examples/mck3test.mupa

   1 # name of anaylsis directory and stem for associated files
   2 ANA_NAME mck3test
   3
   4 # if APPEND vars true, a _wXX and/or _tYY added to analysis name
   5 # where XX = WINDOW and YY = THRESHOLD
   6 # Highly recommeded with use of command line override of WINDOW or THRESHOLD
   7 APPEND_WIN true
   8 APPEND_THRES true
   9
  10 # how many sequences are being analyzed
  11 SEQUENCE_NUM 3
  12
  13 # first sequence info
  14 SEQUENCE seq/mouse_mck_pro.fa
  15 ANNOTATION mm_mck3test.annot
  16 SEQ_START 300
  17
  18 # the second sequence info
  19 SEQUENCE seq/human_mck_pro.fa
  20 # ANNOTATION hs_mck3test.annot
  21 SEQ_START 300
  22 # SEQ_END 2400
  23
  24 # third sequence info
  25 SEQUENCE seq/rabbit_mck_pro.fa
  26 # ANNOTATION ra_mck3test.annot
  27
  28 # analyses parameters: command line args -w -t will override these
  29 WINDOW 30
  30 THRESHOLD 20