pysam/pysam_util.h

   1 #ifndef PYSAM_UTIL_H
   2 #define PYSAM_UTIL_H
   3
   4 //////////////////////////////////////////////////////////////////
   5 //////////////////////////////////////////////////////////////////
   6 //////////////////////////////////////////////////////////////////
   7 // various helper functions
   8 //
   9 // fill pileup buffer for next position.
  10
  11 int pysam_pileup_next(const bam1_t *b,
  12                       bam_plbuf_t *buf,
  13                       bam_pileup1_t ** plp,
  14                       int * tid,
  15                       int * pos,
  16                       int * n_plp);
  17
  18 int pysam_dispatch(int argc, char *argv[] );
  19
  20 /*!
  21   @abstract Update the variable length data within a bam1_t entry
  22
  23   Old data is deleted and the data within b are re-arranged to
  24   make place for new data.
  25
  26   @discussion Returns b
  27
  28   @param  b           bam1_t data
  29   @param  nbytes_old  size of old data
  30   @param  nbytes_new  size of new data
  31   @param  pos         position of data
  32 */
  33 bam1_t * pysam_bam_update( bam1_t * b,
  34                            const size_t nbytes_old,
  35                            const size_t nbytes_new,
  36                            uint8_t * pos );
  37
  38 // translate a nucleotide character to binary code
  39 unsigned char pysam_translate_sequence( const unsigned char s );
  40
  41
  42 #endif