examples/directory.mupa

   1 #
   2 # Used to make sure that we properly report an error when
   3 # an annotation is not a file.
   4 #
   5
   6
   7 # name of anaylsis directory and stem for associated files
   8 ANA_NAME directory
   9
  10 # if APPEND vars true, a _wXX and/or _tYY added to analysis name
  11 # where XX = WINDOW and YY = THRESHOLD
  12 # Highly recommeded with use of command line override of WINDOW or THRESHOLD
  13 APPEND_WIN true
  14 APPEND_THRES true
  15
  16 # first sequence info
  17 SEQUENCE seq/mouse_mck_pro.fa
  18 ANNOTATION mm_mck3test.annot
  19 SEQ_START 300
  20
  21 # the second sequence info
  22 SEQUENCE seq/human_mck_pro.fa
  23 ANNOTATION seq
  24 SEQ_START 300
  25
  26 # analyses parameters: command line args -w -t will override these
  27 WINDOW 30
  28 THRESHOLD 20