cistematic/programs/locator.py

   1 ###########################################################################
   2 #                                                                         #
   3 # C O P Y R I G H T   N O T I C E                                         #
   4 #  Copyright (c) 2003-10 by:                                              #
   5 #    * California Institute of Technology                                 #
   6 #                                                                         #
   7 #    All Rights Reserved.                                                 #
   8 #                                                                         #
   9 # Permission is hereby granted, free of charge, to any person             #
  10 # obtaining a copy of this software and associated documentation files    #
  11 # (the "Software"), to deal in the Software without restriction,          #
  12 # including without limitation the rights to use, copy, modify, merge,    #
  13 # publish, distribute, sublicense, and/or sell copies of the Software,    #
  14 # and to permit persons to whom the Software is furnished to do so,       #
  15 # subject to the following conditions:                                    #
  16 #                                                                         #
  17 # The above copyright notice and this permission notice shall be          #
  18 # included in all copies or substantial portions of the Software.         #
  19 #                                                                         #
  20 # THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND,         #
  21 # EXPRESS OR IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF      #
  22 # MERCHANTABILITY, FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND                   #
  23 # NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS     #
  24 # BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER LIABILITY, WHETHER IN AN      #
  25 # ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING FROM, OUT OF OR IN       #
  26 # CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER DEALINGS IN THE        #
  27 # SOFTWARE.                                                               #
  28 ###########################################################################
  29 #
  30 # locator.py
  31 from cistematic.programs import Program
  32 from cistematic.core.motif import Motif
  33
  34 class Locator(Program):
  35     motifs = []
  36     consensus = "AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA"
  37     identifier = "DEFAULT"
  38     PWM = []
  39     seqs = []
  40     motFile = ""
  41
  42
  43     def getSettings(self):
  44         return (self.consensus, self.identifier, self.PWM, self.seqs, self.motFile)
  45
  46
  47     def setSettings(self, settings):
  48         self.motifs = []
  49         progsettings = ""
  50         commSettings = "progsettings = %s" % str(settings)
  51         exec commSettings
  52         (self.consensus, self.identifier, self.PWM, self.seqs, self.motFile) = progsettings
  53
  54
  55     def setGenExpOptions(self, optionArray):
  56         for option in optionArray:
  57             (optionTag, optionValue) = option.split(":")
  58             if optionTag == "consensus":
  59                 self.setConsensus(optionValue)
  60
  61             if optionTag == "identifier":
  62                 self.setID(optionValue)
  63
  64
  65     def setConsensus(self, cons):
  66         self.consensus = cons
  67
  68
  69     def setID(self, ident):
  70         self.identifier = ident
  71
  72
  73     def setPWM(self, aPWM):
  74         self.PWM[self.identifier] = aPWM
  75
  76
  77     def useMotifFile(self, mFile):
  78         self.motFile = mFile
  79
  80
  81     def run(self):
  82         pass
  83
  84
  85     def getMotifs(self):
  86         self.motifs = []
  87         if self.motFile != "":
  88             motif = Motif("%s-LOC-%s" % (self.tagID, self.identifier), motifFile=self.motFile)
  89             self.motifs.append(motif)
  90         else:
  91             motif = Motif("%s-LOC-%s" % (self.tagID, self.identifier), self.consensus, self.PWM, self.seqs)
  92             self.motifs.append(motif)
  93
  94         return self.motifs