qui/seqbrowser/SequenceBrowserWidget.hpp

   1 #ifndef _PATH_WIDGET_H_
   2 #define _PATH_WIDGET_H_
   3
   4 #include <vector>
   5
   6 #include <QWidget>
   7
   8 #include "alg/sequence.hpp"
   9 #include "alg/glsequence.hpp"
  10 #include "qui/seqbrowser/ScrollableSequenceBrowser.hpp"
  11 #include "qui/seqbrowser/SequenceBrowserSidebar.hpp"
  12
  13 //! the master widget that makes a useful Sequence Browser
  14 class SequenceBrowserWidget : public QWidget
  15 {
  16   Q_OBJECT
  17
  18 public:
  19   SequenceBrowserWidget(QWidget *parent=0);
  20
  21   //! return the popup menu for the glcanvas (reference stored internally)
  22   QMenu &getPopupMenu();
  23   //! return our copy actioy (reference stored internally)
  24   QAction &getCopySelectedSequenceAsFastaAction();
  25
  26   //! return current zoom size
  27   double zoom();
  28
  29   //! reset all of our stored data back to the empty state
  30   void clear();
  31
  32   /* Attach sequences to our browser, its best to attach them all
  33    * at once, as otherwise the Sidebar has some rendering trouble
  34    * as it draw and redraws the SequenceDescriptions in the various
  35    * positions.
  36    */
  37   //void push_sequences(std::vector<Sequence>& sequences);
  38   void setSequences(const std::vector<Sequence>& sequences, AnnotationColors& cm);
  39   void setSequences(std::vector<GlSequence>& sequences);
  40   const std::vector<GlSequence>& sequences() const;
  41
  42   //! reset just the links we're displaying
  43   void clear_links();
  44   //! set per species links
  45   void link(const std::vector<int> &path, const std::vector<bool>& isRC, int length);
  46   // return set of pathids defined by order of link calls
  47   const std::set<int> selectedPaths() const;
  48   void centerOnPath(const std::vector<int>& paths);
  49
  50 public slots:
  51   //! copy selected sequence
  52   void copySelectedSequenceAsFasta();
  53
  54   //! set the zoom level of our browser
  55   void setZoom(double);
  56   //! zoom to fit the whole scene on the screen
  57   double zoomOut();
  58   //! zoom to sequence
  59   double zoomToSequence();
  60
  61   void updatePosition();
  62   //! ask the user where to save an image of the current browser view
  63   void promptSaveBrowserPixmap();
  64
  65   void update();
  66
  67 private:
  68   ScrollableSequenceBrowser scrollable_browser;
  69   SequenceBrowserSidebar left_sidebar;
  70   SequenceBrowserSidebar right_sidebar;
  71
  72   //! sequences created by a setSequences(vector<Sequences>) call
  73   /*! I need to save them so i can free them to avoid a memory leak
  74    */
  75   std::vector<GlSequence> converted_sequences;
  76 };
  77 #endif