alg/glsequence.hpp

   1 #ifndef _GL_SEQUENCE_H_
   2 #define _GL_SEQUENCE_H_
   3
   4 #include "alg/annotation_colors.hpp"
   5 #include "alg/sequence.hpp"
   6 #include "alg/color.hpp"
   7 #include <GL/gl.h>
   8 //! Manage rendering a mussa sequence track
   9 /*! The idea is this will keep track of the location of where the sequence
  10  *  is being rendered, and handle displaying annotations on that track
  11  */
  12 class GlSequence
  13 {
  14 public:
  15   GlSequence(const Sequence & s, AnnotationColors &cm);
  16   GlSequence(const GlSequence & s);
  17   GlSequence &operator=(const GlSequence &s);
  18
  19   //! draw a track
  20   /*! left and right are the edges of the current viewport
  21    */
  22   void draw(GLfloat left, GLfloat right) const;
  23
  24   const Sequence& sequence() const;
  25   //! set our starting x (horizontal) coordinate
  26   void setX(GLfloat);
  27   //! get our starting x (horizontal) coordinate
  28   GLfloat x() const;
  29   //! set our current y (vertical) position
  30   void setY(GLfloat);
  31   //! get our current y (vertical) position
  32   GLfloat y() const;
  33   //! how long is our sequence track? (computed from the sequence)
  34   GLfloat length() const;
  35
  36   //! return the left (lowest) base index that is fully visible
  37   Sequence::size_type GlSequence::leftbase(GLfloat left) const;
  38   //! return one past rightmost (highest ) base index that is fully visible
  39   /*! done mostly so all the iterator logic continues to work correctly.
  40    */
  41   Sequence::size_type GlSequence::rightbase(GLfloat right) const;
  42
  43   //! return iterator to the start of the stored sequence
  44   Sequence::const_iterator sequence_begin() const;
  45   //! return iterator to the end of the stored sequence
  46   Sequence::const_iterator sequence_end() const;
  47   //! provide an iterator to the sequence starting at world coordinate left
  48   Sequence::const_iterator sequence_begin(GLfloat left, GLfloat right) const;
  49   //! provide an iterator to the sequence ending at world coordinate right
  50   Sequence::const_iterator sequence_end(GLfloat left, GLfloat right) const;
  51
  52   //! set track color
  53   void setColor(Color &);
  54   Color color();
  55
  56   //! are we close enough that it would make sense to view the base pairs?
  57   /*! though we don't actually check to see if there's sequence in our
  58    *  view, just that there's enough pixels to render something if
  59    *  there were.
  60    *  \param[in] left the left edge of the viewable region in world coordinates
  61    *  \param[in] right the right edge of the viewable region in world
  62    *             coordinates
  63    *  \param[in] pixel_width allow setting the current viewport pixel width
  64    */
  65   bool is_sequence_renderable(GLfloat left,
  66                               GLfloat right,
  67                               int pixel_width=-1) const;
  68
  69   friend bool operator==(const GlSequence &left, const GlSequence &right);
  70
  71 protected:
  72   const Sequence& seq;
  73   GLfloat seq_x;
  74   GLfloat seq_y;
  75   GLfloat seq_z;
  76   GLfloat seq_height;
  77   AnnotationColors& color_mapper;
  78   Color drawColor;
  79   const GLfloat char_pix_per_world_unit;
  80
  81   //! Return the pixel width of the opengl viewport.
  82   static int get_viewport_pixel_width();
  83   //! draw a from left to right +/- height/2
  84   void draw_box(GLfloat left, GLfloat right, GLfloat height, GLfloat z) const;
  85   //! draw sequence as a bar
  86   void draw_track(GLfloat, GLfloat) const;
  87   void draw_annotations(GLfloat, GLfloat) const;
  88   //! render a sequence as ATGC
  89   /*! left and right are the current edges of the viewable world
  90    */
  91   void draw_sequence(GLfloat, GLfloat) const;
  92 };
  93 #endif