gui/SetupWindow.cxx

   1 //  This file is part of the Mussa source distribution.
   2 //  http://mussa.caltech.edu/
   3 //  Contact author: Tristan  De Buysscher, tristan@caltech.edu
   4
   5 // This program and all associated source code files are Copyright (C) 2005
   6 // the California Institute of Technology, Pasadena, CA, 91125 USA.  It is
   7 // under the GNU Public License; please see the included LICENSE.txt
   8 // file for more information, or contact Tristan directly.
   9
  10
  11 #include "SetupWindow.hh"
  12 #include "mussa_class.hh"
  13 #include <iostream>
  14 #include <FL/Fl_File_Chooser.H>
  15
  16 using namespace std;
  17
  18 bool
  19 SetupWindow::done()
  20 {
  21   return all_done;
  22 }
  23
  24
  25 void
  26 do_analysis_cb(Fl_Button* o, void* v)
  27 {
  28   SetupWindow* T=(SetupWindow*)v;
  29   T->real_do_analysis();
  30 }
  31
  32
  33 // passes the parameters to the mussa class object and orders it to run
  34 void
  35 SetupWindow::real_do_analysis()
  36 {
  37   int i;
  38   string err_msg;
  39
  40   // <-- need a check here to make sure all vars have a valid value
  41
  42   an_analysis->clear();
  43   an_analysis->set_name(ana_name);
  44   an_analysis->set_seq_num(seq_num);
  45   an_analysis->set_window(window);
  46   an_analysis->set_threshold(threshold);
  47
  48   for(i=0; i < seq_num; i++)
  49     an_analysis->set_seq_info(seq_files[i], annot_files[i], fasta_indices[i],
  50                               sub_seq_starts[i], sub_seq_ends[i]);
  51
  52   err_msg = an_analysis->analyze(0,0, 't', 0.0);
  53   //cout << "Feel the tribal beat\n";
  54   if (!(err_msg == ""))
  55   {
  56     //fl_alert(err_msg.c_str());
  57     cout << err_msg;
  58   }
  59
  60   all_done = true;
  61
  62   hide();
  63 }
  64
  65
  66 void
  67 choose_seq_file_cb(Fl_Button* o, void* v)
  68 {
  69   seq_data_instance * blah = (seq_data_instance *) v;
  70   SetupWindow* T= blah->sw_ptr;
  71   T->real_choose_seq_file_cb(blah->index);
  72 }
  73
  74
  75 void
  76 SetupWindow::real_choose_seq_file_cb(int i)
  77 {
  78   char *picked_file;
  79   string a_file_path;
  80
  81   picked_file = fl_file_chooser("Find an Analysis", "", "", 1);
  82   a_file_path = picked_file;
  83   seq_files[i] = a_file_path;
  84   seq_inputs[i]->value((const char *)picked_file);
  85 }
  86
  87
  88 void
  89 seq_file_in_cb(Fl_Input* o, void* v)
  90 {
  91   seq_data_instance * blah = (seq_data_instance *) v;
  92   SetupWindow* T= blah->sw_ptr;
  93   T->real_seq_file_in_cb(o,blah->index);
  94 }
  95
  96
  97 void
  98 SetupWindow::real_seq_file_in_cb(Fl_Input* o, int i)
  99 {
 100   seq_files[i] = o->value();
 101   // leaving this as a reminder that bools will need to be set to determine
 102   // if all needed fields have been filled with some value before an analysis
 103   // is attempted
 104   //(*the_motifs)[i].dirty = true;
 105 }
 106
 107 //char *picked_file;
 108 //picked_file = fl_file_chooser("Find an Analysis", "", "", 1);
 109
 110 // *** Annot file selection
 111
 112 void
 113 choose_annot_file_cb(Fl_Button* o, void* v)
 114 {
 115   seq_data_instance * blah = (seq_data_instance *) v;
 116   SetupWindow* T= blah->sw_ptr;
 117   T->real_choose_annot_file_cb(blah->index);
 118 }
 119
 120
 121 void
 122 SetupWindow::real_choose_annot_file_cb(int i)
 123 {
 124   char *picked_file;
 125   string a_file_path;
 126
 127   picked_file = fl_file_chooser("Find an Analysis", "", "", 1);
 128   a_file_path = picked_file;
 129   annot_files[i] = a_file_path;
 130   annot_inputs[i]->value((const char *)picked_file);
 131 }
 132
 133 void
 134 annot_file_in_cb(Fl_Input* o, void* v)
 135 {
 136   seq_data_instance * blah = (seq_data_instance *) v;
 137   SetupWindow* T= blah->sw_ptr;
 138   T->real_annot_file_in_cb(o,blah->index);
 139 }
 140
 141 void
 142 SetupWindow::real_annot_file_in_cb(Fl_Input* o, int i)
 143 {
 144   annot_files[i] = o->value();
 145 }
 146
 147
 148 // *** fasta index selection
 149
 150 void
 151 fa_index_in_cb(Fl_Input* o, void* v)
 152 {
 153   seq_data_instance * blah = (seq_data_instance *) v;
 154   SetupWindow* T= blah->sw_ptr;
 155   T->real_fa_index_in_cb(o,blah->index);
 156 }
 157
 158 void
 159 SetupWindow::real_fa_index_in_cb(Fl_Input* o, int i)
 160 {
 161   fasta_indices[i] = atoi(o->value());
 162 }
 163
 164 // *** subsequence start select
 165
 166 void
 167 sub_start_in_cb(Fl_Input* o, void* v)
 168 {
 169   seq_data_instance * blah = (seq_data_instance *) v;
 170   SetupWindow* T= blah->sw_ptr;
 171   T->real_sub_start_in_cb(o,blah->index);
 172 }
 173
 174 void
 175 SetupWindow::real_sub_start_in_cb(Fl_Input* o, int i)
 176 {
 177   sub_seq_starts[i] = atoi(o->value());
 178 }
 179
 180 // *** subsequence end select
 181
 182 void
 183 sub_end_in_cb(Fl_Input* o, void* v)
 184 {
 185   seq_data_instance * blah = (seq_data_instance *) v;
 186   SetupWindow* T= blah->sw_ptr;
 187   T->real_sub_end_in_cb(o,blah->index);
 188 }
 189
 190 void
 191 SetupWindow::real_sub_end_in_cb(Fl_Input* o, int i)
 192 {
 193   sub_seq_ends[i] = atoi(o->value());
 194
 195 }
 196
 197 // *** input analysis name
 198
 199 void
 200 set_ana_name_cb(Fl_Input* o, void* v)
 201 {
 202   SetupWindow* T=(SetupWindow*)v;
 203   T->real_set_ana_name_cb(o);
 204 }
 205
 206 void
 207 SetupWindow::real_set_ana_name_cb(Fl_Input* o)
 208 {
 209   ana_name = o->value();
 210 }
 211
 212 // *** input window size
 213
 214 void
 215 set_win_size_cb(Fl_Input* o, void* v)
 216 {
 217   SetupWindow* T=(SetupWindow*)v;
 218   T->real_set_win_size_cb(o);
 219 }
 220
 221 void
 222 SetupWindow::real_set_win_size_cb(Fl_Input* o)
 223 {
 224   window = atoi(o->value());
 225 }
 226
 227 // *** input threshold
 228
 229 void
 230 set_threshold_cb(Fl_Input* o, void* v)
 231 {
 232   SetupWindow* T=(SetupWindow*)v;
 233   T->real_set_threshold_cb(o);
 234 }
 235
 236 void
 237 SetupWindow::real_set_threshold_cb(Fl_Input* o)
 238 {
 239   threshold = atoi(o->value());
 240 }
 241
 242 void
 243 set_seq_num_cb(Fl_Input* o, void* v)
 244 {
 245   SetupWindow* T=(SetupWindow*)v;
 246   T->real_set_seq_num_cb(o);
 247 }
 248
 249 // *** input number of sequences, add appropriate inputs for each sequence
 250
 251 void
 252 SetupWindow::real_set_seq_num_cb(Fl_Input* o)
 253 {
 254   int i;
 255
 256   seq_num = atoi(o->value());
 257   seq_inputs.clear();
 258   annot_inputs.clear();
 259
 260   seq_scroll = new Fl_Scroll(5,80,w()-10,h()-115);
 261   seq_scroll->color(FL_WHITE);
 262
 263   for (i = 0; i < seq_num; i++)
 264   {
 265     seq_files.push_back("");
 266     annot_files.push_back("");
 267     fasta_indices.push_back(1);
 268     sub_seq_starts.push_back(0);
 269     sub_seq_ends.push_back(0);
 270     add_seq_input(i);
 271   }
 272   seq_scroll->box(FL_DOWN_FRAME);
 273   add(seq_scroll);
 274   redraw();
 275 }
 276
 277
 278 SetupWindow::SetupWindow(int w, int h, const char* title, Mussa *the_analysis):Fl_Window(w,h,title)
 279 {
 280   color(FL_WHITE);
 281
 282   an_analysis = the_analysis;
 283   all_done = false;
 284
 285   begin();
 286
 287   name_input = new Fl_Input(110, 10, w-120, 30, "Analysis Name ");
 288   name_input->value("");
 289   //name_input->when(FL_WHEN_ENTER_KEY);
 290   name_input->box(FL_BORDER_BOX);
 291   name_input->callback((Fl_Callback*)set_ana_name_cb, this);
 292
 293   // add in radio buttons for win_append and thres_append eventually
 294   win_append = true;
 295   thres_append = true;
 296
 297   win_input = new Fl_Input(65,45,100,30, "Window ");
 298   win_input->value("");
 299   win_input->callback((Fl_Callback*)set_win_size_cb, this);
 300
 301   thres_input = new Fl_Input(250,45,100,30, "Threshold ");
 302   thres_input->value("");
 303   thres_input->callback((Fl_Callback*)set_threshold_cb, this);
 304
 305   seq_num_input = new Fl_Input(430,45,100, 30, "Seq Num ");
 306   seq_num_input->value("");
 307   seq_num_input->callback((Fl_Callback*)set_seq_num_cb, this);
 308
 309   // button to launch the analysis
 310   test = new Fl_Button(w-100,h-30,100,30,"Do Analysis");
 311   test->callback((Fl_Callback*)do_analysis_cb, this);
 312
 313   // test button to make sure setup data is being stored
 314   test = new Fl_Button(w-200,h-30,100,30,"show setup");
 315   test->callback((Fl_Callback*)print_cb, this);
 316
 317   // generic input, keeping around as template for future additions
 318   //_input = new Fl_Input(0, , 30, "");
 319   //_input->value("");
 320   //_input->when(FL_WHEN_ENTER_KEY);
 321   //_input->callback((Fl_Callback*)set__cb, this);
 322
 323   end();
 324   //resizable(this);
 325   show();
 326 }
 327
 328
 329 SetupWindow::~SetupWindow(){}
 330
 331
 332 void
 333 SetupWindow::add_seq_input(int i)
 334 {
 335   Fl_Input *fasta_input, *start_input, *end_input;
 336   Fl_Button *seq_browse, *annot_browse;
 337
 338
 339   // this remembers what seq index each input is associated with
 340   seq_data_instance * something;
 341   something = new seq_data_instance;
 342   something->sw_ptr = this;
 343   something->index = i;
 344
 345
 346   // setup sequence file input for text input or file browsing
 347   seq_inputs.push_back(new Fl_Input(55, 85+(i*105), w()-165, 30, "seq "));
 348   seq_inputs[i]->value("");
 349   seq_inputs[i]->callback((Fl_Callback*)seq_file_in_cb, (void*) something);
 350
 351   seq_browse = new Fl_Button(w()-105, 85+(i*105), 80, 30, "Browse");
 352   seq_browse->callback((Fl_Callback*)choose_seq_file_cb, (void*) something);
 353
 354   // setup annotation file input for text input or file browsing
 355   annot_inputs.push_back(new Fl_Input(55, 120+(i*105), w()-165, 30, "annot "));
 356   annot_inputs[i]->value("");
 357   annot_inputs[i]->callback((Fl_Callback*)annot_file_in_cb,(void*)something);
 358
 359   annot_browse = new Fl_Button(w()-105, 120+(i*105), 80, 30, "Browse");
 360   annot_browse->callback((Fl_Callback*)choose_annot_file_cb, (void*)something);
 361
 362   // index of fasta seq wanted if more than 1 seq in file
 363   fasta_input = new Fl_Input(90, 155+(i*105), 50, 30, "fasta index");
 364   fasta_input->value("");
 365   fasta_input->callback((Fl_Callback*)fa_index_in_cb, (void*) something);
 366
 367   // subsequence select, index of first bp wanted
 368   start_input = new Fl_Input(225, 155+(i*105), 50, 30, "start index");
 369   start_input->value("");
 370   start_input->callback((Fl_Callback*)sub_start_in_cb, (void*) something);
 371
 372   // subsequence select, index of last bp wanted
 373   end_input = new Fl_Input(355, 155+(i*105), 50, 30, "end index");
 374   end_input->value("");
 375   end_input->callback((Fl_Callback*)sub_end_in_cb, (void*) something);
 376
 377   seq_scroll->add(seq_inputs[i]);
 378   seq_scroll->add(seq_browse);
 379   seq_scroll->add(annot_inputs[i]);
 380   seq_scroll->add(annot_browse);
 381   seq_scroll->add(fasta_input);
 382   seq_scroll->add(start_input);
 383   seq_scroll->add(end_input);
 384 }
 385
 386 /*
 387   cout << "fee\n";
 388   cout << "fie\n";
 389   cout << "foe\n";
 390   cout << "fum\n";
 391 */
 392
 393 void SetupWindow::print_cb(Fl_Button* o, void* v)
 394 {
 395   SetupWindow* T=(SetupWindow*)v;
 396   T->print_cb_real(o,v);
 397 }
 398
 399
 400 void SetupWindow::print_cb_real(Fl_Button* , void*)
 401 {
 402   cout << "ana_name: " << ana_name << endl;
 403   cout << "win: " << window << endl;
 404   cout << "thres: " << threshold << endl;
 405   cout << "seq_num: " << seq_num << endl;
 406   //cout << "win_add: " << win_append << end;
 407   //cout << "thres_add: " << thres_append << endl;
 408
 409   int i;
 410
 411
 412
 413   for (i = 0; i < seq_num; i++)
 414   {
 415     cout << seq_files[i] << endl;
 416     cout << annot_files[i] << endl;
 417     cout << "fasta: " << fasta_indices[i];
 418     cout << " start: " << sub_seq_starts[i];
 419     cout << " end: " << sub_seq_ends[i] << endl;
 420     cout << "blargle!\n";
 421   }
 422   cout << "end of inputs\n" << endl;
 423 }