tests/Makefile

   1 all: ex1.pileup.gz ex1.bam.bai \
   2         ex2.sam.gz ex2.sam ex1.sam \
   3         ex2.bam \
   4         ex3.bam ex3.bam.bai \
   5         ex4.bam ex4.bam.bai \
   6         ex5.bam ex5.bam.bai \
   7         ex6.bam \
   8         ex8.bam ex8.bam.bai \
   9         ex9_nofail.bam.bai \
  10         ex9_fail.bam.bai \
  11         ex10.bam ex10.bam.bai \
  12         example_unmapped_reads_no_sq.bam \
  13         example_user_header.bam \
  14         example_btag.bam
  15
  16 ex2.sam.gz: ex1.bam ex1.bam.bai
  17                 samtools view -h ex1.bam | gzip > ex2.sam.gz
  18
  19 %.bam: %.sam ex1.fa.fai
  20         samtools import ex1.fa.fai $< $@
  21
  22 %.sam: %.sam.gz
  23         gunzip < $< > $@
  24
  25 ex1.fa.fai:ex1.fa
  26                 samtools faidx ex1.fa
  27 ex1.bam:ex1.sam.gz ex1.fa.fai
  28                 samtools import ex1.fa.fai ex1.sam.gz ex1.bam
  29 %.bam.bai:%.bam
  30                 samtools index $<
  31 ex1.pileup.gz:ex1.bam ex1.fa
  32                 samtools pileup -cf ex1.fa ex1.bam | gzip > ex1.pileup.gz
  33
  34 example_unmapped_reads_no_sq.bam: example_unmapped_reads_no_sq.sam
  35         touch tmp.list
  36         samtools import tmp.list $< $@
  37         rm -f tmp.list
  38
  39 clean:
  40         rm -fr *.bam *.bai *.fai *.pileup* \
  41                 *~ calDepth *.dSYM pysam_*.sam \
  42         ex2.sam ex2.sam.gz ex1.sam