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5 ##INFO=<ID=FR,Number=0,Type=Float,Description="Estimated population frequency">
6 ##INFO=<ID=HP,Number=1,Type=Integer,Description="Homopolmer run length">
7 ##INFO=<ID=TR,Number=0,Type=Integer,Description="Total number of reads containing this variant">
8 ##INFO=<ID=PP,Number=0,Type=Float,Description="Posterior probability (phred scaled) that this variant segregates">
9 ##INFO=<ID=NF,Number=0,Type=Integer,Description="Total number of forward reads containing this variant">
10 ##INFO=<ID=SC,Number=1,Type=String,Description="Genomic sequence 10 bases either side of variant position">
11 ##INFO=<ID=NR,Number=0,Type=Integer,Description="Total number of reverse reads containing this variant">
12 ##INFO=<ID=TC,Number=0,Type=Integer,Description="Total coverage at this locus">
13 ##FILTER=<ID=sb,Description="Variant not seen at least once on both strands">
14 ##FILTER=<ID=pp10,Description="Posterior probability phred-score is less than 10">
15 ##FILTER=<ID=pp5,Description="Posterior probability phred-score is less than 5">
16 ##FILTER=<ID=hp10,Description="Inside a homopolymer of length greater than 10">
17 ##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Unphased genotypes">
18 ##FORMAT=<ID=FT,Number=1,Type=String,Description="Sample Genotype Filter">
19 ##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Integer,Description="Genotype quality, as Phred score">
20 ##FORMAT=<ID=HQ,Number=.,Type=Integer,Description="Haplotype Quality">
21 ##FORMAT=<ID=GL,Number=.,Type=Float,Description="Genotype log-likelihoods (log10) for AA,AB and BB genotypes, where A = ref and B = variant. Only applicable for bi-allelic sites">
22 ##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Read depth at this position for this sample">
23 #CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT AllData.bam
24 20 67500 . T TTGGTATCTAG . PASS FR=0.5;HP=2;NF=6;NR=2;PP=100.0;SC=CCTGATTTCCTTGGTATTAAA;TC=20;TR=8 GT:GL:GQ 0/1:-198.02,-21.47,-166.02:100
25 20 69506 . G GAC,GACACAC . PASS FR=0.5,0.5;HP=1;NF=1,3;NR=1,0;PP=44.0,72.0;SC=TGGACACGTGGACACACACAC;TC=20;TR=2,3 GT:GL:GQ 1/2:-1.0,-1.0,-1.0:100
26 20 70484 . CTCTT C . PASS FR=0.5;HP=2;NF=13;NR=3;PP=100.0;SC=GTCTATGTCTCTCTTTCTCTT;TC=31;TR=16 GT:GL:GQ 0/1:-189.04,-24.53,-147.47:100
27 20 72104 . TA T . PASS FR=0.5;HP=4;NF=9;NR=10;PP=100.0;SC=TTTAAGTCTGTAAAACCATAC;TC=39;TR=19 GT:GL:GQ 0/1:-173.69,-34.04,-169.85:100
28 20 74729 . G GT . PASS FR=0.5;HP=9;NF=4;NR=4;PP=100.0;SC=AAGTTTTTTGGTTTTTTTTTA;TC=29;TR=8 GT:GL:GQ 0/1:-83.86,-25.71,-59.16:100
29 20 117309 . G GCAGGATTTCAT . PASS FR=0.5;HP=1;NF=4;NR=4;PP=100.0;SC=CAGGATTTCTGCAGGATTTCA;TC=25;TR=8 GT:GL:GQ 0/1:-259.57,-46.67,-146.18:100
30 20 119645 . G GT . PASS FR=1.0;HP=5;NF=6;NR=5;PP=100.0;SC=TTGTTTGTTTGTTGTTGTTGT;TC=16;TR=11 GT:GL:GQ 1/1:-157.48,-18.84,-7.1:77
31 20 120122 . A AAG . PASS FR=1.0;HP=6;NF=10;NR=8;PP=100.0;SC=ATAAAGAAAAAAATTTTAAAA;TC=27;TR=18 GT:GL:GQ 1/1:-266.98,-24.1,-5.49:100
32 20 120750 . C CAATT . PASS FR=1.0;HP=6;NF=10;NR=10;PP=100.0;SC=TTTTATAAAACAATTGAGACT;TC=21;TR=20 GT:GL:GQ 1/1:-319.22,-18.71,-2.07:100
33 20 122806 . T TTA . PASS FR=0.5;HP=2;NF=8;NR=7;PP=100.0;SC=CAGAAAAGAATTATATATATA;TC=29;TR=15 GT:GL:GQ 0/1:-181.3,-19.86,-96.14:100
34 20 126155 . GCAAA G . PASS FR=0.5;HP=1;NF=5;NR=5;PP=100.0;SC=GCAATGTGCGGCAAACAAAGG;TC=32;TR=10 GT:GL:GQ 0/1:-122.73,-27.0,-209.16:100
35 20 126310 . ACC A . PASS FR=0.5;HP=5;NF=3;NR=8;PP=100.0;SC=GATGGCTCCTACCCCCGTTTC;TC=26;TR=11 GT:GL:GQ 0/1:-153.97,-42.91,-110.82:100
36 20 131505 . CTCT C . PASS FR=1.0;HP=2;NF=11;NR=11;PP=100.0;SC=TACTTGTGATCTCTTGTCTTT;TC=24;TR=22 GT:GL:GQ 1/1:-487.46,-251.24,-235.3:100
37 20 131948 . C CCA . PASS FR=1.0;HP=1;NF=2;NR=11;PP=100.0;SC=TTATCTTACACCACACACACA;TC=27;TR=13 GT:GL:GQ 1/1:-201.6,-36.32,-23.94:100
38 20 135116 . T TTTGCATTCACAGGAAGACTATAAATA . PASS FR=1.0;HP=2;NF=2;NR=1;PP=100.0;SC=TCTAGAGAAGTGCTCTCCAAT;TC=15;TR=3 GT:GL:GQ 1/1:-603.73,-461.77,-448.12:100
39 20 135119 . TC T . PASS FR=1.0;HP=2;NF=2;NR=2;PP=100.0;SC=AGAGAAGTGCTCTCCAATAGA;TC=21;TR=4 GT:GL:GQ 1/1:-603.73,-576.89,-572.06:100
40 20 137518 . GTA G . PASS FR=0.5005;HP=2;NF=5;NR=5;PP=100.0;SC=GTGTGTGTGTGTATATATATA;TC=21;TR=10 GT:GL:GQ 1/0:-210.61,-46.97,-32.7:29
41 20 138178 . GC G . PASS FR=1.0;HP=3;NF=21;NR=5;PP=100.0;SC=CTTCTGGAAAGCCTGGCCATG;TC=29;TR=26 GT:GL:GQ 1/1:-267.55,-29.21,-9.21:100
42 20 138570 . ATATGTGTGTG ATG,A . PASS FR=0.5,0.5;HP=2;NF=6,2;NR=9,2;PP=100.0,10.0;SC=TCAAATATATATATGTGTGTG;TC=28;TR=15,4 GT:GL:GQ 1/2:-1.0,-1.0,-1.0:65
43 20 140396 . TTTG T . PASS FR=1.0;HP=2;NF=15;NR=4;PP=100.0;SC=AGGTTTTTGCTTTGTTGTTGT;TC=34;TR=19 GT:GL:GQ 1/1:-246.82,-30.67,-15.42:100
44 20 144832 . C CT . PASS FR=1.0;HP=3;NF=12;NR=22;PP=100.0;SC=TCCTAAAACTCTTGTAATATC;TC=35;TR=34 GT:GL:GQ 1/1:-541.89,-322.78,-299.72:100
45 20 144884 . CCTT C . PASS FR=1.0;HP=1;NF=9;NR=16;PP=100.0;SC=TGTAATGACACCTTCTTTTTC;TC=29;TR=25 GT:GL:GQ 1/1:-590.4,-430.25,-411.02:100
46 20 145257 . G GC . PASS FR=1.0;HP=2;NF=11;NR=8;PP=100.0;SC=ATGGTGGCAGGGCCTGTAATC;TC=21;TR=19 GT:GL:GQ 1/1:-258.74,-106.61,-91.83:100
47 20 153298 . T TTC . PASS FR=1.0;HP=2;NF=13;NR=17;PP=100.0;SC=CAGGATTTCTTTGTTTTAAGA;TC=34;TR=30 GT:GL:GQ 1/1:-447.58,-228.67,-205.19:100
48 20 160111 . A AT . PASS FR=1.0;HP=10;NF=8;NR=9;PP=100.0;SC=GAGCTCTTGAATTTTTTTTTT;TC=25;TR=17 GT:GL:GQ 1/1:-115.49,-38.32,-28.08:85
49 20 163607 . A AAT . PASS FR=1.0;HP=2;NF=12;NR=14;PP=100.0;SC=ACATTAAATGATTCAAATGAT;TC=31;TR=26 GT:GL:GQ 1/1:-308.34,-35.98,-14.5:100
50 20 163741 . T TACACAC . PASS FR=0.5243;HP=1;NF=13;NR=6;PP=100.0;SC=GAACCCTCTGTACACACACAC;TC=28;TR=19 GT:GL:GQ 0/1:-416.01,-75.48,-55.48:13
51 20 164279 . G GAAAAC . PASS FR=0.5;HP=8;NF=1;NR=1;PP=100.0;SC=GAAAAGAAAAGAAAAGAAAAC;TC=34;TR=2 GT:GL:GQ 0/1:-492.01,-428.61,-448.28:100
52 20 164284 . G GAAAAC,C . PASS FR=0.5,0.5;HP=8;NF=5,10;NR=11,9;PP=100.0,100.0;SC=GAAAAGAAAAGAAAACTCATC;TC=33;TR=16,19 GT:GL:GQ 1/2:-1.0,-1.0,-1.0:100
53 20 176386 . CGTGTGT C . PASS FR=1.0;HP=2;NF=3;NR=2;PP=100.0;SC=TAATCCCATTCGTGTGTGTGT;TC=25;TR=5 GT:GL:GQ 1/1:-176.18,-68.1,-61.92:77
54 20 179735 . TTAAAA T . PASS FR=0.5;HP=1;NF=4;NR=4;PP=100.0;SC=ACCTTTGATCTTAAAATAAAA;TC=27;TR=8 GT:GL:GQ 0/1:-142.0,-61.37,-164.64:100
55 20 218255 . A AG . PASS FR=0.5;HP=1;NF=5;NR=3;PP=100.0;SC=TGCTCACTGCAATAAAAAGAA;TC=17;TR=8 GT:GL:GQ 0/1:-99.61,-20.66,-85.67:100
56 20 222539 . C CA . PASS FR=0.5;HP=2;NF=1;NR=9;PP=100.0;SC=TACCCAGCTACTTCTCTTAAG;TC=31;TR=10 GT:GL:GQ 0/1:-113.51,-40.72,-197.06:100
57 20 230058 . CAT C . PASS FR=0.5;HP=1;NF=6;NR=2;PP=100.0;SC=GACTCCATCTCATAAAAAAAA;TC=33;TR=8 GT:GL:GQ 0/1:-215.64,-148.07,-177.0:100
58 20 236459 . G GAT . PASS FR=0.5001;HP=2;NF=1;NR=1;PP=100.0;SC=TTGGAATACAGATATATATAT;TC=14;TR=2 GT:GL:GQ 0/1:-82.0,-46.74,-54.25:35
59 20 237649 . CAGAT C . PASS FR=0.5;HP=2;NF=1;NR=1;PP=79.0;SC=AGATAGATGACAGATAGATAG;TC=23;TR=2 GT:GL:GQ 0/1:-209.52,-180.44,-254.54:100
60 20 237816 . A AT . PASS FR=0.5;HP=4;NF=4;NR=7;PP=100.0;SC=CATTTTCATCATTTTAATAAC;TC=32;TR=11 GT:GL:GQ 0/1:-124.3,-28.61,-145.84:100
61 20 243223 . C CT . PASS FR=0.5;HP=1;NF=12;NR=4;PP=100.0;SC=ATCTGTGTGACTGTGATCAAA;TC=33;TR=16 GT:GL:GQ 0/1:-191.55,-34.68,-144.05:100
62 20 246483 . T TTAAA . PASS FR=0.5;HP=1;NF=3;NR=4;PP=100.0;SC=AGACTCCATCTTAAATAAATA;TC=25;TR=7 GT:GL:GQ 0/1:-110.34,-17.05,-40.1:100
63 20 251373 . ACTT A . PASS FR=0.5;HP=2;NF=1;NR=4;PP=100.0;SC=TTGCTCCAGCACTTCTTCTGG;TC=19;TR=5 GT:GL:GQ 0/1:-99.2,-52.91,-150.48:100
64 20 271135 . G GC . PASS FR=1.0;HP=2;NF=3;NR=4;PP=100.0;SC=AAGACCGAGGGCGACCTCGAG;TC=16;TR=7 GT:GL:GQ 1/1:-163.65,-94.48,-85.08:78
65 20 286648 . TAAATA T . PASS FR=0.5;HP=6;NF=5;NR=5;PP=100.0;SC=TCTAAATAAATAAATAAAAGG;TC=22;TR=10 GT:GL:GQ 0/1:-240.51,-100.72,-176.05:100
66 20 299585 . AC A . PASS FR=1.0;HP=2;NF=4;NR=7;PP=21.0;SC=ACAGGGAGAGACCTTGTCGAA;TC=14;TR=11 GT:GL:GQ 1/1:-152.36,-140.91,-138.05:46
67 20 334317 . TC T . PASS FR=1.0;HP=6;NF=9;NR=8;PP=100.0;SC=CCTGGATCCTTCCCCCCTTCT;TC=24;TR=17 GT:GL:GQ 1/1:-177.37,-48.79,-33.34:100
68 20 337392 . ACC A . PASS FR=0.5;HP=6;NF=5;NR=1;PP=100.0;SC=CCTTGTTACCACCCCTCCCTG;TC=19;TR=6 GT:GL:GQ 0/1:-91.61,-45.67,-115.7:100
69 20 340044 . GCAC G . PASS FR=0.5;HP=1;NF=2;NR=5;PP=100.0;SC=ATGAAGGCTGGCACCACCAGT;TC=22;TR=7 GT:GL:GQ 0/1:-122.54,-28.81,-115.11:100
70 20 343323 . A ATG . PASS FR=0.5;HP=2;NF=8;NR=4;PP=100.0;SC=GATAAACAGGATGTCCACCAG;TC=23;TR=12 GT:GL:GQ 0/1:-150.99,-48.03,-125.5:100
71 20 346702 . AGCCTCCCAAAGGAG A . PASS FR=0.5;HP=1;NF=4;NR=3;PP=100.0;SC=CACCCACCTCAGCCTCCCAAA;TC=17;TR=7 GT:GL:GQ 0/1:-191.1,-120.01,-173.49:100
72 20 347858 . A AAAACAAAC . PASS FR=0.5;HP=4;NF=2;NR=1;PP=100.0;SC=TCCGTCTCCAAAAACAAACAA;TC=22;TR=3 GT:GL:GQ 0/1:-270.04,-201.07,-226.88:100
73 20 347878 . A AAAAC . PASS FR=0.5;HP=3;NF=2;NR=1;PP=100.0;SC=AAAAAACAAAACAAACAAACA;TC=22;TR=3 GT:GL:GQ 0/1:-258.23,-262.98,-327.72:100
74 20 348365 . G GT . PASS FR=0.5;HP=2;NF=5;NR=4;PP=100.0;SC=ACGGCCCATGGGATCGAATAG;TC=19;TR=9 GT:GL:GQ 0/1:-127.12,-35.07,-72.46:100
75 20 349321 . ACT A . PASS FR=0.5;HP=3;NF=10;NR=3;PP=100.0;SC=CCAGGCCTCCACTCTCTGCTG;TC=20;TR=13 GT:GL:GQ 0/1:-183.61,-95.19,-129.48:100
76 20 355549 . A AC . PASS FR=1.0;HP=10;NF=12;NR=9;PP=100.0;SC=AACAACAACAAAAAAAAAAAC;TC=24;TR=21 GT:GL:GQ 1/1:-171.74,-97.15,-84.12:100
77 20 356670 . T TCAAA . PASS FR=0.5;HP=3;NF=4;NR=2;PP=100.0;SC=AGACACTGCCTCAAAAAAACA;TC=16;TR=6 GT:GL:GQ 0/1:-204.44,-131.78,-155.8:100
78 20 356675 . A AAAAC . PASS FR=1.0;HP=6;NF=2;NR=3;PP=100.0;SC=CTGCCTCAAAAAAACAAACAA;TC=17;TR=5 GT:GL:GQ 1/1:-201.68,-85.68,-76.1:85
79 20 358147 . CA C . PASS FR=1.0;HP=4;NF=10;NR=5;PP=100.0;SC=TGGGATTTGACAAACCCAGCT;TC=18;TR=15 GT:GL:GQ 1/1:-150.87,-32.16,-20.25:100
80 20 360927 . TAA T . PASS FR=1.0;HP=7;NF=4;NR=7;PP=100.0;SC=ATGTGCTTTATAAAAAAGGGG;TC=18;TR=11 GT:GL:GQ 1/1:-185.94,-114.38,-104.3:84
81 20 380790 . C CT . PASS FR=1.0;HP=3;NF=16;NR=12;PP=100.0;SC=CACCACACCCCGACCCTAATT;TC=32;TR=28 GT:GL:GQ 1/1:-323.67,-24.71,-1.84:100
82 20 385989 . T TA . PASS FR=0.5;HP=7;NF=7;NR=4;PP=100.0;SC=AGATTTTTTTTAAAAAACTCT;TC=29;TR=11 GT:GL:GQ 0/1:-131.67,-23.75,-80.28:100
83 20 386575 . GTTCT G . PASS FR=0.5;HP=3;NF=2;NR=3;PP=100.0;SC=TGATAAGAATGTTCTTTCTTT;TC=24;TR=5 GT:GL:GQ 0/1:-109.28,-29.71,-86.14:100
84 20 387657 . G GA . PASS FR=1.0;HP=8;NF=13;NR=19;PP=100.0;SC=ATGCTGAGAAGAAAAAATGAA;TC=38;TR=32 GT:GL:GQ 1/1:-284.64,-52.81,-28.53:100
85 20 396023 . A AAAAC . PASS FR=1.0;HP=4;NF=9;NR=9;PP=100.0;SC=AAAAAAAACAAAAACAAACAA;TC=25;TR=18 GT:GL:GQ 1/1:-279.26,-33.44,-17.73:100
86 20 403158 . GA G . PASS FR=0.5;HP=2;NF=4;NR=7;PP=89.0;SC=ATCTATGAAGGAAGGACAGCA;TC=20;TR=11 GT:GL:GQ 0/1:-137.87,-107.23,-160.58:100
87 20 405057 . A AC . PASS FR=0.5;HP=2;NF=5;NR=4;PP=100.0;SC=AAACACATACACAGACCTCCT;TC=25;TR=9 GT:GL:GQ 0/1:-136.78,-33.82,-124.47:100
88 20 421805 . T TCCA . PASS FR=0.5;HP=2;NF=2;NR=4;PP=100.0;SC=AGAACACATTTCCAACTAAAC;TC=29;TR=6 GT:GL:GQ 0/1:-108.14,-30.52,-185.93:100
89 20 425206 . GTTTT G . PASS FR=0.5;HP=7;NF=2;NR=7;PP=100.0;SC=TTGTTTGTTTGTTTTGTTTTT;TC=25;TR=9 GT:GL:GQ 0/1:-158.57,-21.01,-100.22:100
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92 20 436981 . TTTCATCCA T . PASS FR=0.5;HP=2;NF=1;NR=2;PP=100.0;SC=AGGTGTGTCCTTTCATCCATT;TC=27;TR=3 GT:GL:GQ 0/1:-88.19,-26.08,-154.96:100
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94 20 538639 . C CA . PASS FR=1.0;HP=9;NF=14;NR=9;PP=100.0;SC=ACCACCACAACAAAAAAACCC;TC=36;TR=23 GT:GL:GQ 1/1:-261.69,-66.02,-42.16:100
95 20 539756 . G GT . PASS FR=0.5;HP=1;NF=6;NR=2;PP=100.0;SC=AATGTGAGCAGTCTAGGTAAA;TC=24;TR=8 GT:GL:GQ 0/1:-130.62,-70.51,-165.77:100
96 20 540198 . T TG . PASS FR=1.0;HP=1;NF=9;NR=16;PP=100.0;SC=AGAGTCGCTGTTATTAAAACC;TC=26;TR=25 GT:GL:GQ 1/1:-262.05,-37.69,-19.11:100
97 20 545849 . A AT . PASS FR=1.0;HP=9;NF=6;NR=13;PP=100.0;SC=CTCTGGACTGATTTTTTTTTA;TC=24;TR=19 GT:GL:GQ 1/1:-225.47,-140.74,-126.39:100
98 20 555243 . C CT . PASS FR=0.5;HP=1;NF=3;NR=4;PP=100.0;SC=TTGGGGCCTCCTGGGTCCCAG;TC=23;TR=7 GT:GL:GQ 0/1:-124.01,-59.66,-144.99:100
99 20 559298 . TACAC T . PASS FR=0.5081;HP=1;NF=1;NR=1;PP=100.0;SC=GGCACACATGTACACACACAC;TC=20;TR=2 GT:GL:GQ 0/1:-95.31,-59.31,-62.75:17
100 20 570945 . A AACAC . PASS FR=1.0;HP=1;NF=7;NR=2;PP=100.0;SC=AGAAGGCAATAACACACACAC;TC=28;TR=9 GT:GL:GQ 1/1:-281.44,-73.27,-58.53:100
101 20 576287 . T TTTA . PASS FR=1.0;HP=3;NF=2;NR=9;PP=100.0;SC=CTGGAAAAGTTTTATTATTAT;TC=26;TR=11 GT:GL:GQ 1/1:-188.46,-27.21,-14.74:100
102 20 593205 . AG A . PASS FR=0.5;HP=6;NF=2;NR=2;PP=100.0;SC=GGGAGTGCGGAGGGGACTCCT;TC=14;TR=4 GT:GL:GQ 0/1:-90.79,-21.16,-46.9:100
103 20 635817 . C CAGAAAAAAA . PASS FR=1.0;HP=1;NF=6;NR=7;PP=100.0;SC=GAGACTCTCTCAGAAAAAAAA;TC=23;TR=13 GT:GL:GQ 1/1:-318.1,-28.61,-13.35:100
104 20 666340 . AAATAATAATAAT AAATAAT,A . PASS FR=0.5,0.5;HP=2;NF=1,2;NR=3,3;PP=100.0,100.0;SC=ATACAAATACAAATAATAATA;TC=16;TR=4,5 GT:GL:GQ 1/2:-1.0,-1.0,-1.0:100
105 20 671463 . AGTGT A . PASS FR=1.0;HP=1;NF=6;NR=2;PP=100.0;SC=CATGCATGCAAGTGTGTGTGT;TC=25;TR=8 GT:GL:GQ 1/1:-248.41,-147.67,-140.04:63
106 20 675799 . G GTA . PASS FR=0.5;HP=2;NF=7;NR=3;PP=100.0;SC=TAATGAACATGTATATATACA;TC=20;TR=10 GT:GL:GQ 0/1:-154.12,-35.67,-66.33:100
107 20 704073 . CTCT C . PASS FR=0.5;HP=3;NF=3;NR=3;PP=100.0;SC=CTTCATTCTTCTCTTTTCTTT;TC=20;TR=6 GT:GL:GQ 0/1:-159.89,-91.96,-171.96:100
108 20 704111 . C CTTTCT . PASS FR=0.5;HP=4;NF=2;NR=3;PP=100.0;SC=TTCCTCCTCTCTTTGTCTAGT;TC=20;TR=5 GT:GL:GQ 0/1:-189.74,-115.92,-237.08:100
109 20 714136 . TA T . PASS FR=1.0;HP=2;NF=12;NR=13;PP=100.0;SC=CTGTGGTTGTTAACTGTAGTC;TC=30;TR=25 GT:GL:GQ 1/1:-253.68,-26.24,-6.67:100
110 20 715254 . G GGT,GGTGTGT . PASS FR=0.5,0.5;HP=1;NF=3,4;NR=0,1;PP=57.0,100.0;SC=ATAGTTTATAGGTGTGTGTGT;TC=23;TR=3,5 GT:GL:GQ 1/2:-1.0,-1.0,-1.0:100
111 20 715847 . C CA . PASS FR=1.0;HP=7;NF=10;NR=6;PP=100.0;SC=GGCTCCGTCTCAAAAAAATAA;TC=26;TR=16 GT:GL:GQ 1/1:-157.25,-40.0,-26.17:100
112 20 718268 . A AAATAAT . PASS FR=0.5;HP=3;NF=1;NR=1;PP=81.0;SC=AAAAAATACAAAATAATAATA;TC=15;TR=2 GT:GL:GQ 0/1:-64.86,-29.69,-87.73:100
113 20 724447 . A AG . PASS FR=0.5;HP=2;NF=12;NR=9;PP=100.0;SC=GGGTGTTGTGAGACTGATTGA;TC=42;TR=21 GT:GL:GQ 0/1:-229.53,-40.83,-188.06:100
114 20 726275 . CAGA C . PASS FR=0.5;HP=3;NF=10;NR=10;PP=100.0;SC=ACATATATAACAGAAGGAGAG;TC=41;TR=20 GT:GL:GQ 0/1:-286.26,-52.94,-197.08:100
115 20 728851 . CT C . PASS FR=0.5;HP=1;NF=5;NR=1;PP=21.0;SC=GATCACACCACTGCAGTCCAG;TC=22;TR=6 GT:GL:GQ 0/1:-200.76,-185.85,-212.48:67
116 20 732117 . CTTTATTTTAT C . PASS FR=0.9998;HP=4;NF=1;NR=1;PP=80.0;SC=TCAGGTATGTCTTTATTTTAT;TC=14;TR=2 GT:GL:GQ 1/1:-96.6,-68.07,-66.69:34
117 20 739616 . CGTGTGTGT C . PASS FR=1.0;HP=1;NF=4;NR=4;PP=100.0;SC=TAAAAGTGCTCGTGTGTGTGT;TC=20;TR=8 GT:GL:GQ 1/1:-222.59,-24.43,-16.81:63
118 20 744662 . A ACAGGTCAAT . PASS FR=0.5;HP=1;NF=3;NR=4;PP=100.0;SC=AAAGGACAAGACAGATCCCTG;TC=16;TR=7 GT:GL:GQ 0/1:-105.45,-32.23,-150.03:100
119 20 746855 . A AG . PASS FR=1.0;HP=1;NF=9;NR=5;PP=100.0;SC=CTGGGATTACAGTGTGAGCCA;TC=22;TR=14 GT:GL:GQ 1/1:-242.45,-177.27,-167.62:80
120 20 747680 . A ATAG . PASS FR=0.5;HP=1;NF=3;NR=3;PP=100.0;SC=CTTGTTGGTAATAGCAAGTTA;TC=17;TR=6 GT:GL:GQ 0/1:-177.8,-96.72,-120.09:100
121 20 755106 . C CA . PASS FR=1.0;HP=3;NF=7;NR=15;PP=100.0;SC=GCTGAGAGGTCAAACCACAAA;TC=27;TR=22 GT:GL:GQ 1/1:-255.81,-41.84,-23.33:100
122 20 757564 . T TG . PASS FR=0.5;HP=3;NF=3;NR=1;PP=78.0;SC=GGTGGAGCCATGGGTGTCAAA;TC=10;TR=4 GT:GL:GQ 0/1:-67.44,-38.36,-58.29:89
123 20 757919 . A AC . PASS FR=0.5;HP=9;NF=3;NR=9;PP=100.0;SC=AAAAAACAAAAAAAAAACACC;TC=27;TR=12 GT:GL:GQ 0/1:-172.2,-112.42,-144.61:100
124 20 762893 . G GA . PASS FR=1.0;HP=6;NF=8;NR=9;PP=100.0;SC=TCTTGGGGGGGAAAAAATGGG;TC=24;TR=17 GT:GL:GQ 1/1:-215.19,-64.36,-48.0:100
125 20 782496 . CAAATAAAT C . PASS FR=0.5;HP=3;NF=2;NR=1;PP=100.0;SC=GACTCTGCCTCAAATAAATAA;TC=17;TR=3 GT:GL:GQ 0/1:-87.5,-27.65,-92.5:100
126 20 786252 . AAG A . PASS FR=1.0;HP=5;NF=4;NR=13;PP=100.0;SC=TTAATTAAAAAAGATATTGCA;TC=19;TR=17 GT:GL:GQ 1/1:-216.25,-31.31,-17.45:100
127 20 786764 . T TA . PASS FR=1.0;HP=3;NF=17;NR=12;PP=100.0;SC=ACTATATATATAATATATTTT;TC=33;TR=29 GT:GL:GQ 1/1:-388.27,-147.23,-125.36:100
128 20 787870 . T TTTTATTTATTTATTTATTTA . PASS FR=1.0;HP=3;NF=2;NR=1;PP=100.0;SC=ATATCAAGCATTTTATTTATT;TC=19;TR=3 GT:GL:GQ 1/1:-317.88,-65.36,-53.59:99
129 20 787893 . T TATTTATTTA . PASS FR=0.5;HP=4;NF=1;NR=1;PP=100.0;SC=TTTATTTATTTTTGAGATGGA;TC=20;TR=2 GT:GL:GQ 0/1:-356.98,-227.18,-263.76:5
130 20 789767 . T TA . PASS FR=1.0;HP=10;NF=8;NR=5;PP=100.0;SC=CAAAGCCAATTAAAAAAAAAA;TC=29;TR=13 GT:GL:GQ 1/1:-124.57,-44.47,-30.25:100
131 20 795148 . T TTTTA . PASS FR=1.0;HP=4;NF=9;NR=1;PP=100.0;SC=ATAAGTTTATTTTTATTTATT;TC=16;TR=10 GT:GL:GQ 1/1:-136.44,-12.46,-4.83:63
132 20 797336 . GA G . PASS FR=1.0;HP=10;NF=18;NR=11;PP=100.0;SC=CCATTTATGTGAAAAAAAAAA;TC=35;TR=29 GT:GL:GQ 1/1:-156.82,-42.02,-20.72:100
133 20 801157 . T TTTC . PASS FR=1.0;HP=6;NF=1;NR=6;PP=100.0;SC=CTTCTCTTTCTTTTTTTCTTT;TC=13;TR=7 GT:GL:GQ 1/1:-142.57,-41.24,-32.92:92
134 20 825082 . TGCCCAGGTC T . PASS FR=0.5;HP=1;NF=5;NR=1;PP=100.0;SC=CTGCTCAGGTTGCCCAGGTCG;TC=8;TR=6 GT:GL:GQ 1/0:-180.72,-60.67,-71.61:61
135 20 833239 . ACT A . PASS FR=0.5;HP=1;NF=3;NR=5;PP=100.0;SC=GGAGAAATAGACTCTCTCTCT;TC=21;TR=8 GT:GL:GQ 0/1:-96.13,-31.34,-89.12:100
136 20 835500 . TTGTG T . PASS FR=1.0;HP=2;NF=8;NR=2;PP=100.0;SC=GTGTTTGTGTTTGTGTGTGTG;TC=29;TR=10 GT:GL:GQ 1/1:-258.26,-62.01,-52.79:77
137 20 855678 . TC T . PASS FR=0.5;HP=2;NF=3;NR=5;PP=100.0;SC=TCTTTTTCTTTCTTTTTTTTC;TC=28;TR=8 GT:GL:GQ 0/1:-124.38,-62.93,-124.85:100
138 20 860945 . A AG . PASS FR=0.5;HP=6;NF=2;NR=6;PP=100.0;SC=GTATATTAAGAGGGGGTGAAA;TC=23;TR=8 GT:GL:GQ 0/1:-96.52,-33.16,-85.46:100
139 20 863148 . C CTAT . PASS FR=0.5;HP=2;NF=3;NR=12;PP=100.0;SC=CCAGAGAAGGCTATTGCTCTC;TC=37;TR=15 GT:GL:GQ 0/1:-223.19,-48.7,-208.9:100
140 20 899789 . CTCTT C . PASS FR=0.5;HP=3;NF=1;NR=3;PP=100.0;SC=TTTCCTTCTTCTCTTTCTTTC;TC=21;TR=4 GT:GL:GQ 0/1:-62.34,-23.94,-85.48:100
141 20 900698 . T TC . PASS FR=1.0;HP=4;NF=11;NR=5;PP=100.0;SC=AGGAAGGCAGTCCCCTTTCCT;TC=29;TR=16 GT:GL:GQ 1/1:-292.54,-113.13,-95.49:100
142 20 902060 . T TG,G . PASS FR=0.5,0.5;HP=5;NF=2,7;NR=2,4;PP=100.0,100.0;SC=TTGACTGCCCTCCTCCACTTT;TC=19;TR=4,11 GT:GL:GQ 1/2:-1.0,-1.0,-1.0:100
143 20 909945 . TTATGG TTGG,T . PASS FR=0.5,0.5;HP=2;NF=10,8;NR=5,5;PP=100.0,100.0;SC=TTAGTTTAGTTTATGGTATCC;TC=32;TR=15,13 GT:GL:GQ 1/2:-1.0,-1.0,-1.0:100
144 20 913303 . A AT . PASS FR=1.0;HP=10;NF=9;NR=4;PP=100.0;SC=AGATTTAAAGATTTTTTTTTT;TC=21;TR=13 GT:GL:GQ 1/1:-227.97,-180.37,-171.35:75
145 20 922916 . A AT . PASS FR=1.0;HP=6;NF=2;NR=1;PP=27.0;SC=TTATTTATTTATTTATTTTTT;TC=7;TR=3 GT:GL:GQ 1/1:-68.71,-54.63,-52.11:41
146 20 933970 . GTTAT G . PASS FR=1.0;HP=4;NF=5;NR=5;PP=100.0;SC=CAGGCTAATTGTTATTTATTT;TC=24;TR=10 GT:GL:GQ 1/1:-169.08,-10.86,-0.46:87
147 20 934153 . A AT . PASS FR=1.0;HP=7;NF=4;NR=5;PP=100.0;SC=ATTTTTTTGTATTTTTTAATA;TC=11;TR=9 GT:GL:GQ 1/1:-123.08,-66.05,-59.03:57
148 20 945474 . CAT C . PASS FR=1.0;HP=2;NF=2;NR=6;PP=100.0;SC=CACACACACACATATATATAT;TC=31;TR=8 GT:GL:GQ 1/1:-229.9,-58.37,-41.73:100
149 20 954102 . A ATTGT . PASS FR=0.5;HP=6;NF=4;NR=1;PP=100.0;SC=TGTTTGTTTTATTGTTTGTTT;TC=30;TR=5 GT:GL:GQ 0/1:-77.28,-28.19,-134.91:100
150 20 972071 . A AT . PASS FR=0.5;HP=8;NF=7;NR=5;PP=100.0;SC=ATTAAAAAAGATTTTTTTTGT;TC=27;TR=12 GT:GL:GQ 0/1:-76.99,-19.47,-57.49:100
151 20 995685 . CAAAT C . PASS FR=1.0;HP=3;NF=3;NR=2;PP=100.0;SC=AACTCTATCTCAAATAAATAA;TC=15;TR=5 GT:GL:GQ 1/1:-96.06,-12.82,-6.68:77
152 20 1000562 . TTTCA T . PASS FR=0.5;HP=2;NF=10;NR=1;PP=100.0;SC=TCACCCTTTCTTTCATTCACT;TC=23;TR=11 GT:GL:GQ 0/1:-127.76,-31.92,-110.25:100
153 20 1005659 . CTCAG C . PASS FR=1.0;HP=3;NF=15;NR=6;PP=100.0;SC=AACAAACAAACTCAGTCTGTC;TC=34;TR=21 GT:GL:GQ 1/1:-379.32,-49.71,-26.34:100
154 20 1018266 . CAAT C . PASS FR=1.0;HP=4;NF=10;NR=7;PP=100.0;SC=GAAGTAACAACAATAATAATA;TC=26;TR=17 GT:GL:GQ 1/1:-307.78,-61.51,-42.82:100
155 20 1023817 . C CCCT . PASS FR=1.0;HP=3;NF=7;NR=3;PP=100.0;SC=CAGTGCCCACCCCTCCTCTCC;TC=22;TR=10 GT:GL:GQ 1/1:-230.45,-50.55,-37.14:100
156 20 1024121 . A AT . PASS FR=1.0;HP=6;NF=5;NR=3;PP=100.0;SC=CGGGTCAGGCATTTTTTATCA;TC=16;TR=8 GT:GL:GQ 1/1:-95.55,-28.09,-20.26:65
157 20 1042261 . CCCTG C . PASS FR=1.0;HP=2;NF=10;NR=10;PP=100.0;SC=CCAAACCCAACCCTGCCTGGC;TC=25;TR=20 GT:GL:GQ 1/1:-365.29,-133.94,-117.57:100
158 20 1050585 . AT A . PASS FR=1.0;HP=10;NF=9;NR=15;PP=100.0;SC=TTCTAATTCCATTTTTTTTTT;TC=33;TR=24 GT:GL:GQ 1/1:-288.37,-205.98,-189.27:100
159 20 1059991 . G GAATT . PASS FR=1.0;HP=2;NF=10;NR=6;PP=100.0;SC=AACATTTGTTGAATTAATTAA;TC=25;TR=16 GT:GL:GQ 1/1:-290.89,-32.75,-16.81:100
160 20 1072882 . CAG C . PASS FR=0.5;HP=6;NF=5;NR=6;PP=100.0;SC=ATCAGAAAAACAGAGACCACA;TC=23;TR=11 GT:GL:GQ 0/1:-124.42,-26.5,-135.46:100
161 20 1084744 . TG T . PASS FR=1.0;HP=5;NF=9;NR=12;PP=100.0;SC=ACCATAAATGTGGGGCTACTG;TC=23;TR=21 GT:GL:GQ 1/1:-326.86,-192.89,-179.07:100
162 20 1100621 . TAG T . PASS FR=0.5;HP=4;NF=6;NR=3;PP=100.0;SC=GCTTCTCAAATAGAGTCTTAA;TC=23;TR=9 GT:GL:GQ 0/1:-166.5,-71.13,-124.84:100
163 20 1105206 . C CAT . PASS FR=1.0;HP=1;NF=15;NR=11;PP=100.0;SC=AATTTATCCACGTGTACCAGA;TC=32;TR=26 GT:GL:GQ 1/1:-427.57,-192.92,-171.28:100
164 20 1114638 . C CTCTT . PASS FR=1.0;HP=4;NF=9;NR=17;PP=100.0;SC=TGTGTCCTCTCTTTGTATTTG;TC=34;TR=26 GT:GL:GQ 1/1:-420.88,-72.2,-49.92:100
165 20 1118278 . GAA G . PASS FR=1.0;HP=5;NF=13;NR=8;PP=100.0;SC=AGAAAAGGGAGAAAAGGAGGC;TC=24;TR=21 GT:GL:GQ 1/1:-206.9,-16.17,-0.92:100
166 20 1127807 . TCATCATCATCATCAC T . PASS FR=0.5;HP=1;NF=2;NR=3;PP=100.0;SC=ATCATCATCATCATCATCATC;TC=18;TR=5 GT:GL:GQ 1/0:-246.11,-143.41,-171.3:100
167 20 1133620 . GC G . PASS FR=1.0;HP=3;NF=17;NR=8;PP=100.0;SC=TAAGGACCAAGCCCTGTTTAT;TC=28;TR=25 GT:GL:GQ 1/1:-266.52,-52.99,-34.3:100
168 20 1162839 . AG A . PASS FR=0.5;HP=10;NF=1;NR=6;PP=100.0;SC=GGGGTGGGGGAGGGGGTAGAA;TC=27;TR=7 GT:GL:GQ 0/1:-154.34,-117.72,-158.43:100
169 20 1165265 . TACAC T . PASS FR=1.0;HP=1;NF=2;NR=1;PP=100.0;SC=CACACGCGCGTACACACACAC;TC=13;TR=3 GT:GL:GQ 1/1:-65.7,-24.93,-20.64:52
170 20 1168799 . T TAC . PASS FR=0.5;HP=3;NF=1;NR=3;PP=100.0;SC=ATATATATAATACACACACAC;TC=33;TR=4 GT:GL:GQ 0/1:-146.28,-74.63,-149.77:100
171 20 1194678 . A AT . PASS FR=1.0;HP=8;NF=13;NR=12;PP=100.0;SC=TACAAGATTAATTTTTTTTGT;TC=37;TR=25 GT:GL:GQ 1/1:-428.37,-300.25,-279.55:89
172 20 1195705 . AAAG A . PASS FR=1.0;HP=2;NF=10;NR=12;PP=100.0;SC=AGAGATGGCCAAAGAAGACAT;TC=27;TR=22 GT:GL:GQ 1/1:-481.8,-237.54,-219.64:100
173 20 1200593 . GA G . PASS FR=0.5;HP=5;NF=7;NR=5;PP=100.0;SC=TTTTTTAAAAGATCAACAAAA;TC=31;TR=12 GT:GL:GQ 0/1:-291.7,-258.36,-302.47:100
174 20 1202056 . C CT . PASS FR=0.5;HP=6;NF=2;NR=1;PP=73.0;SC=TTCTTTCTTTCTTTCTTTCTT;TC=17;TR=3 GT:GL:GQ 0/1:-78.02,-50.24,-96.3:100
175 20 1217230 . C CT . PASS FR=0.5;HP=3;NF=6;NR=7;PP=100.0;SC=TGAATCTGAACTTTCTCTATT;TC=29;TR=13 GT:GL:GQ 0/1:-136.34,-37.11,-139.78:100
176 20 1238533 . TATC T . PASS FR=0.5;HP=1;NF=6;NR=8;PP=100.0;SC=ATTCCCTTATTATCCTTTTAA;TC=32;TR=14 GT:GL:GQ 0/1:-203.0,-27.66,-145.09:100
177 20 1258183 . GTGTC G . PASS FR=0.5;HP=2;NF=9;NR=7;PP=100.0;SC=CTGTGCATGTGTGTCTGTGTG;TC=40;TR=16 GT:GL:GQ 0/1:-393.66,-270.04,-334.02:100
178 20 1258199 . C CTG . PASS FR=1.0;HP=2;NF=10;NR=8;PP=100.0;SC=GTGTGTGTATCTGTGTGTGTG;TC=39;TR=18 GT:GL:GQ 1/1:-443.43,-273.82,-255.93:100
179 20 1258268 . C CTG . PASS FR=1.0;HP=1;NF=14;NR=7;PP=100.0;SC=GTATGTGTGCCTGTGTGTGTG;TC=36;TR=21 GT:GL:GQ 1/1:-385.28,-210.98,-205.13:73
180 20 1258437 . GTGTGCCTGTGTGTGTC G . PASS FR=0.5;HP=2;NF=3;NR=4;PP=100.0;SC=GCCTGTGTATGTGTGCCTGTG;TC=40;TR=7 GT:GL:GQ 0/1:-300.85,-170.75,-363.46:100
181 20 1258704 . C CTGTT . PASS FR=0.5;HP=2;NF=6;NR=3;PP=100.0;SC=GTGTGTGTGTCTGTGTGTGTA;TC=34;TR=9 GT:GL:GQ 0/1:-182.12,-58.28,-233.67:100
182 20 1270442 . CA C . PASS FR=1.0;HP=2;NF=5;NR=12;PP=100.0;SC=CACTGCACTCCAAGCCTAGGT;TC=17;TR=17 GT:GL:GQ 1/1:-162.61,-26.2,-14.46:98
183 20 1272295 . CTCTGT C . PASS FR=1.0;HP=1;NF=13;NR=7;PP=100.0;SC=CCAAGTTCTGCTCTGTTGATT;TC=25;TR=20 GT:GL:GQ 1/1:-389.78,-103.27,-85.17:100
184 20 1272815 . C CATAG . PASS FR=1.0;HP=2;NF=11;NR=10;PP=100.0;SC=TAGTCTAAGGCATAGCATCCT;TC=27;TR=21 GT:GL:GQ 1/1:-368.78,-50.48,-32.46:100
185 20 1291149 . GCAA G . PASS FR=0.5;HP=1;NF=2;NR=3;PP=100.0;SC=CCTGGATACAGCAACAACAGT;TC=25;TR=5 GT:GL:GQ 0/1:-151.35,-93.7,-185.23:100
186 20 1292033 . C CTTGT . PASS FR=0.5;HP=2;NF=7;NR=5;PP=100.0;SC=CTTACATTTGCTTGTTTGATA;TC=29;TR=12 GT:GL:GQ 0/1:-444.32,-314.49,-337.3:100
187 20 1292718 . GT G . PASS FR=1.0;HP=8;NF=9;NR=3;PP=100.0;SC=TAATTTTTTAGTTTTTTTTGT;TC=17;TR=12 GT:GL:GQ 1/1:-140.26,-85.11,-76.3:73
188 20 1292776 . T TA . PASS FR=1.0;HP=1;NF=14;NR=10;PP=100.0;SC=CTCCTGGACTTAGTGATCCTC;TC=25;TR=24 GT:GL:GQ 1/1:-310.19,-119.02,-102.21:100
189 20 1303648 . A AG . PASS FR=0.5;HP=4;NF=6;NR=2;PP=100.0;SC=GGCAACACTCACCCGGCTGAG;TC=19;TR=8 GT:GL:GQ 0/1:-115.57,-32.83,-76.0:100
190 20 1312294 . A AT . PASS FR=1.0;HP=7;NF=5;NR=6;PP=100.0;SC=CACCTGGCTAATTTTTTTATT;TC=17;TR=11 GT:GL:GQ 1/1:-196.82,-109.27,-98.21:93
191 20 1318554 . TCCCACAGAGAAGTCC T . PASS FR=1.0;HP=3;NF=5;NR=4;PP=100.0;SC=ACCTAAGCATTCCCACAGAGA;TC=12;TR=9 GT:GL:GQ 1/1:-228.16,-15.45,-7.14:62
192 20 1322791 . G GCACACA,GCACACACA . PASS FR=0.5,0.5;HP=1;NF=3,3;NR=0,4;PP=43.0,100.0;SC=GAGAACAAATGCACACACACA;TC=18;TR=3,7 GT:GL:GQ 1/2:-1.0,-1.0,-1.0:100
193 20 1333430 . C CT . PASS FR=1.0;HP=2;NF=18;NR=9;PP=100.0;SC=ATGAAGGTGACTTCTCAGGTG;TC=32;TR=27 GT:GL:GQ 1/1:-276.34,-27.55,-7.09:100
194 20 1342649 . AT A . PASS FR=1.0;HP=6;NF=17;NR=10;PP=100.0;SC=AGTGTATGAGATTTTTTGTTA;TC=29;TR=27 GT:GL:GQ 1/1:-209.72,-24.22,-4.14:100
195 20 1349439 . C CCCT . PASS FR=0.5;HP=4;NF=2;NR=6;PP=100.0;SC=CCCACATTCCCCCTCCTCTGA;TC=22;TR=8 GT:GL:GQ 0/1:-157.47,-56.31,-133.86:100
196 20 1358694 . C CAGTTTGGGCACTAACACCTACTT . PASS FR=0.5;HP=1;NF=4;NR=1;PP=100.0;SC=CTATACGGGTCAGTTTGGGCA;TC=19;TR=5 GT:GL:GQ 0/1:-272.45,-105.91,-212.24:100
197 20 1364390 . G GA . PASS FR=1.0;HP=2;NF=9;NR=6;PP=100.0;SC=GATCAAGTGGGAGATCACTTG;TC=25;TR=15 GT:GL:GQ 1/1:-334.68,-154.31,-139.66:100
198 20 1369478 . CG C . PASS FR=0.5;HP=2;NF=7;NR=4;PP=100.0;SC=TAAAAACCAACGAGGCTCCAC;TC=23;TR=11 GT:GL:GQ 0/1:-184.87,-113.86,-180.77:100
199 20 1372404 . GA G . PASS FR=1.0;HP=7;NF=8;NR=5;PP=100.0;SC=GAGGGAGTGGGAAAAAAAGAG;TC=17;TR=13 GT:GL:GQ 1/1:-147.21,-77.38,-68.31:75
200 20 1379453 . C CTG . PASS FR=1.0;HP=2;NF=4;NR=11;PP=100.0;SC=TGCCAGGACTCTCCTCGCTGT;TC=19;TR=15 GT:GL:GQ 1/1:-192.19,-47.83,-35.2:100
201 20 1381135 . AG A . PASS FR=0.5;HP=2;NF=3;NR=5;PP=100.0;SC=CTTGAGGACAAGGCATTATAG;TC=26;TR=8 GT:GL:GQ 0/1:-99.07,-46.56,-212.4:100
202 20 1386382 . AGAG A . PASS FR=0.5;HP=3;NF=7;NR=1;PP=100.0;SC=ACTAATTAAAAGAGAACCCTG;TC=26;TR=8 GT:GL:GQ 0/1:-184.22,-117.09,-276.56:100
203 20 1389225 . CGTGTGT C . PASS FR=1.0;HP=1;NF=1;NR=1;PP=100.0;SC=TATGAAGACTCGTGTGTGTGT;TC=12;TR=2 GT:GL:GQ 1/1:-80.8,-37.12,-33.18:48
204 20 1392633 . AT A . PASS FR=0.5;HP=9;NF=8;NR=5;PP=100.0;SC=AAGCCAACACATTTTTTTTTC;TC=29;TR=13 GT:GL:GQ 0/1:-142.17,-103.31,-156.4:100
205 20 1399660 . A AAAAAC . PASS FR=0.5;HP=2;NF=1;NR=7;PP=100.0;SC=TGTTTATGTTAGAAACAAAAC;TC=28;TR=8 GT:GL:GQ 0/1:-237.24,-123.87,-245.2:100
206 20 1401887 . T TC . PASS FR=0.5;HP=6;NF=3;NR=5;PP=100.0;SC=TGACTTTTTTTCTCCCTGAGA;TC=26;TR=8 GT:GL:GQ 0/1:-140.81,-26.64,-103.7:100
207 20 1403888 . G GT . PASS FR=0.5;HP=1;NF=3;NR=5;PP=100.0;SC=CAGAGAGGGCGTAAGATTGGA;TC=18;TR=8 GT:GL:GQ 0/1:-134.33,-94.6,-144.84:100
208 20 1411174 . G GT . PASS FR=1.0;HP=1;NF=14;NR=18;PP=100.0;SC=TTCCAACAGTGACAAGGGTTT;TC=34;TR=32 GT:GL:GQ 1/1:-370.91,-42.86,-18.85:100
209 20 1411544 . TG T . PASS FR=0.5;HP=4;NF=7;NR=2;PP=36.0;SC=ATTTATAAAATGTTTTTGTTG;TC=28;TR=9 GT:GL:GQ 0/1:-275.92,-257.59,-310.84:82
210 20 1420200 . CT C . PASS FR=1.0;HP=2;NF=13;NR=7;PP=100.0;SC=AAGATGGAACCTTAAGTTCAA;TC=24;TR=20 GT:GL:GQ 1/1:-229.24,-45.08,-29.19:100
211 20 1421627 . GC G . PASS FR=1.0;HP=4;NF=12;NR=6;PP=100.0;SC=GGAGCCCAACGCCCATTTAAA;TC=24;TR=18 GT:GL:GQ 1/1:-219.35,-32.03,-15.65:100
212 20 1428402 . A ATCTAT . PASS FR=0.5;HP=2;NF=6;NR=3;PP=100.0;SC=AATAGCTGATATCAGTTAAGG;TC=30;TR=9 GT:GL:GQ 0/1:-414.87,-348.43,-419.1:100
213 20 1428454 . TC T . PASS FR=0.5;HP=2;NF=11;NR=7;PP=100.0;SC=TTACACCGACTCTGTGCAGGT;TC=37;TR=18 GT:GL:GQ 0/1:-456.05,-415.06,-465.1:100
214 20 1448428 . AC A . PASS FR=1.0;HP=2;NF=12;NR=6;PP=100.0;SC=ACGGTAAACAACCTTCCCGCG;TC=21;TR=18 GT:GL:GQ 1/1:-289.43,-190.83,-179.1:98
215 20 1450561 . A AAATAAT . PASS FR=1.0;HP=8;NF=6;NR=4;PP=100.0;SC=CTGTCTCAAAAAAAAATAATA;TC=23;TR=10 GT:GL:GQ 1/1:-324.02,-170.06,-160.02:94
216 20 1454025 . GCACACACGCA G . PASS FR=1.0;HP=1;NF=5;NR=3;PP=100.0;SC=ACGCACACATGCACACACGCA;TC=23;TR=8 GT:GL:GQ 1/1:-298.98,-49.31,-43.52:72
217 20 1455718 . AC A . PASS FR=0.5;HP=8;NF=5;NR=3;PP=100.0;SC=TGGTGGTAGCACCCCCCCAGG;TC=26;TR=8 GT:GL:GQ 0/1:-122.23,-68.33,-113.23:100
218 20 1466298 . C CCA . PASS FR=0.5;HP=1;NF=3;NR=2;PP=100.0;SC=CACACACACACCACACACACA;TC=25;TR=5 GT:GL:GQ 0/1:-174.97,-31.68,-40.82:42
219 20 1470727 . TG T . PASS FR=1.0;HP=4;NF=9;NR=10;PP=100.0;SC=CAACAATCATTGGGGAATATT;TC=24;TR=19 GT:GL:GQ 1/1:-243.08,-66.7,-50.7:100
220 20 1473489 . ATAATT A . PASS FR=0.5;HP=2;NF=13;NR=9;PP=100.0;SC=TTACTTACAAATAATTTTATT;TC=35;TR=22 GT:GL:GQ 0/1:-297.03,-26.79,-121.41:100
221 20 1475430 . C CTCT . PASS FR=0.5;HP=3;NF=5;NR=7;PP=100.0;SC=CTCATTTCTTCTCTTTTCATT;TC=31;TR=12 GT:GL:GQ 0/1:-179.5,-26.21,-143.42:100
222 20 1477952 . AGTCTACACGT A . PASS FR=0.5;HP=1;NF=1;NR=2;PP=100.0;SC=TTGTCTTTTCAGTCTACACGT;TC=26;TR=3 GT:GL:GQ 0/1:-132.31,-83.49,-272.8:100
223 20 1485444 . TGAGAGAGA T . PASS FR=0.5;HP=2;NF=1;NR=2;PP=100.0;SC=TGTGTGTGTGTGAGAGAGAGA;TC=17;TR=3 GT:GL:GQ 1/0:-294.27,-239.82,-244.87:100
224 20 1498426 . G GA . PASS FR=1.0;HP=6;NF=18;NR=13;PP=100.0;SC=TACAACGGAAGAAAAGCCTAA;TC=33;TR=31 GT:GL:GQ 1/1:-335.62,-79.86,-57.15:100
225 20 1499276 . TGAGA T . PASS FR=0.5;HP=2;NF=4;NR=2;PP=100.0;SC=TCAAAGTGAATGAGAGAGAGG;TC=23;TR=6 GT:GL:GQ 0/1:-190.39,-128.87,-245.46:100
226 20 1500650 . A AG . PASS FR=1.0;HP=1;NF=9;NR=8;PP=100.0;SC=AAGGAGCAGCAGTTCTGAGAG;TC=19;TR=17 GT:GL:GQ 1/1:-187.24,-32.97,-19.25:100
227 20 1510246 . CA C . PASS FR=1.0;HP=10;NF=15;NR=6;PP=100.0;SC=AACTCTGTCTCAAAAAAAAAA;TC=29;TR=21 GT:GL:GQ 1/1:-113.89,-25.37,-8.27:100
228 20 1510966 . C CTA . PASS FR=1.0;HP=2;NF=10;NR=3;PP=100.0;SC=TTTTATCTCTCTGTGTCATTT;TC=21;TR=13 GT:GL:GQ 1/1:-215.34,-14.55,0.0:100
229 20 1512623 . TTGTC T . PASS FR=0.5;HP=1;NF=2;NR=7;PP=100.0;SC=ACTCCATAGATTGTCTGGGTA;TC=27;TR=9 GT:GL:GQ 0/1:-204.17,-64.36,-220.46:100
230 20 1516154 . A AAG . PASS FR=0.5;HP=1;NF=9;NR=1;PP=100.0;SC=GTTTTATAAGAAGAGAGAGAG;TC=28;TR=10 GT:GL:GQ 0/1:-197.81,-103.51,-159.44:100
231 20 1524117 . G GTGA . PASS FR=1.0;HP=2;NF=12;NR=14;PP=100.0;SC=TGGGATCAGGGTATTCCCTTC;TC=27;TR=26 GT:GL:GQ 1/1:-368.49,-35.51,-15.43:100
232 20 1525024 . CT C . PASS FR=0.5;HP=7;NF=3;NR=3;PP=96.0;SC=CCTTCTTTGTCTTTTTTGATC;TC=18;TR=6 GT:GL:GQ 0/1:-53.12,-20.94,-98.55:100
233 20 1525853 . G GT . PASS FR=0.5;HP=5;NF=7;NR=4;PP=100.0;SC=CCTGAAGTGTGTTTTCCAACT;TC=29;TR=11 GT:GL:GQ 0/1:-133.05,-52.13,-148.67:100
234 20 1597255 . TG T . PASS FR=0.5;HP=2;NF=13;NR=3;PP=100.0;SC=GTAAAAGTACTGGAAGAAAAG;TC=39;TR=16 GT:GL:GQ 0/1:-269.31,-182.14,-334.79:100
235 20 1627288 . ATTTGT A . PASS FR=0.5;HP=3;NF=4;NR=2;PP=100.0;SC=ACTTTTTTTCATTTGTTTTGT;TC=20;TR=6 GT:GL:GQ 0/1:-133.15,-70.66,-175.26:100
236 20 1629280 . T TAATAAAATAA . PASS FR=0.5;HP=3;NF=1;NR=4;PP=100.0;SC=ACTTAAAGTATAATAAAATAA;TC=18;TR=5 GT:GL:GQ 0/1:-155.63,-27.66,-95.67:100
237 20 1648829 . CTTTCTTTTTCTTTTCT C . PASS FR=0.5;HP=6;NF=1;NR=1;PP=74.0;SC=TTCTTTCTTTCTTTCTTTTTC;TC=20;TR=2 GT:GL:GQ 0/1:-191.4,-160.88,-232.59:100
238 20 1653387 . T TTTG . PASS FR=0.5;HP=2;NF=2;NR=7;PP=100.0;SC=CGGCCAATCATTTGTTGTTGT;TC=25;TR=9 GT:GL:GQ 0/1:-189.9,-54.75,-106.65:100
239 20 1656519 . GT G . PASS FR=0.5;HP=9;NF=4;NR=5;PP=100.0;SC=GAGCTGCACTGTTTTTTTTCT;TC=20;TR=9 GT:GL:GQ 0/1:-62.34,-19.97,-47.7:100
240 20 1658890 . ACT A . PASS FR=0.5;HP=2;NF=6;NR=2;PP=100.0;SC=CATGTGATACACTGTGGGCCC;TC=27;TR=8 GT:GL:GQ 0/1:-198.65,-163.08,-324.51:100
241 20 1660493 . AT A . PASS FR=0.5;HP=1;NF=6;NR=5;PP=100.0;SC=CATTTGGGAGATGCTATTACC;TC=31;TR=11 GT:GL:GQ 0/1:-160.86,-59.8,-177.36:100
242 20 1661355 . TG T . PASS FR=0.5;HP=1;NF=6;NR=7;PP=100.0;SC=GAAAAACACATGATTATCCAT;TC=34;TR=13 GT:GL:GQ 0/1:-171.31,-99.84,-269.81:100
243 20 1661478 . G GT . PASS FR=0.5;HP=9;NF=7;NR=5;PP=100.0;SC=ATACTTTCTTGTTTTTTTGGC;TC=35;TR=12 GT:GL:GQ 0/1:-150.06,-61.16,-108.32:100
244 20 1661816 . C CA . PASS FR=0.5;HP=1;NF=1;NR=6;PP=100.0;SC=AATTTGCAATCATACAGAAAG;TC=24;TR=7 GT:GL:GQ 0/1:-96.53,-29.07,-136.56:100
245 20 1662592 . GATATAACTA G . PASS FR=0.5;HP=1;NF=4;NR=5;PP=100.0;SC=TATGGATATGGATATAACTAA;TC=23;TR=9 GT:GL:GQ 0/1:-238.09,-62.84,-220.35:100
246 20 1665050 . A ATG . PASS FR=0.5;HP=2;NF=6;NR=6;PP=100.0;SC=ATACACACATATATATATGTA;TC=34;TR=12 GT:GL:GQ 0/1:-151.91,-67.61,-244.28:100
247 20 1667770 . TG T . PASS FR=0.5;HP=6;NF=5;NR=5;PP=100.0;SC=AGGGTTATGATGGGGGGAGAA;TC=29;TR=10 GT:GL:GQ 0/1:-75.51,-17.52,-115.09:100
248 20 1674714 . A AT . PASS FR=1.0;HP=6;NF=12;NR=9;PP=100.0;SC=AAGGAGAATCATTTTTTCTTA;TC=26;TR=21 GT:GL:GQ 1/1:-198.16,-29.36,-11.98:100
249 20 1679689 . TACACAC TACACACACAC,T . PASS FR=0.5,0.5;HP=3;NF=2,1;NR=0,1;PP=100.0,100.0;SC=TTAGATGCCCTACACACACAC;TC=23;TR=2,2 GT:GL:GQ 1/2:-1.0,-1.0,-1.0:100
250 20 1680048 . G GA . PASS FR=0.5;HP=9;NF=4;NR=9;PP=100.0;SC=GAAAACAACAGAAAAAAAACT;TC=30;TR=13 GT:GL:GQ 0/1:-157.3,-90.19,-130.66:100
251 20 1680109 . GA G . PASS FR=0.5;HP=4;NF=9;NR=8;PP=100.0;SC=AACAGCAAGAGAAATTATAAA;TC=32;TR=17 GT:GL:GQ 0/1:-210.03,-97.05,-217.17:100
252 20 1682621 . A AT . PASS FR=1.0;HP=3;NF=18;NR=11;PP=100.0;SC=AATATATCATATTACACAGTG;TC=31;TR=29 GT:GL:GQ 1/1:-304.45,-32.07,-10.59:100
253 20 1683112 . T TC . PASS FR=1.0;HP=2;NF=6;NR=11;PP=100.0;SC=CAAACCCTCTTCCTATACCAC;TC=23;TR=17 GT:GL:GQ 1/1:-265.19,-181.47,-172.55:74
254 20 1683153 . CA C . PASS FR=0.5;HP=2;NF=5;NR=7;PP=100.0;SC=GCAGCAGCTGCAAGAAGTCTC;TC=22;TR=12 GT:GL:GQ 0/1:-291.99,-237.27,-279.09:100
255 20 1683250 . ATAGCTCTACCAGT A . PASS FR=0.5;HP=1;NF=5;NR=4;PP=100.0;SC=AGTTCGAATCATAGCTCTACC;TC=22;TR=9 GT:GL:GQ 0/1:-267.9,-88.45,-154.18:100
256 20 1683813 . C CT . PASS FR=0.5;HP=6;NF=12;NR=13;PP=100.0;SC=AAGAGAATGTCTTTTTAAAAT;TC=53;TR=25 GT:GL:GQ 0/1:-327.36,-122.23,-224.07:100
257 20 1683959 . C CA . PASS FR=0.5;HP=8;NF=4;NR=9;PP=100.0;SC=TCAACAATGACAAAAAAAGCA;TC=24;TR=13 GT:GL:GQ 0/1:-130.55,-27.62,-42.34:66
258 20 1684576 . A AATGTATAATAC . PASS FR=0.5;HP=2;NF=5;NR=4;PP=96.0;SC=ATACTGTTTAAATATTTCCTG;TC=24;TR=9 GT:GL:GQ 0/1:-370.23,-353.25,-494.05:100
259 20 1688002 . AAAAC A . PASS FR=1.0;HP=3;NF=4;NR=6;PP=100.0;SC=ACTCCCTCTCAAAACAAACAA;TC=22;TR=10 GT:GL:GQ 1/1:-132.2,-18.69,-9.78:74
260 20 1690549 . CCT C . PASS FR=0.5;HP=3;NF=6;NR=6;PP=100.0;SC=GAAATCTTCCCCTGTCTGTGA;TC=32;TR=12 GT:GL:GQ 0/1:-184.81,-148.16,-332.53:100
261 20 1694183 . CT C . PASS FR=0.5;HP=3;NF=8;NR=5;PP=100.0;SC=TATACAAAGACTTTATAACCA;TC=29;TR=13 GT:GL:GQ 0/1:-144.04,-44.56,-141.78:100
262 20 1699510 . T TCCCA . PASS FR=0.5;HP=3;NF=10;NR=2;PP=100.0;SC=AATGTCTCATTCCCACATCCT;TC=19;TR=12 GT:GL:GQ 0/1:-164.23,-17.54,-74.37:100
263 20 1701571 . TTAAAATAAAA T . PASS FR=0.5;HP=4;NF=5;NR=2;PP=100.0;SC=CATCTCAAAATTAAAATAAAA;TC=21;TR=7 GT:GL:GQ 0/1:-177.13,-95.66,-194.53:100
264 20 1716144 . A AGTGT . PASS FR=0.5;HP=8;NF=3;NR=4;PP=100.0;SC=GGTTTTTTTTAGTGTGTGTGT;TC=23;TR=7 GT:GL:GQ 0/1:-151.21,-52.44,-109.8:100
265 20 1719870 . TG T . PASS FR=0.5;HP=1;NF=3;NR=11;PP=100.0;SC=ATCAAACCTCTGTGGGAGAGA;TC=27;TR=14 GT:GL:GQ 0/1:-146.54,-22.92,-111.48:100
266 20 1721789 . GT G . PASS FR=0.5;HP=9;NF=6;NR=4;PP=100.0;SC=GCACTTGGGAGTTTTTTTTTC;TC=23;TR=10 GT:GL:GQ 0/1:-60.27,-22.43,-60.17:100
267 20 1722316 . CCTTT C . PASS FR=1.0;HP=2;NF=2;NR=1;PP=100.0;SC=TTTCTCTCTTCCTTTCTTTCT;TC=7;TR=3 GT:GL:GQ 1/1:-85.7,-30.24,-25.46:57
268 20 1727042 . T TA . PASS FR=1.0;HP=2;NF=10;NR=8;PP=100.0;SC=AATTAAATTATATAGAGGAAG;TC=20;TR=18 GT:GL:GQ 1/1:-223.19,-104.73,-92.26:100
269 20 1728298 . G GT . PASS FR=1.0;HP=4;NF=11;NR=14;PP=100.0;SC=AAGAACAGAGGTTTTAAGCAT;TC=28;TR=25 GT:GL:GQ 1/1:-297.24,-94.99,-75.97:100
270 20 1730788 . T TGATA . PASS FR=1.0;HP=3;NF=3;NR=6;PP=100.0;SC=AGATGATAAATGATAGATAGA;TC=36;TR=9 GT:GL:GQ 1/1:-190.89,-23.51,-13.12:87
271 20 1731625 . CA C . PASS FR=1.0;HP=9;NF=5;NR=8;PP=100.0;SC=GACTCCATCTCAAAAAAAAAG;TC=23;TR=13 GT:GL:GQ 1/1:-93.68,-29.69,-18.4:95
272 20 1734082 . AAAAAT A . PASS FR=0.5;HP=4;NF=6;NR=3;PP=100.0;SC=CAATAGCTATAAAAATAAAAT;TC=38;TR=9 GT:GL:GQ 0/1:-124.98,-23.78,-220.83:100
273 20 1738324 . T TC . PASS FR=1.0;HP=3;NF=7;NR=10;PP=100.0;SC=ACACTCCTTTTCCTTCATGAT;TC=22;TR=17 GT:GL:GQ 1/1:-213.69,-47.59,-33.85:100
274 20 1738519 . A AG . PASS FR=1.0;HP=1;NF=13;NR=11;PP=100.0;SC=CTGTCAAACTAGCCTCTGGCT;TC=29;TR=24 GT:GL:GQ 1/1:-269.52,-42.45,-23.17:100
275 20 1741051 . T TAA . PASS FR=1.0;HP=1;NF=12;NR=12;PP=100.0;SC=TAAATATATATGACTATTTTT;TC=35;TR=24 GT:GL:GQ 1/1:-395.96,-52.09,-26.1:100
276 20 1745352 . A ACAATAATCACATCAAAGAT . PASS FR=1.0;HP=2;NF=4;NR=8;PP=100.0;SC=CAAGACCATTACACTAATCAC;TC=17;TR=12 GT:GL:GQ 1/1:-425.27,-43.37,-23.58:100
277 20 1746606 . GTA G . PASS FR=1.0;HP=2;NF=1;NR=4;PP=100.0;SC=ATATATATGTGTATATATATA;TC=9;TR=5 GT:GL:GQ 1/1:-98.72,-49.48,-45.34:50
278 20 1768362 . G GAA . PASS FR=1.0;HP=2;NF=7;NR=14;PP=100.0;SC=TAGAGTGATGGAAGAGACTGG;TC=27;TR=21 GT:GL:GQ 1/1:-269.69,-41.32,-23.11:100
279 20 1778684 . A AGTGCTT . PASS FR=0.5;HP=2;NF=1;NR=1;PP=83.0;SC=ATTGCCCTCCATTGGAGGCTG;TC=14;TR=2 GT:GL:GQ 1/0:-256.33,-220.54,-244.27:69
280 20 1833292 . TA T . PASS FR=0.5;HP=3;NF=5;NR=5;PP=100.0;SC=ATATTATGTATAATCTCAATT;TC=25;TR=10 GT:GL:GQ 0/1:-147.42,-89.75,-210.06:100
281 20 1848829 . CTTTTCT C . PASS FR=1.0;HP=8;NF=6;NR=15;PP=100.0;SC=CTTTTCTTTTCTTTTCTTTTC;TC=25;TR=21 GT:GL:GQ 1/1:-409.42,-172.01,-156.56:100
282 20 1848853 . CTT C . PASS FR=0.5;HP=4;NF=3;NR=4;PP=100.0;SC=CTTTCTTTCTCTTTCTTTCTT;TC=26;TR=7 GT:GL:GQ 0/1:-469.4,-397.68,-416.1:83
283 20 1848877 . C CTT . PASS FR=0.9999;HP=4;NF=2;NR=1;PP=100.0;SC=TTCTTTCTTTCTCTTTCTTTC;TC=26;TR=3 GT:GL:GQ 1/1:-373.17,-284.63,-280.27:37
284 20 1852149 . CCA C . PASS FR=0.5;HP=1;NF=4;NR=1;PP=100.0;SC=CACCCCCTCTCCACACACACA;TC=23;TR=5 GT:GL:GQ 0/1:-139.51,-90.17,-161.53:100
285 20 1855569 . AACACAC A . PASS FR=1.0;HP=1;NF=7;NR=3;PP=100.0;SC=GTCACTCTACAACACACACAC;TC=14;TR=10 GT:GL:GQ 1/1:-159.46,-18.21,-11.49:84
286 20 1857852 . TC T . PASS FR=1.0;HP=6;NF=4;NR=19;PP=100.0;SC=CCCGTGTCCATCCCCCCTGTA;TC=58;TR=23 GT:GL:GQ 1/1:-667.45,-637.23,-632.11:63
287 20 1857976 . G GT . PASS FR=1.0;HP=5;NF=12;NR=1;PP=100.0;SC=GCTTTGTTTTGTCAGTTGTTT;TC=22;TR=13 GT:GL:GQ 1/1:-196.6,-28.45,-14.03:100
288 20 1872437 . AT A . PASS FR=0.5;HP=2;NF=2;NR=4;PP=100.0;SC=TCCCTGGCTAATTCCCCCCAC;TC=23;TR=6 GT:GL:GQ 0/1:-111.11,-55.77,-134.66:100
289 20 1890990 . CTT C . PASS FR=1.0;HP=5;NF=11;NR=12;PP=100.0;SC=TGTTTCATTACTTTTTAACTT;TC=24;TR=23 GT:GL:GQ 1/1:-245.45,-38.39,-20.54:100
290 20 1895466 . T TATAG . PASS FR=1.0;HP=1;NF=11;NR=5;PP=100.0;SC=AGATTAGAATTAGCCCAGCTC;TC=24;TR=16 GT:GL:GQ 1/1:-500.31,-454.72,-448.18:79
291 20 1895484 . ACT A . PASS FR=1.0;HP=1;NF=14;NR=4;PP=52.0;SC=CTCAGATGTGACTCTTCCAGA;TC=23;TR=18 GT:GL:GQ 1/1:-454.69,-436.37,-433.13:53
292 20 1912065 . AC A . PASS FR=0.5;HP=2;NF=7;NR=8;PP=100.0;SC=TGCCTTCATCACTGTTCCCAT;TC=25;TR=15 GT:GL:GQ 0/1:-166.95,-40.53,-113.76:100
293 20 1930288 . TAAG T . PASS FR=0.5;HP=2;NF=9;NR=4;PP=100.0;SC=TATAAGTTGTTAAGAAGAAAA;TC=31;TR=13 GT:GL:GQ 0/1:-196.67,-58.02,-140.92:100
294 20 1940722 . GTT G . PASS FR=0.5;HP=2;NF=6;NR=7;PP=100.0;SC=AAAAACCCAGGTTATATATAC;TC=25;TR=13 GT:GL:GQ 0/1:-178.3,-32.72,-93.72:100
295 20 1940980 . G GA . PASS FR=0.5;HP=3;NF=5;NR=3;PP=100.0;SC=AACTACTCAGGGGCTGAGATG;TC=20;TR=8 GT:GL:GQ 0/1:-91.81,-43.36,-126.02:100
296 20 1941170 . A AC . PASS FR=0.5;HP=1;NF=10;NR=2;PP=100.0;SC=ATACCTGTATAGAAAAAAAGT;TC=31;TR=12 GT:GL:GQ 0/1:-250.35,-208.27,-291.77:100
297 20 1943171 . T TG . PASS FR=0.5;HP=7;NF=1;NR=1;PP=56.0;SC=AGGGGAAGCCTGGGGGGGTTG;TC=19;TR=2 GT:GL:GQ 0/1:-65.38,-41.58,-85.08:100
298 20 1949783 . C CT . PASS FR=0.5;HP=10;NF=3;NR=4;PP=100.0;SC=GTGCTGAGCCCTTTTTTTTTT;TC=26;TR=7 GT:GL:GQ 0/1:-82.34,-46.95,-63.27:73
299 20 1959266 . A ATG . PASS FR=0.5;HP=2;NF=3;NR=4;PP=100.0;SC=CAACCTGAATATGTGTGTGTG;TC=24;TR=7 GT:GL:GQ 0/1:-140.42,-42.47,-66.02:100
300 20 1967894 . GATGA G . PASS FR=0.5;HP=2;NF=2;NR=4;PP=100.0;SC=TTGAGTGATTGATGAATGAAT;TC=24;TR=6 GT:GL:GQ 0/1:-113.7,-41.87,-83.28:100
301 20 1977448 . A ACACACACACG . PASS FR=0.5;HP=1;NF=1;NR=1;PP=100.0;SC=ACACACACACATAGAAGGCCA;TC=32;TR=2 GT:GL:GQ 0/1:-253.96,-71.96,-163.76:100
302 20 1996777 . CT C . PASS FR=0.5;HP=2;NF=4;NR=7;PP=100.0;SC=GTGTTTTAGGCTGTTATTTCA;TC=21;TR=11 GT:GL:GQ 0/1:-127.06,-33.79,-125.68:100
303 20 1997708 . CAT C . PASS FR=0.5;HP=2;NF=5;NR=4;PP=100.0;SC=CACACACACACATACAAAATA;TC=31;TR=9 GT:GL:GQ 0/1:-145.15,-85.85,-245.36:100
304 20 2004765 . T TG . PASS FR=0.5;HP=1;NF=2;NR=2;PP=76.0;SC=AGGATTTTTCTATCAGTCCAC;TC=12;TR=4 GT:GL:GQ 0/1:-54.31,-25.7,-84.4:100
305 20 2034931 . G GTTC . PASS FR=0.5;HP=2;NF=6;NR=4;PP=100.0;SC=AGATAGGTAAGTTCTTCCCCA;TC=24;TR=10 GT:GL:GQ 0/1:-162.21,-52.77,-146.87:100
306 20 2035677 . AACACAC AAC,A . PASS FR=0.5,0.5;HP=2;NF=2,3;NR=0,2;PP=39.0,100.0;SC=TTTTATAATAAACACACACAC;TC=29;TR=2,5 GT:GL:GQ 1/2:-1.0,-1.0,-1.0:88
307 20 2050099 . AATTG A . PASS FR=0.5;HP=2;NF=10;NR=5;PP=100.0;SC=TCTTATTCTTAATTGATCTAA;TC=35;TR=15 GT:GL:GQ 0/1:-259.54,-91.86,-224.89:100
308 20 2052246 . AC A . PASS FR=0.5;HP=1;NF=3;NR=6;PP=100.0;SC=GGTCCCAGCTACTCAGGAGGC;TC=19;TR=9 GT:GL:GQ 0/1:-113.96,-44.77,-115.57:100
309 20 2053863 . C CA . PASS FR=0.5;HP=9;NF=3;NR=4;PP=96.0;SC=ACTAAAAATACAAAAAAAATA;TC=16;TR=7 GT:GL:GQ 0/1:-46.07,-13.04,-34.97:98
310 20 2054845 . AAAGAGGAAAAAG A . PASS FR=0.5;HP=4;NF=7;NR=1;PP=100.0;SC=AAAAGAGGAAAAAGAGGAAAA;TC=27;TR=8 GT:GL:GQ 0/1:-251.05,-86.54,-294.87:100
311 20 2055452 . AAAGG A . PASS FR=0.5;HP=4;NF=4;NR=4;PP=100.0;SC=AAGAAAAGAAAAAGGAAGGAA;TC=27;TR=8 GT:GL:GQ 0/1:-227.92,-152.39,-281.38:100
312 20 2077127 . AAC A . PASS FR=0.5;HP=3;NF=1;NR=3;PP=97.0;SC=TCTCTACTAAAACACACACAC;TC=17;TR=4 GT:GL:GQ 0/1:-57.31,-24.65,-94.33:100
313 20 2078747 . CCT C . PASS FR=0.5;HP=3;NF=3;NR=2;PP=100.0;SC=AGAAAATTCCCCTGTGGCCCT;TC=15;TR=5 GT:GL:GQ 0/1:-78.54,-32.73,-103.05:100
314 20 2120509 . AAAGGT A . PASS FR=0.5;HP=2;NF=8;NR=1;PP=100.0;SC=CTGAAATGAGAAAGGTAAGGA;TC=19;TR=9 GT:GL:GQ 0/1:-189.27,-90.48,-174.84:100
315 20 2122413 . CT C . PASS FR=0.5;HP=4;NF=3;NR=8;PP=100.0;SC=GTAACCTACCCTTTTCCACCT;TC=23;TR=11 GT:GL:GQ 0/1:-132.75,-34.8,-69.03:100
316 20 2126052 . T TCTATGTGA . PASS FR=0.5;HP=2;NF=3;NR=1;PP=100.0;SC=CATTTCCGTTTCTATGTGACC;TC=22;TR=4 GT:GL:GQ 0/1:-179.74,-76.1,-178.95:100
317 20 2131707 . T TGG . PASS FR=0.5;HP=2;NF=7;NR=1;PP=100.0;SC=CCCTGTTGCCTGACCTGAGCC;TC=20;TR=8 GT:GL:GQ 0/1:-145.56,-92.76,-163.87:100
318 20 2153043 . C CTTTATTTA . PASS FR=0.5;HP=3;NF=1;NR=2;PP=100.0;SC=GGTGACATCACTTTATTTATT;TC=21;TR=3 GT:GL:GQ 0/1:-97.11,-28.78,-48.32:87
319 20 2155932 . C CAT . PASS FR=0.5;HP=7;NF=4;NR=3;PP=100.0;SC=AATTAAAAAACATATATATAT;TC=32;TR=7 GT:GL:GQ 0/1:-176.17,-66.01,-150.43:100
320 20 2160585 . AT A . PASS FR=0.5;HP=7;NF=9;NR=11;PP=100.0;SC=GTTTTTAAATATTTTTTAATT;TC=41;TR=20 GT:GL:GQ 0/1:-237.9,-137.73,-264.06:100
321 20 2162113 . A ATT . PASS FR=0.5;HP=1;NF=2;NR=4;PP=100.0;SC=TATCAGGAATAATTTTTTTTT;TC=25;TR=6 GT:GL:GQ 0/1:-145.37,-128.61,-213.61:100
322 20 2165761 . GTTAT G . PASS FR=0.5;HP=3;NF=4;NR=1;PP=100.0;SC=CTAATAACCTGTTATTTATTT;TC=28;TR=5 GT:GL:GQ 0/1:-79.63,-28.99,-73.78:100
323 20 2171122 . CAAACA C . PASS FR=0.5;HP=4;NF=4;NR=1;PP=100.0;SC=AACAAACAGACAAACAAAACA;TC=18;TR=5 GT:GL:GQ 0/1:-113.12,-57.95,-91.54:100
324 20 2171346 . TA T . PASS FR=0.5;HP=8;NF=4;NR=5;PP=100.0;SC=AATTTTTTTTTAAAATCCTTA;TC=20;TR=9 GT:GL:GQ 0/1:-174.43,-122.88,-194.49:100
325 20 2171402 . T TA . PASS FR=0.5;HP=2;NF=3;NR=1;PP=92.0;SC=TGATTGATCCTAACTTAATGA;TC=23;TR=4 GT:GL:GQ 0/1:-112.12,-79.99,-224.63:100
326 20 2198337 . AAG A . PASS FR=0.5;HP=2;NF=17;NR=3;PP=100.0;SC=CAACCAAAGAAAGAATGGGAG;TC=38;TR=20 GT:GL:GQ 0/1:-234.35,-51.22,-161.95:100
327 20 2199055 . G GCCACACACTTCTAAA . PASS FR=0.5;HP=2;NF=2;NR=5;PP=100.0;SC=AGGGGGAAGTGCCATCAGATG;TC=20;TR=7 GT:GL:GQ 0/1:-318.25,-129.11,-238.35:100
328 20 2199168 . T TG . PASS FR=0.5;HP=9;NF=3;NR=6;PP=100.0;SC=TGAGATTTGGTGGGGGGGACA;TC=37;TR=9 GT:GL:GQ 0/1:-144.44,-70.03,-129.92:100
329 20 2209336 . A AGTG . PASS FR=0.5;HP=1;NF=4;NR=1;PP=100.0;SC=GCTGGAGTGCAGTGGTACAAT;TC=18;TR=5 GT:GL:GQ 0/1:-105.48,-46.83,-99.81:100
330 20 2215492 . T TA . PASS FR=1.0;HP=1;NF=17;NR=16;PP=100.0;SC=TGGATGAACGTATTTATTTAA;TC=37;TR=33 GT:GL:GQ 1/1:-589.49,-315.53,-293.02:100
331 20 2215506 . G GT . PASS FR=1.0;HP=3;NF=18;NR=13;PP=100.0;SC=TATTTAACCAGTTTCTCTTGA;TC=36;TR=31 GT:GL:GQ 1/1:-602.79,-346.63,-325.98:100
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333 20 2217535 . CCT C . PASS FR=0.5;HP=1;NF=6;NR=6;PP=100.0;SC=CATTGCATCACCTGCCTCTGA;TC=32;TR=12 GT:GL:GQ 0/1:-224.94,-75.19,-157.78:100
334 20 2218702 . CA C . PASS FR=0.5;HP=1;NF=3;NR=5;PP=100.0;SC=AATCACGACTCATTGTAGCCT;TC=18;TR=8 GT:GL:GQ 0/1:-111.7,-55.95,-90.25:100
335 20 2221607 . TTTTCTTTCTTTCTTTTTCC T . PASS FR=0.5;HP=4;NF=4;NR=2;PP=100.0;SC=AAAGTTTTCTTTTTCTTTCTT;TC=29;TR=6 GT:GL:GQ 0/1:-196.61,-29.28,-142.76:100
336 20 2241427 . AAAAC A . PASS FR=1.0;HP=4;NF=4;NR=3;PP=100.0;SC=CTTGTCTCTAAAAACAAACAA;TC=19;TR=7 GT:GL:GQ 1/1:-166.73,-37.97,-27.83:84
337 20 2263098 . TG T . PASS FR=1.0;HP=4;NF=5;NR=5;PP=100.0;SC=TGACGGATGGTGGAGTGAGAA;TC=12;TR=10 GT:GL:GQ 1/1:-115.83,-17.15,-8.29:71
338 20 2278675 . A ATGAATGGCACT . PASS FR=1.0;HP=4;NF=8;NR=9;PP=100.0;SC=ACTCTGAAAAATGGTCACAGA;TC=18;TR=17 GT:GL:GQ 1/1:-567.99,-218.0,-199.44:100
339 20 2280081 . C CT . PASS FR=1.0;HP=3;NF=15;NR=9;PP=100.0;SC=TAACTTCATGCGGCTCCACCC;TC=30;TR=24 GT:GL:GQ 1/1:-287.69,-60.5,-41.43:100
340 20 2280751 . TA T . PASS FR=1.0;HP=10;NF=11;NR=3;PP=100.0;SC=AGACTCCATTTAAAAAAAAAA;TC=22;TR=14 GT:GL:GQ 1/1:-139.24,-88.42,-77.92:88
341 20 2280882 . A AAAAG . PASS FR=1.0;HP=6;NF=2;NR=2;PP=100.0;SC=AAGAAAGAAAAAAAGAAAGAA;TC=21;TR=4 GT:GL:GQ 1/1:-160.24,-78.2,-70.5:63
342 20 2285898 . AGTCACTG A . PASS FR=1.0;HP=1;NF=9;NR=3;PP=100.0;SC=CCAAGTCTCTAGTCACTGGTT;TC=19;TR=12 GT:GL:GQ 1/1:-272.68,-30.42,-16.26:99
343 20 2287002 . TAAG T . PASS FR=1.0;HP=2;NF=12;NR=8;PP=100.0;SC=GAAAAATCTCTAAGAAGGCTC;TC=24;TR=20 GT:GL:GQ 1/1:-245.61,-20.38,-4.14:100
344 20 2294297 . A ACT . PASS FR=1.0;HP=2;NF=5;NR=3;PP=100.0;SC=AATCACACACACTCTCTCTCT;TC=24;TR=8 GT:GL:GQ 1/1:-199.54,-41.84,-28.04:100
345 20 2297084 . AT A . PASS FR=1.0;HP=2;NF=10;NR=7;PP=100.0;SC=GGTGGCACGCATTAACACCAG;TC=18;TR=17 GT:GL:GQ 1/1:-184.14,-27.34,-14.78:100
346 20 2297605 . CT C . PASS FR=0.5;HP=3;NF=4;NR=6;PP=100.0;SC=CAATCATGGCCTTTGGCTTCC;TC=24;TR=10 GT:GL:GQ 0/1:-137.24,-29.13,-84.17:100
347 20 2298589 . C CAT,T . PASS FR=0.5,0.5;HP=1;NF=5,2;NR=2,3;PP=100.0,100.0;SC=ATATATATATCATATATATAT;TC=23;TR=7,5 GT:GL:GQ 1/2:-1.0,-1.0,-1.0:100
348 20 2316853 . G GC . PASS FR=1.0;HP=4;NF=3;NR=6;PP=100.0;SC=TCACCCTGTAGCCCCTGTGCC;TC=15;TR=9 GT:GL:GQ 1/1:-147.72,-38.92,-28.94:83
349 20 2318317 . GATCACACC G . PASS FR=1.0;HP=2;NF=8;NR=8;PP=100.0;SC=AGTGAGCCGAGATCACACCAC;TC=22;TR=16 GT:GL:GQ 1/1:-356.42,-104.52,-90.96:100
350 20 2318716 . AG A . PASS FR=1.0;HP=3;NF=13;NR=4;PP=100.0;SC=CACTCAGAGCAGGGCACCGAT;TC=26;TR=17 GT:GL:GQ 1/1:-256.21,-181.8,-170.54:94
351 20 2323655 . A AT . PASS FR=1.0;HP=8;NF=11;NR=9;PP=100.0;SC=AGGAAAAAAAAACACTGATGT;TC=31;TR=20 GT:GL:GQ 1/1:-290.56,-28.0,-5.91:100
352 20 2326944 . G GA . PASS FR=1.0;HP=5;NF=6;NR=12;PP=100.0;SC=AGATACAGAGGAAAAATGAAG;TC=25;TR=18 GT:GL:GQ 1/1:-204.47,-32.24,-15.14:100
353 20 2329825 . T TC . PASS FR=1.0;HP=1;NF=16;NR=4;PP=100.0;SC=ATATGGGTTGTCTTTGAGACT;TC=22;TR=20 GT:GL:GQ 1/1:-212.37,-32.28,-17.55:100
354 20 2334719 . CTAT C . PASS FR=1.0;HP=3;NF=14;NR=16;PP=100.0;SC=TTCCCAGGTTCTATTATGTAG;TC=36;TR=30 GT:GL:GQ 1/1:-368.57,-33.34,-9.9:100
355 20 2335944 . C CTG . PASS FR=1.0;HP=4;NF=10;NR=19;PP=100.0;SC=GCTGAGAAAACTATATCCAAA;TC=34;TR=29 GT:GL:GQ 1/1:-370.96,-31.85,-8.29:100
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357 20 2342117 . T TG . PASS FR=1.0;HP=5;NF=14;NR=14;PP=100.0;SC=TGCTTATTTTTTCCACTTAAT;TC=32;TR=28 GT:GL:GQ 1/1:-450.6,-326.69,-308.08:100
358 20 2344369 . TAAG T . PASS FR=1.0;HP=2;NF=13;NR=10;PP=100.0;SC=TGAGAGGTGGTAAGAAGAAGA;TC=36;TR=23 GT:GL:GQ 1/1:-351.7,-76.99,-56.29:100
359 20 2344451 . G GAGGA . PASS FR=1.0;HP=2;NF=12;NR=3;PP=100.0;SC=ACACCCAACAGAGGAAGGTTA;TC=20;TR=15 GT:GL:GQ 1/1:-372.02,-158.89,-145.61:100
360 20 2344539 . T TTTTGTTTG . PASS FR=1.0;HP=3;NF=8;NR=4;PP=100.0;SC=ACTACCCCAGTTTTGTTTGTT;TC=23;TR=12 GT:GL:GQ 1/1:-243.77,-36.7,-24.92:99
361 20 2345269 . TCCTGGC T . PASS FR=1.0;HP=2;NF=7;NR=13;PP=100.0;SC=ATCGAGACCATCCTGGCTAAC;TC=21;TR=20 GT:GL:GQ 1/1:-260.12,-24.22,-9.67:100
362 20 2346660 . T TAATAAATAAATAAATA . PASS FR=1.0;HP=3;NF=3;NR=4;PP=100.0;SC=CAATTCCTTATAATAAATAAA;TC=13;TR=7 GT:GL:GQ 1/1:-305.93,-18.69,-7.6:93
363 20 2352930 . AC A . PASS FR=1.0;HP=2;NF=10;NR=8;PP=100.0;SC=TTTCAGGCCTACCTCTCAAGC;TC=21;TR=18 GT:GL:GQ 1/1:-216.23,-90.38,-78.46:100
364 20 2362643 . C CTG . PASS FR=1.0;HP=3;NF=11;NR=8;PP=100.0;SC=AAGAACTTGTCTTAGATGCTG;TC=21;TR=19 GT:GL:GQ 1/1:-259.19,-87.0,-72.75:100
365 20 2379170 . TC T . PASS FR=0.5;HP=4;NF=1;NR=3;PP=99.0;SC=AGCTTGGGCTTCCCCACAATA;TC=23;TR=4 GT:GL:GQ 0/1:-84.89,-51.93,-137.5:100
366 20 2401510 . ATGT A . PASS FR=0.5;HP=2;NF=2;NR=4;PP=100.0;SC=CATTATATGGATGTACACAGT;TC=23;TR=6 GT:GL:GQ 0/1:-138.83,-80.65,-217.86:100
367 20 2406090 . AACT A . PASS FR=0.5;HP=3;NF=8;NR=7;PP=100.0;SC=GTTGCCACAAAACTTCAATTT;TC=36;TR=15 GT:GL:GQ 0/1:-277.31,-158.31,-369.27:100
368 20 2407722 . A AT . PASS FR=0.5;HP=9;NF=4;NR=11;PP=100.0;SC=AATTGCTATAATTTTTTTTTC;TC=38;TR=15 GT:GL:GQ 0/1:-112.13,-34.3,-69.71:100
369 20 2409340 . C CAATA . PASS FR=0.5;HP=2;NF=4;NR=3;PP=100.0;SC=CATAATAAATCAATCAATAAA;TC=22;TR=7 GT:GL:GQ 0/1:-189.45,-43.56,-132.72:100
370 20 2409613 . G GCA . PASS FR=0.5;HP=1;NF=6;NR=4;PP=57.0;SC=GGGATTATAGGCACAACACCA;TC=25;TR=10 GT:GL:GQ 0/1:-231.71,-206.44,-319.84:100
371 20 2411731 . CAG C . PASS FR=0.5;HP=1;NF=1;NR=2;PP=36.0;SC=GTGGATGAGCCAGAGAGAAGT;TC=13;TR=3 GT:GL:GQ 0/1:-55.56,-36.89,-120.4:84
372 20 2414786 . G GA . PASS FR=1.0;HP=8;NF=8;NR=10;PP=100.0;SC=GAAGCTTTCAGAAAAAAACCC;TC=23;TR=18 GT:GL:GQ 1/1:-173.45,-78.53,-65.46:100
373 20 2418166 . GTGTT G . PASS FR=0.5;HP=1;NF=1;NR=4;PP=100.0;SC=CACCTGGCTAGTGTTTGTTTG;TC=21;TR=5 GT:GL:GQ 0/1:-134.79,-72.62,-117.78:100
374 20 2425523 . A ATTTATTTTATTTTAT . PASS FR=0.5;HP=7;NF=3;NR=2;PP=100.0;SC=ATTTTATTTTATTTATTTTAT;TC=23;TR=5 GT:GL:GQ 0/1:-149.61,-12.23,-46.02:100
375 20 2425934 . T TA . PASS FR=0.5;HP=8;NF=8;NR=4;PP=67.0;SC=TTAATCAATTTAAAAAAAATG;TC=25;TR=12 GT:GL:GQ 0/1:-160.28,-133.72,-162.95:100
376 20 2430943 . ATGTG A . PASS FR=0.5;HP=1;NF=1;NR=1;PP=100.0;SC=GTGCGTGTGCATGTGTGTGTG;TC=29;TR=2 GT:GL:GQ 0/1:-164.1,-78.49,-99.2:92
377 20 2433931 . TC T . PASS FR=0.5;HP=5;NF=1;NR=1;PP=26.0;SC=CCCTGGAAGCTCCCCTTTGTG;TC=10;TR=2 GT:GL:GQ 0/1:-34.79,-18.58,-53.81:73
378 20 2436455 . A AAAAAAG,AAAAAG . PASS FR=0.5,0.5;HP=9;NF=3,3;NR=1,4;PP=50.0,100.0;SC=CTACCAAAAAAAAAAGAAAAG;TC=25;TR=4,7 GT:GL:GQ 1/2:-1.0,-1.0,-1.0:100
379 20 2436835 . A AC . PASS FR=0.5;HP=1;NF=7;NR=8;PP=100.0;SC=ACAATGATGTACATTTTTCAG;TC=37;TR=15 GT:GL:GQ 0/1:-177.52,-36.56,-198.23:100
380 20 2448573 . CCT C . PASS FR=0.5;HP=2;NF=6;NR=5;PP=100.0;SC=CCCATGCCACCCTGTTTTAGC;TC=34;TR=11 GT:GL:GQ 0/1:-159.22,-114.6,-320.68:100
381 20 2450954 . CA C . PASS FR=0.5;HP=2;NF=1;NR=4;PP=100.0;SC=CAAACTTCCGCAAGTCTGAGC;TC=22;TR=5 GT:GL:GQ 0/1:-106.22,-51.15,-126.38:100
382 20 2452700 . TAAAAAAGAA T . PASS FR=0.5;HP=6;NF=4;NR=5;PP=100.0;SC=TTTCTTGGATTAAAAAAGAAA;TC=32;TR=9 GT:GL:GQ 0/1:-216.2,-29.76,-153.35:100
383 20 2458350 . G GA . PASS FR=0.5;HP=3;NF=4;NR=6;PP=100.0;SC=CAAGGTGGGAGAATTGCTTGA;TC=27;TR=10 GT:GL:GQ 0/1:-156.97,-38.22,-122.55:100
384 20 2477736 . A AT . PASS FR=0.5;HP=10;NF=4;NR=3;PP=100.0;SC=AAAAAAAAAAATTTTACCATC;TC=23;TR=7 GT:GL:GQ 0/1:-89.51,-39.15,-127.81:100
385 20 2498012 . GTA G . PASS FR=0.5;HP=2;NF=3;NR=6;PP=100.0;SC=GTATATGTGTGTATATATATA;TC=22;TR=9 GT:GL:GQ 0/1:-140.02,-17.32,-103.73:100
386 20 2516178 . GA G . PASS FR=0.5;HP=8;NF=3;NR=5;PP=100.0;SC=GTTTAATTGGGAAAAAAAATA;TC=17;TR=8 GT:GL:GQ 0/1:-52.67,-14.95,-45.28:100
387 20 2520604 . T TAGCA . PASS FR=0.5;HP=4;NF=4;NR=3;PP=100.0;SC=CTCCCGCAAATAGCACACAAG;TC=20;TR=7 GT:GL:GQ 0/1:-194.0,-75.16,-105.67:100
388 20 2522684 . G GA . PASS FR=0.5;HP=7;NF=5;NR=6;PP=83.0;SC=TTTCTTATTTGAAAAAAACTT;TC=31;TR=11 GT:GL:GQ 0/1:-153.71,-123.52,-187.08:100
389 20 2523586 . T TA . PASS FR=1.0;HP=4;NF=11;NR=6;PP=100.0;SC=TTTTTCTTTTTAAAACAAAAT;TC=23;TR=17 GT:GL:GQ 1/1:-179.22,-18.0,-3.45:100
390 20 2526468 . GAAGA G . PASS FR=0.5001;HP=2;NF=2;NR=4;PP=100.0;SC=AGAGGAAGAGGAAGAAAGAAA;TC=25;TR=6 GT:GL:GQ 0/1:-210.76,-128.72,-136.62:37
391 20 2526552 . A AAG . PASS FR=0.5;HP=6;NF=5;NR=8;PP=100.0;SC=GAAAGAAAGAAAAAAAGAAAG;TC=30;TR=13 GT:GL:GQ 0/1:-215.19,-78.8,-144.35:100
392 20 2527129 . G GTTGGGCATAAGCTGTAGATC . PASS FR=0.5;HP=2;NF=3;NR=1;PP=100.0;SC=AACCTGCAGAGTTGGGCATAA;TC=18;TR=4 GT:GL:GQ 0/1:-243.57,-136.91,-199.82:100
393 20 2534184 . T TGTTTTGTGTGAC . PASS FR=0.5;HP=1;NF=5;NR=9;PP=100.0;SC=GATACAGGTCTGTTTTTGTCT;TC=31;TR=14 GT:GL:GQ 0/1:-444.44,-61.75,-181.17:100
394 20 2546156 . TGG T . PASS FR=0.5;HP=3;NF=4;NR=12;PP=100.0;SC=CCCAAAGTGCTGGGATTACAG;TC=31;TR=16 GT:GL:GQ 0/1:-172.01,-63.37,-146.93:100
395 20 2568176 . G GT . PASS FR=1.0;HP=10;NF=12;NR=9;PP=100.0;SC=ATTTGGGAATGTTTTTTTTTA;TC=27;TR=21 GT:GL:GQ 1/1:-116.08,-18.72,-6.68:100
396 20 2577356 . A AAT . PASS FR=0.5;HP=6;NF=1;NR=2;PP=100.0;SC=ATCAGAAAAAAATATATATGT;TC=26;TR=3 GT:GL:GQ 0/1:-199.48,-88.19,-98.9:49
397 20 2579040 . C CTTTATTTA . PASS FR=0.5;HP=3;NF=1;NR=2;PP=100.0;SC=CTTGCCTCTACTTTATTTATT;TC=16;TR=3 GT:GL:GQ 0/1:-103.59,-10.59,-52.57:100
398 20 2586119 . GGA G . PASS FR=0.5;HP=1;NF=2;NR=1;PP=30.0;SC=GCATGTGCATGGAGAGAGAGA;TC=23;TR=3 GT:GL:GQ 0/1:-35.49,-18.23,-170.44:77
399 20 2594696 . A AT . PASS FR=0.5;HP=8;NF=2;NR=7;PP=100.0;SC=TTTCTGTCACATTTTTTTTCG;TC=24;TR=9 GT:GL:GQ 0/1:-70.9,-30.05,-77.99:100
400 20 2597210 . TAAAG T . PASS FR=0.5;HP=7;NF=2;NR=2;PP=100.0;SC=GAAAGGAAAATAAAGAAGGAG;TC=20;TR=4 GT:GL:GQ 0/1:-85.33,-27.89,-144.98:100
401 20 2611781 . A ATATCT . PASS FR=0.5;HP=1;NF=8;NR=8;PP=100.0;SC=ATTATAATTAATATAACAAAC;TC=31;TR=16 GT:GL:GQ 0/1:-408.96,-183.07,-309.58:100
402 20 2613623 . T TTTG . PASS FR=0.5;HP=3;NF=2;NR=2;PP=100.0;SC=CTTCCATGGGTTTGTTGTTGT;TC=18;TR=4 GT:GL:GQ 0/1:-165.53,-112.66,-139.53:100
403 20 2613971 . TA T . PASS FR=0.5;HP=4;NF=4;NR=7;PP=100.0;SC=CTTGGACACATAAACAGCCCT;TC=27;TR=11 GT:GL:GQ 0/1:-121.36,-29.89,-140.29:100
404 20 2614405 . T TGGGTAGG . PASS FR=0.5;HP=3;NF=2;NR=2;PP=52.0;SC=ACTACAGAACTGGGTAGGGGA;TC=30;TR=4 GT:GL:GQ 0/1:-185.89,-156.26,-363.71:100
405 20 2616002 . C CT . PASS FR=0.5;HP=4;NF=5;NR=5;PP=100.0;SC=ACCTCCACCTCCCCCTCTCAG;TC=22;TR=10 GT:GL:GQ 0/1:-182.46,-117.29,-171.16:100
406 20 2617861 . C CCT . PASS FR=0.5;HP=2;NF=2;NR=5;PP=100.0;SC=ATGGTGAACCCGTCTCTACTA;TC=17;TR=7 GT:GL:GQ 0/1:-111.22,-36.32,-97.76:100
407 20 2625967 . TGAG T . PASS FR=0.5;HP=1;NF=2;NR=3;PP=100.0;SC=CTGAGTAGGCTGAGGAGGAGG;TC=15;TR=5 GT:GL:GQ 0/1:-133.1,-85.47,-137.74:100
408 20 2627766 . TTTTATTTA T . PASS FR=0.5;HP=3;NF=1;NR=1;PP=86.0;SC=ACTGAATTTATTTTATTTATT;TC=19;TR=2 GT:GL:GQ 0/1:-102.46,-70.95,-132.69:100
409 20 2630436 . T TACC . PASS FR=0.5;HP=2;NF=6;NR=5;PP=100.0;SC=ACATGCCAGGTACACCATTGT;TC=23;TR=11 GT:GL:GQ 0/1:-159.47,-31.83,-143.4:100
410 20 2634285 . CTG C . PASS FR=0.5;HP=1;NF=3;NR=15;PP=100.0;SC=CTTGTGGGCACTGTAGTGACA;TC=29;TR=18 GT:GL:GQ 0/1:-229.42,-26.07,-86.72:100
411 20 2641823 . C CTG . PASS FR=0.5;HP=5;NF=2;NR=2;PP=100.0;SC=ATTGCATTTTCTGTGTGTGTG;TC=21;TR=4 GT:GL:GQ 0/1:-96.78,-48.19,-99.13:100
412 20 2643833 . G GAAATGCAAT . PASS FR=0.5;HP=4;NF=9;NR=2;PP=100.0;SC=TGGTATTCCAGAAATGCAATG;TC=31;TR=11 GT:GL:GQ 0/1:-379.88,-109.48,-180.95:100
413 20 2650007 . T TACACACACACACACACAC . PASS FR=1.0;HP=1;NF=3;NR=1;PP=100.0;SC=ACCCTTTTCTTACACACACAC;TC=19;TR=4 GT:GL:GQ 1/1:-231.82,-84.82,-75.66:76
414 20 2650235 . C CT . PASS FR=1.0;HP=9;NF=12;NR=9;PP=100.0;SC=TTTATTGGGCCTTTTTTTTTG;TC=28;TR=21 GT:GL:GQ 1/1:-325.44,-296.08,-289.77:79
415 20 2656886 . AT A . PASS FR=1.0;HP=6;NF=17;NR=6;PP=100.0;SC=ATAAATAATAATTTTTTAAAA;TC=29;TR=23 GT:GL:GQ 1/1:-339.94,-246.4,-231.12:100
416 20 2663020 . G GGAA . PASS FR=1.0;HP=1;NF=8;NR=7;PP=100.0;SC=AAGAGGAAGAGGAAGAAGACA;TC=28;TR=15 GT:GL:GQ 1/1:-408.26,-206.61,-189.41:100
417 20 2665268 . TA T . PASS FR=1.0;HP=8;NF=2;NR=1;PP=43.0;SC=TATGCAGCCATAAAAAAATGA;TC=4;TR=3 GT:GL:GQ 1/1:-20.74,-4.04,-1.38:43
418 20 2665956 . AG A . PASS FR=1.0;HP=1;NF=9;NR=5;PP=100.0;SC=CCCAGGCTATAGTGCAGTGGC;TC=16;TR=14 GT:GL:GQ 1/1:-156.94,-33.67,-23.62:84
419 20 2666401 . TA T . PASS FR=0.5;HP=2;NF=8;NR=7;PP=100.0;SC=ACTTTTCTATTAAGAAACGCA;TC=38;TR=15 GT:GL:GQ 0/1:-158.74,-28.32,-160.06:100
420 20 2668149 . A ATG . PASS FR=0.5;HP=2;NF=1;NR=2;PP=100.0;SC=ATATATATATATGTGTGTGTG;TC=17;TR=3 GT:GL:GQ 0/1:-54.4,-18.57,-68.0:100
421 20 2671350 . GTA G . PASS FR=1.0;HP=2;NF=8;NR=5;PP=100.0;SC=ATATATATGTGTATATATATA;TC=23;TR=13 GT:GL:GQ 1/1:-348.62,-348.37,-348.16:60
422 20 2676135 . C CAG . PASS FR=0.5;HP=1;NF=6;NR=2;PP=100.0;SC=TGCTGGGATGCAGAGGGCTTC;TC=17;TR=8 GT:GL:GQ 0/1:-189.45,-108.27,-131.01:100
423 20 2678198 . A AAAAG . PASS FR=1.0;HP=10;NF=1;NR=2;PP=100.0;SC=CTCAAAAAAAAAAAGAAAGAA;TC=16;TR=3 GT:GL:GQ 1/1:-113.89,-62.27,-58.08:51
424 20 2691794 . AAAT A . PASS FR=1.0;HP=3;NF=2;NR=4;PP=100.0;SC=ACCCTGTCTAAAATAATAATA;TC=12;TR=6 GT:GL:GQ 1/1:-83.97,-10.76,-5.22:69
425 20 2713483 . C CAG . PASS FR=0.5;HP=2;NF=7;NR=1;PP=100.0;SC=TTTTTTGAGACGGAATTATAA;TC=28;TR=8 GT:GL:GQ 0/1:-114.91,-36.16,-205.08:100
426 20 2717474 . A ACAAAGGTCTC . PASS FR=1.0;HP=2;NF=9;NR=5;PP=100.0;SC=AGTCATAAGGACAAAGGACCC;TC=17;TR=14 GT:GL:GQ 1/1:-343.26,-32.05,-17.5:94
427 20 2724519 . AG A . PASS FR=0.5;HP=3;NF=6;NR=7;PP=100.0;SC=CCAGATATTTAGGGTGTCCAT;TC=28;TR=13 GT:GL:GQ 0/1:-149.48,-35.03,-149.61:100
428 20 2734607 . C CCCCCTTGGTTTTGAAACTTT . PASS FR=1.0;HP=4;NF=2;NR=4;PP=100.0;SC=TCTGTGGGCACCCCCTTGGGC;TC=12;TR=6 GT:GL:GQ 1/1:-301.3,-108.37,-98.31:100
429 20 2742852 . C CCAGCAATCCTCAGT . PASS FR=0.5;HP=1;NF=1;NR=5;PP=100.0;SC=CTCAATAGCACCTGAGGATGA;TC=16;TR=6 GT:GL:GQ 0/1:-233.59,-35.77,-130.91:100
430 20 2766949 . C CT . PASS FR=1.0;HP=10;NF=5;NR=10;PP=100.0;SC=ACTTCATTCCCTTTTTTTTTT;TC=28;TR=15 GT:GL:GQ 1/1:-134.68,-37.76,-21.4:100
431 20 2782855 . AC A . PASS FR=1.0;HP=4;NF=3;NR=8;PP=100.0;SC=AATCACTTGTACCCCGGGGGC;TC=25;TR=11 GT:GL:GQ 1/1:-262.64,-187.36,-174.92:100
432 20 2789088 . AC A . PASS FR=1.0;HP=9;NF=1;NR=4;PP=100.0;SC=CAAAAAAAAAACCAAAAAACA;TC=13;TR=5 GT:GL:GQ 1/1:-119.81,-36.46,-27.82:89
433 20 2796485 . C CCTTTT . PASS FR=0.5;HP=4;NF=1;NR=4;PP=100.0;SC=CATCAGGCCCCCTTTTCTCCT;TC=18;TR=5 GT:GL:GQ 0/1:-128.25,-42.55,-123.81:100
434 20 2797764 . AG A . PASS FR=1.0;HP=3;NF=1;NR=4;PP=100.0;SC=CTGCCTTGGCAGGGCCCAGAC;TC=14;TR=5 GT:GL:GQ 1/1:-134.46,-67.08,-59.42:63
435 20 2834884 . T TAC . PASS FR=0.5;HP=1;NF=2;NR=1;PP=100.0;SC=ACCCCGTCTCTACACACACAC;TC=22;TR=3 GT:GL:GQ 0/1:-64.62,-28.32,-80.82:100
436 20 2849974 . AT A . PASS FR=0.5;HP=10;NF=4;NR=6;PP=99.0;SC=TTGGTTTGCAATTTTTTTTTT;TC=36;TR=10 GT:GL:GQ 0/1:-66.95,-34.01,-107.66:100
437 20 2850721 . ACT A . PASS FR=0.5;HP=1;NF=4;NR=4;PP=100.0;SC=CCAGTGAAAGACTCTTGGGGT;TC=17;TR=8 GT:GL:GQ 0/1:-88.06,-17.99,-74.67:100
438 20 2858849 . GT G . PASS FR=0.5;HP=8;NF=1;NR=5;PP=52.0;SC=GACAGCTGTAGTTTTTTTTAA;TC=15;TR=6 GT:GL:GQ 0/1:-33.96,-11.94,-50.39:98
439 20 2867547 . AT A . PASS FR=0.5;HP=6;NF=5;NR=6;PP=100.0;SC=AAATAAAAAAATGTAGTATCT;TC=32;TR=11 GT:GL:GQ 0/1:-115.49,-28.1,-161.94:100
440 20 2880787 . C CCT . PASS FR=0.5;HP=1;NF=4;NR=5;PP=100.0;SC=GAAAAATCTGCCTCCTTTTTT;TC=27;TR=9 GT:GL:GQ 0/1:-140.77,-68.5,-172.28:100
441 20 2890657 . C CAT . PASS FR=0.5003;HP=1;NF=2;NR=1;PP=100.0;SC=TATCATATATCATATATAATC;TC=5;TR=3 GT:GL:GQ 0/1:-44.82,-3.47,-10.33:32
442 20 2890805 . CAT C . PASS FR=0.5017;HP=1;NF=1;NR=6;PP=100.0;SC=TACTATACGTCATATATAATA;TC=9;TR=7 GT:GL:GQ 0/1:-87.98,-14.06,-19.03:24
443 20 2894312 . CTTATT C . PASS FR=0.5;HP=4;NF=3;NR=5;PP=100.0;SC=GTGCTGTGTTCTTATTTTATC;TC=22;TR=8 GT:GL:GQ 0/1:-141.94,-29.98,-159.98:100
444 20 2896142 . T TTATC . PASS FR=1.0;HP=2;NF=9;NR=10;PP=100.0;SC=TAAGAGTTCTTTATTCTGATA;TC=30;TR=19 GT:GL:GQ 1/1:-399.17,-94.52,-74.73:100
445 20 2912364 . T TTG . PASS FR=0.5004;HP=1;NF=1;NR=1;PP=75.0;SC=GGGTCTTGGCTTGTGTGTGTG;TC=20;TR=2 GT:GL:GQ 0/1:-121.99,-92.59,-99.11:31
446 20 2926228 . GGTGTGTGT G . PASS FR=0.5;HP=1;NF=1;NR=9;PP=100.0;SC=ATAATTGGCAGGTGTGTGTGT;TC=27;TR=10 GT:GL:GQ 0/1:-233.62,-33.54,-77.33:100
447 20 2937307 . AAAATAAAT A . PASS FR=0.5;HP=4;NF=3;NR=3;PP=100.0;SC=TCAGTAAATAAAAATAAATAA;TC=17;TR=6 GT:GL:GQ 0/1:-165.86,-12.93,-101.78:100
448 20 2950624 . T TAATA,TAATAAATAAATA . PASS FR=0.5,0.5;HP=5;NF=5,2;NR=2,2;PP=100.0,100.0;SC=TCTAAATAAATAATAAATAAA;TC=24;TR=7,4 GT:GL:GQ 1/2:-1.0,-1.0,-1.0:100
449 20 2966530 . CTTGTTTGT CTTGT,C . PASS FR=0.5,0.5;HP=2;NF=1,1;NR=2,1;PP=100.0,27.0;SC=CAGCTGTCTCCTTGTTTGTTT;TC=22;TR=3,2 GT:GL:GQ 1/2:-1.0,-1.0,-1.0:80
450 20 2973326 . T TTTAGGGTTTTTC . PASS FR=0.5;HP=4;NF=1;NR=5;PP=100.0;SC=CATATCCAAATATTACGATTC;TC=15;TR=6 GT:GL:GQ 0/0:-275.74,-159.4,-213.4:3
451 20 2977781 . CATAT C . PASS FR=0.5;HP=5;NF=3;NR=6;PP=100.0;SC=TGTGAGAAAACATATGTGGGA;TC=26;TR=9 GT:GL:GQ 0/1:-131.98,-30.22,-206.04:100
452 20 2979576 . T TTATTA . PASS FR=0.5;HP=2;NF=2;NR=5;PP=100.0;SC=TATTTATAATTTATTATATAT;TC=21;TR=7 GT:GL:GQ 0/1:-148.89,-17.32,-97.42:100
453 20 2982245 . CT C . PASS FR=0.5;HP=3;NF=8;NR=4;PP=100.0;SC=CTGTGGAAATCTTATGTGAAG;TC=27;TR=12 GT:GL:GQ 0/1:-126.56,-21.8,-132.46:100
454 20 2982823 . CA C . PASS FR=1.0;HP=7;NF=10;NR=9;PP=100.0;SC=TTCCATCTGACAAAAAATTGG;TC=21;TR=19 GT:GL:GQ 1/1:-196.74,-95.2,-82.42:100
455 20 2989926 . AT A . PASS FR=0.5;HP=10;NF=2;NR=5;PP=29.0;SC=GAGTTGTGTGATTTTTTTTTT;TC=36;TR=7 GT:GL:GQ 0/1:-66.0,-49.11,-118.97:76
456 20 3005541 . TC T . PASS FR=0.5;HP=5;NF=7;NR=7;PP=100.0;SC=AGCAGTTTTTTCTGTAAGAGC;TC=32;TR=14 GT:GL:GQ 0/1:-167.85,-53.03,-186.47:100
457 20 3007694 . A AGGT . PASS FR=0.5;HP=3;NF=4;NR=5;PP=100.0;SC=CCAGGGCCTGAGGTGGGAGCA;TC=22;TR=9 GT:GL:GQ 0/1:-162.22,-42.91,-117.4:100
458 20 3012419 . C CTGTT . PASS FR=0.5;HP=2;NF=5;NR=3;PP=100.0;SC=CCTCCTTACTCTGTGTGTTTT;TC=26;TR=8 GT:GL:GQ 0/1:-154.4,-24.26,-143.38:100
459 20 3022136 . GAATT G . PASS FR=0.5;HP=7;NF=8;NR=1;PP=100.0;SC=AAAAGAAAAAGAATTAATTAA;TC=20;TR=9 GT:GL:GQ 1/0:-190.17,-78.0,-90.9:100
460 20 3039218 . GT G . PASS FR=1.0;HP=5;NF=12;NR=13;PP=100.0;SC=TGTTGTTGTTGTTTGTTTGTT;TC=29;TR=25 GT:GL:GQ 1/1:-226.7,-48.88,-31.11:100
461 20 3042034 . T TA . PASS FR=1.0;HP=10;NF=5;NR=14;PP=100.0;SC=AAGACACTGATAAAAAAAAAT;TC=25;TR=19 GT:GL:GQ 1/1:-125.74,-31.3,-15.65:100
462 20 3047853 . A ATTCCCCCATT . PASS FR=0.5;HP=2;NF=6;NR=1;PP=100.0;SC=ACTCCCTCTCATTCCCCCATT;TC=20;TR=7 GT:GL:GQ 0/1:-258.31,-36.83,-99.91:100
463 20 3050529 . A AT . PASS FR=0.5;HP=10;NF=4;NR=1;PP=23.0;SC=GCAAAAAAAAAAATTTTTATT;TC=22;TR=5 GT:GL:GQ 0/1:-257.11,-262.46,-292.84:73
464 20 3050531 . A ATTT,T . PASS FR=0.5,0.5;HP=10;NF=3,13;NR=0,6;PP=97.0,100.0;SC=AAAAAAAAAAATTTTTATTTT;TC=22;TR=3,19 GT:GL:GQ 1/2:-1.0,-1.0,-1.0:100
465 20 3051123 . A AT . PASS FR=0.5;HP=6;NF=2;NR=1;PP=69.0;SC=TCAAGAAAAAAATATATATAT;TC=17;TR=3 GT:GL:GQ 0/1:-107.95,-81.12,-160.4:100
466 20 3058938 . C CTT . PASS FR=1.0;HP=2;NF=19;NR=9;PP=100.0;SC=ACTGGATACTCTGAACTCCTA;TC=30;TR=28 GT:GL:GQ 1/1:-404.4,-115.7,-94.26:100
467 20 3060201 . C CAAT . PASS FR=0.5;HP=4;NF=13;NR=9;PP=100.0;SC=ACAAAGTCAACAATAATTCAT;TC=44;TR=22 GT:GL:GQ 0/1:-325.42,-43.13,-189.79:100
468 20 3062903 . T TC . PASS FR=0.5;HP=3;NF=1;NR=5;PP=94.0;SC=TCCAGGCCTTTCCCTCTCTGC;TC=19;TR=6 GT:GL:GQ 0/1:-95.35,-62.58,-147.62:100
469 20 3072606 . A AAGG . PASS FR=1.0;HP=5;NF=4;NR=4;PP=100.0;SC=CCAAGTAAAAAAGGGCGGGGG;TC=22;TR=8 GT:GL:GQ 1/1:-220.94,-78.12,-65.62:100
470 20 3126086 . CCT TCT,C . PASS FR=0.5,0.5;HP=7;NF=1,1;NR=3,1;PP=8.0,36.0;SC=GCCTTTTTTTCCTTTTTTTTT;TC=19;TR=4,2 GT:GL:GQ 2/1:-1.0,-1.0,-1.0:42
471 20 3159346 . C CA . PASS FR=1.0;HP=2;NF=3;NR=12;PP=100.0;SC=GCTGGGACTACGGCATTTACT;TC=15;TR=15 GT:GL:GQ 1/1:-149.15,-11.32,-0.92:87
472 20 3161722 . C CAGAT,CAGATAGAT . PASS FR=0.5,0.5;HP=2;NF=2,1;NR=2,2;PP=35.0,42.0;SC=GATAGATAGACAGATAGATAG;TC=18;TR=4,3 GT:GL:GQ 1/2:-1.0,-1.0,-1.0:99
473 20 3161783 . CTA C . PASS FR=1.0;HP=2;NF=9;NR=7;PP=100.0;SC=TTTTATATATCTATATATATA;TC=25;TR=16 GT:GL:GQ 1/1:-263.89,-139.12,-127.54:97
474 20 3162560 . CAT C . PASS FR=0.5369;HP=2;NF=1;NR=3;PP=100.0;SC=CACACACACACATGGTCCATG;TC=6;TR=4 GT:GL:GQ 0/1:-84.99,-50.52,-52.5:11
475 20 3169476 . T TTTG . PASS FR=0.5;HP=3;NF=5;NR=9;PP=100.0;SC=AATGTTTACTTTTAATAAACT;TC=35;TR=14 GT:GL:GQ 0/1:-273.66,-64.07,-202.46:100
476 20 3169541 . A AT . PASS FR=0.5;HP=7;NF=5;NR=9;PP=100.0;SC=AGGATCATAGATTTTTTTCCT;TC=23;TR=14 GT:GL:GQ 0/1:-204.2,-123.3,-145.94:100
477 20 3172618 . GACAC G . PASS FR=0.7893;HP=1;NF=3;NR=1;PP=100.0;SC=TTGCTCCCCTGACACACACAC;TC=16;TR=4 GT:GL:GQ 1/1:-154.29,-100.95,-101.25:3
478 20 3172771 . C CAT . PASS FR=1.0;HP=1;NF=13;NR=6;PP=100.0;SC=CCGAGACACACGAGTGGTAAT;TC=24;TR=19 GT:GL:GQ 1/1:-267.07,-44.87,-28.98:100
479 20 3177159 . T TA . PASS FR=1.0;HP=5;NF=6;NR=3;PP=87.0;SC=CTGTCTCCACTAAAAATACAA;TC=15;TR=9 GT:GL:GQ 1/1:-169.92,-142.98,-139.57:56
480 20 3177517 . C CAT . PASS FR=1.0;HP=2;NF=15;NR=10;PP=100.0;SC=TAATAAATAACGTTACTGGAT;TC=26;TR=25 GT:GL:GQ 1/1:-294.64,-37.59,-18.88:100
481 20 3188342 . A AAACAACAACAACAAC . PASS FR=0.5;HP=3;NF=2;NR=2;PP=100.0;SC=CTCCATCTCAAAACAACAACA;TC=17;TR=4 GT:GL:GQ 0/1:-131.35,-46.51,-82.74:100
482 20 3192138 . T TTTTGTTTGTTTG . PASS FR=0.5;HP=3;NF=3;NR=1;PP=99.0;SC=TTTTGTTTTGTTTTGTTTGTT;TC=17;TR=4 GT:GL:GQ 0/1:-79.23,-33.31,-124.52:100
483 20 3192798 . C CAG . PASS FR=0.5;HP=2;NF=2;NR=6;PP=100.0;SC=GCCTGGGTGACAGAGAGAGAG;TC=20;TR=8 GT:GL:GQ 0/1:-108.84,-41.85,-123.5:100
484 20 3198551 . G GTT . PASS FR=0.5;HP=2;NF=1;NR=2;PP=63.0;SC=AGTTTTTGTGGGTTTTTTTTT;TC=22;TR=3 GT:GL:GQ 0/1:-111.88,-112.41,-193.71:91
485 20 3202220 . GTGGC G . PASS FR=0.5;HP=2;NF=2;NR=5;PP=100.0;SC=TGTCCCGGGTGTGGCTGGCGA;TC=19;TR=7 GT:GL:GQ 0/1:-150.53,-63.82,-136.14:100
486 20 3276659 . CT C . PASS FR=1.0;HP=3;NF=5;NR=6;PP=100.0;SC=ACATCGGGAACTTTCGGTTTC;TC=16;TR=11 GT:GL:GQ 1/1:-135.26,-24.21,-14.73:79
487 20 3290980 . A AAAAG . PASS FR=0.9998;HP=4;NF=1;NR=1;PP=30.0;SC=AAGAGAAAGAAAAAGAAAGAA;TC=7;TR=2 GT:GL:GQ 1/1:-37.89,-18.65,-17.26:34
488 20 3313547 . G GGTGT . PASS FR=1.0;HP=1;NF=1;NR=3;PP=100.0;SC=GTGTGCGTGTGGTGTGTGTGT;TC=20;TR=4 GT:GL:GQ 1/1:-194.22,-148.74,-144.19:56
489 20 3314333 . G GT . PASS FR=1.0;HP=10;NF=9;NR=9;PP=100.0;SC=CTTATTAAAGGTTTTTTTTTT;TC=34;TR=18 GT:GL:GQ 1/1:-126.24,-28.85,-19.8:75
490 20 3317061 . G GT . PASS FR=1.0;HP=10;NF=5;NR=7;PP=100.0;SC=GTTTTGTTCAGTTTTTTTTTT;TC=20;TR=12 GT:GL:GQ 1/1:-81.13,-22.72,-13.12:80
491 20 3318622 . TATAAAATATATAATAC T . PASS FR=0.5;HP=2;NF=3;NR=5;PP=100.0;SC=ATATATAATATATAAAATATA;TC=21;TR=8 GT:GL:GQ 1/0:-309.41,-50.93,-55.49:45
492 20 3320964 . AGTTT A . PASS FR=1.0;HP=1;NF=6;NR=12;PP=100.0;SC=AATCATACCTAGTTTGTACTA;TC=22;TR=18 GT:GL:GQ 1/1:-403.07,-167.86,-153.33:100
493 20 3320971 . A AC . PASS FR=1.0;HP=1;NF=6;NR=13;PP=100.0;SC=CCTAGTTTGTACTATAAAAAA;TC=19;TR=19 GT:GL:GQ 1/1:-403.07,-261.66,-248.63:100
494 20 3323678 . AT A . PASS FR=1.0;HP=5;NF=3;NR=1;PP=100.0;SC=TCTGATGATTATTTCTATTGC;TC=28;TR=4 GT:GL:GQ 1/1:-575.25,-570.95,-570.67:100
495 20 3323683 . T TAAA . PASS FR=1.0;HP=1;NF=13;NR=11;PP=100.0;SC=TGATTATTTCTATTGCTGTGC;TC=29;TR=24 GT:GL:GQ 1/1:-597.36,-560.99,-550.34:86
496 20 3323709 . T TA . PASS FR=1.0;HP=2;NF=16;NR=21;PP=100.0;SC=CATGTTCATTTGTTAGGTCCC;TC=38;TR=37 GT:GL:GQ 1/1:-694.83,-570.91,-558.14:100
497 20 3325237 . TACACACAC T . PASS FR=1.0;HP=2;NF=4;NR=2;PP=100.0;SC=TACACACACATACACACACAC;TC=33;TR=6 GT:GL:GQ 1/1:-276.44,-185.04,-177.42:63
498 20 3332481 . TTTTA T . PASS FR=1.0;HP=3;NF=7;NR=10;PP=100.0;SC=GTTTGTGTTATTTTATTTATT;TC=28;TR=17 GT:GL:GQ 1/1:-276.75,-43.8,-27.83:100
499 20 3333166 . TCA T . PASS FR=1.0;HP=1;NF=9;NR=10;PP=100.0;SC=TGGCTGTCATTCACATTCCAG;TC=22;TR=19 GT:GL:GQ 1/1:-222.99,-23.7,-9.78:100
500 20 3333493 . T TTA . PASS FR=1.0;HP=2;NF=6;NR=7;PP=100.0;SC=TTCAAAATATTTATATATATA;TC=27;TR=13 GT:GL:GQ 1/1:-272.96,-96.81,-86.7:65
501 20 3336192 . G GC . PASS FR=1.0;HP=2;NF=5;NR=10;PP=100.0;SC=CTGCACTCCAGCCTGGGTGAC;TC=18;TR=15 GT:GL:GQ 1/1:-163.64,-31.05,-19.12:100
502 20 3338276 . G GCTTAT . PASS FR=1.0;HP=1;NF=8;NR=10;PP=100.0;SC=CACCCATCCAGCTTTATCTTT;TC=23;TR=18 GT:GL:GQ 1/1:-329.33,-26.75,-8.74:100
503 20 3345587 . C CT . PASS FR=1.0;HP=6;NF=1;NR=10;PP=100.0;SC=CCTTCTTTTCCTTTTTTCTTT;TC=27;TR=11 GT:GL:GQ 1/1:-267.74,-155.91,-141.96:100
504 20 3346020 . TTTTATTTA T . PASS FR=1.0;HP=3;NF=7;NR=6;PP=100.0;SC=TTTGATAACATTTTATTTATT;TC=29;TR=13 GT:GL:GQ 1/1:-347.46,-36.68,-23.65:100
505 20 3349612 . T TA . PASS FR=1.0;HP=2;NF=8;NR=3;PP=100.0;SC=ACCCCATTTCTCTAAAAATAC;TC=11;TR=11 GT:GL:GQ 1/1:-135.85,-60.43,-52.97:61
506 20 3377965 . G GTTTTGTT . PASS FR=1.0;HP=8;NF=3;NR=2;PP=100.0;SC=TTTTTGTTTTGTTTTGTTTTT;TC=16;TR=5 GT:GL:GQ 1/1:-157.49,-62.9,-56.59:79
507 20 3378366 . TG T . PASS FR=1.0;HP=10;NF=6;NR=4;PP=100.0;SC=AGATTTTTTTTGGGGGGGGGG;TC=22;TR=10 GT:GL:GQ 1/1:-84.99,-30.32,-19.67:66
508 20 3382249 . T TA . PASS FR=1.0;HP=2;NF=7;NR=9;PP=100.0;SC=AATTATTATCTTTCATTCAAT;TC=19;TR=16 GT:GL:GQ 1/1:-178.1,-44.13,-31.76:100
509 20 3382515 . TC T . PASS FR=1.0;HP=6;NF=2;NR=10;PP=100.0;SC=TGGGGAGGGCTCCCCCGCCCC;TC=19;TR=12 GT:GL:GQ 1/1:-132.42,-42.62,-32.12:88
510 20 3398847 . T TAC . PASS FR=0.5;HP=2;NF=2;NR=1;PP=82.0;SC=AATAACAACATACACACACAC;TC=26;TR=3 GT:GL:GQ 0/1:-87.09,-56.01,-103.69:100
511 20 3418279 . TACACACACAC T . PASS FR=0.5;HP=3;NF=2;NR=1;PP=100.0;SC=CACACGAGGGTACACACACAC;TC=17;TR=3 GT:GL:GQ 0/1:-117.7,-66.19,-77.13:50
512 20 3419562 . TACAC T . PASS FR=0.5;HP=2;NF=2;NR=2;PP=100.0;SC=TCAAAATACATACACACACAC;TC=29;TR=4 GT:GL:GQ 0/1:-141.17,-79.46,-166.16:100
513 20 3426771 . T TC . PASS FR=1.0;HP=1;NF=13;NR=10;PP=100.0;SC=TTGCAGAAACTGACAAAATAG;TC=25;TR=23 GT:GL:GQ 1/1:-297.92,-207.29,-192.68:100
514 20 3439128 . AT A . PASS FR=1.0;HP=4;NF=4;NR=3;PP=100.0;SC=TGTCTCAAAAATATATATATA;TC=13;TR=7 GT:GL:GQ 1/1:-127.06,-48.08,-43.43:57
515 20 3439712 . CATTTATTTATTT CATTTATTT,C . PASS FR=0.5,0.5;HP=1;NF=2,5;NR=1,1;PP=100.0,100.0;SC=AACATAAAATCATTTATTTAT;TC=23;TR=3,6 GT:GL:GQ 1/2:-1.0,-1.0,-1.0:100
516 20 3441674 . G GA . PASS FR=0.5;HP=7;NF=13;NR=3;PP=100.0;SC=TTCTTATTAGGAAAAAAACCA;TC=23;TR=16 GT:GL:GQ 0/1:-122.74,-20.86,-35.93:68
517 20 3456629 . CA C . PASS FR=0.5;HP=8;NF=3;NR=5;PP=100.0;SC=TCCTCACTACCAAAAAAAAGA;TC=22;TR=8 GT:GL:GQ 0/1:-62.73,-25.03,-67.91:100
518 20 3462307 . A ATTC . PASS FR=0.5;HP=2;NF=7;NR=2;PP=100.0;SC=TAAATTTTTAATTAAGTTTTC;TC=17;TR=9 GT:GL:GQ 0/1:-213.54,-117.72,-169.88:100
519 20 3465413 . G GTTA . PASS FR=0.5;HP=3;NF=4;NR=7;PP=100.0;SC=TATATTTCCAGTTTAGGTCTC;TC=32;TR=11 GT:GL:GQ 0/1:-171.48,-39.39,-198.21:100
520 20 3465556 . AATT A . PASS FR=0.5;HP=3;NF=3;NR=3;PP=100.0;SC=TGGATTTTAAAATTATTATTA;TC=23;TR=6 GT:GL:GQ 0/1:-128.2,-26.49,-64.94:100
521 20 3467027 . TTTTCC T . PASS FR=0.5;HP=3;NF=3;NR=10;PP=100.0;SC=GTTGTTTTTCTTTTCCTTTTT;TC=35;TR=13 GT:GL:GQ 0/1:-205.57,-36.22,-212.27:100
522 20 3468732 . AT A . PASS FR=0.5;HP=1;NF=7;NR=3;PP=100.0;SC=GTTGGCTAACATGTTCCCTGC;TC=24;TR=10 GT:GL:GQ 0/1:-129.57,-23.07,-107.21:100
523 20 3472426 . T TA . PASS FR=0.5;HP=1;NF=4;NR=5;PP=100.0;SC=CCCCAAAACTTATCTAAGTAT;TC=30;TR=9 GT:GL:GQ 0/1:-164.9,-36.91,-163.8:100
524 20 3473769 . TTGTGTGTGTG TTGTGTGTG,T . PASS FR=0.5,0.5;HP=2;NF=3,2;NR=1,0;PP=100.0,100.0;SC=GTACGTTTGTTTGTGTGTGTG;TC=10;TR=4,2 GT:GL:GQ 1/2:-1.0,-1.0,-1.0:100
525 20 3489906 . C CAG . PASS FR=0.5;HP=3;NF=7;NR=5;PP=100.0;SC=TGTAATGAGTCAAATATTGAA;TC=30;TR=12 GT:GL:GQ 0/1:-218.47,-143.39,-285.84:100
526 20 3495915 . T TG . PASS FR=0.5;HP=1;NF=8;NR=2;PP=100.0;SC=GTGTTACCATTCTAGAGATGA;TC=24;TR=10 GT:GL:GQ 0/1:-170.31,-150.44,-250.52:100
527 20 3509359 . CTAAAA C . PASS FR=0.5;HP=1;NF=7;NR=9;PP=100.0;SC=CCCCTTGAACCTAAAATAAAA;TC=36;TR=16 GT:GL:GQ 0/1:-259.32,-75.45,-201.38:100
528 20 3516100 . GA G . PASS FR=0.5;HP=2;NF=4;NR=5;PP=100.0;SC=AACATTACTTGATAACCTTTC;TC=24;TR=9 GT:GL:GQ 0/1:-89.87,-17.09,-134.48:100
529 20 3517232 . T TA . PASS FR=0.5;HP=4;NF=5;NR=10;PP=100.0;SC=TTTATTCATTTAAAAGCAACA;TC=33;TR=15 GT:GL:GQ 0/1:-148.46,-23.56,-134.17:100
530 20 3518135 . TTG T . PASS FR=0.5;HP=1;NF=2;NR=7;PP=100.0;SC=TATTTTTTTCTTGTTTTTTTT;TC=24;TR=9 GT:GL:GQ 0/1:-164.48,-76.63,-118.93:100
531 20 3520111 . TGAGAAACAGAAA T . PASS FR=0.5;HP=1;NF=6;NR=4;PP=100.0;SC=GTCAAATACTTGAGAAACAGA;TC=30;TR=10 GT:GL:GQ 0/1:-291.42,-56.72,-205.51:100
532 20 3533082 . C CTA . PASS FR=0.5;HP=6;NF=5;NR=7;PP=100.0;SC=CCAGATGTCCCCCCCAGTTAA;TC=28;TR=12 GT:GL:GQ 0/1:-172.54,-164.36,-281.23:100
533 20 3536203 . CA C . PASS FR=0.5;HP=5;NF=5;NR=1;PP=100.0;SC=TGGTAGACCACAAAACAAAAT;TC=20;TR=6 GT:GL:GQ 0/1:-93.07,-22.5,-78.34:100
534 20 3549166 . A AT . PASS FR=0.5;HP=7;NF=6;NR=5;PP=100.0;SC=ACTCAAAAAAAATATATTTCA;TC=27;TR=11 GT:GL:GQ 0/1:-132.66,-26.81,-119.92:100
535 20 3550790 . AT A . PASS FR=0.5;HP=10;NF=9;NR=3;PP=100.0;SC=AATTGTCTCAATTTTTTTTTT;TC=36;TR=12 GT:GL:GQ 0/1:-95.8,-54.46,-109.39:100
536 20 3554405 . TTTTA T . PASS FR=0.5;HP=3;NF=5;NR=3;PP=100.0;SC=TTTTATTTTATTTTATTTATT;TC=28;TR=8 GT:GL:GQ 0/1:-169.52,-76.02,-126.65:100
537 20 3557342 . G GTCTATCTATCTATCTATCTA,GTCTGTCTGTCTATCTA . PASS FR=0.5,0.5;HP=2;NF=0,1;NR=2,1;PP=100.0,100.0;SC=CTGTCTGTCTGTCTATCTATC;TC=14;TR=2,2 GT:GL:GQ 1/2:-1.0,-1.0,-1.0:100
538 20 3577359 . AACTTT A . PASS FR=0.5;HP=3;NF=8;NR=4;PP=100.0;SC=GTTCTCTTAAAACTTTACTTT;TC=28;TR=12 GT:GL:GQ 0/1:-187.21,-26.31,-190.0:100
539 20 3587084 . A ACT . PASS FR=0.5;HP=2;NF=5;NR=2;PP=100.0;SC=TTCTCTCTTCACTGTTTCCTG;TC=27;TR=7 GT:GL:GQ 0/1:-175.39,-93.87,-225.08:100
540 20 3587106 . TGTG T . PASS FR=0.5;HP=1;NF=4;NR=3;PP=100.0;SC=ATGTGGGACTTGTGGTGCCAC;TC=26;TR=7 GT:GL:GQ 0/1:-197.29,-142.58,-281.02:100
541 20 3597598 . AT A . PASS FR=0.5;HP=5;NF=5;NR=7;PP=29.0;SC=CAAGGATCGCATTTTTATCCC;TC=39;TR=12 GT:GL:GQ 0/1:-225.54,-208.64,-370.51:76
542 20 3599489 . G GGTT . PASS FR=0.5;HP=1;NF=6;NR=4;PP=100.0;SC=TGGTGGTGGTGGTTTTGTTTC;TC=28;TR=10 GT:GL:GQ 0/1:-173.69,-38.78,-110.57:100
543 20 3601166 . T TAC . PASS FR=0.5;HP=1;NF=1;NR=5;PP=100.0;SC=GTACTGGGATTAGGCGTGAGC;TC=23;TR=6 GT:GL:GQ 0/1:-99.56,-38.65,-114.14:100
544 20 3607044 . TAAAAA T . PASS FR=0.5;HP=5;NF=6;NR=1;PP=100.0;SC=TTTTCTCTCTTAAAAAGAAAA;TC=23;TR=7 GT:GL:GQ 0/1:-96.17,-24.47,-167.72:100
545 20 3608928 . A AAG . PASS FR=0.5;HP=2;NF=6;NR=2;PP=100.0;SC=GAAAACTAGAAAGAAACTTCT;TC=32;TR=8 GT:GL:GQ 0/1:-96.19,-24.02,-201.47:100
546 20 3610589 . G GT . PASS FR=0.5;HP=7;NF=7;NR=8;PP=100.0;SC=ATCATTCTGAGTTTTTTTATT;TC=36;TR=15 GT:GL:GQ 0/1:-148.28,-61.67,-123.51:100
547 20 3612124 . A AC . PASS FR=0.5;HP=1;NF=5;NR=1;PP=100.0;SC=GTCTGTTGAGACTGTGTCCTA;TC=17;TR=6 GT:GL:GQ 0/1:-86.01,-27.19,-97.39:100
548 20 3627840 . C CA . PASS FR=0.5;HP=6;NF=4;NR=7;PP=100.0;SC=CTCAACTGTGCAAAAAACAAA;TC=27;TR=11 GT:GL:GQ 0/1:-99.01,-25.59,-91.79:100
549 20 3627925 . A ATTAAC . PASS FR=0.5;HP=2;NF=2;NR=9;PP=100.0;SC=AGTCAGATGAATTGTTTTCAT;TC=29;TR=11 GT:GL:GQ 0/1:-210.42,-38.37,-176.36:100
550 20 3635158 . A AT . PASS FR=0.5;HP=2;NF=8;NR=5;PP=100.0;SC=CAAGAAAGCCATAGACCGGAA;TC=23;TR=13 GT:GL:GQ 0/1:-191.76,-111.36,-148.51:100
551 20 3642221 . TTC T . PASS FR=1.0;HP=2;NF=12;NR=3;PP=100.0;SC=TCGCCACCATTTCTCCAGAAC;TC=20;TR=15 GT:GL:GQ 1/1:-312.08,-172.82,-161.67:43
552 20 3643129 . TC T . PASS FR=1.0;HP=9;NF=4;NR=4;PP=100.0;SC=CGGGGTGGTATCCCCCCCCCA;TC=20;TR=8 GT:GL:GQ 1/1:-89.01,-45.99,-37.4:71
553 20 3645120 . AAAAC A . PASS FR=1.0;HP=5;NF=1;NR=4;PP=100.0;SC=TTTTTTTTAAAAAACAAACAA;TC=18;TR=5 GT:GL:GQ 1/1:-88.2,-13.8,-7.58:77
554 20 3650540 . A ACACCACC . PASS FR=1.0;HP=1;NF=3;NR=4;PP=100.0;SC=CCAGGCTCTGACAGCAGCCTG;TC=12;TR=7 GT:GL:GQ 1/1:-183.63,-21.64,-13.12:68
555 20 3664603 . AG A . PASS FR=1.0;HP=6;NF=3;NR=9;PP=100.0;SC=TTCTGTAGACAGGGGGGTCTC;TC=16;TR=12 GT:GL:GQ 1/1:-110.02,-26.49,-16.31:85
556 20 3667748 . C CG . PASS FR=1.0;HP=2;NF=12;NR=5;PP=100.0;SC=AAAGTTCACCCGCCCCCAACT;TC=24;TR=17 GT:GL:GQ 1/1:-221.42,-44.79,-28.21:100
557 20 3677095 . T TGCTG . PASS FR=1.0;HP=1;NF=4;NR=13;PP=100.0;SC=GGAGGCCTTCTGCTGGCTGGA;TC=22;TR=17 GT:GL:GQ 1/1:-297.16,-58.83,-44.05:100
558 20 3685444 . A AT . PASS FR=1.0;HP=7;NF=6;NR=4;PP=100.0;SC=TTGTTTTTTAATTTTTTTGTA;TC=15;TR=10 GT:GL:GQ 1/1:-93.4,-15.67,-6.68:75
559 20 3699376 . AAAAT A . PASS FR=1.0;HP=5;NF=4;NR=2;PP=100.0;SC=CAAAAAATAAAAAATAAATAA;TC=21;TR=6 GT:GL:GQ 1/1:-124.16,-19.34,-11.28:66
560 20 3700024 . TTTAC T . PASS FR=0.5;HP=2;NF=3;NR=4;PP=100.0;SC=TATTTATTTATTTACTTACTT;TC=22;TR=7 GT:GL:GQ 0/1:-142.54,-24.82,-34.29:44
561 20 3702676 . C CT . PASS FR=1.0;HP=9;NF=9;NR=6;PP=100.0;SC=ATATGTTGAACTTTTTTTTTA;TC=20;TR=15 GT:GL:GQ 1/1:-102.25,-23.87,-11.51:100
562 20 3703373 . GAATA G . PASS FR=1.0;HP=3;NF=3;NR=4;PP=100.0;SC=TATACATGGAGAATAAATAAA;TC=24;TR=7 GT:GL:GQ 1/1:-129.84,-26.73,-19.11:63
563 20 3705235 . G GGAAA . PASS FR=1.0;HP=3;NF=3;NR=2;PP=100.0;SC=AAGAAAGAAAGGAAAGAAATA;TC=24;TR=5 GT:GL:GQ 1/1:-319.51,-157.83,-145.36:98
564 20 3717704 . AAAATAAATAAATAAAT AAAATAAATAAAT,A . PASS FR=0.5,0.5;HP=4;NF=1,0;NR=1,2;PP=100.0,55.0;SC=CTCTGCCTCAAAAATAAATAA;TC=12;TR=2,2 GT:GL:GQ 1/2:-1.0,-1.0,-1.0:100
565 20 3719488 . AGT A . PASS FR=0.5;HP=2;NF=4;NR=6;PP=100.0;SC=TCTGTGAGTGAGTGTGTGTGT;TC=28;TR=10 GT:GL:GQ 0/1:-149.53,-25.54,-102.21:100
566 20 3736407 . CCCCCAGCCCAGTGG C . PASS FR=0.5;HP=4;NF=3;NR=1;PP=100.0;SC=AGCTGATCGACCCCCAGCCCA;TC=22;TR=4 GT:GL:GQ 0/1:-177.03,-114.74,-207.47:100
567 20 3740620 . GCA G . PASS FR=1.0;HP=1;NF=4;NR=6;PP=100.0;SC=ACTCACACATGCACACACACA;TC=17;TR=10 GT:GL:GQ 1/1:-154.32,-36.11,-25.75:86
568 20 3751453 . G GT . PASS FR=1.0;HP=6;NF=1;NR=1;PP=100.0;SC=CAAACACACGGTTTTTTGTTT;TC=25;TR=2 GT:GL:GQ 1/1:-234.3,-199.49,-191.92:62
569 20 3752464 . A AACAC,AACACAC . PASS FR=0.5,0.5;HP=3;NF=4,3;NR=3,3;PP=100.0,100.0;SC=AAAAAGAGAAAACACACACAC;TC=29;TR=7,6 GT:GL:GQ 1/2:-1.0,-1.0,-1.0:100
570 20 3755004 . G GACA . PASS FR=1.0;HP=2;NF=1;NR=7;PP=100.0;SC=GACAGAGTGAGACATCTCATA;TC=13;TR=8 GT:GL:GQ 1/1:-134.63,-25.28,-17.61:63
571 20 3768789 . A AAAAG . PASS FR=0.5;HP=8;NF=4;NR=3;PP=100.0;SC=ATCTCAAAAAAAAAGAAAGAA;TC=28;TR=7 GT:GL:GQ 0/1:-141.47,-38.74,-119.72:100
572 20 3770324 . T TAATAATA . PASS FR=0.5;HP=8;NF=1;NR=2;PP=29.0;SC=GGCCAAAAAATAATAATAAAT;TC=11;TR=3 GT:GL:GQ 0/1:-67.44,-43.02,-52.14:42
573 20 3774219 . AATTTT A . PASS FR=0.5;HP=1;NF=2;NR=3;PP=100.0;SC=GGTTTTAGAGAATTTTATTTT;TC=20;TR=5 GT:GL:GQ 0/1:-126.4,-91.22,-154.58:100
574 20 3775162 . GTT G . PASS FR=0.5;HP=10;NF=3;NR=6;PP=100.0;SC=TCTCGGGGCAGTTTTTTTTTT;TC=26;TR=9 GT:GL:GQ 0/1:-103.9,-68.26,-117.09:100
575 20 3776005 . C CA . PASS FR=0.5;HP=8;NF=1;NR=4;PP=23.0;SC=GACTCCATCCCAAAAAAAACA;TC=14;TR=5 GT:GL:GQ 0/1:-145.51,-129.15,-148.62:73
576 20 3776021 . AAAC A . PASS FR=0.5;HP=3;NF=3;NR=1;PP=100.0;SC=AAACAAAACAAAACAAAAAGA;TC=21;TR=4 GT:GL:GQ 0/1:-163.41,-119.44,-232.96:100
577 20 3780857 . T TGGACTGGAGACCTGGTGCTAG . PASS FR=0.5;HP=6;NF=4;NR=1;PP=100.0;SC=TACTCCCCCCTGGACTGGGGG;TC=10;TR=5 GT:GL:GQ 0/1:-153.98,-19.16,-34.72:70
578 20 3786892 . C CT . PASS FR=1.0;HP=4;NF=10;NR=2;PP=100.0;SC=CTTGTCCCTTCTTCTCCCAAT;TC=16;TR=12 GT:GL:GQ 1/1:-171.33,-64.44,-53.38:92
579 20 3787614 . CAT C . PASS FR=1.0;HP=2;NF=11;NR=13;PP=100.0;SC=AGTGCACACACATGTCAGGCA;TC=30;TR=24 GT:GL:GQ 1/1:-451.43,-312.17,-297.5:100
580 20 3789927 . C CCCG . PASS FR=1.0;HP=2;NF=2;NR=10;PP=100.0;SC=AGTTACCACGCGCTCTCTTTC;TC=17;TR=12 GT:GL:GQ 1/1:-241.99,-120.76,-110.7:78
581 20 3790246 . ATATAT A . PASS FR=1.0;HP=8;NF=5;NR=2;PP=92.0;SC=TCAAAAAAAAATATATATATA;TC=14;TR=7 GT:GL:GQ 1/1:-198.37,-176.0,-172.1:52
582 20 3795480 . AGGCGTGAGCCACCGCGCCC A . PASS FR=0.5;HP=2;NF=2;NR=2;PP=100.0;SC=CTGGGATTACAGGCGTGAGCC;TC=12;TR=4 GT:GL:GQ 0/1:-109.14,-46.17,-99.46:100
583 20 3824585 . TTTTAC T . PASS FR=1.0;HP=3;NF=18;NR=4;PP=100.0;SC=AGATGATTTATTTTACTTTAT;TC=28;TR=22 GT:GL:GQ 1/1:-337.35,-36.39,-16.32:100
584 20 3843259 . A AT . PASS FR=0.5;HP=10;NF=3;NR=7;PP=100.0;SC=AGTTTTCCAAATTTTTTTTTT;TC=31;TR=10 GT:GL:GQ 0/1:-80.23,-37.02,-73.45:100
585 20 3859483 . TCACACACACA TCA,T . PASS FR=0.5,0.5;HP=1;NF=1,2;NR=1,1;PP=100.0,85.0;SC=TGAGACTCTGTCACACACACA;TC=21;TR=2,3 GT:GL:GQ 1/2:-1.0,-1.0,-1.0:100
586 20 3860757 . AAAAC A . PASS FR=0.5;HP=4;NF=5;NR=2;PP=100.0;SC=GTCTCTACTAAAAACAAACAA;TC=18;TR=7 GT:GL:GQ 0/1:-108.81,-21.22,-75.5:100
587 20 3860858 . GC G . PASS FR=0.5;HP=1;NF=5;NR=1;PP=100.0;SC=AACCCAGGAGGCGGAGCTTGT;TC=16;TR=6 GT:GL:GQ 0/1:-84.65,-31.03,-99.29:100
588 20 3865910 . A AGGC . PASS FR=0.5;HP=3;NF=8;NR=4;PP=100.0;SC=TCTGTCACCCAGGCTCAAGTT;TC=27;TR=12 GT:GL:GQ 0/1:-249.42,-106.14,-180.19:100
589 20 3873092 . TTTTA T . PASS FR=1.0;HP=5;NF=6;NR=8;PP=100.0;SC=ACTAAATCTTTTTTATTTATT;TC=25;TR=14 GT:GL:GQ 1/1:-225.87,-50.85,-37.99:100
590 20 3879882 . AGT A . PASS FR=1.0;HP=1;NF=4;NR=4;PP=100.0;SC=GCAGTGATGTAGTGTAGGCTC;TC=17;TR=8 GT:GL:GQ 1/1:-213.63,-128.83,-121.45:61
591 20 3882311 . TTTTG T . PASS FR=1.0;HP=3;NF=15;NR=11;PP=100.0;SC=AAGTCAGTACTTTTGTTTATT;TC=29;TR=26 GT:GL:GQ 1/1:-341.87,-21.25,-0.46:100
592 20 3883619 . GACACACACACACACAC G . PASS FR=0.5013;HP=2;NF=4;NR=1;PP=100.0;SC=GATGTGTATAGACACACACAC;TC=14;TR=5 GT:GL:GQ 0/1:-204.43,-28.1,-33.39:25
593 20 3885810 . GACTGCACC G . PASS FR=1.0;HP=1;NF=4;NR=7;PP=100.0;SC=CATCGCTTGTGACTGCACCAC;TC=19;TR=11 GT:GL:GQ 1/1:-301.58,-43.69,-32.0:95
594 20 3899973 . T TTGA . PASS FR=1.0;HP=3;NF=18;NR=6;PP=100.0;SC=AGAAAAACCCTTGAACATTCC;TC=30;TR=24 GT:GL:GQ 1/1:-376.13,-29.44,-7.6:100
595 20 3900864 . T TA . PASS FR=1.0;HP=10;NF=11;NR=11;PP=100.0;SC=AAGTTAACCTTAAAAAAAAAA;TC=30;TR=22 GT:GL:GQ 1/1:-160.94,-53.86,-35.6:100
596 20 3929292 . G GA . PASS FR=1.0;HP=1;NF=16;NR=6;PP=100.0;SC=TACATACCAGGATAACTGTTG;TC=29;TR=22 GT:GL:GQ 1/1:-330.17,-190.24,-173.09:100
597 20 3930806 . T TGACTGG . PASS FR=1.0;HP=2;NF=7;NR=14;PP=100.0;SC=CCTTGTATAGTGATGAATGTG;TC=26;TR=21 GT:GL:GQ 1/1:-450.24,-61.65,-40.95:100
598 20 3945171 . A AT . PASS FR=1.0;HP=10;NF=7;NR=12;PP=100.0;SC=TTTTCAAGTAATTTTTTTTTT;TC=29;TR=19 GT:GL:GQ 1/1:-126.38,-32.45,-22.97:79
599 20 3956227 . C CA . PASS FR=1.0;HP=5;NF=12;NR=13;PP=100.0;SC=ATTGTGTTCTCAAAAAGATAT;TC=28;TR=25 GT:GL:GQ 1/1:-249.31,-33.1,-13.35:100
600 20 3965697 . AACC A . PASS FR=1.0;HP=1;NF=9;NR=9;PP=100.0;SC=GAACAACAACAACCACAACAA;TC=26;TR=18 GT:GL:GQ 1/1:-461.94,-340.35,-326.48:100
601 20 3971557 . G GTTCCATGATAACAT . PASS FR=1.0;HP=2;NF=12;NR=8;PP=100.0;SC=ATTTGGCACAGTTCCATGATA;TC=27;TR=20 GT:GL:GQ 1/1:-553.38,-41.98,-23.08:100
602 20 3990695 . CACAAACAA C . PASS FR=1.0;HP=1;NF=6;NR=4;PP=100.0;SC=GAGACCCTGTCACAAACAAAC;TC=23;TR=10 GT:GL:GQ 1/1:-176.37,-39.86,-31.94:65
603 20 3995386 . GCACACA G . PASS FR=1.0;HP=2;NF=1;NR=1;PP=100.0;SC=ACTTGAATGCGCACACACACA;TC=18;TR=2 GT:GL:GQ 1/1:-95.82,-46.66,-41.67:61
604 20 4008931 . C CTCTT . PASS FR=1.0;HP=2;NF=1;NR=4;PP=100.0;SC=TCTCATCTCTCTGTCTTTCTC;TC=9;TR=5 GT:GL:GQ 1/1:-127.43,-46.42,-40.22:77
605 20 4021562 . C CGA . PASS FR=1.0;HP=2;NF=8;NR=2;PP=100.0;SC=GAAGAGAAAGCGAGAGAGAGA;TC=21;TR=10 GT:GL:GQ 1/1:-216.37,-85.41,-73.73:98
606 20 4025709 . TGA T . PASS FR=1.0;HP=2;NF=12;NR=9;PP=100.0;SC=AAATACATAATGAGAGAGAGA;TC=26;TR=21 GT:GL:GQ 1/1:-247.4,-21.57,-4.6:100
607 20 4035810 . T TGTTTGTATTACA . PASS FR=1.0;HP=2;NF=10;NR=4;PP=100.0;SC=TAGCTGGGCATGGTGGCGGGT;TC=15;TR=14 GT:GL:GQ 1/1:-361.94,-174.62,-163.57:92
608 20 4042278 . A AT . PASS FR=1.0;HP=2;NF=7;NR=15;PP=100.0;SC=AAACACATAAATCTCTCTCTC;TC=29;TR=22 GT:GL:GQ 1/1:-269.48,-66.17,-47.18:100
609 20 4044153 . C CA . PASS FR=1.0;HP=6;NF=8;NR=10;PP=100.0;SC=GCCCCAGGGACGGGGGGCTGG;TC=21;TR=18 GT:GL:GQ 1/1:-167.11,-27.75,-13.35:100
610 20 4048870 . AGAGTTATCTTGCCTGAG A . PASS FR=0.5;HP=4;NF=9;NR=5;PP=100.0;SC=CACGTGCCCCAGAGTTATCTT;TC=24;TR=14 GT:GL:GQ 1/0:-626.63,-331.02,-449.96:74
611 20 4050067 . A AT . PASS FR=1.0;HP=8;NF=14;NR=11;PP=100.0;SC=TAAGTTTTAAATTTTTTTTGT;TC=36;TR=25 GT:GL:GQ 1/1:-400.71,-316.84,-301.94:100
612 20 4052527 . A AT . PASS FR=1.0;HP=1;NF=15;NR=9;PP=100.0;SC=CTAAGCATGAAGTGGTCTCAG;TC=27;TR=24 GT:GL:GQ 1/1:-335.51,-240.21,-229.69:88
613 20 4057207 . G GT . PASS FR=1.0;HP=3;NF=17;NR=11;PP=100.0;SC=TAGATTATTTGGTTTTTTTTT;TC=40;TR=28 GT:GL:GQ 1/1:-398.27,-278.49,-261.61:100
614 20 4057861 . T TTTCC . PASS FR=1.0;HP=4;NF=8;NR=13;PP=100.0;SC=CTGATGATTTTTATGTTTTCT;TC=33;TR=21 GT:GL:GQ 1/1:-430.04,-131.81,-113.85:100
615 20 4058335 . T TATTA . PASS FR=1.0;HP=2;NF=14;NR=5;PP=100.0;SC=TTAATATGTTTATTATACATA;TC=19;TR=19 GT:GL:GQ 1/1:-424.99,-369.88,-364.34:69
616 20 4060198 . CTCTT C . PASS FR=0.5;HP=3;NF=8;NR=6;PP=100.0;SC=TTCTATTGTTCTCTTTGTTTT;TC=37;TR=14 GT:GL:GQ 0/1:-273.47,-128.98,-306.0:100
617 20 4060592 . C CTTTA . PASS FR=0.5;HP=3;NF=4;NR=8;PP=100.0;SC=ATAATTTTTGCTTTATTTATT;TC=31;TR=12 GT:GL:GQ 0/1:-163.9,-38.86,-129.26:100
618 20 4070170 . GTA G . PASS FR=0.5;HP=2;NF=3;NR=2;PP=100.0;SC=GTGTGTGTGTGTATATATATA;TC=25;TR=5 GT:GL:GQ 0/1:-276.88,-237.9,-267.79:100
619 20 4070252 . A ATGTATATATG . PASS FR=1.0;HP=2;NF=3;NR=1;PP=100.0;SC=GTGTGTATATATGTATATATG;TC=16;TR=4 GT:GL:GQ 1/1:-231.61,-30.38,-18.61:81
620 20 4070382 . ATATGTGTGTGTG A . PASS FR=1.0;HP=2;NF=1;NR=2;PP=100.0;SC=ATGTGTATATATATGTGTGTG;TC=25;TR=3 GT:GL:GQ 1/1:-347.8,-231.66,-223.35:51
621 20 4070396 . GTGTGTGTGTGTGTATATATATATATA G . PASS FR=0.5;HP=2;NF=4;NR=4;PP=100.0;SC=GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG;TC=18;TR=8 GT:GL:GQ 1/0:-384.34,-235.32,-225.8:62
622 20 4071341 . CA C . PASS FR=0.5026;HP=9;NF=5;NR=5;PP=100.0;SC=CTGATTATGGCAAAAAAAAAC;TC=20;TR=10 GT:GL:GQ 0/1:-155.5,-119.13,-123.71:22
623 20 4071895 . G GT . PASS FR=0.5;HP=8;NF=3;NR=3;PP=72.0;SC=TGGGACCTTTGTTTTTGCAAA;TC=22;TR=6 GT:GL:GQ 0/1:-127.95,-100.32,-170.75:100
624 20 4074739 . G GA . PASS FR=0.5;HP=9;NF=2;NR=4;PP=75.0;SC=ACTACATCTCGAAAAAAAAAG;TC=16;TR=6 GT:GL:GQ 0/1:-104.75,-76.46,-99.49:100
625 20 4077346 . ATATTAT A . PASS FR=0.5;HP=1;NF=2;NR=2;PP=100.0;SC=TATGAGGACAATATTATTATT;TC=23;TR=4 GT:GL:GQ 0/1:-62.56,-10.62,-98.18:100
626 20 4092195 . G GTCAGCCAGAGAGGCTC . PASS FR=1.0;HP=1;NF=7;NR=5;PP=100.0;SC=AGGTAAGACAGTCAGCCAGAG;TC=21;TR=12 GT:GL:GQ 1/1:-408.88,-45.59,-29.88:100
627 20 4092421 . A AT . PASS FR=0.5;HP=4;NF=5;NR=6;PP=100.0;SC=CTGGCAGCAGATTTTCCCTTA;TC=31;TR=11 GT:GL:GQ 0/1:-137.54,-52.61,-154.29:100
628 20 4095639 . T TATAC . PASS FR=0.5;HP=2;NF=3;NR=6;PP=100.0;SC=TATATATATATACACACACAT;TC=30;TR=9 GT:GL:GQ 0/1:-239.61,-67.33,-166.02:100
629 20 4096614 . T TG . PASS FR=0.5;HP=1;NF=3;NR=8;PP=100.0;SC=TTTGATGGCTTGTGAAGCCCA;TC=42;TR=11 GT:GL:GQ 0/1:-166.13,-48.49,-243.23:100
630 20 4099234 . C CTCT . PASS FR=1.0;HP=1;NF=2;NR=7;PP=100.0;SC=CTTCTTCTTCCTCTTCTTCCT;TC=17;TR=9 GT:GL:GQ 1/1:-213.81,-121.18,-113.85:91
631 20 4106279 . C CA . PASS FR=1.0;HP=4;NF=9;NR=14;PP=100.0;SC=ATGATCCACCCCCTTGGCCTC;TC=27;TR=23 GT:GL:GQ 1/1:-261.7,-33.57,-14.72:100
632 20 4106498 . AC A . PASS FR=0.5;HP=3;NF=4;NR=6;PP=100.0;SC=ACCCGCCACCACGTCAAGCTA;TC=17;TR=10 GT:GL:GQ 0/1:-151.03,-63.2,-86.55:100
633 20 4107003 . T TCTAA . PASS FR=0.5;HP=2;NF=4;NR=9;PP=100.0;SC=TGGAGGTAACTCTAGGACATA;TC=28;TR=13 GT:GL:GQ 0/1:-216.14,-60.6,-196.15:100
634 20 4108348 . A AC . PASS FR=1.0;HP=3;NF=9;NR=6;PP=100.0;SC=TTCTATGGAAAAGAGCAGTCA;TC=22;TR=15 GT:GL:GQ 1/1:-263.65,-164.58,-152.76:96
635 20 4111438 . CA C . PASS FR=1.0;HP=2;NF=13;NR=9;PP=100.0;SC=GGTGATCACACAGGGGCATGG;TC=27;TR=22 GT:GL:GQ 1/1:-393.14,-310.63,-301.96:68
636 20 4111530 . T TG . PASS FR=1.0;HP=1;NF=13;NR=14;PP=100.0;SC=CATCAAAACTTGCAGAAGTAT;TC=30;TR=27 GT:GL:GQ 1/1:-576.34,-531.28,-526.81:55
637 20 4112367 . TA T . PASS FR=0.5;HP=2;NF=7;NR=2;PP=100.0;SC=AGACTTTAGTTAATAATAATA;TC=25;TR=9 GT:GL:GQ 0/1:-105.53,-48.17,-185.05:100
638 20 4124037 . TACAC TAC,T . PASS FR=0.5,0.5;HP=2;NF=0,1;NR=6,6;PP=100.0,100.0;SC=TGTATGTGTATACACACACAC;TC=29;TR=6,7 GT:GL:GQ 1/2:-1.0,-1.0,-1.0:100
639 20 4165244 . C CAG . PASS FR=0.5;HP=3;NF=9;NR=7;PP=100.0;SC=TAAAACTCAACAGTTATATTT;TC=28;TR=16 GT:GL:GQ 0/1:-164.36,-34.34,-133.84:100
640 20 4189405 . A AGTGTTCT . PASS FR=1.0;HP=1;NF=8;NR=19;PP=100.0;SC=TGATCACAGAAGTGTTGAATG;TC=31;TR=27 GT:GL:GQ 1/1:-510.65,-52.94,-31.94:100
641 20 4193006 . T TA . PASS FR=1.0;HP=9;NF=5;NR=11;PP=100.0;SC=TGTGTTTGATTAAAAAAAAAT;TC=25;TR=16 GT:GL:GQ 1/1:-189.06,-113.86,-103.2:89
642 20 4204545 . CAACAGGTTT C . PASS FR=0.5;HP=3;NF=5;NR=5;PP=100.0;SC=TTTCAATTTACAACAGGTTTA;TC=29;TR=10 GT:GL:GQ 0/1:-264.93,-66.16,-208.86:100
643 20 4210072 . T TA . PASS FR=0.5;HP=5;NF=7;NR=3;PP=100.0;SC=GGAAGGAAGATGGGGGCGAGT;TC=33;TR=10 GT:GL:GQ 0/1:-169.78,-122.55,-232.56:100
644 20 4211685 . T TTTTCTTTC . PASS FR=1.0;HP=4;NF=3;NR=1;PP=100.0;SC=CTTTCTTTCTTTTTCTTTCTT;TC=17;TR=4 GT:GL:GQ 1/1:-163.69,-62.85,-59.76:50
645 20 4222606 . TG T,AG . PASS FR=0.5,0.5;HP=2;NF=14,3;NR=8,0;PP=72.0,7.0;SC=CAGCACAGCCTGATGGCTCTG;TC=29;TR=22,3 GT:GL:GQ 1/2:-1.0,-1.0,-1.0:41
646 20 4223993 . CG C . PASS FR=1.0;HP=4;NF=10;NR=1;PP=100.0;SC=CTGGGCTCCTCGGGGCATCCG;TC=14;TR=11 GT:GL:GQ 1/1:-180.73,-119.68,-111.91:64
647 20 4255571 . TGAAA T . PASS FR=1.0;HP=1;NF=5;NR=4;PP=100.0;SC=AGGTATGCTCTGAAAGGAAGA;TC=15;TR=9 GT:GL:GQ 1/1:-155.75,-66.2,-58.38:79
648 20 4260218 . C CA . PASS FR=0.5;HP=3;NF=1;NR=9;PP=100.0;SC=CTGGTCTCCCCAGCATCTAGT;TC=27;TR=10 GT:GL:GQ 0/1:-138.73,-38.26,-150.01:100
649 20 4280077 . G GTGA . PASS FR=0.5;HP=1;NF=2;NR=4;PP=100.0;SC=GATGTCTTTGGTGATGATGAT;TC=23;TR=6 GT:GL:GQ 0/1:-118.58,-26.45,-67.22:100
650 20 4300671 . G GT . PASS FR=1.0;HP=9;NF=9;NR=7;PP=100.0;SC=TATTTTTTAAGTTTTTTTTTC;TC=22;TR=16 GT:GL:GQ 1/1:-112.49,-30.96,-17.5:100
651 20 4305010 . C CCTGT . PASS FR=1.0;HP=1;NF=9;NR=14;PP=100.0;SC=AGGTTTGGCTCCTGTCTGACA;TC=27;TR=23 GT:GL:GQ 1/1:-478.98,-124.12,-105.32:100
652 20 4306264 . GT G . PASS FR=0.5;HP=3;NF=7;NR=4;PP=100.0;SC=ACAATATAAGGTTTACTTCAA;TC=24;TR=11 GT:GL:GQ 0/1:-115.0,-27.63,-111.62:100
653 20 4310291 . T TC . PASS FR=1.0;HP=1;NF=20;NR=9;PP=100.0;SC=CTCCTACGTGTCATGCCAGCT;TC=32;TR=29 GT:GL:GQ 1/1:-333.81,-66.33,-44.4:100
654 20 4310977 . GC G . PASS FR=0.5;HP=1;NF=14;NR=6;PP=100.0;SC=CCTGAAACTGGCGTAATTTAT;TC=41;TR=20 GT:GL:GQ 0/1:-231.9,-39.91,-159.66:100
655 20 4321071 . A AG . PASS FR=0.5;HP=5;NF=3;NR=2;PP=100.0;SC=AAGTCAAATCAGGGGGAGGAA;TC=19;TR=5 GT:GL:GQ 0/1:-50.11,-15.88,-71.26:100
656 20 4322091 . CA C . PASS FR=0.5;HP=1;NF=11;NR=7;PP=100.0;SC=GCCGTGTGTCCAGCCAAAACT;TC=33;TR=18 GT:GL:GQ 0/1:-210.17,-46.06,-156.61:100
657 20 4329185 . TC T . PASS FR=0.5;HP=1;NF=8;NR=2;PP=100.0;SC=AATTCTAGGTTCTTTCTCTCA;TC=28;TR=10 GT:GL:GQ 0/1:-148.46,-71.81,-182.2:100
658 20 4330761 . GGTGTGTGT G . PASS FR=1.0;HP=3;NF=1;NR=3;PP=100.0;SC=TAATTCATGGGGTGTGTGTGT;TC=30;TR=4 GT:GL:GQ 1/1:-224.07,-44.24,-35.58:72
659 20 4332044 . TG T . PASS FR=1.0;HP=6;NF=5;NR=2;PP=57.0;SC=TTTGTTTTTTTGTTTTTTTTT;TC=24;TR=7 GT:GL:GQ 1/1:-226.96,-113.86,-100.61:42
660 20 4343821 . TA T . PASS FR=0.5;HP=8;NF=5;NR=8;PP=100.0;SC=CATTTTTTTTTAAAATTTTTG;TC=35;TR=13 GT:GL:GQ 1/0:-274.8,-111.87,-90.41:100
661 20 4349378 . A AT . PASS FR=0.5;HP=3;NF=11;NR=7;PP=100.0;SC=TTTTGAAGGCATTTCCAGGGT;TC=27;TR=18 GT:GL:GQ 0/1:-181.47,-28.52,-69.89:100
662 20 4366637 . AAAAC A . PASS FR=1.0;HP=3;NF=8;NR=10;PP=100.0;SC=AAAACAAAACAAAACAAACAA;TC=29;TR=18 GT:GL:GQ 1/1:-255.42,-38.69,-23.59:100
663 20 4378952 . A AAAC . PASS FR=1.0;HP=2;NF=5;NR=8;PP=100.0;SC=CAAAACAAACAAACAACAACA;TC=26;TR=13 GT:GL:GQ 1/1:-242.03,-34.58,-19.38:100
664 20 4380979 . CACAT C . PASS FR=1.0;HP=2;NF=6;NR=6;PP=100.0;SC=CACACACACACACATACAAGC;TC=29;TR=12 GT:GL:GQ 1/1:-310.99,-41.83,-21.18:100
665 20 4381267 . T TGTGTATTGTGGA . PASS FR=1.0;HP=2;NF=4;NR=9;PP=100.0;SC=GACAGCCTCCTTCAACAAAAA;TC=23;TR=13 GT:GL:GQ 1/1:-573.3,-462.6,-447.82:96
666 20 4381268 . TC T . PASS FR=1.0;HP=1;NF=4;NR=9;PP=100.0;SC=ACAGCCTCCTTCAACAAAAAA;TC=27;TR=13 GT:GL:GQ 1/1:-573.3,-567.48,-566.42:96
667 20 4384878 . TAGAC T . PASS FR=0.5;HP=4;NF=7;NR=6;PP=100.0;SC=ATGGAAGAAATAGACAGAGAG;TC=32;TR=13 GT:GL:GQ 0/1:-215.18,-58.15,-186.03:100
668 20 4390996 . ACT A . PASS FR=0.5;HP=1;NF=5;NR=4;PP=100.0;SC=AACACTCGAGACTCTCCAGCT;TC=25;TR=9 GT:GL:GQ 0/1:-160.6,-43.63,-115.25:100
669 20 4392384 . T TTG . PASS FR=0.5;HP=1;NF=2;NR=1;PP=100.0;SC=GGGAATATAGTTGTGTGTGTG;TC=26;TR=3 GT:GL:GQ 0/1:-141.31,-92.22,-156.97:100
670 20 4403198 . CGT CGTGT,C . PASS FR=0.5,0.5;HP=2;NF=3,3;NR=2,0;PP=100.0,91.0;SC=TGTGTGTGTGCGTGTGTGTGT;TC=16;TR=5,3 GT:GL:GQ 1/2:-1.0,-1.0,-1.0:100
671 20 4418283 . TCC T . PASS FR=1.0;HP=5;NF=9;NR=17;PP=100.0;SC=TGAAAAATGCTCCCCAGGTTT;TC=26;TR=26 GT:GL:GQ 1/1:-235.22,-17.92,0.0:100
672 20 4422138 . A AAGAGGCAAGGCTTCCCCACATGCTCAGAATGG,G . PASS FR=0.5,0.5;HP=1;NF=2,3;NR=0,5;PP=100.0,87.0;SC=CTACAGAAAGATGATGGAGGT;TC=14;TR=2,8 GT:GL:GQ 1/2:-1.0,-1.0,-1.0:23
673 20 4422142 . T TG . PASS FR=1.0;HP=2;NF=8;NR=6;PP=100.0;SC=AGAAAGATGATGGAGGTACTA;TC=19;TR=14 GT:GL:GQ 1/1:-319.37,-289.62,-286.77:23
674 20 4427312 . A AGCTTCTAT . PASS FR=0.5;HP=2;NF=1;NR=1;PP=100.0;SC=TGTATAATAGAGTCCAGAGTC;TC=11;TR=2 GT:GL:GQ 1/0:-513.43,-441.06,-437.62:42
675 20 4431651 . TA T . PASS FR=0.5;HP=5;NF=9;NR=13;PP=100.0;SC=TCTAGACCCTTAAAAATAACA;TC=34;TR=22 GT:GL:GQ 0/1:-196.04,-30.01,-107.67:100
676 20 4438168 . T TTACACAAATGTAACCTATGTAACAA . PASS FR=0.5;HP=1;NF=2;NR=3;PP=100.0;SC=CCTGCACATGTACCCTTGAAC;TC=16;TR=5 GT:GL:GQ 0/1:-418.07,-256.53,-367.22:100
677 20 4439599 . GT G . PASS FR=0.5;HP=2;NF=11;NR=12;PP=100.0;SC=TGTGGGGAGAGTTAGCAAGAG;TC=36;TR=23 GT:GL:GQ 0/1:-329.81,-228.22,-300.4:100
678 20 4442338 . CTTTATTTTATTTTAT CTTTATTTTAT,C . PASS FR=0.5,0.5;HP=3;NF=2,1;NR=0,3;PP=100.0,100.0;SC=AAGTATCTAACTTTATTTTAT;TC=21;TR=2,4 GT:GL:GQ 1/2:-1.0,-1.0,-1.0:100
679 20 4445547 . T TAA . PASS FR=1.0;HP=1;NF=18;NR=22;PP=100.0;SC=TGTTTCCAGTTGTTATACTTT;TC=39;TR=40 GT:GL:GQ 1/1:-459.22,-244.89,-221.84:100
680 20 4452980 . TACAC T . PASS FR=1.0;HP=2;NF=1;NR=2;PP=100.0;SC=TTAATTCTTATACACACACAC;TC=21;TR=3 GT:GL:GQ 1/1:-75.87,-32.41,-30.31:43
681 20 4460649 . G GA . PASS FR=0.5;HP=9;NF=5;NR=8;PP=100.0;SC=TTTCCTCGGAGAAAAAAAACA;TC=39;TR=13 GT:GL:GQ 0/1:-191.57,-119.31,-159.65:100
682 20 4462152 . GGTCAATGTTATAAACTTTGC G . PASS FR=0.5;HP=2;NF=6;NR=5;PP=100.0;SC=CTACTTCTTGGGTCAATGTTA;TC=18;TR=11 GT:GL:GQ 1/0:-501.72,-174.1,-171.31:67
683 20 4462516 . T TTC . PASS FR=0.5;HP=1;NF=16;NR=1;PP=100.0;SC=GGGTTTAAAGTTCTCTAATGA;TC=41;TR=17 GT:GL:GQ 0/1:-181.56,-38.08,-223.18:100
684 20 4462799 . C CTT . PASS FR=0.5;HP=1;NF=1;NR=1;PP=100.0;SC=TCTTCTTCGTCCTTTTTTTTT;TC=36;TR=2 GT:GL:GQ 0/1:-520.7,-504.74,-499.84:81
685 20 4465737 . TG T . PASS FR=1.0;HP=2;NF=9;NR=18;PP=100.0;SC=CTCCTTGACATGGACTGAGAA;TC=27;TR=27 GT:GL:GQ 1/1:-258.03,-34.15,-15.14:100
686 20 4468340 . TA T . PASS FR=0.5;HP=10;NF=5;NR=2;PP=57.0;SC=ATATATATATTAAAAAAAAAA;TC=21;TR=7 GT:GL:GQ 0/1:-41.89,-18.73,-52.45:100
687 20 4469569 . C CT . PASS FR=0.5;HP=4;NF=3;NR=6;PP=100.0;SC=CAAGTAAAGACTTTTGATTGT;TC=23;TR=9 GT:GL:GQ 0/1:-113.7,-24.95,-84.55:100
688 20 4474613 . GA G . PASS FR=0.5;HP=8;NF=4;NR=6;PP=100.0;SC=ATTAGGAACAGAAAAAAATTA;TC=37;TR=10 GT:GL:GQ 0/1:-311.99,-245.02,-353.92:100
689 20 4474629 . A AAAT . PASS FR=0.5;HP=9;NF=11;NR=5;PP=100.0;SC=AATTAAAAAAAAAATATACAC;TC=32;TR=16 GT:GL:GQ 0/1:-322.36,-111.27,-187.62:100
690 20 4475883 . AT A . PASS FR=0.5;HP=5;NF=1;NR=3;PP=100.0;SC=AAATATATATATTTTAATATA;TC=14;TR=4 GT:GL:GQ 0/1:-74.26,-40.07,-92.44:100
691 20 4481373 . A AG . PASS FR=1.0;HP=1;NF=5;NR=6;PP=100.0;SC=TCTTTTTTCAAGTTTTTAGCT;TC=13;TR=11 GT:GL:GQ 1/1:-84.43,-9.42,-0.46:74
692 20 4484587 . T TA . PASS FR=0.5;HP=9;NF=4;NR=9;PP=100.0;SC=TCTCTGATTTTAAAAAAAAAG;TC=46;TR=13 GT:GL:GQ 0/1:-163.36,-92.55,-141.98:100
693 20 4487527 . TG T . PASS FR=0.5006;HP=5;NF=8;NR=7;PP=100.0;SC=TACTAGGGGCTGGGGGCAGGG;TC=34;TR=15 GT:GL:GQ 0/1:-421.09,-350.88,-356.92:29
694 20 4492336 . C CA . PASS FR=1.0;HP=1;NF=11;NR=14;PP=100.0;SC=ACATTCTTGCCACCTTTGGTA;TC=27;TR=25 GT:GL:GQ 1/1:-281.59,-90.33,-72.03:100
695 20 4493592 . C CG . PASS FR=1.0;HP=2;NF=20;NR=17;PP=100.0;SC=GCATTTTGGACATCTCACCCT;TC=39;TR=37 GT:GL:GQ 1/1:-454.89,-182.56,-157.87:100
696 20 4497462 . TTA T . PASS FR=0.5;HP=2;NF=2;NR=2;PP=88.0;SC=TAAATCAACTTTATATATATA;TC=14;TR=4 GT:GL:GQ 1/0:-149.41,-117.69,-112.45:46
697 20 4500613 . G GC . PASS FR=1.0;HP=2;NF=12;NR=13;PP=100.0;SC=ATGCCCAAGGGTGTCCCAGAG;TC=29;TR=25 GT:GL:GQ 1/1:-293.02,-49.83,-29.64:100
698 20 4502874 . CT C . PASS FR=1.0;HP=4;NF=11;NR=7;PP=100.0;SC=TACAGCCCTTCTTGGGAGCCC;TC=24;TR=18 GT:GL:GQ 1/1:-204.97,-36.44,-20.43:100
699 20 4512447 . AAAACAAAC AAAAC,A . PASS FR=0.5,0.5;HP=3;NF=3,4;NR=0,1;PP=100.0,100.0;SC=ACTCCATCTCAAAACAAACAA;TC=20;TR=3,5 GT:GL:GQ 1/2:-1.0,-1.0,-1.0:100
700 20 4519983 . GA G . PASS FR=0.5;HP=3;NF=7;NR=13;PP=100.0;SC=TCCAAACTAAGACAGGTATTA;TC=36;TR=20 GT:GL:GQ 0/1:-201.76,-27.24,-148.43:100
701 20 4524299 . AGTGTGT A . PASS FR=0.5;HP=3;NF=2;NR=1;PP=100.0;SC=TCTGTGCTTTAGTGTGTGTGT;TC=28;TR=3 GT:GL:GQ 0/1:-144.55,-75.64,-138.78:100
702 20 4530940 . CTT C . PASS FR=0.5002;HP=6;NF=2;NR=9;PP=80.0;SC=TTCTTTCTTTCTTTCTCTCTC;TC=25;TR=11 GT:GL:GQ 0/1:-323.77,-294.9,-301.87:33
703 20 4541935 . A AGAG . PASS FR=0.5;HP=2;NF=8;NR=4;PP=100.0;SC=GTGGCAGATTAGAGGAGACAT;TC=32;TR=12 GT:GL:GQ 0/1:-211.5,-48.19,-198.54:100
704 20 4547067 . G GA . PASS FR=0.5116;HP=10;NF=5;NR=1;PP=100.0;SC=TATAGAGAGAGAAAAAAAAAC;TC=18;TR=6 GT:GL:GQ 0/1:-156.12,-119.31,-122.4:16
705 20 4553580 . GT G . PASS FR=0.5;HP=10;NF=1;NR=1;PP=71.0;SC=TTTTGTTTTTGTTTTTGTTTT;TC=17;TR=2 GT:GL:GQ 1/0:-197.42,-152.57,-154.01:100
706 20 4553925 . T TC . PASS FR=1.0;HP=1;NF=7;NR=5;PP=100.0;SC=CGGCCCCTCTTCACTTTTAAG;TC=16;TR=12 GT:GL:GQ 1/1:-135.25,-18.29,-7.82:87
707 20 4560578 . C CCTTA . PASS FR=1.0;HP=1;NF=11;NR=12;PP=100.0;SC=ATGTTATATACCTTTTAGAGA;TC=32;TR=23 GT:GL:GQ 1/1:-416.23,-42.65,-19.11:100
708 20 4566007 . G GC . PASS FR=0.5;HP=1;NF=9;NR=3;PP=100.0;SC=AGCTGGGGCTGACTCATCTGA;TC=27;TR=12 GT:GL:GQ 0/1:-150.18,-87.47,-213.89:100
709 20 4572622 . T TA . PASS FR=0.5;HP=1;NF=5;NR=4;PP=100.0;SC=AAAGGGGTGCTAGGAATTCCA;TC=21;TR=9 GT:GL:GQ 0/1:-105.47,-33.77,-107.56:100
710 20 4580659 . ATTG A . PASS FR=0.5;HP=3;NF=9;NR=11;PP=100.0;SC=AATAATTTATATTGTTATTAT;TC=41;TR=20 GT:GL:GQ 0/1:-343.69,-136.17,-313.1:100
711 20 4580822 . AAC A . PASS FR=0.5;HP=1;NF=7;NR=7;PP=100.0;SC=TATCTTACATAACAGTGTATC;TC=27;TR=14 GT:GL:GQ 0/1:-159.59,-31.47,-183.78:100
712 20 4589159 . TAC T . PASS FR=0.5;HP=1;NF=5;NR=5;PP=100.0;SC=CACACACACGTACACACACAC;TC=25;TR=10 GT:GL:GQ 0/1:-134.67,-33.29,-88.29:100
713 20 4590266 . T TCTGGCC . PASS FR=0.5;HP=3;NF=3;NR=4;PP=100.0;SC=GCTGGCAGCCTCTGGCCCTGG;TC=20;TR=7 GT:GL:GQ 0/1:-180.62,-56.12,-103.3:100
714 20 4613873 . T TATA . PASS FR=0.5;HP=3;NF=6;NR=2;PP=100.0;SC=CTCTTTCTTTTATAATAATAA;TC=26;TR=8 GT:GL:GQ 0/1:-121.23,-16.51,-65.45:100
715 20 4616453 . G GAGTAGA . PASS FR=0.5;HP=3;NF=5;NR=7;PP=100.0;SC=CACAGAGTAGGGGTTCAATAA;TC=22;TR=12 GT:GL:GQ 0/1:-211.56,-25.38,-113.94:100
716 20 4617264 . G GAGAA . PASS FR=0.5;HP=2;NF=3;NR=1;PP=100.0;SC=GAAAGCAAGAGAGAAAGAAGA;TC=22;TR=4 GT:GL:GQ 0/1:-126.22,-46.88,-138.67:100
717 20 4617272 . AG A . PASS FR=0.5;HP=1;NF=1;NR=3;PP=20.0;SC=GAGAGAAAGAAGAGAAGAGAA;TC=22;TR=4 GT:GL:GQ 0/1:-134.04,-119.35,-223.11:66
718 20 4617303 . G GAGGA . PASS FR=0.5;HP=2;NF=2;NR=3;PP=100.0;SC=GGGAGGGAGAGAGGAAGGAAG;TC=19;TR=5 GT:GL:GQ 0/1:-154.78,-90.63,-135.29:100
719 20 4655424 . G GA . PASS FR=0.5;HP=8;NF=13;NR=4;PP=100.0;SC=GTTCTTTAGAGAAAAAAAGAT;TC=30;TR=17 GT:GL:GQ 0/1:-186.33,-114.25,-152.75:100
720 20 4668235 . AT A . PASS FR=0.5;HP=10;NF=12;NR=5;PP=100.0;SC=TAGGAAATAGATTTTTTTTTT;TC=33;TR=17 GT:GL:GQ 0/1:-91.71,-31.87,-60.05:100
721 20 4673330 . C CTTT . PASS FR=0.5;HP=5;NF=6;NR=8;PP=100.0;SC=TGAAGAAAATCTTTTCTTCCT;TC=24;TR=14 GT:GL:GQ 0/1:-183.35,-23.94,-71.42:100
722 20 4684173 . TG T . PASS FR=0.5;HP=1;NF=5;NR=1;PP=100.0;SC=CAGGCACAGTTGCTCACGCCT;TC=17;TR=6 GT:GL:GQ 0/1:-81.87,-25.35,-94.89:100
723 20 4691383 . CA C . PASS FR=1.0;HP=2;NF=14;NR=12;PP=100.0;SC=TGGGGTCATCCAAGCATGGCT;TC=29;TR=26 GT:GL:GQ 1/1:-259.65,-39.57,-19.54:100
724 20 4692075 . C CA . PASS FR=0.5;HP=9;NF=5;NR=3;PP=95.0;SC=AGTAATTGGACAAAAAAAACA;TC=26;TR=8 GT:GL:GQ 0/1:-67.83,-34.9,-96.78:100
725 20 4704696 . A ATG . PASS FR=0.5;HP=2;NF=5;NR=3;PP=100.0;SC=ATATGTATATATGTGTGTGTA;TC=30;TR=8 GT:GL:GQ 0/1:-168.25,-105.64,-257.19:100
726 20 4706654 . GTGCCATCA G . PASS FR=1.0;HP=2;NF=7;NR=4;PP=100.0;SC=TTACAGGTGTGTGCCATCATG;TC=17;TR=11 GT:GL:GQ 1/1:-236.92,-30.58,-21.39:67
727 20 4727159 . C CATTTTATTTT . PASS FR=1.0;HP=1;NF=2;NR=4;PP=100.0;SC=ATAGCATTTGCATTTTATTTT;TC=27;TR=6 GT:GL:GQ 1/1:-510.26,-402.24,-397.15:63
728 20 4735780 . T TTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTC,C . PASS FR=0.5,0.5;HP=3;NF=0,5;NR=3,16;PP=100.0,100.0;SC=CCTTTCTTTCTTTTCTTTCTT;TC=27;TR=3,21 GT:GL:GQ 1/2:-1.0,-1.0,-1.0:100
729 20 4737530 . T TA . PASS FR=1.0;HP=1;NF=11;NR=14;PP=100.0;SC=TTAAATGTATTGAGGCTCATT;TC=26;TR=25 GT:GL:GQ 1/1:-245.38,-21.97,-3.97:100
730 20 4737701 . T TTGA . PASS FR=1.0;HP=1;NF=12;NR=7;PP=100.0;SC=ACTTTCTGTCTTGACCTGTCT;TC=19;TR=19 GT:GL:GQ 1/1:-227.02,-18.69,-5.52:100
731 20 4741155 . G GGA . PASS FR=1.0;HP=1;NF=5;NR=11;PP=100.0;SC=AACACACCAGGTGTGTCAAAA;TC=22;TR=16 GT:GL:GQ 1/1:-218.41,-31.08,-15.98:100
732 20 4743693 . G GTTAA . PASS FR=1.0;HP=2;NF=6;NR=7;PP=100.0;SC=AGCCCAGGAGGTTAAGTCTGC;TC=16;TR=13 GT:GL:GQ 1/1:-225.23,-59.89,-50.88:75
733 20 4743774 . A AAAATAAAT . PASS FR=1.0;HP=5;NF=4;NR=3;PP=100.0;SC=AAAAGGAGAAAAAATAAATAA;TC=16;TR=7 GT:GL:GQ 1/1:-319.93,-209.77,-203.54:78
734 20 4748739 . A ACTAT . PASS FR=1.0;HP=1;NF=12;NR=7;PP=100.0;SC=TCTTTCACCAACTATTTTCAC;TC=23;TR=19 GT:GL:GQ 1/1:-501.66,-334.66,-319.16:100
735 20 4761877 . T TG . PASS FR=0.5;HP=8;NF=1;NR=4;PP=100.0;SC=ACAGATATTTTGGGGGGGGCA;TC=23;TR=5 GT:GL:GQ 0/1:-97.23,-58.4,-90.76:100
736 20 4768475 . A AAGGGACT . PASS FR=1.0;HP=2;NF=7;NR=8;PP=100.0;SC=CAGGGGTCCAAAGGCACCTTA;TC=23;TR=15 GT:GL:GQ 1/1:-372.13,-36.56,-17.94:100
737 20 4783543 . CATAT C . PASS FR=0.5;HP=2;NF=1;NR=2;PP=100.0;SC=TATATATATACATATATATAT;TC=23;TR=3 GT:GL:GQ 0/1:-115.71,-29.18,-62.14:100
738 20 4794428 . CGT C . PASS FR=0.5;HP=3;NF=3;NR=2;PP=100.0;SC=CAGTGTGTGGCGTGTGTGTGT;TC=28;TR=5 GT:GL:GQ 0/1:-119.46,-68.74,-106.78:100
739 20 4796034 . TACC T . PASS FR=0.5;HP=1;NF=7;NR=5;PP=100.0;SC=TATCTGAGGCTACCACCACCC;TC=27;TR=12 GT:GL:GQ 0/1:-222.6,-98.55,-189.77:100
740 20 4802486 . G GCC . PASS FR=0.5;HP=2;NF=5;NR=4;PP=100.0;SC=GACTGCCACAGCCTAGGCATC;TC=24;TR=9 GT:GL:GQ 0/1:-135.36,-38.11,-126.44:100
741 20 4803072 . CT C . PASS FR=0.5;HP=1;NF=1;NR=5;PP=100.0;SC=GTGCACGCAGCTGTTGAGAGG;TC=15;TR=6 GT:GL:GQ 0/1:-82.81,-37.85,-91.55:100
742 20 4823348 . AT A . PASS FR=1.0;HP=8;NF=17;NR=7;PP=100.0;SC=AATATTTTCCATTTTTTTTGA;TC=32;TR=24 GT:GL:GQ 1/1:-298.64,-180.3,-160.97:100
743 20 4850186 . GAC G . PASS FR=0.5;HP=1;NF=3;NR=2;PP=49.0;SC=ATCTCCAAATGACACACACAC;TC=34;TR=5 GT:GL:GQ 0/1:-186.75,-165.14,-349.63:96
744 20 4880132 . AGCTCAATGCCTTCTGC A . PASS FR=1.0;HP=1;NF=3;NR=4;PP=100.0;SC=CAAACGGCGCAGCTCAATGCC;TC=17;TR=7 GT:GL:GQ 1/1:-255.52,-55.88,-53.61:44
745 20 4883735 . G GGA . PASS FR=1.0;HP=1;NF=13;NR=18;PP=100.0;SC=GGTGAAAAGAGTAATTCTAAA;TC=34;TR=31 GT:GL:GQ 1/1:-361.9,-346.05,-342.67:97
746 20 4886527 . GA G . PASS FR=0.5;HP=3;NF=5;NR=6;PP=100.0;SC=ACTCTACTGAGAAGAACAGAT;TC=19;TR=11 GT:GL:GQ 0/1:-166.67,-86.72,-123.24:100
747 20 4892485 . AATTT A . PASS FR=0.5;HP=1;NF=2;NR=7;PP=100.0;SC=TTTATTTATGAATTTATTTAT;TC=34;TR=9 GT:GL:GQ 0/1:-148.07,-23.75,-121.86:100
748 20 4922648 . CTAAACTAACT C . PASS FR=0.5;HP=5;NF=1;NR=10;PP=100.0;SC=TCTATATTTTCTAAACTAACT;TC=33;TR=11 GT:GL:GQ 0/1:-284.06,-37.14,-228.78:100
749 20 4942899 . C CA . PASS FR=0.5;HP=7;NF=4;NR=3;PP=100.0;SC=ACCCCCGCCCCAAAAAAACAG;TC=28;TR=7 GT:GL:GQ 0/1:-99.42,-46.78,-95.55:100
750 20 4947451 . G GTTTGA . PASS FR=0.5;HP=4;NF=4;NR=4;PP=100.0;SC=ACTTTTGATAGTTTTACACAC;TC=18;TR=8 GT:GL:GQ 0/1:-283.81,-185.62,-217.52:100
751 20 4947582 . TG T . PASS FR=0.5;HP=4;NF=9;NR=4;PP=100.0;SC=GATTACATGATGGGGAGCAGG;TC=22;TR=13 GT:GL:GQ 0/1:-139.84,-55.72,-119.49:100
752 20 4947775 . T TA . PASS FR=0.5;HP=6;NF=8;NR=4;PP=100.0;SC=GAAATCTAAATAAACACAGGG;TC=24;TR=12 GT:GL:GQ 0/1:-128.76,-21.0,-91.02:100
753 20 4949766 . CTT C . PASS FR=0.5;HP=3;NF=8;NR=4;PP=100.0;SC=GAGTTTCCCTCTTGTTACCCA;TC=25;TR=12 GT:GL:GQ 0/1:-147.72,-32.95,-112.56:100
754 20 4954109 . G GGACTT . PASS FR=0.5;HP=2;NF=4;NR=8;PP=100.0;SC=ATGGCTGGAAGGACTTAACTA;TC=30;TR=12 GT:GL:GQ 0/1:-203.74,-23.32,-169.48:100
755 20 4965192 . C CT . PASS FR=0.5;HP=2;NF=5;NR=3;PP=100.0;SC=GAGCAAGACTCTGTCTCAAAA;TC=26;TR=8 GT:GL:GQ 0/1:-134.47,-59.87,-111.38:100
756 20 4969015 . AG A . PASS FR=1.0;HP=8;NF=4;NR=5;PP=100.0;SC=TGGGAAACCGAGGGGGGGCCA;TC=12;TR=9 GT:GL:GQ 1/1:-67.79,-12.99,-5.52:61
757 20 4970270 . C CTTAATAT . PASS FR=0.5;HP=1;NF=4;NR=1;PP=100.0;SC=TGCAGTGAGCCATGATCTTGC;TC=22;TR=5 GT:GL:GQ 0/1:-247.44,-164.56,-281.24:100
758 20 4972366 . TCA TCACACA,T . PASS FR=0.5,0.5;HP=2;NF=1,0;NR=1,2;PP=100.0,49.0;SC=AGACTCCGTTTCACACACACA;TC=15;TR=2,2 GT:GL:GQ 1/2:-1.0,-1.0,-1.0:97
759 20 4979252 . ATGAGG A . PASS FR=0.5;HP=1;NF=5;NR=2;PP=100.0;SC=AAATGAATTAATGAGGTGAGG;TC=24;TR=7 GT:GL:GQ 0/1:-146.48,-63.04,-172.38:100
760 20 4985646 . A AAAAT . PASS FR=0.5;HP=4;NF=2;NR=1;PP=100.0;SC=CTCCGTCTCAAAAATAAATAA;TC=22;TR=3 GT:GL:GQ 0/1:-69.57,-20.73,-73.7:100
761 20 4987193 . T TTTTA . PASS FR=1.0;HP=3;NF=5;NR=7;PP=100.0;SC=GTAAAAGCCATTTTATTTATT;TC=33;TR=12 GT:GL:GQ 1/1:-198.93,-19.38,-8.29:93
762 20 5003823 . C CA . PASS FR=1.0;HP=2;NF=2;NR=1;PP=69.0;SC=CTCAGCCTCCCAGTAGCTGGG;TC=5;TR=3 GT:GL:GQ 1/1:-35.46,-12.52,-9.15:55
763 20 5006924 . GTATATATATGTGTA G . PASS FR=0.5;HP=2;NF=3;NR=1;PP=100.0;SC=ATGTATATATGTATATATATG;TC=17;TR=4 GT:GL:GQ 0/1:-102.23,-17.74,-69.04:100
764 20 5019857 . C CT . PASS FR=1.0;HP=1;NF=5;NR=1;PP=100.0;SC=CACCCCTGCACTCCAGCCTGG;TC=10;TR=6 GT:GL:GQ 1/1:-78.84,-38.79,-34.59:51
765 20 5021323 . T TC . PASS FR=1.0;HP=10;NF=8;NR=5;PP=100.0;SC=CTTTTTTTTTTTCAATGGCAA;TC=18;TR=13 GT:GL:GQ 1/1:-164.3,-19.64,-6.44:82
766 20 5021471 . G GA . PASS FR=1.0;HP=1;NF=11;NR=14;PP=100.0;SC=ACATAATGCTGGTTAAAGAGG;TC=33;TR=25 GT:GL:GQ 1/1:-406.51,-306.39,-293.23:100
767 20 5033824 . G GTATA . PASS FR=1.0;HP=8;NF=6;NR=6;PP=100.0;SC=CCAAAAAAAAGTATATATATA;TC=19;TR=12 GT:GL:GQ 1/1:-293.31,-92.78,-80.65:100
768 20 5034013 . GGCAT G . PASS FR=1.0;HP=1;NF=8;NR=10;PP=100.0;SC=ATGACAGCCAGGCATGGGGGC;TC=24;TR=18 GT:GL:GQ 1/1:-275.61,-34.13,-17.26:100
769 20 5044461 . A AAATTTTTAT . PASS FR=1.0;HP=4;NF=13;NR=12;PP=100.0;SC=GTTAACTTGGAAAAATTTCTA;TC=29;TR=25 GT:GL:GQ 1/1:-660.59,-158.53,-137.22:100
770 20 5058110 . G GGGGGCT . PASS FR=1.0;HP=2;NF=6;NR=6;PP=100.0;SC=CAACATTTTGGGAGGTGGGTG;TC=14;TR=12 GT:GL:GQ 1/1:-206.1,-87.92,-82.33:69
771 20 5062840 . AAAG A . PASS FR=1.0;HP=4;NF=12;NR=4;PP=100.0;SC=AATTTTTTAAAAAGAAGAAGA;TC=21;TR=16 GT:GL:GQ 1/1:-217.23,-55.74,-43.97:99
772 20 5079870 . AAATAAATAAATCAATC A . PASS FR=0.5;HP=2;NF=4;NR=6;PP=100.0;SC=ATAAATAAATAAATAAATAAA;TC=24;TR=10 GT:GL:GQ 1/0:-419.18,-202.82,-208.38:27
773 20 5094493 . T TA . PASS FR=1.0;HP=1;NF=7;NR=16;PP=100.0;SC=AAAATGAACTTACTACTGGAC;TC=26;TR=23 GT:GL:GQ 1/1:-300.98,-148.38,-131.87:100
774 20 5097837 . AC A . PASS FR=1.0;HP=1;NF=15;NR=5;PP=100.0;SC=TAAAGGTTATACGCCTAACTT;TC=25;TR=20 GT:GL:GQ 1/1:-243.65,-32.97,-15.65:100
775 20 5100990 . AAG A . PASS FR=1.0;HP=1;NF=10;NR=6;PP=100.0;SC=TTGCAGCCTGAAGAGAGTACA;TC=18;TR=16 GT:GL:GQ 1/1:-198.64,-18.46,-5.29:100
776 20 5105482 . C CATTTTAGG . PASS FR=1.0;HP=2;NF=6;NR=11;PP=100.0;SC=GTTCAGACCACATGTTATCCA;TC=22;TR=17 GT:GL:GQ 1/1:-471.45,-181.5,-164.38:100
777 20 5118209 . A AT . PASS FR=0.5;HP=8;NF=3;NR=2;PP=100.0;SC=TTTAAGTCTTATTTTTTCAAA;TC=16;TR=5 GT:GL:GQ 0/1:-55.51,-21.15,-68.35:100
778 20 5145860 . A AC . PASS FR=0.5;HP=5;NF=6;NR=2;PP=100.0;SC=TTTTTTGGAAACCCCCGTATT;TC=29;TR=8 GT:GL:GQ 0/1:-81.29,-28.9,-130.37:100
779 20 5150896 . G GC . PASS FR=0.5;HP=3;NF=2;NR=5;PP=100.0;SC=ACCTCGCTGTGCCCAGAGGAG;TC=17;TR=7 GT:GL:GQ 0/1:-79.22,-17.13,-53.13:100
780 20 5156258 . CCT C . PASS FR=0.5093;HP=2;NF=6;NR=6;PP=100.0;SC=ATGGTGAAACCCTGTCTCTAC;TC=16;TR=12 GT:GL:GQ 0/1:-101.9,-26.13,-29.44:17
781 20 5156432 . AAAAC A . PASS FR=0.5;HP=3;NF=5;NR=3;PP=100.0;SC=ACTCCATCTCAAAACAAACAA;TC=23;TR=8 GT:GL:GQ 0/1:-98.71,-15.69,-97.38:100
782 20 5173014 . C CA . PASS FR=1.0;HP=2;NF=8;NR=13;PP=100.0;SC=GAAGGGGGGTCTAGGAAGCCG;TC=22;TR=21 GT:GL:GQ 1/1:-250.84,-61.97,-47.15:100
783 20 5178081 . C CCT . PASS FR=0.5;HP=1;NF=5;NR=6;PP=100.0;SC=AGAGGTCAGCCGTGTCTGCCC;TC=22;TR=11 GT:GL:GQ 0/1:-193.35,-72.27,-102.13:100
784 20 5181165 . C CA . PASS FR=0.5;HP=8;NF=1;NR=6;PP=91.0;SC=TTAGACACAACAAAAAAGAGA;TC=22;TR=7 GT:GL:GQ 0/1:-61.45,-29.38,-90.08:100
785 20 5187401 . A AC . PASS FR=0.5;HP=6;NF=4;NR=3;PP=100.0;SC=TTTTCATGTCACCCCCGAGGT;TC=17;TR=7 GT:GL:GQ 0/1:-139.03,-104.99,-121.15:73
786 20 5187831 . G GAATC . PASS FR=0.5;HP=5;NF=5;NR=3;PP=100.0;SC=TGAAAGGAAAGAAGCATGTTT;TC=22;TR=8 GT:GL:GQ 0/1:-144.73,-26.29,-132.63:100
787 20 5192127 . A AATT . PASS FR=0.5;HP=3;NF=2;NR=7;PP=100.0;SC=AATGTGTTAAAATTATATAAG;TC=32;TR=9 GT:GL:GQ 0/1:-228.5,-119.37,-283.27:100
788 20 5212592 . TA T . PASS FR=1.0;HP=9;NF=20;NR=10;PP=100.0;SC=CCTGCCATATTAAAAAAAAAC;TC=39;TR=30 GT:GL:GQ 1/1:-191.03,-64.37,-41.93:100
789 20 5223122 . TA T . PASS FR=0.5;HP=2;NF=2;NR=4;PP=100.0;SC=GAATAAGACCTAGTATTTGCT;TC=11;TR=6 GT:GL:GQ 0/1:-63.8,-25.4,-69.29:100
790 20 5234499 . AAC A . PASS FR=0.5;HP=1;NF=1;NR=1;PP=25.0;SC=GTGCCTTCACAACACACACAC;TC=26;TR=2 GT:GL:GQ 0/1:-75.14,-59.09,-216.84:72
791 20 5236854 . A AATTAT . PASS FR=1.0;HP=1;NF=17;NR=9;PP=100.0;SC=AAAAGACATGAATTATCATTA;TC=29;TR=26 GT:GL:GQ 1/1:-427.74,-26.55,-5.07:100
792 20 5240296 . CT C . PASS FR=0.5;HP=1;NF=7;NR=6;PP=100.0;SC=AATTGATACACTACAATGGCC;TC=39;TR=13 GT:GL:GQ 0/1:-220.75,-129.27,-297.86:100
793 20 5242946 . A AC . PASS FR=0.5;HP=3;NF=6;NR=5;PP=100.0;SC=AGCTGGAACCACTGTTGTGGA;TC=22;TR=11 GT:GL:GQ 0/1:-141.29,-37.29,-109.65:100
794 20 5246342 . GC G . PASS FR=0.5;HP=7;NF=6;NR=8;PP=100.0;SC=AACCGAGACAGCCCCCCCTTT;TC=21;TR=14 GT:GL:GQ 0/1:-107.74,-25.34,-35.96:49
795 20 5247531 . T TTGCAGTAGAGAAACTCCC . PASS FR=0.5;HP=1;NF=3;NR=5;PP=100.0;SC=TTGCAGGTTATTGCAGTAGAG;TC=31;TR=8 GT:GL:GQ 0/1:-296.8,-101.13,-189.63:100
796 20 5251109 . ACTCTCTCTCTCTCTCTCT A . PASS FR=0.5;HP=1;NF=3;NR=2;PP=37.0;SC=CATCCAGTGTACTCTCTCTCT;TC=27;TR=5 GT:GL:GQ 0/1:-322.05,-299.54,-356.33:100
797 20 5251154 . G GTGTA . PASS FR=0.5;HP=2;NF=1;NR=4;PP=100.0;SC=CTCTGTGTGTGTGTATGTGTG;TC=19;TR=5 GT:GL:GQ 0/1:-297.98,-257.24,-280.47:100
798 20 5256228 . GAAAAAC G . PASS FR=0.5;HP=5;NF=8;NR=3;PP=100.0;SC=CAAATGTTTTGAAAAACAAAA;TC=29;TR=11 GT:GL:GQ 0/1:-159.47,-21.9,-134.38:100
799 20 5256836 . CT C . PASS FR=0.5;HP=10;NF=4;NR=7;PP=58.0;SC=TCTCAACTCACTTTTTTTTTT;TC=23;TR=11 GT:GL:GQ 0/1:-145.3,-121.72,-154.45:100
800 20 5260631 . G GA . PASS FR=0.5;HP=9;NF=6;NR=2;PP=100.0;SC=TTTAATGAAGGAAAAAAAAAT;TC=25;TR=8 GT:GL:GQ 0/1:-133.97,-86.93,-109.55:100
801 20 5261161 . ACT A . PASS FR=0.5;HP=2;NF=9;NR=8;PP=100.0;SC=CTTGAATGAAACTTATCTAAC;TC=33;TR=17 GT:GL:GQ 0/1:-246.04,-189.54,-319.81:100
802 20 5275657 . CAAAATAACTATTACAAATAACA C . PASS FR=0.5;HP=6;NF=2;NR=1;PP=100.0;SC=TCAAACATAACAAAATAACTA;TC=27;TR=3 GT:GL:GQ 0/1:-135.83,-52.75,-276.31:100
803 20 5277471 . C CCTT . PASS FR=0.5;HP=1;NF=11;NR=5;PP=100.0;SC=GTATCCATGTCCTAGGGTACA;TC=27;TR=16 GT:GL:GQ 0/1:-278.16,-87.4,-130.16:100
804 20 5278336 . TA T . PASS FR=0.5;HP=4;NF=3;NR=6;PP=100.0;SC=TTGAACTCTTTAAAAGTTTGA;TC=24;TR=9 GT:GL:GQ 0/1:-132.29,-83.79,-178.99:100
805 20 5280465 . TTG T . PASS FR=0.5;HP=4;NF=6;NR=8;PP=100.0;SC=GATGGGGTTTTTGGCCATGTT;TC=30;TR=14 GT:GL:GQ 0/1:-161.14,-49.68,-168.09:100
806 20 5280839 . T TATA . PASS FR=0.5;HP=1;NF=9;NR=3;PP=100.0;SC=ACCACAAATGTATAATACAAA;TC=30;TR=12 GT:GL:GQ 0/1:-228.47,-89.38,-201.59:100
807 20 5285786 . T TG . PASS FR=0.5;HP=1;NF=3;NR=2;PP=21.0;SC=GGCTAATCAGTTCACTCTAAG;TC=24;TR=5 GT:GL:GQ 0/1:-80.46,-64.62,-184.45:71
808 20 5289619 . GA G . PASS FR=0.5;HP=1;NF=9;NR=5;PP=100.0;SC=GAAGATCTAGGATGAAGCTGG;TC=22;TR=14 GT:GL:GQ 0/1:-219.59,-148.82,-190.02:100
809 20 5291220 . TGATCA T . PASS FR=0.5;HP=2;NF=6;NR=6;PP=100.0;SC=GTTTAGAACCTGATCAGAGAA;TC=27;TR=12 GT:GL:GQ 0/1:-284.71,-179.16,-294.64:100
810 20 5291304 . G GACTTATGGGGAGCTGGGGTATAAATACCCCAGCTCCCTCCT . PASS FR=0.5;HP=1;NF=1;NR=1;PP=100.0;SC=CCTCATCAATGACCTCCCACC;TC=8;TR=2 GT:GL:GQ 0/1:-488.84,-441.13,-506.41:71
811 20 5293792 . ATG A . PASS FR=0.5;HP=3;NF=6;NR=12;PP=100.0;SC=TACAATTATTATGTGTCAATT;TC=42;TR=18 GT:GL:GQ 0/1:-201.09,-30.39,-231.82:100
812 20 5303337 . CAGCT C . PASS FR=0.5;HP=2;NF=7;NR=7;PP=100.0;SC=AAATGTCACACAGCTAGCTGG;TC=32;TR=14 GT:GL:GQ 0/1:-273.85,-111.21,-258.62:100
813 20 5313928 . TA T . PASS FR=0.5;HP=10;NF=9;NR=8;PP=100.0;SC=ATACAGTTGATAAAAAAAAAC;TC=39;TR=17 GT:GL:GQ 0/1:-100.8,-36.94,-107.23:100
814 20 5316589 . GT G . PASS FR=1.0;HP=2;NF=7;NR=11;PP=100.0;SC=GAATATCTGGGTAAAATTTAA;TC=22;TR=18 GT:GL:GQ 1/1:-227.4,-66.98,-52.55:100
815 20 5320851 . AT A . PASS FR=0.5;HP=6;NF=5;NR=10;PP=100.0;SC=ATCTCAATAGATTTTTTAAAA;TC=39;TR=15 GT:GL:GQ 0/1:-177.77,-103.88,-250.39:100
816 20 5323468 . GA G . PASS FR=0.5;HP=10;NF=2;NR=4;PP=85.0;SC=GGCAACAAAAGAAAAAATAGA;TC=23;TR=6 GT:GL:GQ 0/1:-61.27,-31.53,-121.44:100
817 20 5326511 . G GT . PASS FR=0.5;HP=9;NF=11;NR=2;PP=100.0;SC=TTGATTCAAAGTTTTTTTTTA;TC=29;TR=13 GT:GL:GQ 0/1:-178.07,-139.61,-153.82:64
818 20 5326660 . T TA . PASS FR=0.5;HP=8;NF=4;NR=6;PP=100.0;SC=CTTTATCCTTTAAAAAAAATC;TC=26;TR=10 GT:GL:GQ 0/1:-181.43,-128.15,-159.02:100
819 20 5328799 . CA C . PASS FR=1.0;HP=4;NF=10;NR=6;PP=100.0;SC=AACCACCTTCCAAAATGTGGA;TC=20;TR=16 GT:GL:GQ 1/1:-179.33,-21.23,-7.37:100
820 20 5351875 . T TACACACAC . PASS FR=0.5;HP=6;NF=1;NR=1;PP=38.0;SC=ATCTTAAAAATACACACACAC;TC=12;TR=2 GT:GL:GQ 0/1:-48.31,-20.86,-63.23:100
821 20 5354510 . G GGC . PASS FR=0.5;HP=1;NF=5;NR=5;PP=100.0;SC=CCTCCTCCCTGCAGAGCTCCT;TC=28;TR=10 GT:GL:GQ 0/1:-148.18,-38.3,-173.54:100
822 20 5373349 . A AATTT . PASS FR=0.5;HP=6;NF=1;NR=2;PP=96.0;SC=CTAATTTTTTAATTTTTTTTT;TC=20;TR=3 GT:GL:GQ 0/1:-100.6,-64.12,-96.6:100
823 20 5390447 . C CA . PASS FR=0.5;HP=6;NF=4;NR=5;PP=100.0;SC=CATTAGCATACAAAAACCATC;TC=26;TR=9 GT:GL:GQ 0/1:-88.65,-28.46,-120.44:100
824 20 5408475 . AAAAC A . PASS FR=0.5;HP=4;NF=4;NR=5;PP=100.0;SC=CTCTGTCTCAAAAACAAACAA;TC=29;TR=9 GT:GL:GQ 0/1:-128.94,-29.02,-144.52:100
825 20 5410361 . G GA . PASS FR=1.0;HP=9;NF=6;NR=7;PP=100.0;SC=CTGGGTTGGGGAAAAAAAAAG;TC=25;TR=13 GT:GL:GQ 1/1:-119.78,-34.18,-19.33:100
826 20 5419440 . CTCCCTGTG C . PASS FR=0.5;HP=3;NF=1;NR=4;PP=100.0;SC=TGTTGTTCCCCTCCCTGTGTC;TC=19;TR=5 GT:GL:GQ 0/1:-128.97,-30.52,-125.82:100
827 20 5432204 . A AG . PASS FR=0.5;HP=8;NF=2;NR=3;PP=100.0;SC=AAAGAAAGAGAAAAAAAAAGG;TC=19;TR=5 GT:GL:GQ 0/1:-83.51,-76.05,-116.49:100
828 20 5432394 . G GT . PASS FR=1.0;HP=5;NF=9;NR=14;PP=100.0;SC=TTCCTCAATTGAAAAATCTTA;TC=26;TR=23 GT:GL:GQ 1/1:-328.05,-211.91,-196.14:100
829 20 5435136 . GAGAAAA G . PASS FR=0.5;HP=3;NF=3;NR=6;PP=44.0;SC=AAAAAAAGGGGAGAAAAAGAA;TC=24;TR=9 GT:GL:GQ 0/1:-190.59,-169.15,-271.82:96
830 20 5435153 . A ATTT . PASS FR=0.5;HP=8;NF=4;NR=10;PP=100.0;SC=AGAAAAAAAAATTTTAATGTT;TC=22;TR=14 GT:GL:GQ 0/1:-325.96,-275.2,-333.88:100
831 20 5435908 . G GTTAAT . PASS FR=0.5;HP=2;NF=5;NR=2;PP=100.0;SC=ACCAGGCCCAGTTATTTTTTG;TC=16;TR=7 GT:GL:GQ 0/1:-176.12,-112.78,-176.63:100
832 20 5443418 . A ACAGGGGCAC . PASS FR=0.5;HP=4;NF=3;NR=1;PP=100.0;SC=GCTTTGTCCCACAGCCTGATG;TC=15;TR=4 GT:GL:GQ 0/1:-94.87,-42.4,-160.11:100
833 20 5443724 . C CT . PASS FR=0.5;HP=3;NF=6;NR=4;PP=38.0;SC=GTTACCTTTCCCCTGAGATGC;TC=20;TR=10 GT:GL:GQ 0/1:-163.73,-143.91,-199.73:89
834 20 5452897 . G GA . PASS FR=0.5;HP=10;NF=2;NR=2;PP=26.0;SC=TCAGTCAGAAGAAAAAAAATT;TC=15;TR=4 GT:GL:GQ 0/1:-34.37,-17.3,-53.75:77
835 20 5460271 . C CA . PASS FR=0.5;HP=10;NF=2;NR=2;PP=67.0;SC=ACCCCTGTCTCAAAAAAAAAA;TC=21;TR=4 GT:GL:GQ 0/1:-56.83,-30.33,-56.83:100
836 20 5473577 . A AGT . PASS FR=0.5;HP=2;NF=2;NR=8;PP=100.0;SC=AACTGAGCAGAGTTCCTTTTT;TC=29;TR=10 GT:GL:GQ 0/1:-165.26,-86.94,-217.65:100
837 20 5475853 . CTTATTTAT CTTATTTATTTAT,C . PASS FR=0.5,0.5;HP=4;NF=1,1;NR=2,2;PP=100.0,100.0;SC=GAAGGCTCTTCTTATTTATTT;TC=18;TR=3,3 GT:GL:GQ 1/2:-1.0,-1.0,-1.0:100
838 20 5485434 . C CT . PASS FR=0.5001;HP=10;NF=4;NR=1;PP=63.0;SC=TTTTTATCTTCTTTTTTTTCC;TC=9;TR=5 GT:GL:GQ 0/1:-37.99,-12.58,-20.26:36
839 20 5518456 . C CG . PASS FR=0.5;HP=7;NF=7;NR=6;PP=100.0;SC=GTGACAAATGCGGGGGGTCTT;TC=27;TR=13 GT:GL:GQ 0/1:-115.32,-28.55,-76.08:100
840 20 5546352 . A AAG . PASS FR=1.0;HP=1;NF=13;NR=12;PP=100.0;SC=AAGTAGTCACAAGCTGTGATT;TC=26;TR=25 GT:GL:GQ 1/1:-322.1,-20.79,0.0:100
841 20 5596481 . TTATG T . PASS FR=1.0;HP=2;NF=4;NR=4;PP=100.0;SC=TGCTACTGGTTTATGTATGTA;TC=20;TR=8 GT:GL:GQ 1/1:-167.17,-32.77,-22.47:86
842 20 5596891 . ATGTGTGTG A . PASS FR=1.0;HP=2;NF=3;NR=4;PP=100.0;SC=AATTTGGGGTATGTGTGTGTG;TC=23;TR=7 GT:GL:GQ 1/1:-241.36,-45.12,-34.38:90
843 20 5600458 . A AG . PASS FR=1.0;HP=2;NF=3;NR=3;PP=100.0;SC=TCTTGACCTGAGTGATACACC;TC=16;TR=6 GT:GL:GQ 1/1:-146.08,-65.05,-55.59:79
844 20 5613790 . GA G . PASS FR=1.0;HP=4;NF=11;NR=9;PP=100.0;SC=CATGATTTCTGAAAACAAGCT;TC=26;TR=20 GT:GL:GQ 1/1:-222.44,-43.9,-26.57:100
845 20 5624959 . C CCTCCTTACCCT . PASS FR=0.5;HP=1;NF=1;NR=1;PP=100.0;SC=AACTTGTCCACCTCCATTACC;TC=28;TR=2 GT:GL:GQ 0/1:-225.26,-176.16,-303.27:100
846 20 5627592 . AT A . PASS FR=0.5;HP=6;NF=4;NR=3;PP=100.0;SC=TCTCAAAAAAATAATAAAGTT;TC=19;TR=7 GT:GL:GQ 0/1:-112.89,-28.55,-78.51:100
847 20 5629324 . T TTAC . PASS FR=0.5;HP=1;NF=3;NR=3;PP=100.0;SC=ATTATTACTATTATTATTATT;TC=26;TR=6 GT:GL:GQ 1/0:-227.05,-75.82,-72.8:100
848 20 5635153 . TGGAATATGAAAGAG T . PASS FR=1.0;HP=2;NF=7;NR=11;PP=100.0;SC=CAAGCCTGTTTGGAATATGAA;TC=27;TR=18 GT:GL:GQ 1/1:-490.0,-56.65,-38.89:100
849 20 5635246 . T TTGTGTG,TTGTGTGTG . PASS FR=0.5,0.5;HP=1;NF=2,0;NR=2,3;PP=100.0,100.0;SC=AAAATGAATATTGTGTGTGTG;TC=22;TR=4,3 GT:GL:GQ 1/2:-1.0,-1.0,-1.0:100
850 20 5644716 . GTCTCTCTCTCTC G . PASS FR=1.0;HP=1;NF=1;NR=6;PP=100.0;SC=ATGAGACCTCGTCTCTCTCTC;TC=22;TR=7 GT:GL:GQ 1/1:-261.18,-61.24,-58.02:52
851 20 5654462 . C CGTGTGTGTGTGTGT . PASS FR=0.5;HP=1;NF=3;NR=1;PP=100.0;SC=TATACATATACGTGTGTGTGT;TC=16;TR=4 GT:GL:GQ 0/1:-129.11,-28.26,-136.2:100
852 20 5654661 . AAAAAAATTTTTTTTGCTT A . PASS FR=0.5;HP=6;NF=7;NR=3;PP=100.0;SC=ATTTTTTGCCAAAAAAATTTT;TC=21;TR=10 GT:GL:GQ 0/1:-264.68,-158.41,-268.38:100
853 20 5655925 . ACG A . PASS FR=0.5047;HP=2;NF=4;NR=3;PP=100.0;SC=TTGCATGCGCACGCGCGCACA;TC=34;TR=7 GT:GL:GQ 0/1:-234.34,-106.46,-110.43:20
854 20 5674501 . T TTTTG . PASS FR=0.5;HP=4;NF=2;NR=2;PP=100.0;SC=AGATTTAGATTTTTGTTTGTT;TC=22;TR=4 GT:GL:GQ 0/1:-64.3,-21.33,-64.69:100
855 20 5691054 . A AC . PASS FR=0.5;HP=6;NF=4;NR=5;PP=100.0;SC=GTATAGTGAGACCCCCCATCT;TC=18;TR=9 GT:GL:GQ 0/1:-137.75,-89.82,-120.86:100
856 20 5696589 . AAAG A . PASS FR=0.5;HP=2;NF=3;NR=9;PP=100.0;SC=AGAAAACCATAAAGAAGAGAA;TC=35;TR=12 GT:GL:GQ 0/1:-142.07,-32.31,-238.04:100
857 20 5706639 . T TA . PASS FR=0.5;HP=9;NF=5;NR=2;PP=98.0;SC=TTGTCTCAATTAAAAAAAAAT;TC=31;TR=7 GT:GL:GQ 0/1:-60.75,-27.2,-75.24:100
858 20 5707109 . A ATTTTTCCC . PASS FR=0.5;HP=7;NF=2;NR=2;PP=100.0;SC=TGCCCAGCTGATTTTTTTAAA;TC=15;TR=4 GT:GL:GQ 0/1:-95.63,-40.43,-104.52:100
859 20 5740635 . T TAC,TACAC . PASS FR=0.5,0.5;HP=2;NF=3,1;NR=7,4;PP=100.0,100.0;SC=TGTATTTTTATACACACACAC;TC=23;TR=10,5 GT:GL:GQ 1/2:-1.0,-1.0,-1.0:100
860 20 5747768 . ATTTTC ATTTTCTTTTC,A . PASS FR=0.5,0.5;HP=4;NF=1,4;NR=1,1;PP=100.0,100.0;SC=CTCCATTCACATTTTCTTTTC;TC=17;TR=2,5 GT:GL:GQ 1/2:-1.0,-1.0,-1.0:100
861 20 5754003 . A AT . PASS FR=0.5;HP=9;NF=6;NR=4;PP=100.0;SC=AGAGAGTGGAATTTTTTTTTG;TC=33;TR=10 GT:GL:GQ 0/1:-69.42,-30.04,-87.94:100
862 20 5762289 . A AT . PASS FR=0.5;HP=8;NF=2;NR=3;PP=95.0;SC=CTGCCCAGCTATTTTTTTGTA;TC=13;TR=5 GT:GL:GQ 0/1:-43.82,-10.94,-28.53:79
863 20 5767540 . AGATCATTT A . PASS FR=1.0;HP=2;NF=5;NR=6;PP=100.0;SC=TTCTCAAGCCAGATCATTTGA;TC=16;TR=11 GT:GL:GQ 1/1:-333.85,-224.08,-215.75:69
864 20 5768941 . AGTT A . PASS FR=0.5;HP=1;NF=4;NR=9;PP=100.0;SC=TATATTCAGTAGTTGTTGTTT;TC=21;TR=13 GT:GL:GQ 0/1:-159.07,-13.83,-29.97:73
865 20 5771896 . CAAATAAATA C . PASS FR=1.0;HP=3;NF=11;NR=5;PP=100.0;SC=AAAATCTTAGCAAATAAATAA;TC=26;TR=16 GT:GL:GQ 1/1:-433.86,-58.29,-43.98:62
866 20 5778212 . AAAG A . PASS FR=1.0;HP=5;NF=6;NR=12;PP=100.0;SC=CCATCTCAAAAAAGAAGAAGA;TC=23;TR=18 GT:GL:GQ 1/1:-251.53,-37.12,-21.87:100
867 20 5781503 . GCGTA G . PASS FR=1.0;HP=1;NF=9;NR=6;PP=100.0;SC=GTGTGTGTGTGCGTATGTCTA;TC=23;TR=15 GT:GL:GQ 1/1:-450.31,-256.77,-243.2:93
868 20 5788895 . C CAGCCTGGGTGACAG . PASS FR=1.0;HP=1;NF=3;NR=6;PP=100.0;SC=CACTGCACTCCAGCAAGACTC;TC=11;TR=9 GT:GL:GQ 1/1:-304.26,-23.03,-12.43:73
869 20 5798352 . CTGGCATTA C . PASS FR=0.5;HP=1;NF=1;NR=3;PP=100.0;SC=CTGGCTGTGCCTGGCATTATG;TC=29;TR=4 GT:GL:GQ 1/0:-390.33,-302.72,-305.99:100
870 20 5798359 . T TGC . PASS FR=0.5;HP=1;NF=6;NR=6;PP=100.0;SC=TGCCTGGCATTATGACTTAGT;TC=26;TR=12 GT:GL:GQ 0/1:-390.33,-366.98,-362.46:100
871 20 5807781 . T TG . PASS FR=1.0;HP=3;NF=7;NR=3;PP=100.0;SC=TGAGTGGGCGTGGCACCCACA;TC=10;TR=10 GT:GL:GQ 1/1:-98.15,-11.06,-4.14:57
872 20 5808542 . C CT . PASS FR=1.0;HP=3;NF=16;NR=16;PP=100.0;SC=ATCATTCACTCTTGTGGGTAG;TC=33;TR=32 GT:GL:GQ 1/1:-408.08,-203.57,-182.32:100
873 20 5808967 . T TGTGTAGTAG . PASS FR=1.0;HP=2;NF=7;NR=18;PP=100.0;SC=CTTAGAACAGTGTGATAGGTC;TC=28;TR=25 GT:GL:GQ 1/1:-678.96,-93.79,-70.92:100
874 20 5809144 . TTGA T . PASS FR=1.0;HP=1;NF=10;NR=16;PP=100.0;SC=GAGTCATTTCTTGATGACTCC;TC=34;TR=26 GT:GL:GQ 1/1:-408.43,-70.02,-46.73:100
875 20 5809747 . CCTGGGCTCA C . PASS FR=1.0;HP=1;NF=13;NR=15;PP=100.0;SC=GGTCTCAACTCCTGGGCTCAA;TC=33;TR=28 GT:GL:GQ 1/1:-583.71,-71.8,-56.82:48
876 20 5810527 . G GA . PASS FR=1.0;HP=9;NF=9;NR=9;PP=100.0;SC=TCTTCTTTAGGAAAAAAAAAC;TC=26;TR=18 GT:GL:GQ 1/1:-296.92,-216.99,-203.12:100
877 20 5820132 . A AAGATAGAT,AAGATAGATAGAT . PASS FR=0.5,0.5;HP=2;NF=4,2;NR=2,6;PP=100.0,100.0;SC=ATTAGATAGAAAGATAGATAG;TC=36;TR=6,8 GT:GL:GQ 1/2:-1.0,-1.0,-1.0:100
878 20 5822610 . A AAAG . PASS FR=0.5;HP=2;NF=4;NR=6;PP=100.0;SC=GACTATGGAGAAAGAGAACAT;TC=30;TR=10 GT:GL:GQ 0/1:-160.25,-33.5,-176.54:100
879 20 5830758 . C CAATAATAAT . PASS FR=1.0;HP=2;NF=2;NR=2;PP=100.0;SC=GACCCCGTCTCAATAATAATA;TC=8;TR=4 GT:GL:GQ 1/1:-112.77,-19.78,-14.93:60
880 20 5848219 . C CAAAAT . PASS FR=1.0;HP=7;NF=10;NR=13;PP=100.0;SC=ATTAAACACTCAAAAAAATAA;TC=29;TR=23 GT:GL:GQ 1/1:-431.75,-125.0,-103.09:100
881 20 5848530 . A AAT . PASS FR=1.0;HP=1;NF=13;NR=10;PP=100.0;SC=ATATATATAGAATATATATAT;TC=33;TR=23 GT:GL:GQ 1/1:-409.72,-328.74,-317.3:96
882 20 5850230 . A AT . PASS FR=1.0;HP=6;NF=1;NR=1;PP=100.0;SC=TAATTTTTGCATTTTTTGTTT;TC=22;TR=2 GT:GL:GQ 1/1:-134.01,-105.23,-98.33:86
883 20 5854908 . A AATTTTATTTT . PASS FR=1.0;HP=3;NF=3;NR=7;PP=100.0;SC=CATATACTTTAATTTTATTTT;TC=28;TR=10 GT:GL:GQ 1/1:-352.01,-27.1,-12.2:100
884 20 5856355 . CTAAA C . PASS FR=1.0;HP=4;NF=2;NR=2;PP=100.0;SC=GACCCTATTTCTAAATAAATA;TC=15;TR=4 GT:GL:GQ 1/1:-57.0,-6.23,-2.76:42
885 20 5860647 . TGAG T . PASS FR=1.0;HP=4;NF=8;NR=6;PP=100.0;SC=AGAAAGAAAATGAGGAGCGAA;TC=18;TR=14 GT:GL:GQ 1/1:-182.28,-15.91,-4.13:99
886 20 5879792 . CAA C . PASS FR=1.0;HP=10;NF=14;NR=15;PP=100.0;SC=ACAATAACATCAAAAAAAAAA;TC=39;TR=29 GT:GL:GQ 1/1:-170.66,-28.34,-5.76:100
887 20 5898748 . GAA G . PASS FR=1.0;HP=2;NF=5;NR=5;PP=100.0;SC=AGCCAAGATTGAACTCCATTG;TC=13;TR=10 GT:GL:GQ 1/1:-132.95,-97.25,-91.93:66
888 20 5900669 . G GC . PASS FR=0.5;HP=1;NF=4;NR=2;PP=100.0;SC=CATGACAGATGCATTTCCCTG;TC=15;TR=6 GT:GL:GQ 0/1:-72.42,-12.46,-72.17:100
889 20 5911588 . TCA T . PASS FR=0.5;HP=2;NF=6;NR=1;PP=100.0;SC=CTGGCAAATCTCACACACACA;TC=19;TR=7 GT:GL:GQ 0/1:-115.11,-26.04,-76.51:100
890 20 5923828 . CAGAGAGAATACATGCTTA C . PASS FR=0.5;HP=1;NF=3;NR=5;PP=100.0;SC=TGTATTCTTCCAGAGAGAATA;TC=22;TR=8 GT:GL:GQ 0/1:-297.99,-115.43,-361.46:100
891 20 5928403 . T TA . PASS FR=0.5;HP=2;NF=3;NR=2;PP=100.0;SC=ACCTAGGTGCTTTGAAACACT;TC=18;TR=5 GT:GL:GQ 0/1:-52.7,-18.59,-121.61:100
892 20 5930573 . A AG . PASS FR=0.5;HP=3;NF=4;NR=4;PP=100.0;SC=ACAGGTGATTAGGGTGTGGAG;TC=26;TR=8 GT:GL:GQ 0/1:-121.38,-46.04,-144.61:100
893 20 5932104 . C CT . PASS FR=0.5;HP=2;NF=5;NR=6;PP=100.0;SC=TCTTTATTTACTTGTATACTT;TC=20;TR=11 GT:GL:GQ 0/1:-138.34,-48.83,-107.16:100
894 20 5934084 . GGTGT GGT,G . PASS FR=0.5,0.5;HP=3;NF=1,2;NR=3,2;PP=100.0,100.0;SC=TCTCATGAGGGGTGTGTGTGT;TC=32;TR=4,4 GT:GL:GQ 1/2:-1.0,-1.0,-1.0:100
895 20 5938650 . A AT . PASS FR=0.5;HP=3;NF=3;NR=6;PP=100.0;SC=TTTTCCTTAAATTTCTTTTTT;TC=36;TR=9 GT:GL:GQ 0/1:-182.01,-137.8,-289.15:100
896 20 5939638 . G GT . PASS FR=0.5;HP=7;NF=8;NR=7;PP=100.0;SC=ATTAGTGTCTGTTTTTTACCT;TC=37;TR=15 GT:GL:GQ 0/1:-244.24,-166.31,-240.23:100
897 20 5946414 . TTTTACTTCTTAGAGTATGC T . PASS FR=0.5;HP=3;NF=2;NR=4;PP=100.0;SC=TAAGTGCTGGTTTTACTTCTT;TC=34;TR=6 GT:GL:GQ 0/1:-213.07,-102.23,-466.92:100
898 20 5948421 . CATT C . PASS FR=0.5;HP=1;NF=6;NR=8;PP=100.0;SC=CTAGTTGAGTCATTGTAGGGA;TC=25;TR=14 GT:GL:GQ 0/1:-180.5,-26.28,-114.93:100
899 20 5958367 . TATA T . PASS FR=0.5;HP=2;NF=1;NR=12;PP=100.0;SC=TAAATCAGGATATAATAATAC;TC=28;TR=13 GT:GL:GQ 0/1:-168.03,-21.02,-138.69:100
900 20 5958971 . AT A . PASS FR=0.5;HP=8;NF=7;NR=10;PP=100.0;SC=ATTTGTGATCATTTTTTTTAA;TC=36;TR=17 GT:GL:GQ 0/1:-190.15,-122.85,-187.1:100
901 20 5972522 . TC T . PASS FR=0.5;HP=2;NF=3;NR=8;PP=100.0;SC=AGTTTTCATCTCTTCAGCTTC;TC=35;TR=11 GT:GL:GQ 0/1:-138.05,-67.95,-261.75:100
902 20 5974701 . T TTTTG . PASS FR=0.5;HP=6;NF=12;NR=8;PP=100.0;SC=TTAGCTTGATTTTTTTCAGCT;TC=40;TR=20 GT:GL:GQ 0/1:-282.01,-46.13,-199.33:100
903 20 5979818 . CTA C . PASS FR=0.5;HP=1;NF=4;NR=2;PP=100.0;SC=CACACACACACTATATAGAGT;TC=23;TR=6 GT:GL:GQ 0/1:-148.54,-97.12,-217.3:100
904 20 5979861 . T TAG . PASS FR=0.5;HP=1;NF=1;NR=6;PP=100.0;SC=GTATATATACTAGTGTGTATA;TC=23;TR=7 GT:GL:GQ 0/1:-206.33,-148.87,-246.11:100
905 20 5979921 . ATATATATTATATATAC A . PASS FR=0.5;HP=2;NF=2;NR=3;PP=100.0;SC=TCTATAAAGTATATATATTAT;TC=15;TR=5 GT:GL:GQ 0/1:-143.6,-52.22,-114.36:100
906 20 5980041 . CTATA C . PASS FR=0.5;HP=1;NF=6;NR=4;PP=100.0;SC=TATATATACACTATATATAGT;TC=35;TR=10 GT:GL:GQ 0/1:-130.29,-26.74,-240.87:100
907 20 5982833 . CTT C . PASS FR=0.5;HP=5;NF=2;NR=5;PP=100.0;SC=GCAATGCACTCTTTTGCTTAC;TC=22;TR=7 GT:GL:GQ 0/1:-154.07,-87.47,-142.2:100
908 20 5984269 . CTT C . PASS FR=0.5;HP=5;NF=6;NR=7;PP=100.0;SC=AATCCTTTCTCTTTTCACGTT;TC=31;TR=13 GT:GL:GQ 0/1:-161.92,-47.17,-162.99:100
909 20 5986173 . A ATAATT . PASS FR=0.5;HP=3;NF=9;NR=5;PP=100.0;SC=AAAATTTAAAATAAAAACTAT;TC=31;TR=14 GT:GL:GQ 0/1:-275.95,-89.41,-205.85:100
910 20 5997120 . T TGTGTGA . PASS FR=0.5;HP=2;NF=2;NR=2;PP=100.0;SC=TGTGTGTGTGTGAGTTTTCTT;TC=20;TR=4 GT:GL:GQ 0/1:-128.89,-41.21,-139.69:100
911 20 5999929 . G GTTA . PASS FR=0.5;HP=5;NF=7;NR=6;PP=100.0;SC=CTTTTGACCAGTTTTTAAGTT;TC=34;TR=13 GT:GL:GQ 0/1:-145.72,-26.46,-192.55:100
912 20 6013970 . C CG . PASS FR=0.5;HP=4;NF=4;NR=1;PP=100.0;SC=TTAGTAGAGACGGGGTTTCAC;TC=18;TR=5 GT:GL:GQ 0/1:-76.07,-30.4,-70.18:100
913 20 6019907 . TTGTGTGTGTGTGTGTG T . PASS FR=0.5;HP=2;NF=1;NR=1;PP=100.0;SC=GCAGTTTTGTTTGTGTGTGTG;TC=27;TR=2 GT:GL:GQ 0/1:-146.39,-89.3,-170.65:100
914 20 6052252 . CT C . PASS FR=1.0;HP=2;NF=5;NR=9;PP=100.0;SC=ATCCCCAGCCCTTCCTGGCTT;TC=21;TR=14 GT:GL:GQ 1/1:-166.42,-15.59,-2.3:100
915 20 6054897 . T TG . PASS FR=1.0;HP=3;NF=4;NR=7;PP=100.0;SC=TGGGCAAGGCTGGGAAGGAAG;TC=16;TR=11 GT:GL:GQ 1/1:-170.6,-33.42,-22.33:90
916 20 6056042 . T TA . PASS FR=1.0;HP=2;NF=8;NR=17;PP=100.0;SC=ACATCAAGTATATACGGTACA;TC=29;TR=25 GT:GL:GQ 1/1:-301.61,-48.56,-28.73:100
917 20 6163149 . CATTT C . PASS FR=1.0;HP=1;NF=11;NR=10;PP=100.0;SC=AACCTCTGAGCATTTATTTCA;TC=24;TR=21 GT:GL:GQ 1/1:-265.47,-16.86,-0.92:100
918 20 6169158 . C CT . PASS FR=1.0;HP=1;NF=11;NR=21;PP=100.0;SC=AATTGCAAGACCTTAAGAACC;TC=38;TR=32 GT:GL:GQ 1/1:-377.27,-55.22,-28.98:100
919 20 6186522 . G GC . PASS FR=1.0;HP=6;NF=10;NR=10;PP=100.0;SC=TAAAAAATGTGTTTTTAATCA;TC=21;TR=20 GT:GL:GQ 1/1:-309.42,-177.87,-163.8:100
920 20 6186628 . C CA . PASS FR=0.5;HP=3;NF=5;NR=12;PP=100.0;SC=TTCATCACCTCAAACATTTAT;TC=33;TR=17 GT:GL:GQ 0/1:-173.72,-30.0,-131.16:100
921 20 6189872 . C CCTT . PASS FR=0.5;HP=1;NF=1;NR=10;PP=100.0;SC=CTTCCTCCCTCCTTTCCCTCT;TC=26;TR=11 GT:GL:GQ 0/1:-217.8,-111.28,-184.18:100
922 20 6190124 . C CTT . PASS FR=0.5;HP=2;NF=2;NR=4;PP=92.0;SC=TCCTGCCTCTCTCTTTCCTCC;TC=16;TR=6 GT:GL:GQ 0/1:-129.79,-96.5,-151.55:100
923 20 6190921 . A AT . PASS FR=0.5;HP=2;NF=5;NR=4;PP=100.0;SC=CCATAAGTACATTAAAAAAAA;TC=24;TR=9 GT:GL:GQ 0/1:-121.19,-85.53,-104.7:86
924 20 6202427 . C CT . PASS FR=1.0;HP=6;NF=6;NR=13;PP=100.0;SC=GAAATCCTTTCTTTCCCCCTA;TC=20;TR=19 GT:GL:GQ 1/1:-165.74,-14.09,-0.92:100
925 20 6211244 . GT G . PASS FR=0.5;HP=10;NF=5;NR=6;PP=100.0;SC=TTGATTTCCAGTTTTTTTTTT;TC=33;TR=11 GT:GL:GQ 0/1:-97.67,-63.78,-117.4:100
926 20 6217057 . T TA . PASS FR=0.5;HP=2;NF=4;NR=7;PP=100.0;SC=TCTCTACAACTAACCATCAAC;TC=33;TR=11 GT:GL:GQ 0/1:-151.16,-56.84,-189.09:100
927 20 6227811 . TTTTTCTTTTC T . PASS FR=0.5;HP=6;NF=3;NR=2;PP=100.0;SC=TATACTGCTTTTTTTCTTTTC;TC=28;TR=5 GT:GL:GQ 0/1:-171.28,-80.47,-279.48:100
928 20 6228139 . TA T . PASS FR=0.5;HP=8;NF=6;NR=7;PP=100.0;SC=ACTGGTTGTTTAAAAAAAACA;TC=27;TR=13 GT:GL:GQ 0/1:-101.53,-37.68,-71.46:100
929 20 6229361 . G GTA . PASS FR=0.5;HP=2;NF=7;NR=5;PP=100.0;SC=TGCTTTTGAAGTATACCTTTA;TC=28;TR=12 GT:GL:GQ 0/1:-168.24,-128.05,-263.48:100
930 20 6232719 . T TA . PASS FR=1.0;HP=4;NF=10;NR=14;PP=100.0;SC=CGTACCTCAATAAGTACTGTT;TC=26;TR=24 GT:GL:GQ 1/1:-246.13,-19.86,-1.84:100
931 20 6235756 . T TA . PASS FR=0.5;HP=10;NF=4;NR=2;PP=51.0;SC=ATATAAAAGTTAAAAAAAAAA;TC=22;TR=6 GT:GL:GQ 0/1:-59.89,-37.16,-67.02:100
932 20 6242610 . GCAGACC G . PASS FR=0.5;HP=1;NF=7;NR=3;PP=100.0;SC=ACTGGGAGAGGCAGACCCACC;TC=27;TR=10 GT:GL:GQ 0/1:-180.6,-46.65,-174.85:100
933 20 6245977 . A AT . PASS FR=0.5;HP=6;NF=7;NR=5;PP=100.0;SC=CTTAGTTTTCATTTTTTAGCA;TC=29;TR=12 GT:GL:GQ 0/1:-149.75,-66.4,-136.45:100
934 20 6258987 . CT C . PASS FR=0.5;HP=6;NF=4;NR=10;PP=100.0;SC=GTATGTTCTTCTTTTGTCCCC;TC=34;TR=14 GT:GL:GQ 0/1:-185.84,-121.45,-268.81:100
935 20 6272029 . T TA . PASS FR=0.5;HP=3;NF=4;NR=9;PP=100.0;SC=TAATAGCTGGTAAACCCAACC;TC=39;TR=13 GT:GL:GQ 0/1:-151.49,-56.11,-226.05:100
936 20 6293812 . G GA . PASS FR=1.0;HP=7;NF=15;NR=12;PP=100.0;SC=GGAAAAGAAAGAAAAGAAAAA;TC=35;TR=27 GT:GL:GQ 1/1:-393.29,-260.24,-242.04:100
937 20 6296458 . T TA . PASS FR=1.0;HP=8;NF=5;NR=17;PP=100.0;SC=GAAAGCACAATTTTTTTTTCT;TC=39;TR=22 GT:GL:GQ 1/1:-284.36,-128.48,-104.71:100
938 20 6304002 . A ATG . PASS FR=1.0;HP=2;NF=6;NR=5;PP=100.0;SC=ATATATATATATATGTGTGTG;TC=30;TR=11 GT:GL:GQ 1/1:-328.64,-256.07,-245.8:100
939 20 6307745 . GTA G . PASS FR=1.0;HP=3;NF=4;NR=7;PP=100.0;SC=TATATATGTTGTATATATATA;TC=16;TR=11 GT:GL:GQ 1/1:-114.94,-15.25,-6.19:75
940 20 6307849 . TATATATATGGTATATATATC T . PASS FR=0.5034;HP=1;NF=2;NR=2;PP=100.0;SC=ATATATGGTGTATATATATGG;TC=11;TR=4 GT:GL:GQ 0/1:-108.24,-70.67,-74.96:21
941 20 6307908 . TG T . PASS FR=0.5;HP=2;NF=3;NR=4;PP=100.0;SC=ATATCATATATGGTGTATATA;TC=21;TR=7 GT:GL:GQ 0/1:-127.13,-92.55,-148.07:100
942 20 6308166 . G GTA,GTATA . PASS FR=0.5,0.5;HP=2;NF=2,1;NR=0,3;PP=86.0,100.0;SC=GTGTGTGTGTGTATATATATA;TC=16;TR=2,4 GT:GL:GQ 1/2:-1.0,-1.0,-1.0:100
943 20 6308279 . G GTA . PASS FR=1.0;HP=2;NF=5;NR=4;PP=100.0;SC=TATATATGGTGTATATATATA;TC=12;TR=9 GT:GL:GQ 1/1:-129.24,-92.18,-87.75:54
944 20 6308322 . GTGTGTGTATATATATATATATATA G . PASS FR=1.0;HP=2;NF=1;NR=2;PP=88.0;SC=ATGTATGTGTGTGTGTGTATA;TC=16;TR=3 GT:GL:GQ 1/1:-227.62,-141.11,-132.99:40
945 20 6319701 . G GGT . PASS FR=0.5;HP=1;NF=1;NR=5;PP=100.0;SC=GAGTCTATGTGGTGTGTGTGT;TC=19;TR=6 GT:GL:GQ 0/1:-99.44,-38.84,-115.36:100
946 20 6345189 . G GT . PASS FR=0.5;HP=8;NF=8;NR=3;PP=100.0;SC=ATTGTTTTCAGTTTTTTTTCT;TC=31;TR=11 GT:GL:GQ 0/1:-92.31,-34.03,-73.88:100
947 20 6346428 . C CTCTGTATG . PASS FR=0.5;HP=4;NF=5;NR=1;PP=45.0;SC=TATTCTCTATCTTTAATTTAA;TC=31;TR=6 GT:GL:GQ 0/1:-234.84,-191.03,-405.18:86
948 20 6349738 . TAC T . PASS FR=0.5;HP=1;NF=2;NR=1;PP=86.0;SC=GACACATACGTACACACACAC;TC=15;TR=3 GT:GL:GQ 0/1:-95.85,-65.71,-99.67:100
949 20 6364214 . ACTCTT A . PASS FR=0.5;HP=3;NF=5;NR=10;PP=100.0;SC=TCTTTACAAAACTCTTCTAGA;TC=36;TR=15 GT:GL:GQ 0/1:-210.3,-34.68,-236.21:100
950 20 6373382 . TCTACCTAC T . PASS FR=1.0;HP=1;NF=9;NR=8;PP=100.0;SC=ATTTCCTCTATCTACCTACCT;TC=38;TR=17 GT:GL:GQ 1/1:-510.97,-41.39,-20.72:100
951 20 6384835 . TACACACAC TAC,T . PASS FR=0.5,0.5;HP=2;NF=2,2;NR=7,1;PP=100.0,51.0;SC=GGATGACACATACACACACAC;TC=32;TR=9,3 GT:GL:GQ 1/2:-1.0,-1.0,-1.0:100
952 20 6390974 . TAA T . PASS FR=1.0;HP=3;NF=19;NR=16;PP=100.0;SC=CTGCCTACCTTAAACACATAA;TC=42;TR=35 GT:GL:GQ 1/1:-376.88,-34.87,-5.52:100
953 20 6401100 . A AT . PASS FR=1.0;HP=9;NF=15;NR=9;PP=100.0;SC=TTCAAAAAGCATTTTTTTTTG;TC=34;TR=24 GT:GL:GQ 1/1:-148.27,-28.49,-8.51:100
954 20 6406758 . C CT . PASS FR=1.0;HP=7;NF=4;NR=16;PP=100.0;SC=TCTCTCCCCTCTTTTTTCTCC;TC=31;TR=20 GT:GL:GQ 1/1:-235.73,-83.65,-66.42:100
955 20 6410888 . CAGGGCTTGGCCCTGGAGT C . PASS FR=0.5;HP=1;NF=2;NR=4;PP=100.0;SC=TTCTCCACTCCAGGGCTTGGC;TC=24;TR=6 GT:GL:GQ 0/1:-188.53,-25.15,-199.92:100
956 20 6426272 . T TCTC,TTTC . PASS FR=0.5,0.5;HP=1;NF=11,6;NR=5,5;PP=100.0,100.0;SC=TTAAAAATTATCTCATTTCCT;TC=28;TR=16,11 GT:GL:GQ 1/2:-1.0,-1.0,-1.0:100
957 20 6428681 . CA C . PASS FR=0.5009;HP=2;NF=4;NR=5;PP=100.0;SC=GGTGGGCCACCAACAGTGTCT;TC=20;TR=9 GT:GL:GQ 0/1:-312.7,-243.18,-248.77:27
958 20 6430456 . A AT . PASS FR=0.5;HP=10;NF=10;NR=6;PP=100.0;SC=TAATATTTAAATTTTTTTTTT;TC=35;TR=16 GT:GL:GQ 0/1:-143.54,-83.39,-119.6:100
959 20 6438083 . TA T . PASS FR=0.5;HP=7;NF=2;NR=8;PP=100.0;SC=AACAGATATATAAAAAATGCT;TC=21;TR=10 GT:GL:GQ 0/1:-86.86,-14.54,-78.87:100
960 20 6441903 . C CT . PASS FR=0.5;HP=9;NF=10;NR=11;PP=100.0;SC=AAATTAAATACTTTTTTTTTA;TC=43;TR=21 GT:GL:GQ 0/1:-221.48,-121.14,-137.31:73
961 20 6443155 . TTA T . PASS FR=0.5005;HP=5;NF=2;NR=2;PP=100.0;SC=AAACAGTTTTTTATATATATA;TC=14;TR=4 GT:GL:GQ 0/1:-162.1,-119.94,-126.23:30
962 20 6443546 . G GTA . PASS FR=0.5;HP=2;NF=1;NR=2;PP=100.0;SC=ATATATATGTGTATATATATA;TC=14;TR=3 GT:GL:GQ 0/1:-156.72,-103.24,-116.61:61
963 20 6447485 . C CA . PASS FR=0.5;HP=3;NF=4;NR=13;PP=100.0;SC=TTTTGAATTTCAAATATTTTC;TC=38;TR=17 GT:GL:GQ 0/1:-255.09,-105.01,-200.26:100
964 20 6448179 . TAATAA T . PASS FR=0.5;HP=5;NF=3;NR=4;PP=100.0;SC=TATCTCGAAATAATAAAATAA;TC=36;TR=7 GT:GL:GQ 0/1:-185.97,-96.1,-256.82:100
965 20 6456952 . ATT AT,A . PASS FR=0.5,0.5;HP=10;NF=7,8;NR=4,5;PP=100.0,100.0;SC=CAATGATGTCATTTTTTTTTT;TC=27;TR=11,13 GT:GL:GQ 1/2:-1.0,-1.0,-1.0:100
966 20 6458185 . GA G . PASS FR=0.5;HP=10;NF=11;NR=4;PP=100.0;SC=AAATAAAAATGAAAAAAAAAA;TC=48;TR=15 GT:GL:GQ 0/1:-255.96,-202.85,-273.91:100
967 20 6459292 . G GA . PASS FR=0.5;HP=10;NF=2;NR=6;PP=49.0;SC=TATCCTATCAGAAAAAAAAAC;TC=30;TR=8 GT:GL:GQ 0/1:-83.74,-61.52,-111.1:99
968 20 6473904 . TAGGTGAAATTTTCTTTTCTGTTTTTTTAA T . PASS FR=0.5;HP=1;NF=2;NR=1;PP=100.0;SC=TCCCTAATTCTAGGTGAAATT;TC=25;TR=3 GT:GL:GQ 0/1:-202.85,-99.33,-502.66:100
969 20 6481086 . T TTGTC . PASS FR=1.0;HP=2;NF=7;NR=5;PP=100.0;SC=TTGTTCCTCTTTGTCAGAGCA;TC=21;TR=12 GT:GL:GQ 1/1:-268.34,-19.84,-4.6:100
970 20 6488178 . CTTG C . PASS FR=1.0;HP=2;NF=13;NR=13;PP=100.0;SC=AAGCTACTTGCTTGTTGTTGA;TC=32;TR=26 GT:GL:GQ 1/1:-335.98,-26.27,-4.81:100
971 20 6520175 . C CTT . PASS FR=1.0;HP=3;NF=12;NR=17;PP=100.0;SC=TTACTTAAGACTTTCTATTGA;TC=35;TR=29 GT:GL:GQ 1/1:-362.42,-32.47,-7.59:100
972 20 6524976 . GACTAC G . PASS FR=1.0;HP=2;NF=12;NR=13;PP=100.0;SC=CTATGAAATTGACTACACTAC;TC=32;TR=25 GT:GL:GQ 1/1:-403.49,-65.81,-45.47:100
973 20 6531643 . GT G . PASS FR=1.0;HP=4;NF=17;NR=11;PP=100.0;SC=CAGATAAAGTGTTTAATTCAT;TC=31;TR=28 GT:GL:GQ 1/1:-281.56,-58.08,-38.11:100
974 20 6544912 . CAGAT CAGATAGATAGATAGAT,C . PASS FR=0.5,0.5;HP=1;NF=1,1;NR=4,1;PP=100.0,100.0;SC=TATTCACTGCCAGATAGATAG;TC=24;TR=5,2 GT:GL:GQ 1/2:-1.0,-1.0,-1.0:100
975 20 6548435 . A AAGAG . PASS FR=1.0;HP=2;NF=5;NR=8;PP=100.0;SC=GAGAAACAGAAAGAGAGAGAG;TC=33;TR=13 GT:GL:GQ 1/1:-316.58,-47.12,-29.98:100
976 20 6549783 . C CTT . PASS FR=1.0;HP=9;NF=3;NR=10;PP=100.0;SC=TGGTCCAGGCCTTTTTTTTTG;TC=24;TR=13 GT:GL:GQ 1/1:-145.52,-61.65,-53.62:66
977 20 6553955 . TTATA T . PASS FR=1.0;HP=3;NF=12;NR=6;PP=100.0;SC=ATTTTACATTTTATATATATA;TC=30;TR=18 GT:GL:GQ 1/1:-272.92,-35.6,-20.34:100
978 20 6563467 . CTAGGTAGGTAGG C . PASS FR=1.0;HP=1;NF=3;NR=6;PP=100.0;SC=ACATGCATTCCTAGGTAGGTA;TC=22;TR=9 GT:GL:GQ 1/1:-367.98,-150.14,-139.95:85
979 20 6565618 . CGTGT C . PASS FR=1.0;HP=2;NF=4;NR=3;PP=100.0;SC=TGTGTGTGTTCGTGTGTGTGT;TC=19;TR=7 GT:GL:GQ 1/1:-220.73,-126.68,-119.85:85
980 20 6565651 . G GTA . PASS FR=0.5286;HP=2;NF=3;NR=2;PP=100.0;SC=GTGTATATGTGTATATATATA;TC=16;TR=5 GT:GL:GQ 0/1:-258.66,-193.34,-195.57:12
981 20 6585232 . C CT . PASS FR=1.0;HP=2;NF=15;NR=16;PP=100.0;SC=ACAAACCCATCTCCTAAAATC;TC=33;TR=31 GT:GL:GQ 1/1:-314.24,-29.76,-6.91:100
982 20 6590623 . C CCTGCTT . PASS FR=1.0;HP=1;NF=17;NR=14;PP=100.0;SC=AGAGTTATCTCCTGCTGTCAT;TC=32;TR=31 GT:GL:GQ 1/1:-527.33,-38.07,-14.51:100
983 20 6603635 . C CA . PASS FR=1.0;HP=4;NF=12;NR=8;PP=100.0;SC=TTAGTCAAGCCAAAATCACAT;TC=27;TR=20 GT:GL:GQ 1/1:-325.58,-214.53,-199.34:100
984 20 6609608 . CTT C . PASS FR=1.0;HP=3;NF=10;NR=9;PP=100.0;SC=TGTTTTGATGCTTTCTGGCTT;TC=27;TR=19 GT:GL:GQ 1/1:-576.75,-576.47,-576.51:100
985 20 6609611 . T TGGAGGAGGA . PASS FR=1.0;HP=2;NF=9;NR=9;PP=100.0;SC=TTTGATGCTTTCTGGCTTGGA;TC=23;TR=18 GT:GL:GQ 1/1:-576.75,-311.9,-294.35:100
986 20 6644452 . C CTGTAG . PASS FR=1.0;HP=1;NF=14;NR=16;PP=100.0;SC=ATAAAAGGCACTGTAGCATAG;TC=35;TR=30 GT:GL:GQ 1/1:-563.91,-35.77,-9.44:100
987 20 6647434 . A ATC . PASS FR=1.0;HP=2;NF=4;NR=14;PP=100.0;SC=GGATACTGAGATTCTAAGTAG;TC=21;TR=18 GT:GL:GQ 1/1:-241.28,-23.07,-7.83:100
988 20 6655343 . T TG . PASS FR=1.0;HP=6;NF=6;NR=9;PP=100.0;SC=AGTCTAAAGATTTTTTTCTGG;TC=18;TR=15 GT:GL:GQ 1/1:-141.83,-27.31,-14.91:95
989 20 6655876 . GTATATA GTA,G . PASS FR=0.5,0.5;HP=1;NF=8,2;NR=11,1;PP=100.0,58.0;SC=TACATATATAGTATATATATA;TC=31;TR=19,3 GT:GL:GQ 1/2:-1.0,-1.0,-1.0:100
990 20 6664331 . C CTG . PASS FR=1.0;HP=5;NF=5;NR=10;PP=100.0;SC=GGTTTAAAAACTGTGTGTGTG;TC=30;TR=15 GT:GL:GQ 1/1:-232.49,-35.13,-29.16:74
991 20 6668238 . CT C . PASS FR=1.0;HP=10;NF=7;NR=15;PP=100.0;SC=ACTGGAGAAACTTTTTTTTTT;TC=30;TR=22 GT:GL:GQ 1/1:-332.94,-279.88,-269.29:89
992 20 6677392 . CTGTGTG C . PASS FR=0.5;HP=2;NF=1;NR=6;PP=100.0;SC=GTGTGTGGCCCTGTGTGTGTG;TC=24;TR=7 GT:GL:GQ 0/1:-156.67,-56.12,-128.5:100
993 20 6687137 . CAT C . PASS FR=1.0;HP=2;NF=12;NR=13;PP=100.0;SC=ATAAGATCCACATGAGACAAT;TC=26;TR=25 GT:GL:GQ 1/1:-279.85,-22.16,-4.14:100
994 20 6690400 . T TG . PASS FR=1.0;HP=2;NF=22;NR=8;PP=100.0;SC=TTAATACATTTGTATGCCCTG;TC=31;TR=30 GT:GL:GQ 1/1:-315.1,-40.57,-19.1:100
995 20 6694813 . GAA G . PASS FR=1.0;HP=6;NF=5;NR=4;PP=100.0;SC=AAGAAAGAAAGAAAGAGAAAG;TC=13;TR=9 GT:GL:GQ 1/1:-119.78,-18.28,-9.43:64
996 20 6717401 . G GA . PASS FR=1.0;HP=10;NF=14;NR=6;PP=100.0;SC=CTCTCTTAAGGAAAAAAAAAA;TC=27;TR=20 GT:GL:GQ 1/1:-134.21,-33.86,-20.0:100
997 20 6723994 . A AAC . PASS FR=1.0;HP=4;NF=10;NR=3;PP=100.0;SC=CACATACAAAAACACACACAC;TC=23;TR=13 GT:GL:GQ 1/1:-174.48,-22.71,-13.76:74
998 20 6746236 . C CTTAT . PASS FR=0.5;HP=2;NF=2;NR=4;PP=100.0;SC=CTGGAGACTACTTATTTATTT;TC=23;TR=6 GT:GL:GQ 0/1:-115.46,-26.87,-109.86:100
999 20 6759758 . A AAT . PASS FR=0.5;HP=2;NF=2;NR=3;PP=100.0;SC=TAAATACATAAATATATATAT;TC=21;TR=5 GT:GL:GQ 0/1:-98.2,-23.97,-51.3:100
1000 20 6765134 . A AACAC . PASS FR=0.5;HP=1;NF=2;NR=5;PP=100.0;SC=TTGAGAATCTAACACACACAC;TC=25;TR=7 GT:GL:GQ 0/1:-145.56,-56.64,-151.12:100
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