gui/ConnView.hh

   1 #ifndef _MUSSA_GUI_CONN_VIEW_H_
   2 #define _MUSSA_GUI_CONN_VIEW_H_
   3 //  This file is part of the Mussa source distribution.
   4 //  http://mussa.caltech.edu/
   5 //  Contact author: Tristan  De Buysscher, tristan@caltech.edu
   6
   7 // This program and all associated source code files are Copyright (C) 2005
   8 // the California Institute of Technology, Pasadena, CA, 91125 USA.  It is
   9 // under the GNU Public License; please see the included LICENSE.txt
  10 // file for more information, or contact Tristan directly.
  11
  12 #include <list>
  13 #include <sstream>
  14 #include <string>
  15 #include <vector>
  16
  17 #include "alg/sequence.hh"
  18 #include "alg/nway_paths.hh"
  19 #include "SeqView.hh"
  20 #include "SeqWindow.hh"
  21 #include "MotifWindow.hh"
  22 #include "AnnotWindow.hh" // aparently for annot_color
  23
  24 #include <FL/Fl_Box.H>
  25
  26 class NwayPaths;
  27 class ConnView : public Fl_Box
  28 {
  29   public:
  30     ConnView(int x_top,int y_top,int x_bot,int y_bot) :
  31       Fl_Box(x_top,y_top,x_bot,y_bot)
  32     {}
  33
  34     void setup(std::string name, int sq_num, int win_len,
  35                std::vector<Sequence> *, NwayPaths *);
  36     void scale_paths();
  37
  38     void spawnSeq();
  39     void find_motifs();
  40     void annot_win();
  41
  42     void toggle_bars();
  43     void set_bar_interval(int new_bar_len);
  44     void toggle_lines();
  45     void set_line_interval(int new_line_len);
  46
  47
  48   private:
  49     std::string analysis_name;
  50     int seq_num, window, threshold;
  51     bool win_append, thres_append;
  52
  53   //this data is passed as pointers to the instantiated classes
  54     std::vector<Sequence> *S;
  55     //! Store the nway paths our analysis did, we mostly need the refined paths
  56     NwayPaths *P;
  57
  58     int name_pad, y_pad;
  59     float x_scale_factor;
  60     int y_seq_incre;
  61     int drag_start, drag_end;
  62     float y_drag_start;
  63     int ref_seq_num, max_seq_len;
  64     bool dragging, selected;
  65     std::list<bool> highlight;
  66
  67   //path data scaled for current view size
  68     std::list<ExtendedConservedPath > scaled_pathz;
  69     std::vector<int> seq_lens;
  70     std::vector<int> seq_scales;
  71     int bar_interval, line_interval;
  72     bool show_bars, show_lines;
  73
  74   //keeps track of all the motifs the user has inputed
  75     std::vector<motif> some_motifs;
  76     MotifWindow *motif_find_window;
  77
  78   //keeps track of the colors assigned to each motif type
  79     std::vector<annot_color> some_annots;
  80     AnnotWindow *annot_color_window;
  81
  82     SeqWindow *a_seq_win;
  83
  84     void draw();
  85     void draw_paths();
  86     void draw_sequence_stuff();
  87
  88     void resize(int x, int y, int w, int h);
  89     int handle(int e);
  90     void check_new_motifs();
  91
  92   //for drawing function debugging
  93     void reporter(std::string var, int value);
  94     void report_float(std::string var, float value);
  95 };
  96 #endif