pysam/csamtools.pxd

   1
   2 cdef extern from "string.h":
   3   ctypedef int size_t
   4   void *memcpy(void *dst,void *src,size_t len)
   5   void *memmove(void *dst,void *src,size_t len)
   6   void *memset(void *b,int c,size_t len)
   7
   8 cdef extern from "stdlib.h":
   9   void free(void *)
  10   void *malloc(size_t)
  11   void *calloc(size_t,size_t)
  12   void *realloc(void *,size_t)
  13   int c_abs "abs" (int)
  14   void qsort(void *base, size_t nmemb, size_t size,
  15              int (*compar)(void *,void *))
  16
  17 cdef extern from "stdio.h":
  18   ctypedef struct FILE:
  19     pass
  20   FILE *fopen(char *,char *)
  21   FILE *freopen(char *path, char *mode, FILE *stream)
  22   int fileno(FILE *stream)
  23   int dup2(int oldfd, int newfd)
  24   int fflush(FILE *stream)
  25
  26   FILE * stderr
  27   FILE * stdout
  28   int fclose(FILE *)
  29   int sscanf(char *str,char *fmt,...)
  30   int printf(char *fmt,...)
  31   int sprintf(char *str,char *fmt,...)
  32   int fprintf(FILE *ifile,char *fmt,...)
  33   char *fgets(char *str,int size,FILE *ifile)
  34
  35 cdef extern from "ctype.h":
  36   int toupper(int c)
  37   int tolower(int c)
  38
  39 cdef extern from "unistd.h":
  40   char *ttyname(int fd)
  41   int isatty(int fd)
  42
  43 cdef extern from "string.h":
  44   int strcmp(char *s1, char *s2)
  45   int strncmp(char *s1,char *s2,size_t len)
  46   char *strcpy(char *dest,char *src)
  47   char *strncpy(char *dest,char *src, size_t len)
  48   char *strdup(char *)
  49   char *strcat(char *,char *)
  50   size_t strlen(char *s)
  51   int memcmp( void * s1, void *s2, size_t len )
  52
  53 cdef extern from "Python.h":
  54    long _Py_HashPointer(void*)
  55
  56 cdef extern from "razf.h":
  57   pass
  58
  59 cdef extern from "stdint.h":
  60   ctypedef int int64_t
  61   ctypedef int int32_t
  62   ctypedef int uint32_t
  63   ctypedef int uint8_t
  64   ctypedef int uint64_t
  65
  66
  67 cdef extern from "bam.h":
  68
  69   # IF _IOLIB=2, bamFile = BGZF, see bgzf.h
  70   # samtools uses KNETFILE, check how this works
  71
  72   ctypedef struct tamFile:
  73       pass
  74
  75   ctypedef struct bamFile:
  76       pass
  77
  78   ctypedef struct bam1_core_t:
  79       int32_t tid
  80       int32_t pos
  81       uint32_t bin
  82       uint32_t qual
  83       uint32_t l_qname
  84       uint32_t flag
  85       uint32_t n_cigar
  86       int32_t l_qseq
  87       int32_t mtid
  88       int32_t mpos
  89       int32_t isize
  90
  91   ctypedef struct bam1_t:
  92     bam1_core_t core
  93     int l_aux
  94     int data_len
  95     int m_data
  96     uint8_t *data
  97
  98   ctypedef struct bam_pileup1_t:
  99       bam1_t *b
 100       int32_t qpos
 101       int indel
 102       int level
 103       uint32_t is_del
 104       uint32_t is_head
 105       uint32_t is_tail
 106
 107   ctypedef int (*bam_pileup_f)(uint32_t tid, uint32_t pos, int n, bam_pileup1_t *pl, void *data)
 108
 109   ctypedef int (*bam_fetch_f)(bam1_t *b, void *data)
 110
 111   ctypedef struct bam_header_t:
 112      int32_t n_targets
 113      char **target_name
 114      uint32_t *target_len
 115      void *hash
 116      void *rg2lib
 117      int l_text
 118      char *text
 119
 120   ctypedef struct bam_index_t:
 121       pass
 122
 123   ctypedef struct bam_plbuf_t:
 124       pass
 125
 126   ctypedef struct bam_iter_t:
 127       pass
 128
 129   bam1_t * bam_init1()
 130   void bam_destroy1(bam1_t *)
 131
 132   bamFile razf_dopen(int data_fd, char *mode)
 133
 134   int64_t bam_seek( bamFile fp, uint64_t voffset, int where)
 135   int64_t bam_tell( bamFile fp )
 136
 137   # void bam_init_header_hash(bam_header_t *header)
 138
 139   ###############################################
 140   # stand-ins for samtools macros
 141   uint32_t * bam1_cigar( bam1_t * b)
 142   char * bam1_qname( bam1_t * b)
 143   uint8_t * bam1_seq( bam1_t * b)
 144   uint8_t * bam1_qual( bam1_t * b)
 145   uint8_t * bam1_aux( bam1_t * b)
 146
 147   ###############################################
 148   # bam iterator interface
 149   bam_iter_t bam_iter_query( bam_index_t *idx, int tid, int beg, int end)
 150
 151   int bam_iter_read(bamFile fp, bam_iter_t iter, bam1_t *b)
 152
 153   void bam_iter_destroy(bam_iter_t iter)
 154
 155   ###############################################
 156
 157   bam1_t * bam_dup1( bam1_t *src )
 158
 159   bam1_t * bam_copy1(bam1_t *bdst, bam1_t *bsrc)
 160   bam_index_t *bam_index_load(char *f )
 161
 162   void bam_index_destroy(bam_index_t *idx)
 163
 164   int bam_parse_region(bam_header_t *header, char *str, int *ref_id, int *begin, int *end)
 165
 166   ###############################################
 167   bam_plbuf_t *bam_plbuf_init(bam_pileup_f func, void *data)
 168
 169   int bam_fetch(bamFile fp, bam_index_t *idx, int tid, int beg, int end, void *data, bam_fetch_f func)
 170
 171   int bam_plbuf_push(bam1_t *b, bam_plbuf_t *buf)
 172
 173   void bam_plbuf_destroy(bam_plbuf_t *buf)
 174   ########################################
 175   # pileup iterator interface
 176   ctypedef struct bam_plp_t:
 177       pass
 178
 179   ctypedef int (*bam_plp_auto_f)(void *data, bam1_t *b)
 180
 181   bam_plp_t bam_plp_init( bam_plp_auto_f func, void *data)
 182   int bam_plp_push( bam_plp_t iter,  bam1_t *b)
 183   bam_pileup1_t *bam_plp_next( bam_plp_t iter, int *_tid, int *_pos, int *_n_plp)
 184   bam_pileup1_t *bam_plp_auto( bam_plp_t iter, int *_tid, int *_pos, int *_n_plp)
 185   void bam_plp_set_mask(bam_plp_t iter, int mask)
 186   void bam_plp_reset(bam_plp_t iter)
 187   void bam_plp_destroy(bam_plp_t iter)
 188
 189   ##################################################
 190
 191   int bam_read1(bamFile fp, bam1_t *b)
 192
 193   int bam_write1( bamFile fp, bam1_t *b)
 194
 195   bam_header_t *bam_header_init()
 196
 197   int bam_header_write( bamFile fp, bam_header_t *header)
 198
 199   bam_header_t *bam_header_read( bamFile fp )
 200
 201   void bam_header_destroy(bam_header_t *header)
 202
 203   bam1_t * bam_dup1( bam1_t *src )
 204
 205   bam1_t * bam_copy1(bam1_t *bdst, bam1_t *bsrc)
 206
 207   uint8_t *bam_aux_get(bam1_t *b,  char tag[2])
 208
 209   int bam_aux2i(uint8_t *s)
 210   float bam_aux2f(uint8_t *s)
 211   double bam_aux2d(uint8_t *s)
 212   char bam_aux2A( uint8_t *s)
 213   char *bam_aux2Z( uint8_t *s)
 214
 215   int bam_reg2bin(uint32_t beg, uint32_t end)
 216
 217   uint32_t bam_calend(bam1_core_t *c, uint32_t *cigar)
 218
 219 cdef extern from "sam.h":
 220
 221   ctypedef struct samfile_t_un:
 222     tamFile tamr
 223     bamFile bam
 224     FILE *tamw
 225
 226   ctypedef struct samfile_t:
 227      int type
 228      samfile_t_un x
 229      bam_header_t *header
 230
 231   samfile_t *samopen( char *fn, char * mode, void *aux)
 232
 233   int sampileup( samfile_t *fp, int mask, bam_pileup_f func, void *data)
 234
 235   void samclose(samfile_t *fp)
 236
 237   int samread(samfile_t *fp, bam1_t *b)
 238
 239   int samwrite(samfile_t *fp, bam1_t *b)
 240
 241 cdef extern from "faidx.h":
 242
 243    ctypedef struct faidx_t:
 244       pass
 245
 246    int fai_build(char *fn)
 247
 248    void fai_destroy(faidx_t *fai)
 249
 250    faidx_t *fai_load(char *fn)
 251
 252    char *fai_fetch(faidx_t *fai, char *reg, int *len)
 253
 254    int faidx_fetch_nseq(faidx_t *fai)
 255
 256    char *faidx_fetch_seq(faidx_t *fai, char *c_name,
 257                          int p_beg_i, int p_end_i, int *len)
 258
 259 cdef extern from "pysam_util.h":
 260
 261     int pysam_pileup_next(bam1_t *b,
 262                           bam_plbuf_t *buf,
 263                           bam_pileup1_t ** plp,
 264                           int * tid,
 265                           int * pos,
 266                           int * n_plp )
 267
 268
 269     int pysam_dispatch(int argc, char *argv[] )
 270
 271     # stand-in functions for samtools macros
 272     void pysam_bam_destroy1( bam1_t * b)
 273
 274     # add *nbytes* into the variable length data of *src* at *pos*
 275     bam1_t * pysam_bam_update( bam1_t * b,
 276                                size_t nbytes_old,
 277                                size_t nbytes_new,
 278                                uint8_t * pos )
 279
 280     # translate char to unsigned char
 281     unsigned char pysam_translate_sequence( char s )
 282
 283