qui/seqbrowser/SequenceBrowserWidget.cpp

   1 #include <iostream>
   2
   3 #include <QLabel>
   4 #include <QScrollBar>
   5 #include <QSpacerItem>
   6 #include <QSplitter>
   7 #include <QVBoxLayout>
   8 #include <QWidget>
   9
  10 #include "qui/seqbrowser/SequenceBrowserWidget.hpp"
  11 #include "qui/seqbrowser/SequenceBrowser.hpp"
  12 #include "qui/seqbrowser/ScrollableSequenceBrowser.hpp"
  13 #include "qui/seqbrowser/SequenceDescription.hpp"
  14 #include "qui/ImageSaveDialog.hpp"
  15
  16 #include "alg/glsequence.hpp"
  17
  18 #include <math.h>
  19 using namespace std;
  20
  21 SequenceBrowserWidget::SequenceBrowserWidget(
  22     boost::shared_ptr<QDir> default_dir_,
  23     QWidget *parent
  24 )
  25   : QWidget(parent),
  26     default_dir(default_dir_),
  27     scrollable_browser(this)
  28 {
  29   QHBoxLayout *hlayout = new QHBoxLayout;
  30   hlayout->addWidget(&left_sidebar, 0);
  31   hlayout->addWidget(&scrollable_browser, 1);
  32   hlayout->addWidget(&right_sidebar, 0);
  33   setLayout(hlayout);
  34
  35   // update position values when something in the SequenceBrowser changes
  36   connect(&scrollable_browser.browser(), SIGNAL(viewportChanged()),
  37           this, SLOT(updatePosition()));
  38   connect(&scrollable_browser.browser(), SIGNAL(basepairsCopied(size_t)),
  39           this, SIGNAL(basepairsCopied(size_t)));
  40 }
  41
  42 void SequenceBrowserWidget::clear()
  43 {
  44   converted_sequences.clear();
  45   scrollable_browser.browser().clear();
  46
  47   SequenceBrowserSidebar::collection left = left_sidebar.descriptions;
  48   SequenceBrowserSidebar::collection right = right_sidebar.descriptions;
  49   for(size_t i = 0; i != left_sidebar.size(); ++i)
  50   {
  51     disconnect(left[i], SIGNAL(nameChanged(const QString &)),
  52                right[i], SLOT(setName(const QString &)));
  53     disconnect(right[i], SIGNAL(nameChanged(const QString &)),
  54                left[i], SLOT(setName(const QString &)));
  55   }
  56   left_sidebar.clear();
  57   right_sidebar.clear();
  58 }
  59
  60 QMenu *SequenceBrowserWidget::getPopupMenu()
  61 {
  62   return scrollable_browser.browser().getPopupMenu();
  63 }
  64
  65 QAction *SequenceBrowserWidget::getCopySelectedSequenceAsStringAction()
  66 {
  67   return scrollable_browser.browser().getCopySelectedSequenceAsStringAction();
  68 }
  69
  70 QAction *SequenceBrowserWidget::getCopySelectedSequenceAsFastaAction()
  71 {
  72   return scrollable_browser.browser().getCopySelectedSequenceAsFastaAction();
  73 }
  74
  75 void SequenceBrowserWidget::copySelectedSequenceAsFasta()
  76 {
  77   scrollable_browser.browser().copySelectedSequenceAsFasta();
  78 }
  79
  80 void SequenceBrowserWidget::copySelectedTracksAsSeqLocation(
  81     std::list<SequenceLocation>& locations
  82 )
  83 {
  84   scrollable_browser.browser().copySelectedTracksAsSeqLocation(locations);
  85 }
  86
  87 void SequenceBrowserWidget::setSequences(
  88     const std::vector<boost::shared_ptr<Sequence> >& sequences,
  89     boost::shared_ptr<AnnotationColors> cm)
  90 {
  91   SequenceBrowser& browser = scrollable_browser.browser();
  92   clear();
  93   for(Mussa::vector_sequence_type::const_iterator seq_i = sequences.begin();
  94       seq_i != sequences.end();
  95       ++seq_i)
  96   {
  97     boost::shared_ptr<GlSequence> gs(new GlSequence(*seq_i, cm));
  98     converted_sequences.push_back(gs);
  99     browser.push_sequence(gs);
 100   }
 101   left_sidebar.setSequences(converted_sequences);
 102   right_sidebar.setSequences(converted_sequences);
 103
 104   // connect the text change signals to each other
 105   SequenceBrowserSidebar::collection left = left_sidebar.descriptions;
 106   SequenceBrowserSidebar::collection right = right_sidebar.descriptions;
 107   for(size_t i = 0; i != sequences.size() and i != right.size(); ++i)
 108   {
 109     connect(left[i], SIGNAL(nameChanged(const QString &)),
 110             right[i], SLOT(setName(const QString &)));
 111     connect(right[i], SIGNAL(nameChanged(const QString &)),
 112             left[i], SLOT(setName(const QString &)));
 113   }
 114
 115   updatePosition();
 116 }
 117
 118 void SequenceBrowserWidget::setSequences(
 119   std::vector<boost::shared_ptr<GlSequence> >& sequences
 120 )
 121 {
 122   SequenceBrowser& browser = scrollable_browser.browser();
 123   clear();
 124   for(vector<boost::shared_ptr<GlSequence> >::iterator seq_i = sequences.begin();
 125       seq_i != sequences.end();
 126       ++seq_i)
 127   {
 128     browser.push_sequence(*seq_i);
 129   }
 130   left_sidebar.setSequences(sequences);
 131   right_sidebar.setSequences(sequences);
 132   updatePosition();
 133 }
 134
 135 const vector<boost::shared_ptr<GlSequence> >& SequenceBrowserWidget::sequences() const
 136 {
 137   return scrollable_browser.browser().sequences();
 138 }
 139
 140 void SequenceBrowserWidget::clear_links()
 141 {
 142   scrollable_browser.browser().clear_links();
 143 }
 144
 145 void SequenceBrowserWidget::link(const std::vector<int>& path,
 146                                  const std::vector<bool>& isRC,
 147                                  int length)
 148 {
 149   scrollable_browser.browser().link(path, isRC, length);
 150   scrollable_browser.browser().update();
 151 }
 152
 153 const std::set<int> SequenceBrowserWidget::selectedPaths() const
 154 {
 155   return scrollable_browser.browser().selectedPaths();
 156 }
 157
 158 void SequenceBrowserWidget::centerOnPath(const vector<int>& paths)
 159 {
 160   scrollable_browser.browser().centerOnPath(paths);
 161   updatePosition();
 162 }
 163
 164 /* This could theoretically be pushed down to some set
 165  * of signals and slots connecting SequenceDescriptions and
 166  * some signal emitted by the browser's viewportChanged code
 167  * but evertime I tried to figure it out, I got confused about
 168  * how the descriptions in one of the sidebars was supposed to know
 169  * if it was mapping the rightbase or the leftbase.
 170  * And so though this could be better the typical use cases
 171  * can just talk to the SequenceBrowserWidget for rendering
 172  * or mussa output
 173  */
 174 void SequenceBrowserWidget::updatePosition()
 175 {
 176   const SequenceBrowser& browser = scrollable_browser.browser();
 177   const vector<boost::shared_ptr<GlSequence> > &sequences = browser.sequences();
 178   SequenceBrowserSidebar::collection left = left_sidebar.descriptions;
 179   SequenceBrowserSidebar::collection right = right_sidebar.descriptions;
 180   for(size_t i = 0; i != sequences.size() and i != right.size(); ++i)
 181   {
 182     left[i]->setPosition(sequences[i]->leftbase(browser.viewportLeft()));
 183     right[i]->setPosition(sequences[i]->rightbase(browser.viewportRight()));
 184   }
 185   scrollable_browser.browser().update();
 186   scrollable_browser.updateScrollBar();
 187 }
 188
 189 void SequenceBrowserWidget::promptSaveBrowserPixmap()
 190 {
 191   QSize size;
 192   size = scrollable_browser.browser().size();
 193   //Image Save Dialog
 194   ImageSaveDialog imageSaveDialog(default_dir, &scrollable_browser, this);
 195   imageSaveDialog.setSize(size.width(), size.height());
 196   imageSaveDialog.exec();
 197 }
 198
 199 double SequenceBrowserWidget::zoom()
 200 {
 201   return scrollable_browser.browser().zoom();
 202 }
 203
 204 double SequenceBrowserWidget::zoomOut()
 205 {
 206   double zoom_level = scrollable_browser.browser().zoomOut();
 207   scrollable_browser.updateScrollBar();
 208   return zoom_level;
 209 }
 210
 211 double SequenceBrowserWidget::zoomToSequence()
 212 {
 213   double zoom_level = scrollable_browser.browser().zoomToSequence();
 214   scrollable_browser.updateScrollBar();
 215   return zoom_level;
 216 }
 217
 218 void SequenceBrowserWidget::setZoom(double z)
 219 {
 220   scrollable_browser.browser().setZoom(z);
 221 }
 222
 223 void SequenceBrowserWidget::update()
 224 {
 225   QWidget::update();
 226   scrollable_browser.browser().update();
 227 }