Imported Upstream version 0.7

[pysam.git] / tests / vcf-examples / 22.vcf

##fileformat=VCFv4.0
##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
##FilterLiftedVariants="analysis_type=FilterLiftedVariants input_file=[] sample_metadata=[] read_buffer_size=null phone_home=STANDARD read_filter=[] intervals=null excludeIntervals=null reference_sequence=/local/sequence/reference/BWA_ref/hg19/hg19.fasta rodBind=[/local/scratch/xyliu/0.915136538286792.sorted.vcf] rodToIntervalTrackName=null BTI_merge_rule=UNION DBSNP=null downsampling_type=null downsample_to_fraction=null downsample_to_coverage=null baq=OFF baqGapOpenPenalty=40.0 performanceLog=null useOriginalQualities=false defaultBaseQualities=-1 validation_strictness=SILENT unsafe=null num_threads=1 interval_merging=ALL read_group_black_list=null processingTracker=null restartProcessingTracker=false processingTrackerStatusFile=null processingTrackerID=-1 allow_intervals_with_unindexed_bam=false enable_experimental_low_memory_sharding=false logging_level=INFO log_to_file=null quiet_output_mode=false debug_mode=false help=false out=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VCFWriterStub NO_HEADER=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VCFWriterStub sites_only=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VCFWriterStub"
##INFO=<ID=VC,Number=1,Type=String,Description="Variation Class">
##INFO=<ID=AC,Number=.,Type=Integer,Description="Allele count in genotypes, for each ALT allele, in the same order as listed">
##INFO=<ID=AF,Number=.,Type=Float,Description="Allele Frequency, for each ALT allele, in the same order as listed">
##INFO=<ID=AN,Number=1,Type=Integer,Description="Total number of alleles in called genotypes">
##INFO=<ID=DB,Number=0,Type=Flag,Description="dbSNP Membership">
#CHROM  POS     ID      REF     ALT     QUAL    FILTER  INFO    FORMAT  NA15029 NA15036 NA15038 NA15056b        NA15072 NA15144C        NA15213_006     NA15215A        NA15216_A2      NA15221b        NA15223_6v2     NA15224_4       NA15226A        NA15227b        NA15236_6       NA15242_005     NA15245v2       NA15268 NA15324_A1      NA15385b        NA15386A        NA15510_A1      NA15590_4       NA15594_005     NA18500b        NA18501 NA18502 NA18503 NA18504 NA18505 NA18506 NA18507 NA18508 NA18515 NA18516 NA18517 NA18521 NA18522 NA18523 NA18524_B1      NA18526_B2      NA18529_B1      NA18532_B1      NA18537_B1      NA18540_B1      NA18542_B1      NA18545_5       NA18547_B1      NA18550_B1      NA18555_A2      NA18561_A3      NA18562_B1      NA18563 NA18564_4       NA18566_3       NA18570_3       NA18571_3       NA18572_3       NA18573_B3      NA18576_4       NA18577_B1      NA18579_B1      NA18582_B1      NA18592_2       NA18593_B1      NA18594_B1      NA18603_B1      NA18605_B1      NA18608_B1      NA18609_B1      NA18611_B1      NA18612_B1      NA18620_3       NA18621_B1      NA18622_B1      NA18623_B1      NA18624 NA18632_3       NA18635_A1      NA18637_2       NA18852 NA18853 NA18854 NA18855 NA18856 NA18857 NA18858 NA18859 NA18860 NA18861 NA18862 NA18863 NA18870 NA18871 NA18872 NA18912 NA18913 NA18914 NA18940_3       NA19092 NA19093 NA19094 NA19098 NA19099 NA19100 NA19101 NA19102 NA19103 NA19116 NA19119b        NA19120 NA19127 NA19128 NA19129 NA19130b        NA19131 NA19132b        NA19137 NA19138 NA19139 NA19140b        NA19141 NA19142 NA19143 NA19144 NA19145 NA19152 NA19153 NA19154 NA19159 NA19160 NA19161 NA19171 NA19172 NA19173 NA19192 NA19193 NA19194 NA19200 NA19201 NA19202 NA19203 NA19204 NA19205 NA19206 NA19207 NA19208v2       NA19209 NA19210 NA19211 NA19221 NA19222 NA19223 NA19238 NA19239 NA19240 NA_pos103a      NS12911_1
chr1    5911136 .       T       TGCCATTCCAAAGAGGCACTCA  .       PASS    VC=INDEL;AC=28;AF=0.09;AN=316   GT      0/1     0/0     0/1     0/0     0/1     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/1     0/0     0/1     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/1     0/1     0/1     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/1     0/1     0/1     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/1     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/1     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/1     0/0     0/0     0/0     0/1     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/1     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/1     0/0     0/1     0/0     0/1     0/0     0/0     0/0     0/1     0/1     1/1     0/0     0/1     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/1     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/1     0/0     0/1     0/0     0/1     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0
chr1    17054990        .       G       GA      .       PASS    VC=INDEL;AC=25;AF=0.12;AN=200   GT      ./.     ./.     0/1     ./.     0/0     ./.     ./.     ./.     ./.     0/0     0/1     ./.     ./.     0/0     ./.     ./.     0/1     ./.     ./.     ./.     ./.     0/0     0/1     ./.     0/0     ./.     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     ./.     0/0     0/0     0/0     0/1     ./.     ./.     ./.     0/0     0/0     ./.     0/0     0/0     ./.     0/0     ./.     0/0     ./.     ./.     ./.     ./.     0/0     0/0     0/1     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     ./.     0/0     0/0     ./.     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     ./.     0/0     0/0     0/0     0/0     0/1     ./.     0/1     ./.     0/1     ./.     0/0     0/0     0/0     ./.     0/1     ./.     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     ./.     0/0     ./.     ./.     0/0     0/0     0/0     0/1     ./.     ./.     ./.     0/1     0/1     ./.     0/1     0/1     0/1     0/0     0/0     ./.     0/0     0/1     0/1     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     ./.     0/0     0/1     0/1     0/1     0/1     0/0     0/0     0/0     ./.     ./.     ./.     0/1     ./.     ./.     0/0     ./.     ./.     ./.     ./.     ./.     ./.     ./.     0/1     0/1     ./.
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chr1    48000154        .       G       GTTT    .       PASS    VC=INDEL;AC=11;AF=0.05;AN=232   GT      ./.     0/1     ./.     ./.     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     ./.     0/0     ./.     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     ./.     0/0     ./.     0/0     0/1     ./.     0/0     0/0     ./.     ./.     0/0     ./.     0/0     ./.     0/0     ./.     0/0     0/0     0/0     ./.     ./.     ./.     0/0     ./.     ./.     0/0     0/0     0/1     0/0     0/1     ./.     0/1     0/1     ./.     0/0     ./.     0/0     0/0     0/0     0/0     ./.     0/0     0/0     ./.     ./.     0/0     ./.     ./.     0/1     0/1     0/0     0/0     0/0     ./.     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/1     ./.     ./.     ./.     0/0     0/0     0/0     0/1     0/0     0/0     ./.     0/1     ./.     0/0     ./.     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     ./.     0/0     0/0     0/0     ./.     0/0     ./.     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     ./.     0/0     0/0     0/0     0/0     ./.     ./.     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     ./.     0/0     0/0     ./.     0/0     ./.     0/0     0/0
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chr1    80415717        .       T       TGTCTATTATAT    .       PASS    VC=INDEL;AC=197;AF=0.62;AN=316  GT      0/1     0/0     1/1     1/1     0/0     1/1     0/1     0/1     1/1     1/1     0/1     1/1     0/1     1/1     1/1     0/1     0/1     0/1     1/1     0/1     1/1     0/1     1/1     0/1     1/1     1/1     1/1     0/1     1/1     0/0     0/1     0/0     1/1     0/0     0/1     0/0     1/1     1/1     0/1     0/1     0/0     0/1     0/1     1/1     0/1     1/1     1/1     1/1     1/1     0/0     1/1     1/1     1/1     0/1     0/1     1/1     0/1     1/1     1/1     1/1     0/1     0/1     1/1     1/1     0/1     0/1     1/1     1/1     1/1     1/1     0/0     0/1     0/1     1/1     1/1     0/0     1/1     0/1     1/1     0/1     0/1     0/0     0/0     0/1     0/1     0/0     0/1     0/1     0/1     1/1     0/0     0/1     0/0     0/1     0/0     0/1     0/0     0/0     0/0     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     0/1     0/1     0/0     1/1     0/1     0/1     1/1     1/1     1/1     0/1     1/1     0/1     1/1     0/0     0/1     0/0     0/1     0/0     0/1     1/1     1/1     0/0     0/1     0/0     0/0     0/1     0/1     0/1     0/1     0/1     0/1     0/1     1/1     0/0     0/1     0/1     0/1     0/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     0/1     1/1     1/1     1/1     1/1     0/0     1/1     0/1     0/1     1/1
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chr1    116435014       .       ATAACCGA        A       .       PASS    VC=INDEL;AC=66;AF=0.26;AN=250   GT      1/1     1/1     ./.     1/1     0/1     0/1     0/1     ./.     0/0     0/0     ./.     0/1     0/1     0/0     0/0     0/1     1/1     0/0     0/0     1/1     0/0     0/1     0/1     1/1     ./.     0/1     0/1     0/0     0/1     0/0     0/1     0/0     0/0     0/0     0/0     ./.     0/0     0/0     ./.     0/1     0/1     ./.     0/0     0/0     0/1     0/0     1/1     0/0     ./.     ./.     0/1     0/0     0/0     0/0     0/1     ./.     1/1     ./.     0/0     0/1     0/1     0/0     0/0     0/1     ./.     1/1     1/1     0/1     0/1     ./.     0/0     1/1     ./.     0/0     1/1     0/1     1/1     ./.     1/1     0/0     ./.     1/1     0/1     ./.     ./.     0/0     0/0     0/0     0/0     ./.     0/0     ./.     0/0     ./.     0/1     0/1     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/1     0/0     0/0     0/0     ./.     ./.     ./.     0/0     0/0     0/1     0/0     0/0     0/0     ./.     0/1     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/1     0/0     0/0     ./.     0/1     0/1     0/0     0/0     0/0     ./.     0/0     ./.     0/0     0/0     0/0     0/0     ./.     0/0     ./.     0/0     0/0     ./.     0/0     0/0     ./.     0/1     0/1     0/0     0/0     ./.     0/1     0/1
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chr1    170231599       .       C       CA      .       PASS    VC=INDEL;AC=178;AF=0.57;AN=314  GT      0/1     0/1     0/0     1/1     1/1     0/0     0/1     1/1     0/0     0/1     0/0     0/1     0/1     0/1     1/1     1/1     0/1     0/1     0/0     0/0     0/1     0/1     0/1     1/1     0/0     0/0     0/0     0/1     0/1     0/0     1/1     1/1     1/1     0/1     0/0     1/1     0/1     0/0     0/1     1/1     0/1     0/0     1/1     1/1     0/0     1/1     0/1     0/1     0/1     0/1     1/1     0/0     0/1     0/1     0/1     1/1     0/0     1/1     1/1     0/1     0/1     0/1     0/0     0/1     0/1     0/1     0/0     0/1     1/1     0/1     0/0     1/1     1/1     0/1     0/0     0/1     1/1     0/1     1/1     1/1     0/1     0/1     1/1     0/1     1/1     0/1     0/1     0/0     0/1     0/0     1/1     0/1     0/0     0/1     0/1     0/1     1/1     0/1     0/0     0/1     0/1     1/1     0/0     1/1     0/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     ./.     0/0     0/1     0/1     1/1     1/1     1/1     0/1     0/1     1/1     1/1     0/0     0/1     0/0     0/1     0/0     0/1     0/1     0/1     1/1     0/1     0/1     0/1     1/1     1/1     0/1     1/1     1/1     0/1     0/1     0/0     1/1     1/1     1/1     0/1     1/1     1/1     0/1     1/1     1/1     0/1     0/0     0/1     0/1     0/0     0/1     1/1     0/1
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chr1    189046798       .       C       CA      .       PASS    VC=INDEL;AC=86;AF=0.27;AN=316   GT      0/1     0/1     0/0     0/1     0/0     0/1     0/0     0/1     0/1     0/0     0/1     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/1     0/0     0/0     0/1     0/0     0/0     0/1     0/0     0/1     0/1     0/1     0/1     0/1     0/1     0/1     0/0     0/0     0/1     0/1     0/0     0/0     0/0     0/1     0/1     0/1     0/1     0/0     0/0     0/1     0/0     0/0     0/1     0/1     0/1     0/1     0/0     0/1     0/0     0/1     0/1     0/1     0/1     0/1     0/0     0/1     0/0     0/1     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/1     0/0     0/0     0/1     0/1     0/1     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/1     0/0     0/1     0/1     0/1     0/1     0/0     0/1     0/1     0/1     0/1     0/1     0/0     0/1     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/1     0/0     0/1     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/1     0/0     0/0     0/1     0/0     0/1     0/0     0/0     0/1     0/1     0/1     0/0     0/1     0/1     0/1     0/1     0/0     0/1     0/0     0/0     0/1     0/0     0/1     0/0     0/1     0/1     0/1     0/1     0/1     0/1     0/1     0/1     0/1     0/1     0/1     0/1     0/1     0/0     0/1     0/1     0/1     0/1     0/1     0/0     0/1     0/0     0/0     0/1
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chr1    195637391       .       AA      A       .       PASS    VC=INDEL;AC=89;AF=0.28;AN=316   GT      1/1     0/1     0/1     0/1     0/1     0/1     0/1     0/1     0/0     1/1     0/0     1/1     1/1     0/1     0/1     1/1     1/1     0/1     0/1     0/1     0/1     0/0     0/0     0/1     0/1     0/1     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/1     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/1     1/1     0/1     0/0     1/1     1/1     0/0     0/0     1/1     1/1     0/1     0/1     0/1     0/1     0/1     0/0     1/1     0/0     0/1     0/0     0/1     0/1     0/1     0/0     0/1     0/0     0/1     0/1     1/1     0/1     0/0     1/1     0/0     0/1     0/0     1/1     1/1     0/1     0/1     0/0     1/1     1/1     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/1     0/1     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/1     0/0     0/1     0/0     0/1     0/1     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/1     0/0     0/0     0/1     0/0     0/1     0/0     0/0     0/0     0/1     0/1     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/1     0/1     0/1     0/1     0/0     0/0     0/0     0/0     1/1     0/1
chr1    195877296       .       T       TAA     .       PASS    VC=INDEL;AC=232;AF=0.73;AN=316  GT      1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     0/1     1/1     0/1     0/1     1/1     0/0     0/1     1/1     0/1     1/1     0/1     0/1     1/1     0/1     1/1     1/1     0/1     1/1     1/1     0/1     0/0     1/1     0/1     1/1     0/1     0/1     1/1     0/0     0/1     0/1     0/0     1/1     0/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     0/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     0/1     1/1     0/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     0/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     0/1     1/1     1/1     1/1     0/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     0/0     0/1     0/1     0/1     0/0     1/1     0/1     0/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     0/1     0/1     0/0     1/1     0/1     0/0     0/1     0/0     1/1     0/1     1/1     1/1     0/1     0/1     0/1     0/1     1/1     0/1     1/1     0/1     0/1     0/1     0/1     1/1     0/1     1/1     0/1     0/1     0/1     1/1     0/0     0/1     1/1     0/1     1/1     1/1     1/1     1/1     0/1     0/1     0/1     0/1     0/1     0/0     0/1     0/1     1/1     1/1     0/1     1/1     0/0     0/0     0/1     0/1     0/1     1/1     1/1     1/1
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chr1    195934125       .       TATCT   T       .       PASS    VC=INDEL;AC=184;AF=0.59;AN=312  GT      1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     0/1     1/1     0/0     0/0     0/1     ./.     0/1     1/1     0/1     0/1     0/0     0/1     0/1     0/1     0/1     1/1     1/1     0/1     1/1     0/0     0/1     0/0     0/1     1/1     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     1/1     0/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     0/1     1/1     1/1     0/1     0/1     0/1     0/1     0/1     0/0     0/0     0/1     0/1     0/0     0/1     0/1     1/1     0/0     0/1     0/0     0/0     0/1     0/1     0/0     0/1     0/0     0/1     0/1     0/1     0/1     0/1     ./.     1/1     0/1     1/1     0/0     0/1     0/1     0/0     0/0     0/0     1/1     0/1     1/1     0/1     1/1     0/1     0/0     0/1     0/1     0/1     0/0     0/1     0/0     0/1     0/1     0/0     0/1     0/0     0/0     0/1     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/1     0/0     0/0     0/1     0/1     0/1     0/1     1/1     0/1     0/0
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chr1    238476744       .       A       ATCTA   .       PASS    VC=INDEL;AC=283;AF=0.98;AN=290  GT      1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     ./.     1/1     1/1     0/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     ./.     1/1     1/1     1/1     0/1     1/1     1/1     ./.     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     ./.     1/1     1/1     1/1     ./.     1/1     1/1     ./.     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     0/1     1/1     1/1     1/1     ./.     1/1     ./.     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     ./.     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     0/1     0/1     1/1     1/1     ./.     1/1     ./.     1/1     1/1     0/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     0/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     ./.     ./.     1/1
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chr1    238921290       .       CATTCAT C       .       PASS    VC=INDEL;AC=188;AF=0.59;AN=316  GT      0/0     0/1     0/1     0/0     0/1     0/0     0/0     0/1     0/1     1/1     0/1     0/1     0/1     0/0     0/1     0/1     1/1     1/1     1/1     0/1     0/1     0/1     1/1     0/0     0/0     0/0     0/1     0/1     1/1     0/1     0/1     1/1     0/1     0/0     0/1     0/0     1/1     1/1     0/1     0/0     0/0     0/0     1/1     0/0     0/0     1/1     0/1     0/0     0/1     1/1     0/1     0/0     0/0     0/0     0/1     0/1     0/0     0/0     0/1     0/1     0/1     0/1     1/1     0/0     0/0     0/0     0/1     0/0     0/0     0/0     0/1     0/1     0/0     0/1     0/1     0/1     0/1     0/1     1/1     0/1     1/1     1/1     1/1     1/1     0/1     0/1     0/1     1/1     1/1     1/1     0/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     0/1     0/1     1/1     0/1     1/1     0/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     0/1     0/1     0/1     1/1     0/1     1/1     0/1     0/1     0/1     0/1     1/1     0/1     1/1     1/1     1/1     0/1     0/0     0/1     1/1     0/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     0/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     0/1     0/1     1/1     1/1     1/1     0/1     0/1     1/1     1/1     1/1     0/1     0/0     1/1     0/1     0/1     0/0
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chr2    4874174 .       CAT     C       .       PASS    VC=INDEL;AC=203;AF=0.64;AN=316  GT      1/1     1/1     0/1     1/1     1/1     1/1     0/1     0/1     0/1     0/1     1/1     0/1     0/1     0/1     1/1     1/1     1/1     0/1     1/1     0/1     1/1     0/1     0/1     1/1     1/1     0/1     1/1     1/1     0/1     0/1     0/0     0/1     0/1     1/1     1/1     1/1     0/1     0/1     1/1     0/1     0/0     0/1     1/1     0/1     0/0     0/0     0/0     0/1     0/1     0/1     0/1     0/0     0/1     0/1     1/1     0/1     1/1     0/0     1/1     1/1     1/1     1/1     0/1     0/0     0/0     0/1     0/1     0/1     0/1     0/0     1/1     0/1     1/1     1/1     0/1     0/0     0/0     1/1     0/1     0/0     0/1     0/1     0/1     0/0     1/1     0/1     0/1     1/1     0/1     0/1     0/1     0/0     1/1     0/1     1/1     0/1     1/1     0/1     1/1     0/0     0/1     0/0     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     0/0     0/1     0/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     1/1     0/0     1/1     0/1     0/0     1/1     0/1     0/1     1/1     0/1     0/1     1/1     0/1     0/1     0/1     0/1     0/1     1/1     1/1     1/1     0/1     0/1     1/1     1/1     1/1     0/1     0/1     1/1     1/1     1/1     1/1     0/0     0/1     0/1     0/1     1/1     1/1     0/1     0/0
chr2    4933418 .       GATC    G       .       PASS    VC=INDEL;AC=86;AF=0.28;AN=304   GT      1/1     0/1     0/1     0/1     0/1     0/1     0/1     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/1     0/0     0/0     0/0     0/1     0/0     0/0     0/0     0/1     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     1/1     0/0     0/0     0/0     0/1     0/0     0/0     0/0     1/1     0/1     1/1     0/1     0/1     1/1     1/1     1/1     0/1     0/1     0/1     0/0     1/1     0/1     0/1     1/1     0/1     1/1     1/1     0/0     1/1     1/1     0/1     0/1     0/1     0/1     0/0     0/1     0/1     0/1     1/1     0/0     0/1     0/1     0/1     1/1     0/1     0/1     1/1     1/1     0/1     ./.     0/1     0/1     0/0     ./.     0/0     0/0     0/0     0/0     ./.     0/1     0/1     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/1     0/0     0/0     0/0     ./.     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     ./.     0/0     0/1     0/1     0/1     0/1     0/1     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     1/1     0/1     1/1     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/1     0/0     0/1     0/0     0/0     0/0     0/1     0/0     0/0     0/0     0/1     0/0     ./.     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/1     0/0
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