qui/MussaWindow.hpp

   1 #ifndef _MUSSAWINDOW_H_
   2 #define _MUSSAWINDOW_H_
   3
   4 #include <list>
   5
   6 #include <QMainWindow>
   7 #include <QPixmap>
   8 #include <QProgressDialog>
   9 #include <QSpinBox>
  10 #include <QToolBar>
  11
  12 #include "qui/MussaAlignedWindow.hpp"
  13 #include "qui/motif_editor/MotifEditor.hpp"
  14 #include "qui/mussa_setup_dialog/MussaSetupDialog.hpp"
  15 #include "qui/seqbrowser/SequenceBrowserWidget.hpp"
  16 #include "qui/ThresholdWidget.hpp"
  17 #include "qui/ZoomWidget.hpp"
  18
  19
  20 class QAction;
  21 class QLabel;
  22 class QStringList;
  23 class Mussa;
  24 class QAssistantClient;
  25
  26 class MussaWindow : public QMainWindow
  27 {
  28   Q_OBJECT
  29
  30 public:
  31   MussaWindow(Mussa* analysis=0, QWidget *parent=0);
  32   ~MussaWindow();
  33
  34   //! switch to a new analysis
  35   void setAnalysis(Mussa *new_analysis);
  36 public slots:
  37   //! display an about box, contemplating the politics of the author list
  38   void about();
  39
  40   //! \defgroup AnalysisFunctions Components related to running analyses
  41   //\@{
  42   //! open a window to collect the information needed to create a new analysis
  43   void createNewAnalysis();
  44   //! launch a sub analysis
  45   void createSubAnalysis();
  46   //\@}
  47
  48   //! \defgroup MotifHandling Handling of motif lists
  49   //\@{
  50   //! load motifs
  51   void editMotifs();
  52   void loadMotifList();
  53   void saveMotifList();
  54   void toggleMotifs();
  55   //\@}
  56
  57   //! load a mussa parameter file (which specifies an analysis to run)
  58   void loadMupa();
  59   //! load a previously run analysis
  60   void loadSavedAnalysis();
  61   //! set the soft threshold used by the Nway_Path algorithm
  62   void setSoftThreshold(int thres);
  63   //! update progress bar
  64   void updateProgress(const std::string& description, int cur, int max);
  65
  66   //! open a new mussa window so one can compare analyses
  67   void newMussaWindow();
  68
  69   void showMussaToolbar();
  70
  71   //! open new window showing our alignment
  72   void viewMussaAlignment();
  73
  74   //! display mussagl manual
  75   void showManual();
  76
  77   void assistantError(const QString message);
  78
  79 signals:
  80   void changedAnnotations();
  81
  82 protected:
  83   Mussa *analysis;
  84   std::list<MussaAlignedWindow *> aligned_windows;
  85   MotifEditor *motif_editor;
  86   MussaSetupDialog setup_analysis_dialog;
  87
  88   // display our wonderful mussa output
  89   SequenceBrowserWidget browser;
  90   QToolBar mussaViewTB;
  91   ZoomWidget zoom;
  92   ThresholdWidget threshold;
  93   QProgressDialog *progress_dialog;
  94
  95   QAction *aboutAction;
  96   QAction *closeAction;
  97   QAction *createNewAnalysisAction;
  98   QAction *createSubAnalysisAction;
  99   QAction *editMotifsAction;
 100   QAction *loadMotifListAction;
 101   QAction *loadMupaAction;
 102   QAction *loadSavedAnalysisAction;
 103   QAction *mussaManualAssistantAction;
 104   QAction *newMussaWindowAction;
 105   QAction *saveMotifListAction;
 106   QAction *showMussaViewToolbarAction;
 107   QAction *toggleMotifsAction;
 108   QAction *saveBrowserPixmapAction;
 109   QAction *whatsThisAction;
 110   QAction *viewMussaAlignmentAction;
 111
 112   QAssistantClient *manualAssistant;
 113
 114   //! initialze the actions
 115   void setupActions();
 116   //! initialize this windows menu object
 117   void setupMainMenu();
 118   //! initialize assistant client
 119   void setupAssistant();
 120   //! stub function to fill in QActions
 121   void NotImplementedBox();
 122
 123 protected slots:
 124   //! update the SequenceBrowser with our analysis
 125   void updateAnalysis();
 126   //! update the view of conserved windows
 127   void updateLinks();
 128   //! update annotations?
 129   void updateAnnotations();
 130 };
 131
 132 #endif