pysam/TabProxies.pxd

   1 cdef extern from "stdlib.h":
   2     void free(void *)
   3     void *malloc(size_t)
   4     void *calloc(size_t,size_t)
   5     void *realloc(void *,size_t)
   6     int c_abs "abs" (int)
   7     int c_abs "abs" (int)
   8     int atoi( char *nptr)
   9     long atol( char *nptr)
  10     double atof( char *nptr)
  11
  12 cdef extern from "Python.h":
  13     ctypedef struct FILE
  14     char *fgets(char *str, int size, FILE *ifile)
  15     int feof(FILE *stream)
  16     size_t strlen(char *s)
  17     size_t getline(char **lineptr, size_t *n, FILE *stream)
  18     char *strstr(char *, char *)
  19     char *strchr(char *string, int c)
  20     int fileno(FILE *stream)
  21
  22 cdef extern from "string.h":
  23   int strcmp(char *s1, char *s2)
  24   int strncmp(char *s1,char *s2,size_t len)
  25   char *strcpy(char *dest,char *src)
  26   char *strncpy(char *dest,char *src, size_t len)
  27   char *strdup(char *)
  28   char *strcat(char *,char *)
  29   size_t strlen(char *s)
  30   int memcmp( void * s1, void *s2, size_t len )
  31   void *memcpy(void *dest, void *src, size_t n)
  32   void *memchr(void *s, int c, size_t n)
  33
  34 cdef extern from "stdint.h":
  35   ctypedef int int64_t
  36   ctypedef int int32_t
  37   ctypedef int uint32_t
  38   ctypedef int uint8_t
  39   ctypedef int uint64_t
  40
  41 cdef class TupleProxy:
  42
  43     cdef:
  44         char * data
  45         char ** fields
  46         int nfields
  47         int index
  48         int nbytes
  49         int offset
  50         cdef bint is_modified
  51
  52     cdef int getMaxFields( self, size_t nbytes )
  53 #    cdef char * _getindex( self, int idx )
  54
  55     cdef take( self, char * buffer, size_t nbytes )
  56     cdef present( self, char * buffer, size_t nbytes )
  57     cdef copy( self, char * buffer, size_t nbytes )
  58     cdef update( self, char * buffer, size_t nbytes )
  59
  60 cdef class GTFProxy( TupleProxy) :
  61
  62     cdef:
  63         char * _attributes
  64         cdef bint hasOwnAttributes
  65
  66     cdef int getMaxFields( self, size_t nbytes )
  67     cdef char * getAttributes( self )
  68
  69 cdef class NamedTupleProxy( TupleProxy) :
  70     pass
  71
  72 cdef class BedProxy( NamedTupleProxy) :
  73
  74     cdef:
  75         char * contig
  76         uint32_t start
  77         uint32_t end
  78         int bedfields
  79
  80     cdef int getMaxFields( self, size_t nbytes )
  81     cdef update( self, char * buffer, size_t nbytes )
  82
  83 cdef class VCFProxy( NamedTupleProxy) :
  84
  85     cdef:
  86         char * contig
  87         uint32_t pos
  88
  89     cdef update( self, char * buffer, size_t nbytes )