gui/SeqWindow.cxx

   1 //  This file is part of the Mussa source distribution.
   2 //  http://mussa.caltech.edu/
   3 //  Contact author: Tristan  De Buysscher, tristan@caltech.edu
   4
   5 // This program and all associated source code files are Copyright (C) 2005
   6 // the California Institute of Technology, Pasadena, CA, 91125 USA.  It is
   7 // under the GNU Public License; please see the included LICENSE.txt
   8 // file for more information, or contact Tristan directly.
   9
  10
  11 #include "SeqWindow.hh"
  12
  13 #include <sstream>
  14
  15 #include <FL/Fl.H>
  16
  17 using namespace std;
  18
  19 void
  20 set_align_cb(Fl_Widget* widg, void* the_data)
  21 {
  22   menu_align_data_bundle * blah = (menu_align_data_bundle *) the_data;
  23   SeqWindow* T= blah->swm_ptr;
  24   T->real_set_align_cb(blah->which_align);
  25 }
  26
  27
  28 void
  29 SeqWindow::real_set_align_cb(int which_align)
  30 {
  31   vector<int> a_path;
  32   int window_length;
  33
  34
  35   a_path = *P.begin();
  36   window_length = a_path[0];
  37   cout << window_length << endl;
  38
  39   cout << "fum1\n";
  40   seq_box->align_offsets(which_align);
  41   seq_box->redraw();
  42 }
  43
  44
  45 void
  46 show_align_cb(Fl_Widget* widg, void* the_data)
  47 {
  48   menu_align_data_bundle * blah = (menu_align_data_bundle *) the_data;
  49   SeqWindow* T= blah->swm_ptr;
  50   T->real_show_align_cb(blah->which_align);
  51 }
  52
  53
  54 void
  55 SeqWindow::real_show_align_cb(int which_align)
  56 {
  57   vector<int> a_path;
  58   int window_length;
  59
  60
  61   cout << "fumish\n";
  62   seq_box->toggle_align(which_align);
  63   seq_box->redraw();
  64 }
  65
  66
  67 void
  68 toggle_bars_cb(Fl_Button* o, void* v)
  69 {
  70   SeqWindow* T=(SeqWindow*)v;
  71   T->real_toggle_bars_cb();
  72 }
  73
  74
  75 void
  76 SeqWindow::real_toggle_bars_cb()
  77 {
  78   seq_box->toggle_bars();
  79 }
  80
  81
  82 void
  83 toggle_motifs_cb(Fl_Button* o, void* v)
  84 {
  85   SeqWindow* T=(SeqWindow*)v;
  86   T->real_toggle_motifs_cb();
  87 }
  88
  89
  90 void
  91 SeqWindow::real_toggle_motifs_cb()
  92 {
  93   seq_box->toggle_motifs();
  94 }
  95
  96
  97 // main code, window creation
  98
  99 SeqWindow::SeqWindow(int w, int h, const char* title, int sq_num,
 100                      vector<Sequence> *some_seqs,
 101                      list<vector<int> > some_paths,
 102                      vector<int> some_lens,
 103                      vector<motif> *some_motifs):
 104   Fl_Double_Window(w,h,title)
 105 {
 106   menu_align_data_bundle * some_menu_data;
 107   vector<int> a_path;
 108   int window_length, align_number;
 109   int i;
 110   ostringstream align_id_ostr;
 111   string align_id_string;
 112   list<vector<int> >::iterator align_iter;
 113
 114
 115
 116   // most of this stuff is here just to pass to SeqView object
 117   // some is needed to setup the window menus
 118   seq_num = sq_num;
 119   S = some_seqs;
 120   P = some_paths;
 121   seq_lens = some_lens;
 122   the_motifs = some_motifs;
 123
 124
 125   begin();
 126   color(FL_WHITE);
 127   resizable(this);
 128
 129   // make the menu that allows alignment selection
 130   choose_align_menu = new Fl_Menu_Button(5, 2, 180, 30, "Choose Alignment");
 131   choose_align_menu->color(FL_WHITE,FL_BLUE);
 132   choose_align_menu->box(FL_BORDER_BOX);
 133   choose_align_menu->clear();
 134
 135   // make the menu that allows alignment selection
 136   show_align_menu = new Fl_Menu_Button(190, 2, 180, 30, "Show Alignment");
 137   show_align_menu->color(FL_WHITE,FL_BLUE);
 138   show_align_menu->box(FL_BORDER_BOX);
 139   show_align_menu->clear();
 140
 141
 142   // adds menu items for each path
 143   align_iter = P.begin();
 144   align_number = 0;
 145   while(align_iter != P.end())
 146   {
 147     some_menu_data = new menu_align_data_bundle;
 148     some_menu_data->swm_ptr = this;
 149     some_menu_data->which_align = align_number;
 150     align_id_ostr << (*align_iter)[0] << ": ";
 151     for(i = 1; i <= seq_num; i++)
 152       align_id_ostr << (*align_iter)[i] << ", ";
 153     align_id_string = align_id_ostr.str();
 154     choose_align_menu->add((const char*)align_id_string.c_str(), 0,
 155                            (Fl_Callback *) set_align_cb,
 156                            (void*) some_menu_data);
 157     show_align_menu->add((const char*)align_id_string.c_str(), 0,
 158                          (Fl_Callback *) show_align_cb,
 159                          (void*) some_menu_data, FL_MENU_TOGGLE|FL_MENU_VALUE);
 160
 161     align_id_ostr.str("");
 162     ++align_number;
 163     ++align_iter;
 164   }
 165
 166   /*
 167   show_align_menu->add("f&ee");
 168   show_align_menu->add("f&ie");
 169   show_align_menu->add("f&oe");
 170   show_align_menu->add("f&um");
 171   */
 172
 173   Fl_Button *test_but = new Fl_Button(375, 2, 150, 30, "Toggle Motifs");
 174   test_but->color(FL_WHITE,FL_BLUE);
 175   test_but->box(FL_BORDER_BOX);
 176   test_but->callback((Fl_Callback*) toggle_motifs_cb, this);
 177
 178   toggle_bars = new Fl_Button(530, 2, 150, 30, "Toggle 10bp bars");
 179   toggle_bars->color(FL_WHITE,FL_BLUE);
 180   toggle_bars->box(FL_BORDER_BOX);
 181   toggle_bars->callback((Fl_Callback*) toggle_bars_cb, this);
 182
 183
 184   // make the view of the sequence
 185   seq_box = new SeqView(0, 34, w, h-34);
 186   seq_box->setup(ana_name, seq_num, S, P, seq_lens, the_motifs);
 187   //real_set_align_cb(2);
 188
 189   end();
 190   Fl::visual(FL_DOUBLE|FL_INDEX);
 191   show();
 192 }
 193
 194
 195
 196 /*
 197   some_menu_data = new menu_align_data_bundle;
 198   some_menu_data->swm_ptr = this;
 199   some_menu_data->which_align = 2;
 200   choose_align_menu->add("f&ie", FL_ALT+'i', (Fl_Callback *) set_align_cb,
 201                   (void*) some_menu_data);
 202
 203   some_menu_data = new menu_align_data_bundle;
 204   some_menu_data->swm_ptr = this;
 205   some_menu_data->which_align = 3;
 206   choose_align_menu->add("f&oe", FL_ALT+'o', (Fl_Callback *) set_align_cb,
 207                   (void*) some_menu_data);
 208
 209   some_menu_data = new menu_align_data_bundle;
 210   some_menu_data->swm_ptr = this;
 211   some_menu_data->which_align = 4;
 212   choose_align_menu->add("f&um", FL_ALT+'u', (Fl_Callback *) set_align_cb,
 213                   (void*) some_menu_data);
 214 */
 215
 216
 217
 218