alg/test/test_glseqbrowser.cpp

   1 #include <boost/test/auto_unit_test.hpp>
   2 #include <boost/assign/std/vector.hpp>
   3 using namespace boost::assign;
   4
   5 #include <string>
   6 #include <list>
   7 #include <vector>
   8
   9 #include "alg/annotation_colors.hpp"
  10 #include "alg/glseqbrowser.hpp"
  11 #include "alg/sequence.hpp"
  12
  13 using namespace std;
  14
  15 BOOST_AUTO_TEST_CASE ( gltracks_connect )
  16 {
  17   string s0("AAGGCCTT");
  18   string s1("TTGGCCAA");
  19   string s2("GATTACAA");
  20   Sequence seq0(s0);
  21   Sequence seq1(s1);
  22   Sequence seq2(s2);
  23
  24   GlSeqBrowser gt;
  25   gt.push_sequence(seq0);
  26   gt.push_sequence(seq1);
  27   gt.push_sequence(seq2);
  28
  29   // make up some sample data
  30   vector<bool> rc;
  31   rc += false, false, false;
  32   vector<int> path;
  33                 path += 1,1,1; gt.link(path, rc, 1);
  34   path.clear(); path += 1,1,3; gt.link(path, rc, 1);
  35   path.clear(); path += 2,3,3; gt.link(path, rc, 1);
  36   path.clear(); path += 3,3,3; gt.link(path, rc, 1);
  37
  38   BOOST_CHECK_EQUAL( gt.path_segments.size(), 2 );
  39   GlSeqBrowser::segment_key p(1, 1);
  40   GlSeqBrowser::pair_segment_map::iterator psm_i = gt.path_segments[0].find(p);
  41   BOOST_CHECK( psm_i != gt.path_segments[0].end() );
  42   BOOST_CHECK_EQUAL( psm_i->second.path_ids.size(), 2 );
  43
  44   gt.clear();
  45   BOOST_CHECK_EQUAL( gt.path_segments.size(), 0 );
  46 }
  47
  48 BOOST_AUTO_TEST_CASE( glseqbrowser_center )
  49 {
  50   string s0("AAGGCCTT");
  51   string s1("TTGGCCAA");
  52   string s2("GATTACAA");
  53   Sequence seq0(s0);
  54   Sequence seq1(s1);
  55   Sequence seq2(s2);
  56   AnnotationColors cm;
  57   GlSequence glseq0(seq0, cm);
  58   GlSequence glseq1(seq1, cm);
  59   GlSequence glseq2(seq2, cm);
  60
  61   GlSeqBrowser gt;
  62   gt.push_sequence(glseq0);
  63   gt.push_sequence(glseq1);
  64   gt.push_sequence(glseq2);
  65
  66   vector<int> path;
  67   path += 0,3,7;
  68
  69   BOOST_CHECK_EQUAL( gt.left(), -gt.border() );
  70   BOOST_CHECK_EQUAL( gt.right(), s0.size() + gt.border() );
  71
  72   gt.centerOnPath(path);
  73
  74   // I didn't bother to compute how the path should shift things
  75   // by the magic number 3, i just ran the test and saw how it failed
  76   // and hard coded this in.
  77   BOOST_CHECK_EQUAL( gt.left(), -3-gt.border() );
  78   BOOST_CHECK_EQUAL( gt.right(), 3 + s0.size() + gt.border() );
  79
  80   // aparently we end up with a different glsequence in the seqbrowser
  81   BOOST_CHECK( glseq1.x() != gt.sequences()[1].x() );
  82
  83   BOOST_CHECK_EQUAL( gt.sequences()[0].x(), gt.viewportCenter()-path[0] );
  84   BOOST_CHECK_EQUAL( gt.sequences()[1].x(), gt.viewportCenter()-path[1] );
  85   BOOST_CHECK_EQUAL( gt.sequences()[2].x(), gt.viewportCenter()-path[2] );
  86 }