qui/seqbrowser/SequenceBrowserWidget.cpp

   1 #include <iostream>
   2
   3 #include <QLabel>
   4 #include <QScrollBar>
   5 #include <QSpacerItem>
   6 #include <QSplitter>
   7 #include <QVBoxLayout>
   8 #include <QWidget>
   9
  10 #include "qui/seqbrowser/SequenceBrowserWidget.hpp"
  11 #include "qui/seqbrowser/SequenceBrowser.hpp"
  12 #include "qui/seqbrowser/ScrollableSequenceBrowser.hpp"
  13 #include "qui/seqbrowser/SequenceDescription.hpp"
  14 #include "qui/ImageSaveDialog.hpp"
  15
  16 #include "alg/glsequence.hpp"
  17
  18 #include <math.h>
  19 using namespace std;
  20
  21 SequenceBrowserWidget::SequenceBrowserWidget(QWidget *parent)
  22   : QWidget(parent),
  23     scrollable_browser(parent)
  24 {
  25   QHBoxLayout *hlayout = new QHBoxLayout;
  26   hlayout->addWidget(&left_sidebar, 0);
  27   hlayout->addWidget(&scrollable_browser, 1);
  28   hlayout->addWidget(&right_sidebar, 0);
  29   setLayout(hlayout);
  30
  31   // update position values when something in the SequenceBrowser changes
  32   connect(&scrollable_browser.browser(), SIGNAL(viewportChanged()),
  33           this, SLOT(updatePosition()));
  34 }
  35
  36 void SequenceBrowserWidget::clear()
  37 {
  38   converted_sequences.clear();
  39   scrollable_browser.browser().clear();
  40   left_sidebar.clear();
  41   right_sidebar.clear();
  42 }
  43
  44 QMenu &SequenceBrowserWidget::getPopupMenu()
  45 {
  46   return scrollable_browser.browser().getPopupMenu();
  47 }
  48
  49 QAction &SequenceBrowserWidget::getCopySelectedSequenceAsFastaAction()
  50 {
  51   return scrollable_browser.browser().getCopySelectedSequenceAsFastaAction();
  52 }
  53
  54
  55 void SequenceBrowserWidget::copySelectedSequenceAsFasta()
  56 {
  57   scrollable_browser.browser().copySelectedSequenceAsFasta();
  58 }
  59
  60 void SequenceBrowserWidget::setSequences(const std::vector<Sequence>& sequences,
  61                                             AnnotationColors& cm)
  62 {
  63   SequenceBrowser& browser = scrollable_browser.browser();
  64   clear();
  65   for(vector<Sequence>::const_iterator seq_i = sequences.begin();
  66       seq_i != sequences.end();
  67       ++seq_i)
  68   {
  69     GlSequence *gs= new GlSequence(*seq_i, cm);
  70     converted_sequences.push_back(*gs);
  71     browser.push_sequence(*gs);
  72   }
  73   left_sidebar.setSequences(converted_sequences);
  74   right_sidebar.setSequences(converted_sequences);
  75   updatePosition();
  76 }
  77
  78 void SequenceBrowserWidget::setSequences(std::vector<GlSequence>& sequences)
  79 {
  80   SequenceBrowser& browser = scrollable_browser.browser();
  81   clear();
  82   for(vector<GlSequence>::iterator seq_i = sequences.begin();
  83       seq_i != sequences.end();
  84       ++seq_i)
  85   {
  86     browser.push_sequence(*seq_i);
  87   }
  88   left_sidebar.setSequences(sequences);
  89   right_sidebar.setSequences(sequences);
  90   updatePosition();
  91 }
  92
  93 const vector<GlSequence>& SequenceBrowserWidget::sequences() const
  94 {
  95   return scrollable_browser.browser().sequences();
  96 }
  97
  98 void SequenceBrowserWidget::clear_links()
  99 {
 100   scrollable_browser.browser().clear_links();
 101 }
 102
 103 void SequenceBrowserWidget::link(const std::vector<int>& path,
 104                                  const std::vector<bool>& isRC,
 105                                  int length)
 106 {
 107   scrollable_browser.browser().link(path, isRC, length);
 108   scrollable_browser.browser().update();
 109 }
 110
 111 const std::set<int> SequenceBrowserWidget::selectedPaths() const
 112 {
 113   return scrollable_browser.browser().selectedPaths();
 114 }
 115
 116 void SequenceBrowserWidget::centerOnPath(const vector<int>& paths)
 117 {
 118   scrollable_browser.browser().centerOnPath(paths);
 119   updatePosition();
 120 }
 121
 122 /* This could theoretically be pushed down to some set
 123  * of signals and slots connecting SequenceDescriptions and
 124  * some signal emitted by the browser's viewportChanged code
 125  * but evertime I tried to figure it out, I got confused about
 126  * how the descriptions in one of the sidebars was supposed to know
 127  * if it was mapping the rightbase or the leftbase.
 128  * And so though this could be better the typical use cases
 129  * can just talk to the SequenceBrowserWidget for rendering
 130  * or mussa output
 131  */
 132 void SequenceBrowserWidget::updatePosition()
 133 {
 134   const SequenceBrowser& browser = scrollable_browser.browser();
 135   const vector<GlSequence> &sequences = browser.sequences();
 136   vector<SequenceDescription *> left = left_sidebar.descriptions;
 137   vector<SequenceDescription *> right = right_sidebar.descriptions;
 138   for(size_t i = 0; i != sequences.size() and i != right.size(); ++i)
 139   {
 140     left[i]->setPosition(sequences[i].leftbase(browser.viewportLeft()));
 141     right[i]->setPosition(sequences[i].rightbase(browser.viewportRight()));
 142   }
 143   scrollable_browser.browser().update();
 144   scrollable_browser.updateScrollBar();
 145 }
 146
 147 void SequenceBrowserWidget::promptSaveBrowserPixmap()
 148 {
 149   QSize size;
 150   size = scrollable_browser.browser().size();
 151   //Image Save Dialog
 152   ImageSaveDialog imageSaveDialog(&scrollable_browser.browser(), this);
 153   imageSaveDialog.setSize(size.width(), size.height());
 154   imageSaveDialog.exec();
 155 }
 156
 157 double SequenceBrowserWidget::zoom()
 158 {
 159   return scrollable_browser.browser().zoom();
 160 }
 161
 162 double SequenceBrowserWidget::zoomOut()
 163 {
 164   double zoom_level = scrollable_browser.browser().zoomOut();
 165   scrollable_browser.updateScrollBar();
 166   return zoom_level;
 167 }
 168
 169 double SequenceBrowserWidget::zoomToSequence()
 170 {
 171   double zoom_level = scrollable_browser.browser().zoomToSequence();
 172   scrollable_browser.updateScrollBar();
 173   return zoom_level;
 174 }
 175
 176 void SequenceBrowserWidget::setZoom(double z)
 177 {
 178   scrollable_browser.browser().setZoom(z);
 179 }
 180
 181 void SequenceBrowserWidget::update()
 182 {
 183   QWidget::update();
 184   scrollable_browser.browser().update();
 185 }