flp.hh

   1 #ifndef _MUSSA_FLP_H_
   2 #define _MUSSA_FLP_H_
   3 //  This file is part of the Mussa source distribution.
   4 //  http://mussa.caltech.edu/
   5 //  Contact author: Tristan  De Buysscher, tristan@caltech.edu
   6
   7 // This program and all associated source code files are Copyright (C) 2005
   8 // the California Institute of Technology, Pasadena, CA, 91125 USA.  It is
   9 // under the GNU Public License; please see the included LICENSE.txt
  10 // file for more information, or contact Tristan directly.
  11
  12
  13 //                        ----------------------------------------
  14 //                            ---------- flp.hh  -----------
  15 //                        ----------------------------------------
  16
  17 #include <list>
  18 #include <string>
  19 #include <vector>
  20
  21 //! FLP = Fixed Length Pairs (Data)
  22 /*!
  23  * vector of linked lists of the match type struct
  24  */
  25 class FLPs
  26 {
  27   private:
  28     //! the number of base pairs used to compute this sliding window
  29     int window_size;
  30     //! the minimum tnumber of base pairs need for this window to be saved.
  31     int hard_threshold;
  32     int seq1_length, seq2_length, seq1_win_num, seq2_win_num;
  33     std::string ana_type;
  34
  35     struct match
  36     {
  37       int index;
  38       int score;
  39     };
  40
  41   public:
  42     FLPs();
  43     void setup(std::string type, int win_size, int hard_thres, int len1, int len2);
  44     inline void add(int seq1_i, int seq2_i, int a_score, int i2_offset);
  45     void seqcomp(std::string seq1, std::string seq2, bool is_RC);
  46   //bool FLPs::match_less(match *match1, match *match2);
  47   //void FLPs::sort();
  48     std::list<int> matches(int index);
  49   //version with int threshold
  50     std::list<int> thres_matches(int index, int thres);
  51     int win_num();
  52     void file_save(std::string save_file_path);
  53     void file_load(std::string file_path);
  54
  55     std::vector<std::list<match> > all_matches;
  56 };
  57 #endif