qui/seqbrowser/SequenceBrowserWidget.hpp

   1 #ifndef _PATH_WIDGET_H_
   2 #define _PATH_WIDGET_H_
   3 #include <vector>
   4
   5 #include <boost/shared_ptr.hpp>
   6
   7 #include <QDir>
   8 #include <QWidget>
   9
  10 #include "alg/sequence.hpp"
  11 #include "alg/glsequence.hpp"
  12 #include "qui/seqbrowser/ScrollableSequenceBrowser.hpp"
  13 #include "qui/seqbrowser/SequenceBrowserSidebar.hpp"
  14
  15 //! the master widget that makes a useful Sequence Browser
  16 class SequenceBrowserWidget : public QWidget
  17 {
  18   Q_OBJECT
  19
  20 public:
  21   SequenceBrowserWidget(boost::shared_ptr<QDir>, QWidget *parent=0);
  22
  23   //! return the popup menu for the glcanvas (reference stored internally)
  24   QMenu *getPopupMenu();
  25   //! return our fasta copy action (reference stored internally)
  26   QAction *getCopySelectedSequenceAsFastaAction();
  27   //! return our string copy action (reference stored internally)
  28   QAction *getCopySelectedSequenceAsStringAction();
  29
  30   //! copy selected track regions into a list of SequenceLocations
  31   void copySelectedTracksAsSeqLocation(std::list<SequenceLocation>& );
  32
  33   //! return current zoom size
  34   double zoom();
  35
  36   //! reset all of our stored data back to the empty state
  37   void clear();
  38
  39   /* Attach sequences to our browser, its best to attach them all
  40    * at once, as otherwise the Sidebar has some rendering trouble
  41    * as it draw and redraws the SequenceDescriptions in the various
  42    * positions.
  43    */
  44   //void push_sequences(std::vector<Sequence>& sequences);
  45   void setSequences(
  46       const std::vector< boost::shared_ptr<Sequence> >& sequences,
  47       boost::shared_ptr<AnnotationColors> cm);
  48   void setSequences(std::vector<boost::shared_ptr<GlSequence> >& sequences);
  49   const std::vector<boost::shared_ptr<GlSequence> >& sequences() const;
  50
  51   //! reset just the links we're displaying
  52   void clear_links();
  53   //! set per species links
  54   void link(const std::vector<int> &path, const std::vector<bool>& isRC, int length);
  55   // return set of pathids defined by order of link calls
  56   const std::set<int> selectedPaths() const;
  57   void centerOnPath(const std::vector<int>& paths);
  58
  59 public slots:
  60   //! copy selected sequence
  61   void copySelectedSequenceAsFasta();
  62
  63   //! set the zoom level of our browser
  64   void setZoom(double);
  65   //! zoom to fit the whole scene on the screen
  66   double zoomOut();
  67   //! zoom to sequence
  68   double zoomToSequence();
  69
  70   void updatePosition();
  71   //! ask the user where to save an image of the current browser view
  72   void promptSaveBrowserPixmap();
  73
  74   void update();
  75
  76 signals:
  77   //! emit when someone copies basepairs
  78   void basepairsCopied(size_t);
  79
  80 private:
  81   boost::shared_ptr<QDir> default_dir;
  82   ScrollableSequenceBrowser scrollable_browser;
  83   SequenceBrowserSidebar left_sidebar;
  84   SequenceBrowserSidebar right_sidebar;
  85
  86   //! sequences created by a setSequences(vector<Sequences>) call
  87   /*! I need to save them so i can free them to avoid a memory leak
  88    */
  89   std::vector<boost::shared_ptr<GlSequence> > converted_sequences;
  90 };
  91 #endif