tests/vcf-examples/3.vcf

   1 ##fileformat=VCFv4.0
   2 ##filedate=2010-06-21
   3 ##reference=NCBI36
   4 ##INFO=<ID=GC, Number=0, Type=Flag, Description="Overlap with Gencode CCDS coding sequence">
   5 ##INFO=<ID=DP, Number=1, Type=Integer, Description="Total number of reads in haplotype window">
   6 ##INFO=<ID=AF, Number=1, Type=Float, Description="Dindel estimated population allele frequency">
   7 ##INFO=<ID=CA, Number=1, Type=String, Description="Pilot 1 callability mask">
   8 ##INFO=<ID=HP, Number=1, Type=Integer, Description="Reference homopolymer tract length">
   9 ##INFO=<ID=NS, Number=1, Type=Integer, Description="Number of samples with data">
  10 ##INFO=<ID=DB, Number=0, Type=Flag, Description="dbSNP membership build 129 - type match and indel sequence length match within 25 bp">
  11 ##INFO=<ID=NR, Number=1, Type=Integer, Description="Number of reads covering non-ref variant on reverse strand">
  12 ##INFO=<ID=NF, Number=1, Type=Integer, Description="Number of reads covering non-ref variant on forward strand">
  13 ##FILTER=<ID=NoQCALL, Description="Variant called by Dindel but not confirmed by QCALL">
  14 #CHROM  POS     ID      REF     ALT     QUAL    FILTER  INFO
  15 1       1000153 .       TCACAC  TC      100     PASS    AF=0.115095;HP=1;NF=16;NR=13;NS=52;CA=0;DP=615
  16 1       1000906 .       CAG     CG      48      PASS    AF=0.0772696;HP=1;NF=2;NR=9;NS=51;CA=0;DP=281
  17 1       1000950 rs60561655;-/G  CGG     CG      100     PASS    AF=0.447771;HP=5;DB;NF=10;NR=20;NS=50;CA=M;DP=291
  18 1       1010786 rs36095298;-/G,mills,venter     AC      AGC     100     PASS    AF=0.774334;HP=1;DB;NF=21;NR=27;NS=51;CA=0;DP=306
  19 1       1026158 .       TG      TGGGGGG 100     PASS    AF=0.115637;HP=1;NF=5;NR=2;NS=52;CA=0;DP=591
  20 1       1028860 mills,venter    ACTCC   AC      10      PASS    AF=0.0107751;HP=1;NF=5;NR=4;NS=52;CA=0;DP=522
  21 1       1040517 .       CA      CAA     100     PASS    AF=0.0577672;HP=1;NF=7;NR=4;NS=52;CA=0;DP=426
  22 1       1043690 rs5772037;-/G,venter    TG      TGG     100     PASS    AF=0.065857;HP=3;DB;NF=5;NR=8;NS=51;CA=0;DP=427
  23 1       1049375 .       TA      TACACACCTGAGCACACACACCTGTGCA    100     PASS    AF=0.0808078;HP=1;NF=1;NR=1;NS=51;CA=M;DP=643
  24 1       1055459 venter  ACC     AC      100     PASS    AF=0.936429;HP=2;NF=13;NR=24;NS=51;CA=M;DP=342
  25 1       1056251 rs34287831;-/A,venter   CT      CTT     100     PASS    AF=0.725164;HP=1;DB;NF=31;NR=20;NS=52;CA=0;DP=375
  26 1       1057459 rs55853944;-/AG,venter  CAGG    CG      100     PASS    AF=0.525146;HP=1;DB;NF=16;NR=18;NS=51;CA=0;DP=331
  27 1       1057537 rs35574593;-/CC,watson  TG      TGGG    100     PASS    AF=0.591248;HP=1;DB;NF=30;NR=12;NS=50;CA=0;DP=341
  28 1       1058532 rs34990026;-/A  GTT     GT      100     PASS    AF=0.702381;HP=4;DB;NF=29;NR=32;NS=52;CA=0;DP=405
  29 1       1058695 rs56086046;-/GCCTGCCTGCCCGGCC,watson    CGCCGCCTGCCTGCCCGG      CG      100     PASS    AF=0.601284;HP=1;DB;NF=24;NR=23;NS=51;CA=0;DP=365
  30 1       1073880 .       AC      ACC     13      PASS    AF=0.0555821;HP=2;NF=1;NR=6;NS=52;CA=0;DP=457
  31 1       1087270 mills,venter,watson     CCCCAC  CC      100     PASS    AF=0.990156;HP=4;NF=32;NR=27;NS=50;CA=0;DP=339
  32 1       1088683 rs5772039;-/C,venter    TCC     TC      100     PASS    AF=0.957928;HP=9;DB;NF=31;NR=26;NS=49;CA=0;DP=336
  33 1       1093553 .       TC      TCAC    100     PASS    AF=0.962343;HP=5;NF=44;NR=17;NS=51;CA=0;DP=324
  34 1       1111698 rs57346441;-/TG,watson  CA      CTGA    100     PASS    AF=0.0986662;HP=1;DB;NF=8;NR=5;NS=52;CA=0;DP=528
  35 1       1117471 .       GT      GTT     48      PASS    AF=0.04843;HP=6;NF=20;NR=8;NS=52;CA=0;DP=510
  36 1       1118641 .       CT      CTTAT   38      PASS    AF=0.0574453;HP=1;NF=5;NR=1;NS=51;CA=0;DP=424
  37 1       1119225 rs60117456;-/C  AC      ACC     50      PASS    AF=0.0255886;HP=4;DB;NF=8;NR=5;NS=52;CA=0;DP=522
  38 1       1121774 .       GCTGTTCAGACCTG  GG      100     PASS    AF=0.0749767;HP=1;NF=6;NR=6;NS=51;CA=0;DP=508
  39 1       1123178 .       AACA    AA      14      PASS    AF=0.0195065;HP=3;NF=2;NR=3;NS=49;CA=0;DP=329
  40 1       1134362 .       GGAG    GG      100     PASS    AF=0.142028;HP=2;NF=12;NR=17;NS=51;CA=0;DP=407
  41 1       1140087 .       TCA     TA      19      PASS    AF=0.0635822;HP=1;NF=2;NR=5;NS=51;CA=0;DP=446
  42 1       1141951 .       CTG     CG      100     PASS    AF=0.100135;HP=1;NF=7;NR=7;NS=52;CA=0;DP=463
  43 1       1148304 rs34808371;-/GT,venter  GCAC    GC      100     PASS    AF=0.0786699;HP=1;DB;NF=11;NR=18;NS=52;CA=0;DP=687
  44 1       1148425 rs57524763;-/AC AACA    AA      100     PASS    AF=0.0744913;HP=2;DB;NF=17;NR=8;NS=51;CA=0;DP=647
  45 1       1149524 .       GTTTTAT GT      100     PASS    AF=0.0475567;HP=4;NF=19;NR=14;NS=50;CA=0;DP=395
  46 1       1150963 .       CGCCACAGACACGGGCCACACACTCCACATG CG      100     PASS    AF=0.111384;HP=1;NF=46;NR=28;NS=50;CA=0;DP=510
  47 1       1151863 .       GT      GCT     100     PASS    AF=0.126132;HP=1;NF=8;NR=7;NS=52;CA=0;DP=416
  48 1       1153674 rs3831195;-/ACAG        GG      GGACAG  18      PASS    AF=0.0388728;HP=2;DB;NF=3;NR=2;NS=51;CA=0;DP=418
  49 1       1154612 .       GT      GCT     100     PASS    AF=0.0630518;HP=1;NF=7;NR=4;NS=52;CA=0;DP=531
  50 1       1155143 .       GCAC    GC      100     PASS    AF=0.0991605;HP=1;NF=25;NR=23;NS=52;CA=0;DP=540
  51 1       1155183 .       CATG    CG      100     PASS    AF=0.0714383;HP=1;NF=5;NR=8;NS=52;CA=0;DP=527
  52 1       1156953 rs57672822;-/ACCCCGGGA  CCCCCGGGAAC     CC      59      PASS    AF=0.0847102;HP=5;DB;NF=5;NR=8;NS=50;CA=0;DP=312
  53 1       1164370 .       AA      AACATGCATCCA    100     PASS    AF=0.0550752;HP=2;NF=2;NR=1;NS=51;CA=0;DP=481
  54 1       1166826 .       AC      ACC     11      PASS    AF=0.0735648;HP=1;NF=1;NR=10;NS=52;CA=0;DP=379
  55 1       1167781 rs3835300;-/T   CTG     CG      100     PASS    AF=0.0719128;HP=1;DB;NF=3;NR=3;NS=50;CA=0;DP=360
  56 1       1180776 rs35025185;-/T,mills    CTT     CT      15      PASS    AF=0.0182173;HP=3;DB;NF=5;NR=1;NS=52;CA=0;DP=526
  57 1       1184391 .       GC      GCAC    16      PASS    AF=0.0187867;HP=1;NF=2;NR=6;NS=51;CA=M;DP=521
  58 1       1204971 .       TGG     TG      100     PASS    AF=0.0564084;HP=6;NF=11;NR=6;NS=50;CA=0;DP=419
  59 1       1207801 rs35647244;-/GT,watson  CC      CCAC    100     PASS    AF=0.034013;HP=2;DB;NF=9;NR=4;NS=52;CA=0;DP=624
  60 1       1213486 .       GTCT    GT      100     PASS    AF=0.504039;HP=1;NF=9;NR=5;NS=50;CA=M;DP=372
  61 1       1217527 rs3831920;-/CTCA,watson TTGAGT  TT      100     PASS    AF=0.098042;HP=2;DB;NF=11;NR=14;NS=51;CA=0;DP=444
  62 1       1224625 .       AGG     AG      40      PASS    AF=0.0395551;HP=5;NF=4;NR=4;NS=51;CA=0;DP=406
  63 1       1228918 rs35156558;-/GGA,venter CC      CCCTC   100     PASS    AF=0.999996;HP=5;DB;NF=24;NR=30;NS=49;CA=0;DP=268
  64 1       1232491 .       CTACCTGACCTTC   CC      13      PASS    AF=0.0510512;HP=1;NF=5;NR=5;NS=52;CA=0;DP=510
  65 1       1236119 .       CGGCTCTGGGTCACAGGTG     CG      17      PASS    AF=0.0581287;HP=2;NF=6;NR=8;NS=49;CA=M;DP=277
  66 1       1245266 rs5772041;-/G,venter    TGG     TG      100     PASS    AF=0.928175;HP=4;DB;NF=39;NR=39;NS=52;CA=0;DP=431
  67 1       1286232 venter,watson   GACA    GA      100     PASS    AF=0.878082;HP=1;NF=31;NR=15;NS=50;CA=0;DP=249
  68 1       1292184 watson  TG      TGTGTGCAG       100     PASS    AF=0.92351;HP=1;NF=36;NR=17;NS=51;CA=0;DP=633
  69 1       1475307 rs35008066;-/G,venter   GCC     GC      59      PASS    AF=0.0854422;HP=2;DB;NF=2;NR=3;NS=52;CA=0;DP=372
  70 1       1476800 rs3835461;-/C   AG      AGG     100     PASS    AF=0.239098;HP=1;DB;NF=13;NR=18;NS=52;CA=0;DP=491
  71 1       1482738 rs34962853;-/AT,watson  CATA    CA      100     PASS    AF=0.1747;HP=1;DB;NF=28;NR=14;NS=51;CA=0;DP=441
  72 1       1483969 rs3835460;-/T,mills     CG      CAG     100     PASS    AF=0.180671;HP=5;DB;NF=6;NR=13;NS=52;CA=0;DP=512
  73 1       1484993 rs35384209;-/CT CA      CAGA    100     PASS    AF=0.182804;HP=1;DB;NF=9;NR=15;NS=52;CA=0;DP=441
  74 1       1485720 .       TC      TCGTAC  39      PASS    AF=0.0207216;HP=1;NF=1;NR=3;NS=51;CA=0;DP=498
  75 1       1487504 rs35885836;-/AGAA,venter,watson TTTTCT  TT      100     PASS    AF=0.210263;HP=4;DB;NF=16;NR=20;NS=52;CA=0;DP=574
  76 1       1490348 rs3835459;-/CATGATCCGCCTGCCTT   CAAGGCAGGCGGATCATGA     CA      59      PASS    AF=0.230233;HP=2;DB;NF=5;NR=66;NS=51;CA=M;DP=377
  77 1       1490873 .       GT      GGGCCCGACGGTGCT 100     PASS    AF=0.133846;HP=1;NF=8;NR=3;NS=52;CA=0;DP=572
  78 1       1495811 venter  ACC     AC      100     PASS    AF=0.232263;HP=8;NF=12;NR=29;NS=52;CA=0;DP=481
  79 1       1502734 rs35576478;-/G,venter   AC      ACC     100     PASS    AF=0.221604;HP=4;DB;NF=16;NR=9;NS=51;CA=0;DP=388
  80 1       1507556 .       AC      ACC     42      PASS    AF=0.0176775;HP=1;NF=1;NR=4;NS=51;CA=0;DP=511
  81 1       1508235 .       CT      CTT     100     PASS    AF=0.2555;HP=1;NF=18;NR=15;NS=51;CA=0;DP=535
  82 1       1508689 .       CG      CGG     100     PASS    AF=0.0922424;HP=5;NF=19;NR=17;NS=51;CA=0;DP=568
  83 1       1510533 .       TTTTGT  TT      100     PASS    AF=0.423696;HP=7;NF=37;NR=39;NS=52;CA=0;DP=387
  84 1       1511216 .       TA      TAATAATAATAAAA  39      PASS    AF=0.542394;HP=2;NF=7;NR=3;NS=51;CA=0;DP=331
  85 1       1512041 .       CAAAAGTAAA      CA      33      PASS    AF=0.0333379;HP=4;NF=12;NR=13;NS=52;CA=0;DP=440
  86 1       1514403 .       TTTTAT  TT      100     PASS    AF=0.771875;HP=5;NF=24;NR=58;NS=50;CA=0;DP=243
  87 1       1520133 rs34595829;-/GT,venter  GA      GACA    100     PASS    AF=0.432871;HP=1;DB;NF=24;NR=19;NS=52;CA=0;DP=966
  88 1       1520238 venter,watson   TG      TGAGACAG        100     PASS    AF=0.606404;HP=1;NF=52;NR=36;NS=52;CA=M;DP=847
  89 1       1520271 .       CA      CAGA    100     PASS    AF=0.169509;HP=1;NF=48;NR=39;NS=52;CA=M;DP=736
  90 1       1520357 .       CAGAGAGA        CA      100     PASS    AF=0.218715;HP=1;NF=44;NR=30;NS=52;CA=M;DP=708
  91 1       1520549 .       CAGA    CA      100     PASS    AF=0.257166;HP=1;NF=41;NR=40;NS=52;CA=0;DP=790
  92 1       1520595 .       CAGA    CA      100     PASS    AF=0.107822;HP=1;NF=52;NR=44;NS=52;CA=M;DP=804
  93 1       1520983 .       GA      GAGAGAGACA      34      PASS    AF=0.0372679;HP=1;NF=2;NR=3;NS=52;CA=0;DP=610
  94 1       1521139 .       GA      GAGACA  100     PASS    AF=0.667375;HP=1;NF=10;NR=7;NS=52;CA=M;DP=537
  95 1       1521387 .       GAGACA  GA      100     PASS    AF=0.361313;HP=1;NF=13;NR=34;NS=52;CA=M;DP=598
  96 1       1521833 .       GACA    GA      100     PASS    AF=0.193306;HP=1;NF=23;NR=17;NS=52;CA=0;DP=737
  97 1       1522371 .       CC      CCCTCAGCTGGACTC 100     PASS    AF=0.480499;HP=3;NF=11;NR=12;NS=51;CA=0;DP=535
  98 1       1530305 .       AG      AGG     15      PASS    AF=0.0737746;HP=3;NF=13;NR=4;NS=51;CA=0;DP=569
  99 1       1536491 rs36101309;-/GA ATCT    AT      100     PASS    AF=0.128408;HP=1;DB;NF=22;NR=14;NS=51;CA=0;DP=621
 100 1       1537805 venter  TT      TCT     100     PASS    AF=0.350404;HP=8;NF=3;NR=18;NS=52;CA=M;DP=419
 101 1       1539301 .       CAAAAGA CA      56      PASS    AF=0.0156055;HP=4;NF=9;NR=2;NS=51;CA=0;DP=577
 102 1       1549566 venter  ATT     AT      100     PASS    AF=0.505899;HP=3;NF=25;NR=27;NS=52;CA=0;DP=451
 103 1       1554815 .       TGG     TG      100     PASS    AF=0.158582;HP=6;NF=12;NR=6;NS=48;CA=0;DP=271
 104 1       1575329 .       GCAAC   GC      12      PASS    AF=0.0174116;HP=1;NF=27;NR=21;NS=52;CA=0;DP=554
 105 1       1575977 rs35072492;-/A  TCC     TC      100     PASS    AF=0.626664;HP=3;DB;NF=23;NR=50;NS=51;CA=0;DP=361
 106 1       1577203 venter,watson   AA      AAAACA  100     PASS    AF=0.979791;HP=4;NF=59;NR=37;NS=52;CA=0;DP=498
 107 1       1584062 rs5772057;-/T,venter    CT      CTT     100     PASS    AF=0.992883;HP=1;DB;NF=34;NR=22;NS=46;CA=0;DP=291
 108 1       1589954 .       TTGT    TT      100     PASS    AF=0.0452889;HP=8;NF=5;NR=13;NS=51;CA=0;DP=424
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 289 1       2310430 .       AA      AAAGA   100     PASS    AF=0.382413;HP=6;NF=20;NR=11;NS=52;CA=0;DP=408
 290 1       2314333 venter  CG      CGGACGCCAGGCAGAGGACTTCATCCCAGGCTTCAGTGCTCCTG    100     PASS    AF=0.736856;HP=2;NF=1;NR=2;NS=52;CA=0;DP=679
 291 1       2319273 rs57204595;-/C  ACC     AC      100     PASS    AF=0.125223;HP=2;DB;NF=7;NR=13;NS=52;CA=0;DP=523
 292 1       2322519 .       TCCT    TT      100     PASS    AF=0.200476;HP=2;NF=2;NR=10;NS=50;CA=0;DP=413
 293 1       2322562 .       TCCACCCTCC      TC      100     PASS    AF=0.3747;HP=2;NF=8;NR=15;NS=51;CA=0;DP=325
 294 1       2322680 .       CT      CTT     100     PASS    AF=0.284453;HP=1;NF=26;NR=24;NS=52;CA=M;DP=388
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 297 1       2332518 .       GA      GAA     100     PASS    AF=0.0862532;HP=1;NF=5;NR=13;NS=51;CA=0;DP=414
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 299 1       2338712 rs34210450;-/AGCTTCCC,mills,venter      GC      GCCCAGCTTC      100     PASS    AF=0.431742;HP=3;DB;NF=24;NR=15;NS=52;CA=0;DP=504
 300 1       2341261 .       TCC     TC      20      PASS    AF=0.13716;HP=9;NF=4;NR=20;NS=51;CA=0;DP=258
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 390 1       2871601 rs60410855;-/TCCA       CC      CCCATC  100     PASS    AF=0.11635;HP=3;DB;NF=19;NR=14;NS=52;CA=0;DP=682
 391 1       2874709 .       GT      GTT     100     PASS    AF=0.138394;HP=9;NF=8;NR=12;NS=51;CA=0;DP=534
 392 1       2876814 rs5772089;-/A,mills,venter      GG      GAG     100     PASS    AF=0.999994;HP=10;DB;NF=39;NR=42;NS=50;CA=0;DP=343
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 394 1       2881114 .       GG      GTG     100     PASS    AF=0.586283;HP=5;NF=16;NR=5;NS=47;CA=M;DP=256
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 396 1       2885504 .       TCC     TC      29      PASS    AF=0.140908;HP=9;NF=12;NR=8;NS=51;CA=0;DP=353
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 398 1       2887864 rs57379840;-/T,venter   CG      CTG     100     PASS    AF=0.770236;HP=2;DB;NF=41;NR=25;NS=51;CA=0;DP=375
 399 1       2892284 .       CAT     CT      100     PASS    AF=0.0885935;HP=1;NF=23;NR=17;NS=52;CA=0;DP=685
 400 1       2892433 venter  AT      ATCCATCCTCCATCCT        100     PASS    AF=0.814532;HP=1;NF=13;NR=12;NS=52;CA=0;DP=620
 401 1       2892472 .       CCCATC  CC      100     PASS    AF=0.181828;HP=3;NF=50;NR=61;NS=52;CA=0;DP=633
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 486 1       3157729 venter,watson   AG      AGGGGTGAGGTG    100     PASS    AF=0.830079;HP=4;NF=30;NR=23;NS=51;CA=0;DP=548
 487 1       3158807 .       AGG     AG      100     PASS    AF=0.705976;HP=6;NF=35;NR=30;NS=52;CA=0;DP=371
 488 1       3158885 .       CATG    CG      100     PASS    AF=0.09216;HP=1;NF=6;NR=6;NS=51;CA=0;DP=375
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 490 1       3164018 rs5772100;-/A,mills,venter      TAA     TA      100     PASS    AF=0.999998;HP=3;DB;NF=67;NR=69;NS=52;CA=0;DP=511
 491 1       3174387 .       CAGG    CG      17      PASS    AF=0.0141709;HP=1;NF=1;NR=2;NS=51;CA=0;DP=428
 492 1       3176024 .       GACAGTCCCAGAGGAGCA      GA      44      PASS    AF=0.0444872;HP=1;NF=3;NR=10;NS=52;CA=M;DP=480
 493 1       3177102 .       AG      AGAGGAGGACAGTCGGGGAGGACAGTCCCGG 100     PASS    AF=0.346135;HP=1;NF=8;NR=13;NS=52;CA=0;DP=550
 494 1       3179862 rs35987870;-/GTGG       ATGTGT  AT      100     PASS    AF=0.0762534;HP=1;DB;NF=17;NR=17;NS=51;CA=0;DP=618
 495 1       3183094 rs33953525;-/GGTGCCGTGAACAGAGCCAGCGAGG,mills    AG      AGGTGCCGTGAACAGAGCCAGCGAGGG     100     PASS    AF=0.665581;HP=2;DB;NF=15;NR=15;NS=52;CA=0;DP=424
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 498 1       3186299 .       ACC     AC      100     PASS    AF=0.951135;HP=8;NF=16;NR=14;NS=51;CA=0;DP=311
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