBest) = settings
  47
  48
  49     def setGenExpOptions(self, optionArray):
  50         self.setModel("zoops")
  51         self.setNumMotifs("10")
  52         self.setMaxWidth("15")
  53         self.setIterations("1000")
  54         self.setMinWidth("6")
  55         self.setBON(True)
  56         self.bfile = "None"
  57         self.setPercID("85")
  58         self.setMarkovSize("2")
  59         self.setFindBest("100")
  60         for option in optionArray:
  61             (optionTag, optionValue) = option.split(":")
  62             if optionTag == "Markov size":
  63                 self.setMarkovSize(optionValue)
  64
  65             if optionTag == "percentID":
  66                 self.setPercID(optionValue)
  67
  68             if optionTag == "founderPercentID":
  69                 self.setFounderPID(optionValue)
  70
  71             if optionTag == "model":
  72                 self.setModel(optionValue)
  73
  74             if optionTag == "nmotifs":
  75                 self.setNumMotifs(optionValue)
  76
  77             if optionTag == "width":
  78                 self.setMinWidth(optionValue)
  79                 self.setMaxWidth(optionValue)
  80
  81             if optionTag == "minWidth":
  82                 self.setMinWidth(optionValue)
  83
  84             if optionTag == "maxWidth":
  85                 self.setMaxWidth(optionValue)
  86
  87             if optionTag == "reverse":
  88                 self.setBON(optionValue)
  89
  90             if optionTag == "iterations":
  91                 self.setIterations(optionValue)
  92
  93             if optionTag == "background":
  94                 self.setBackground(optionValue)
  95
  96             if optionTag == "founder":
  97                 self.setFounder(True)
  98
  99         #if no background file is provided the default setting
 100         #is to use the input sequences as a background
 101         print self.bfile
 102
 103
 104     def setMarkovSize(self,val):
 105         self.MarkovSize = int(str(val))
 106
 107
 108     def setFindBest(self,val):
 109         self.findBest = int(str(val))
 110
 111
 112     def setFounderPID(self,val):
 113         self.founderPercID = int(str(val))
 114
 115
 116     def setFounder(self, boolVal):
 117         if boolVal:
 118             self.Founder = True
 119         else:
 120             self.Founder = False
 121
 122
 123     def setPercID(self, percVal):
 124         self.percID = int(str(percVal))
 125
 126
 127     def setModel(self, modelType):
 128         if modelType in ["oops", "zoops", "tcm"]:
 129             self.model = str(modelType)
 130         else:
 131             self.model = "zoops";
 132
 133
 134     def setIterations(self, number):
 135         self.iterations = int(str(number))
 136
 137
 138     def setNumMotifs(self, motifNum):
 139         self.nmotifs = int(str(motifNum))
 140
 141
 142     def setBON(self, B_val):
 143         if str(B_val) == "False":
 144             self.bON = False
 145         else:
 146             self.bON = True
 147
 148
 149     def getSequences(self, infile):
 150         seqFiles = open(infile, "r")
 151         Lines = seqFiles.readlines()
 152         seqFiles.close()
 153         self.sequences = []
 154         for line in Lines:
 155             if line[0] != ">":
 156                 self.sequences.append(line[:-1])
 157
 158
 159     def setMinWidth(self, width):
 160         self.minwidth = int(str(width))
 161
 162
 163     def setMaxWidth(self, width):
 164         self.maxwidth = int(str(width))
 165
 166
 167     ##willlikley satr to use this but not yet
 168     # set background frequency file
 169     def setBackground(self, backFile):
 170         self.bfile = str(backFile)
 171
 172
 173     def run(self):
 174         print self.nmotifs
 175         startTime = time.time()
 176         if self.bfile == "None":
 177             self.bfile = Gibbs.Markov(self.sequences, self.bON,self.MarkovSize)
 178         print "geting consensus score"
 179         self.contents = Gibbs.MotifFinder(self.sequences, self.minwidth, self.maxwidth, self.nmotifs,
 180                                           self.MarkovSize, self.bON, self.bfile, False, self.percID,
 181                                           self.iterations, self.findBest)
 182         stopTime = time.time()
 183         print self.contents
 184         print "right here!\n \n\n"
 185         print "\nThis run took %.3f - %.3f = %.3f seconds and produced %d motifs" % (startTime, stopTime, stopTime - startTime, len(self.contents))
 186
 187
 188     def getMotifs(self):
 189         self.motifs = []
 190         try:
 191             for motif in range(len(self.contents)):
 192                 info = ""
 193                 self.motifs.append(Motif("%s-cisSampler-%s" % (self.tagID, str(motif + 1)), "", self.contents[motif], [], 0.0, info))
 194         except:
 195             print "error returning motifs"
 196             pass
 197
 198         return self.motifs