pysam.egg-info/SOURCES.txt

   1 COPYING
   2 INSTALL
   3 KNOWN_BUGS
   4 MANIFEST.in
   5 THANKS
   6 distribute_setup.py
   7 setup.cfg
   8 setup.py
   9 pysam/Pileup.py
  10 pysam/TabProxies.c
  11 pysam/TabProxies.pxd
  12 pysam/TabProxies.pyx
  13 pysam/VCF.py
  14 pysam/__init__.py
  15 pysam/csamtools.c
  16 pysam/csamtools.pxd
  17 pysam/csamtools.pyx
  18 pysam/ctabix.c
  19 pysam/ctabix.pxd
  20 pysam/ctabix.pyx
  21 pysam/cvcf.c
  22 pysam/cvcf.pxd
  23 pysam/cvcf.pyx
  24 pysam/namedtuple.py
  25 pysam/pysam_util.c
  26 pysam/pysam_util.h
  27 pysam/tabix_util.c
  28 pysam/version.py
  29 pysam.egg-info/PKG-INFO
  30 pysam.egg-info/SOURCES.txt
  31 pysam.egg-info/dependency_links.txt
  32 pysam.egg-info/not-zip-safe
  33 pysam.egg-info/requires.txt
  34 pysam.egg-info/top_level.txt
  35 samtools/bam.c.pysam.c
  36 samtools/bam.h
  37 samtools/bam2bcf.c.pysam.c
  38 samtools/bam2bcf.h
  39 samtools/bam2bcf_indel.c.pysam.c
  40 samtools/bam2depth.c.pysam.c
  41 samtools/bam_aux.c.pysam.c
  42 samtools/bam_cat.c.pysam.c
  43 samtools/bam_color.c.pysam.c
  44 samtools/bam_endian.h
  45 samtools/bam_import.c.pysam.c
  46 samtools/bam_index.c.pysam.c
  47 samtools/bam_lpileup.c.pysam.c
  48 samtools/bam_mate.c.pysam.c
  49 samtools/bam_md.c.pysam.c
  50 samtools/bam_pileup.c.pysam.c
  51 samtools/bam_plcmd.c.pysam.c
  52 samtools/bam_reheader.c.pysam.c
  53 samtools/bam_rmdup.c.pysam.c
  54 samtools/bam_rmdupse.c.pysam.c
  55 samtools/bam_sort.c.pysam.c
  56 samtools/bam_stat.c.pysam.c
  57 samtools/bam_tview.c.pysam.c
  58 samtools/bedidx.c.pysam.c
  59 samtools/bgzf.c.pysam.c
  60 samtools/bgzf.h
  61 samtools/cut_target.c.pysam.c
  62 samtools/errmod.c.pysam.c
  63 samtools/errmod.h
  64 samtools/faidx.c.pysam.c
  65 samtools/faidx.h
  66 samtools/kaln.c.pysam.c
  67 samtools/kaln.h
  68 samtools/khash.h
  69 samtools/klist.h
  70 samtools/knetfile.c.pysam.c
  71 samtools/knetfile.h
  72 samtools/kprobaln.c.pysam.c
  73 samtools/kprobaln.h
  74 samtools/kseq.h
  75 samtools/ksort.h
  76 samtools/kstring.c.pysam.c
  77 samtools/kstring.h
  78 samtools/phase.c.pysam.c
  79 samtools/pysam.h
  80 samtools/razf.c.pysam.c
  81 samtools/razf.h
  82 samtools/sam.c.pysam.c
  83 samtools/sam.h
  84 samtools/sam_header.c.pysam.c
  85 samtools/sam_header.h
  86 samtools/sam_view.c.pysam.c
  87 samtools/sample.c.pysam.c
  88 samtools/sample.h
  89 samtools/bcftools/bcf.c.pysam.c
  90 samtools/bcftools/bcf.h
  91 samtools/bcftools/bcf2qcall.c.pysam.c
  92 samtools/bcftools/bcfutils.c.pysam.c
  93 samtools/bcftools/call1.c.pysam.c
  94 samtools/bcftools/em.c.pysam.c
  95 samtools/bcftools/fet.c.pysam.c
  96 samtools/bcftools/index.c.pysam.c
  97 samtools/bcftools/kfunc.c.pysam.c
  98 samtools/bcftools/kmin.c.pysam.c
  99 samtools/bcftools/kmin.h
 100 samtools/bcftools/mut.c.pysam.c
 101 samtools/bcftools/prob1.c.pysam.c
 102 samtools/bcftools/prob1.h
 103 samtools/bcftools/vcf.c.pysam.c
 104 samtools/misc/md5.c.pysam.c
 105 samtools/misc/md5.h
 106 samtools/misc/seqtk.c.pysam.c
 107 samtools/win32/xcurses.h
 108 samtools/win32/zconf.h
 109 samtools/win32/zlib.h
 110 tabix/bam_endian.h
 111 tabix/bedidx.c.pysam.c
 112 tabix/bgzf.c.pysam.c
 113 tabix/bgzf.h
 114 tabix/bgzip.c.pysam.c
 115 tabix/index.c.pysam.c
 116 tabix/khash.h
 117 tabix/knetfile.c.pysam.c
 118 tabix/knetfile.h
 119 tabix/kseq.h
 120 tabix/ksort.h
 121 tabix/kstring.c.pysam.c
 122 tabix/kstring.h
 123 tabix/pysam.h
 124 tabix/tabix.h
 125 tests/00README.txt
 126 tests/Makefile
 127 tests/ex1.fa
 128 tests/ex1.sam.gz
 129 tests/ex10.sam
 130 tests/ex3.sam
 131 tests/ex4.sam
 132 tests/ex5.sam
 133 tests/ex6.sam
 134 tests/ex7.sam
 135 tests/ex8.sam
 136 tests/ex9_fail.bam
 137 tests/ex9_nofail.bam
 138 tests/example.bed.gz
 139 tests/example.bed.gz.tbi
 140 tests/example.gtf.gz
 141 tests/example.gtf.gz.tbi
 142 tests/example.py
 143 tests/example.vcf40
 144 tests/example_btag.sam
 145 tests/example_empty_header.bam
 146 tests/example_unmapped_reads_no_sq.sam
 147 tests/example_user_header.sam
 148 tests/issue100.bam
 149 tests/pysam_test.py
 150 tests/segfault_tests.py
 151 tests/tabix_test.py
 152 tests/tag_bug.bam
 153 tests/vcf-examples/10.vcf
 154 tests/vcf-examples/11.vcf
 155 tests/vcf-examples/12.vcf
 156 tests/vcf-examples/13.vcf
 157 tests/vcf-examples/15.vcf
 158 tests/vcf-examples/16.vcf
 159 tests/vcf-examples/18.vcf
 160 tests/vcf-examples/2.vcf
 161 tests/vcf-examples/20.vcf
 162 tests/vcf-examples/21.vcf
 163 tests/vcf-examples/22.vcf
 164 tests/vcf-examples/23.vcf
 165 tests/vcf-examples/24.vcf
 166 tests/vcf-examples/3.vcf
 167 tests/vcf-examples/4.vcf
 168 tests/vcf-examples/5.vcf
 169 tests/vcf-examples/6.vcf
 170 tests/vcf-examples/7.vcf
 171 tests/vcf-examples/8.vcf
 172 tests/vcf-examples/9.vcf
 173 tests/vcf-examples/issue85.vcf