alg/test/test_sequence.cpp

   1 #include <boost/test/auto_unit_test.hpp>
   2 #include <list>
   3 #include <iostream>
   4
   5 #include "alg/sequence.hpp"
   6 #include "mussa_exceptions.hpp"
   7
   8 using namespace std;
   9
  10 //! when we try to load a missing file, do we get an error?
  11 BOOST_AUTO_TEST_CASE( sequence_load_exception )
  12 {
  13   Sequence s;
  14   // there should be errors when we try to load something that doesn't exist
  15   BOOST_CHECK_THROW( s.load_fasta("alkejralk", 1, 0, 0), mussa_load_error);
  16   BOOST_CHECK_THROW( s.load_annot("alkejralk", 0, 0), mussa_load_error);
  17 }
  18
  19 //! Do simple operations work correctly?
  20 BOOST_AUTO_TEST_CASE( sequence_filter )
  21 {
  22   Sequence s1("AATTGGCC");
  23   BOOST_CHECK_EQUAL(s1.get_seq(), "AATTGGCC");
  24
  25   Sequence s2("aattggcc");
  26   BOOST_CHECK_EQUAL(s2.get_seq(), "AATTGGCC");
  27   BOOST_CHECK_EQUAL(s2.rev_comp(), "GGCCAATT");
  28   BOOST_CHECK_EQUAL(s2.size(), s2.get_seq().size());
  29   BOOST_CHECK_EQUAL(s2.c_seq(), s2.get_seq().c_str());
  30
  31   Sequence s3("asdfg");
  32   BOOST_CHECK_EQUAL(s3.get_seq(), "ANNNG");
  33   BOOST_CHECK_EQUAL(s3.subseq(0,2), "AN");
  34
  35   s3.set_filtered_sequence("AAGGCCTT", 0, 2);
  36   BOOST_CHECK_EQUAL(s3.get_seq(), "AA");
  37   s3.set_filtered_sequence("AAGGCCTT", 2, 2);
  38   BOOST_CHECK_EQUAL( s3.get_seq(), "GG");
  39   s3.set_filtered_sequence("AAGGCCTT", 4);
  40   BOOST_CHECK_EQUAL( s3.get_seq(), "CCTT");
  41
  42   s3.clear();
  43   BOOST_CHECK_EQUAL(s3.get_seq(), "");
  44
  45   s3.set_seq("AAGGFF");
  46   BOOST_CHECK_EQUAL(s3.get_seq(), "AAGGNN");
  47 }
  48
  49 //! Can we load data from a file
  50 BOOST_AUTO_TEST_CASE( sequence_load )
  51 {
  52   Sequence s;
  53   s.load_fasta("examples/seq/human_mck_pro.fa");
  54   BOOST_CHECK_EQUAL(s.subseq(0, 5), "GGATC"); // first few chars of fasta file
  55   BOOST_CHECK_EQUAL(s.get_header(), "gi|180579|gb|M21487.1|HUMCKMM1 Human "
  56                                     "muscle creatine kinase gene (CKMM), "
  57                                     "5' flank");
  58 }
  59
  60 BOOST_AUTO_TEST_CASE ( sequence_empty )
  61 {
  62   Sequence s;
  63   BOOST_CHECK_EQUAL( s.empty(), true );
  64   s = "AAAGGG";
  65   BOOST_CHECK_EQUAL( s.empty(), false );
  66 }
  67
  68 BOOST_AUTO_TEST_CASE ( sequence_iterators )
  69 {
  70   std::string seq_string = "AAGGCCTTNNTATA";
  71   Sequence s(seq_string);
  72   const Sequence cs(s);
  73   std::string::size_type count = 0;
  74
  75   std::string::iterator str_itor;
  76   Sequence::iterator s_itor;
  77   Sequence::const_iterator cs_itor;
  78
  79   for( str_itor = seq_string.begin(),
  80        s_itor   = s.begin(),
  81        cs_itor  = cs.begin();
  82        str_itor != seq_string.end() and
  83        s_itor   != s.end() and
  84        cs_itor  != cs.end();
  85        ++str_itor, ++s_itor, ++cs_itor, ++count)
  86   {
  87     BOOST_CHECK_EQUAL ( *str_itor, *s_itor );
  88     BOOST_CHECK_EQUAL ( *s_itor, *cs_itor );
  89     BOOST_CHECK_EQUAL ( *cs_itor, *str_itor );
  90   }
  91   BOOST_CHECK_EQUAL( seq_string.size(), count );
  92   BOOST_CHECK_EQUAL( s.size(), count );
  93   BOOST_CHECK_EQUAL( cs.size(), count );
  94 }
  95
  96 BOOST_AUTO_TEST_CASE( sequence_motifs )
  97 {
  98   string m("AAAA");
  99   string bogus("AATTGGAA");
 100   Sequence s1("AAAAGGGGCCCCTTTT");
 101
 102   list<motif>::const_iterator motif_i = s1.motifs().begin();
 103   list<motif>::const_iterator motif_end = s1.motifs().end();
 104
 105   // do our iterators work?
 106   BOOST_CHECK( motif_i == s1.motifs().begin() );
 107   BOOST_CHECK( motif_end == s1.motifs().end() );
 108   BOOST_CHECK( motif_i == motif_end );
 109
 110
 111   s1.add_motif(bogus);
 112   BOOST_CHECK( s1.motifs().begin() == s1.motifs().end() );
 113   s1.add_motif(m);
 114   BOOST_CHECK( s1.motifs().begin() != s1.motifs().end() );
 115   BOOST_CHECK_EQUAL( s1.motifs().size(), 2 );
 116
 117   for(motif_i = s1.motifs().begin();
 118       motif_i != s1.motifs().end();
 119       ++motif_i)
 120   {
 121     BOOST_CHECK_EQUAL( motif_i->type, "motif" );
 122     BOOST_CHECK_EQUAL( motif_i->name, m);
 123     BOOST_CHECK_EQUAL( motif_i->sequence, m);
 124   }
 125
 126   s1.clear_motifs();
 127   BOOST_CHECK( s1.motifs().begin() == s1.motifs().end() );
 128 }
 129
 130 BOOST_AUTO_TEST_CASE( annot_test )
 131 {
 132   annot a(0, 10, "test", "thing");
 133
 134   BOOST_CHECK_EQUAL( a.start, 0 );
 135   BOOST_CHECK_EQUAL( a.end,   10 );
 136   BOOST_CHECK_EQUAL( a.type,  "test" );
 137   BOOST_CHECK_EQUAL( a.name,  "thing" );
 138
 139   motif m(10, "AAGGCC");
 140   BOOST_CHECK_EQUAL( m.start, 10 );
 141   BOOST_CHECK_EQUAL( m.type, "motif" );
 142   BOOST_CHECK_EQUAL( m.name, "AAGGCC" );
 143   BOOST_CHECK_EQUAL( m.end,  10+6 );
 144 }