2 #CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT DNA_pool_A
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4 chr1 1281205 . T C 26 . DP=5;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,3,0;MQ=41 PL:GT:GQ 58,9,0:1/1:63
5 chr1 1281206 . G C 25 . DP=5;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,3,0;MQ=41 PL:GT:GQ 57,9,0:1/1:63
6 chr1 1922737 . G C 13.2 . DP=21;AF1=1;CI95=1,1;DP4=0,0,0,21;MQ=22 PL:GT:GQ 46,63,0:1/1:99
7 chr1 21197513 . A G 55.1 . DP=9;AF1=1;CI95=1,1;DP4=0,0,0,7;MQ=41 PL:GT:GQ 88,21,0:1/1:84
8 chr1 21343209 . T C 5.45 . DP=17;AF1=1;CI95=1,1;DP4=0,0,17,0;MQ=14 PL:GT:GQ 37,51,0:1/1:99
9 chr1 22097362 . T C 4.75 . DP=10;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,0,3;MQ=30 PL:GT:GQ 35,9,0:1/1:63
10 chr1 22254012 . A G 9.31 . DP=2;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,0,2;MQ=50 PL:GT:GQ 40,6,0:1/1:49
11 chr1 22650927 . G A 48.1 . DP=11;AF1=1;CI95=1,1;DP4=0,0,0,7;MQ=24 PL:GT:GQ 81,21,0:1/1:84
12 chr1 23535401 . C T 40.4 . DP=25;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,16,0,5;MQ=19;PV4=1,0.2,1,1 PL:GT:GQ 73,13,0:1/1:65
13 chr1 23543855 . T C 49.1 . DP=6;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,0,6;MQ=44 PL:GT:GQ 82,18,0:1/1:90
14 chr1 24245107 . C G 32 . DP=4;AF1=0.5001;CI95=0.5,0.5;DP4=0,2,0,2;MQ=36;PV4=1,1,1,1 PL:GT:GQ 62,0,35:0/1:38
15 chr1 24274412 . G C 39.5 . DP=7;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,4,0;MQ=32 PL:GT:GQ 72,12,0:1/1:72
16 chr1 36529832 . C T 41.8 . DP=2;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,0,2;MQ=46 PL:GT:GQ 73,6,0:1/1:49
17 chr1 37788090 . A G 89.5 . DP=4;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,4,0;MQ=49 PL:GT:GQ 122,12,0:1/1:72
18 chr1 43120440 . C T 34 . DP=3;AF1=0.5002;CI95=0.5,0.5;DP4=0,1,0,2;MQ=49;PV4=1,1,1,1 PL:GT:GQ 64,0,31:0/1:34
19 chr1 43980466 . C T 43 . DP=16;AF1=1;CI95=1,1;DP4=0,0,0,15;MQ=19 PL:GT:GQ 76,45,0:1/1:99
20 chr1 46047795 . T C 29.1 . DP=7;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,0,6;MQ=31 PL:GT:GQ 62,18,0:1/1:90
21 chr1 48860309 . C T 99 . DP=6;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,0,6;MQ=46 PL:GT:GQ 141,18,0:1/1:90
22 chr1 49415599 . T C 4.61 . DP=2;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,2,0;MQ=34 PL:GT:GQ 34,6,0:1/1:49
23 chr1 51601816 . G T 9.31 . DP=2;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,2,0;MQ=50 PL:GT:GQ 40,6,0:1/1:49
24 chr1 51955459 . G C 89.5 . DP=4;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,0,4;MQ=49 PL:GT:GQ 122,12,0:1/1:72
25 chr1 68479569 . T G 12 . DP=2;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,0,2;MQ=48 PL:GT:GQ 43,6,0:1/1:49
26 chr1 69032455 . A G 15.1 . DP=3;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,3,0;MQ=29 PL:GT:GQ 47,9,0:1/1:63
27 chr1 71888225 . G T 9.31 . DP=5;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,0,2;MQ=43 PL:GT:GQ 40,6,0:1/1:49
28 chr1 72381528 . T C 44 . DP=3;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,3,0;MQ=41 PL:GT:GQ 76,9,0:1/1:63
29 chr1 82004013 . A G 37.5 . DP=4;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,4,0;MQ=50 PL:GT:GQ 70,12,0:1/1:72
30 chr1 86289622 . C T 18 . DP=3;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,0,3;MQ=42 PL:GT:GQ 50,9,0:1/1:63
31 chr1 90267663 . A G 22 . DP=3;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,0,3;MQ=45 PL:GT:GQ 54,9,0:1/1:63
32 chr1 92699542 . A G 9.31 . DP=2;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,2,0;MQ=45 PL:GT:GQ 40,6,0:1/1:49
33 chr1 94867317 . G A 26.8 . DP=2;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,2,0;MQ=45 PL:GT:GQ 58,6,0:1/1:49
34 chr1 96428713 . C G 3.98 . DP=5;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,2,0;MQ=27 PL:GT:GQ 33,6,0:1/1:49
35 chr1 100466329 . G C 4.85 . DP=16;AF1=1;CI95=1,1;DP4=0,0,0,6;MQ=22 PL:GT:GQ 36,18,0:1/1:90
36 chr1 101909281 . G A 70 . DP=11;AF1=0.5;CI95=0.5,0.5;DP4=4,0,5,0;MQ=46;PV4=1,1,0.096,1 PL:GT:GQ 100,0,88:0/1:91
37 chr1 106216572 . T A 22 . DP=18;AF1=1;CI95=1,1;DP4=0,0,16,0;MQ=21 PL:GT:GQ 55,48,0:1/1:99
38 chr1 107901770 . T C 9.31 . DP=3;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,2,0;MQ=35 PL:GT:GQ 40,6,0:1/1:49
39 chr1 108431179 . A G 99 . DP=8;AF1=1;CI95=1,1;DP4=0,0,0,8;MQ=41 PL:GT:GQ 155,24,0:1/1:96
40 chr1 112005344 . C T 99 . DP=52;AF1=1;CI95=1,1;DP4=7,0,27,0;MQ=44;PV4=1,1,1,1 PL:GT:GQ 196,25,0:1/1:99
41 chr1 116625452 . C T 36 . DP=44;AF1=0.5;CI95=0.5,0.5;DP4=0,23,0,20;MQ=49;PV4=1,2.3e-69,0.42,1 PL:GT:GQ 66,0,179:0/1:69
42 chr1 118060710 . G T 6.98 . DP=8;AF1=0.4999;CI95=0.5,0.5;DP4=4,0,3,0;MQ=47;PV4=1,0.0071,1,1 PL:GT:GQ 36,0,73:0/1:39
43 chr1 118198177 . A G 15.9 . DP=23;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,2,0;MQ=43 PL:GT:GQ 47,6,0:1/1:49
44 chr1 118586346 . T C 9.31 . DP=2;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,2,0;MQ=49 PL:GT:GQ 40,6,0:1/1:49
45 chr1 120809555 . G A 20 . DP=8;AF1=0.5;CI95=0.5,0.5;DP4=6,0,2,0;MQ=46;PV4=1,1,1,1 PL:GT:GQ 50,0,106:0/1:53
46 chr1 130723110 . C A 20.7 . DP=8;AF1=0.5939;CI95=0.5,1;DP4=0,6,0,2;MQ=26;PV4=1,1,1,1 PL:GT:GQ 50,0,5:0/1:7
47 chr1 133979895 . T C 14.9 . DP=7;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,2,0;MQ=43 PL:GT:GQ 46,6,0:1/1:49
48 chr1 134977940 . C T 30 . DP=3;AF1=0.5002;CI95=0.5,0.5;DP4=0,1,0,2;MQ=38;PV4=1,1,0.26,1 PL:GT:GQ 60,0,31:0/1:34
49 chr1 141768589 . G A 18.1 . DP=15;AF1=0.5;CI95=0.5,0.5;DP4=4,0,4,0;MQ=51;PV4=1,2.7e-05,1,1 PL:GT:GQ 48,0,100:0/1:51
50 chr1 141768590 . G A 22 . DP=15;AF1=0.5;CI95=0.5,0.5;DP4=2,0,4,0;MQ=50;PV4=1,0.0033,1,1 PL:GT:GQ 52,0,40:0/1:43
51 chr1 146506051 . T C 44 . DP=3;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,3,0;MQ=43 PL:GT:GQ 76,9,0:1/1:63
52 chr1 150997009 . G A 9.31 . DP=2;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,2,0;MQ=47 PL:GT:GQ 40,6,0:1/1:49
53 chr1 162915612 . G C 13.9 . DP=2;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,2,0;MQ=35 PL:GT:GQ 45,6,0:1/1:49
54 chr1 168455400 . A G 4.12 . DP=28;AF1=1;CI95=1,1;DP4=0,0,0,27;MQ=10 PL:GT:GQ 35,81,0:1/1:99
55 chr1 172784744 . T C 17.8 . DP=4;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,2,0;MQ=48 PL:GT:GQ 49,6,0:1/1:49
56 chr1 183627307 . G A 13.9 . DP=2;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,0,2;MQ=35 PL:GT:GQ 45,6,0:1/1:49
57 chr1 185789457 . T C 41.8 . DP=2;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,2,0;MQ=50 PL:GT:GQ 73,6,0:1/1:49
58 chr1 187081827 . T C 4.77 . DP=10;AF1=1;CI95=1,1;DP4=0,0,10,0;MQ=17 PL:GT:GQ 36,30,0:1/1:99
59 chr1 188468339 . C T 33 . DP=25;AF1=1;CI95=1,1;DP4=0,0,0,13;MQ=24 PL:GT:GQ 66,39,0:1/1:99
60 chr1 188595435 . C T 41.8 . DP=8;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,0,2;MQ=49 PL:GT:GQ 73,6,0:1/1:49
61 chr1 188670561 . G C 3.55 . DP=22;AF1=1;CI95=1,1;DP4=0,0,0,9;MQ=18 PL:GT:GQ 34,27,0:1/1:99
62 chr1 188924877 . G A 6.2 . DP=10;AF1=0.9999;CI95=0.5,1;DP4=2,0,3,0;MQ=21;PV4=1,1,1,0.3 PL:GT:GQ 35,3,0:1/1:41
63 chr1 190536295 . G A 68 . DP=38;AF1=1;CI95=1,1;DP4=0,0,36,0;MQ=18 PL:GT:GQ 101,108,0:1/1:99
64 chr1 191129408 . T A 9.31 . DP=2;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,2,0;MQ=48 PL:GT:GQ 40,6,0:1/1:49
65 chr1 195937816 . T C 13 . DP=2;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,0,2;MQ=35 PL:GT:GQ 44,6,0:1/1:49
66 chr1 198857619 . T C 89 . DP=61;AF1=0.5;CI95=0.5,0.5;DP4=0,38,0,17;MQ=30;PV4=1,0.032,1,1 PL:GT:GQ 119,0,139:0/1:99
67 chr1 199057483 . T C 13 . DP=2;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,0,2;MQ=32 PL:GT:GQ 44,6,0:1/1:49
68 chr1 200133619 . G C 5.83 . DP=49;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=2,0,8,0;MQ=17;PV4=1,0.059,1,0.2 PL:GT:GQ 37,12,0:1/1:72
69 chr1 200729661 . A T 36 . DP=15;AF1=1;CI95=1,1;DP4=0,0,14,0;MQ=27 PL:GT:GQ 69,42,0:1/1:99
70 chr1 201374519 . T C 69.5 . DP=5;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,4,0;MQ=39 PL:GT:GQ 102,12,0:1/1:72
71 chr1 202811668 . G A 20.2 . DP=4;AF1=0.5163;CI95=0.5,1;DP4=0,1,0,3;MQ=24;PV4=1,1,1,1 PL:GT:GQ 50,0,12:0/1:15
72 chr1 202960650 . C T 16.6 . DP=8;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,0,4;MQ=27 PL:GT:GQ 49,12,0:1/1:72
73 chr1 205686638 . C T 11.3 . DP=3;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,0,3;MQ=42 PL:GT:GQ 43,9,0:1/1:63
74 chr1 205949857 . A G 3.14 . DP=5;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,5,0;MQ=21 PL:GT:GQ 33,15,0:1/1:75
75 chr1 209806643 . A G 13.2 . DP=8;AF1=1;CI95=1,1;DP4=0,0,8,0;MQ=21 PL:GT:GQ 46,24,0:1/1:96
76 chr1 209871501 . C T 25 . DP=12;AF1=0.5;CI95=0.5,0.5;DP4=5,0,4,0;MQ=41;PV4=1,7.7e-06,1,1 PL:GT:GQ 55,0,84:0/1:58
77 chr1 211051323 . G A 99 . DP=14;AF1=1;CI95=1,1;DP4=0,0,0,8;MQ=49 PL:GT:GQ 176,24,0:1/1:96
78 chr1 211389716 . C T 12 . DP=2;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,2,0;MQ=32 PL:GT:GQ 43,6,0:1/1:49
79 chr1 211868415 . G A 3.54 . DP=11;AF1=1;CI95=1,1;DP4=0,0,0,11;MQ=14 PL:GT:GQ 34,33,0:1/1:99
80 chr1 211914531 . C T 84.5 . DP=5;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,1,0,4;MQ=46;PV4=1,1,1,1 PL:GT:GQ 116,7,0:1/1:57
81 chr1 214691313 . A G 22 . DP=3;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,3,0;MQ=49 PL:GT:GQ 54,9,0:1/1:63
82 chr1 215184650 . C T 40.8 . DP=2;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,2,0;MQ=46 PL:GT:GQ 72,6,0:1/1:49
83 chr1 215995258 . A G 68 . DP=3;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,3,0;MQ=50 PL:GT:GQ 100,9,0:1/1:63
84 chr1 217031394 . G C 13.9 . DP=2;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,0,2;MQ=35 PL:GT:GQ 45,6,0:1/1:49
85 chr1 217986960 . T C 44 . DP=3;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,0,3;MQ=36 PL:GT:GQ 76,9,0:1/1:63
86 chr1 218086681 . A G 99 . DP=10;AF1=1;CI95=1,1;DP4=0,0,0,9;MQ=34 PL:GT:GQ 142,27,0:1/1:99
87 chr1 218546019 . A G 9.31 . DP=2;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,0,2;MQ=50 PL:GT:GQ 40,6,0:1/1:49
88 chr1 218632417 . G T 17.1 . DP=19;AF1=1;CI95=1,1;DP4=0,0,7,0;MQ=26 PL:GT:GQ 50,21,0:1/1:84
89 chr1 218833355 . C G 23 . DP=7;AF1=0.5;CI95=0.5,0.5;DP4=5,0,2,0;MQ=39;PV4=1,1,1,1 PL:GT:GQ 53,0,63:0/1:56
90 chr1 219303186 . T C 7.79 . DP=25;AF1=1;CI95=1,1;DP4=0,0,0,25;MQ=12 PL:GT:GQ 40,75,0:1/1:99
91 chr1 219517634 . G A 26.5 . DP=5;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,4,0;MQ=42 PL:GT:GQ 59,12,0:1/1:72
92 chr1 219590158 . T C 3.27 . DP=4;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,0,4;MQ=25 PL:GT:GQ 33,12,0:1/1:72
93 chr1 219709853 . A T 99 . DP=124;AF1=0.5;CI95=0.5,0.5;DP4=80,0,41,0;MQ=44;PV4=1,0.26,1,1 PL:GT:GQ 143,0,156:0/1:99
94 chr1 222457988 . A G 11.1 . DP=2;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,2,0;MQ=23 PL:GT:GQ 42,6,0:1/1:49
95 chr1 222477914 . A G 11.3 . DP=3;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,3,0;MQ=39 PL:GT:GQ 43,9,0:1/1:63
96 chr1 223010233 . A G 18.6 . DP=4;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,0,4;MQ=25 PL:GT:GQ 51,12,0:1/1:72
97 chr1 223796360 . G A 6.79 . DP=2;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,0,2;MQ=21 PL:GT:GQ 37,6,0:1/1:49
98 chr1 224273784 . A T 14.2 . DP=18;AF1=1;CI95=1,1;DP4=0,0,10,0;MQ=15 PL:GT:GQ 47,30,0:1/1:99
99 chr1 224454685 . C T 46.3 . DP=5;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,0,5;MQ=32 PL:GT:GQ 79,15,0:1/1:75
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101 chr1 224515793 . C T 99 . DP=26;AF1=1;CI95=1,1;DP4=0,0,26,0;MQ=45 PL:GT:GQ 211,78,0:1/1:99
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250 chr3 190193258 . G T 3.98 . DP=2;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,0,2;MQ=35 PL:GT:GQ 33,6,0:1/1:49
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255 chr3 199780181 . G T 77 . DP=45;AF1=0.5;CI95=0.5,0.5;DP4=0,35,0,10;MQ=33;PV4=1,1,1,1 PL:GT:GQ 107,0,114:0/1:99
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259 chr4 639141 . C A 14.9 . DP=10;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,0,2;MQ=42 PL:GT:GQ 46,6,0:1/1:49
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270 chr4 3586344 . C T 41.8 . DP=2;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,0,2;MQ=44 PL:GT:GQ 73,6,0:1/1:49
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274 chr4 4796408 . T C 41 . DP=16;AF1=1;CI95=1,1;DP4=0,0,0,16;MQ=17 PL:GT:GQ 74,48,0:1/1:99
275 chr4 4796414 . A G 11.3 . DP=16;AF1=1;CI95=1,1;DP4=0,0,0,15;MQ=17 PL:GT:GQ 44,45,0:1/1:99
276 chr4 6436959 . T C 9.31 . DP=2;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,0,2;MQ=50 PL:GT:GQ 40,6,0:1/1:49
277 chr4 9494256 . T C 3.41 . DP=2;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,2,0;MQ=37 PL:GT:GQ 32,6,0:1/1:49
278 chr4 24881479 . G A 14.1 . DP=3;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,3,0;MQ=42 PL:GT:GQ 46,9,0:1/1:63
279 chr4 26128644 . A G 23 . DP=18;AF1=0.5006;CI95=0.5,0.5;DP4=8,0,10,0;MQ=22;PV4=1,1,1,1 PL:GT:GQ 53,0,26:0/1:29
280 chr4 42109100 . G A 17.1 . DP=4;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,3,0;MQ=48 PL:GT:GQ 49,9,0:1/1:63
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295 chr4 87130176 . G A 11.3 . DP=3;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,0,3;MQ=26 PL:GT:GQ 43,9,0:1/1:63
296 chr4 91459729 . C A 13 . DP=2;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,2,0;MQ=35 PL:GT:GQ 44,6,0:1/1:49
297 chr4 96130778 . G C 99 . DP=19;AF1=1;CI95=1,1;DP4=0,0,0,19;MQ=45 PL:GT:GQ 211,57,0:1/1:99
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364 chr5 180155809 . G C 3.01 . DP=36;AF1=0.4997;CI95=0.5,0.5;DP4=25,0,9,0;MQ=35;PV4=1,1e-15,1,1 PL:GT:GQ 30,0,121:0/1:33
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366 chr5 182426125 . G C 29 . DP=4;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,3,0;MQ=26 PL:GT:GQ 61,9,0:1/1:63
367 chr5 182443682 . G A 3.69 . DP=5;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,0,5;MQ=21 PL:GT:GQ 34,15,0:1/1:75
368 chr5 183008993 . C T 22 . DP=3;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,0,3;MQ=49 PL:GT:GQ 54,9,0:1/1:63
369 chr5 183312016 . G T 9.31 . DP=2;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,0,2;MQ=47 PL:GT:GQ 40,6,0:1/1:49
370 chr6_cox_hap1 519146 . G A 17.1 . DP=3;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,3,0;MQ=30 PL:GT:GQ 49,9,0:1/1:63
371 chr6_cox_hap1 687497 . A G 33 . DP=6;AF1=0.9999;CI95=0.5,1;DP4=2,0,4,0;MQ=35;PV4=1,0.0016,1,1 PL:GT:GQ 63,3,0:1/1:41
372 chr6_qbl_hap2 120066 . T C 99 . DP=12;AF1=1;CI95=1,1;DP4=0,0,0,9;MQ=37 PL:GT:GQ 139,27,0:1/1:99
373 chr6 277954 . C T 53 . DP=41;AF1=1;CI95=1,1;DP4=4,0,37,0;MQ=19;PV4=1,1,0.3,1 PL:GT:GQ 86,49,0:1/1:99
374 chr6 593158 . A G 4.61 . DP=4;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,0,2;MQ=32 PL:GT:GQ 34,6,0:1/1:49
375 chr6 2865562 . T G 25 . DP=9;AF1=1;CI95=1,1;DP4=0,0,9,0;MQ=23 PL:GT:GQ 58,27,0:1/1:99
376 chr6 3751403 . G A 42.3 . DP=5;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,0,5;MQ=32 PL:GT:GQ 75,15,0:1/1:75
377 chr6 3884989 . A G 13.9 . DP=2;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,0,2;MQ=36 PL:GT:GQ 45,6,0:1/1:49
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385 chr6 22321632 . A G 41 . DP=5;AF1=0.5004;CI95=0.5,0.5;DP4=1,0,3,0;MQ=46;PV4=1,0.24,0.19,0.33 PL:GT:GQ 71,0,28:0/1:31
386 chr6 25352296 . G A 7.8 . DP=4;AF1=0.5003;CI95=0.5,0.5;DP4=0,1,0,3;MQ=38;PV4=1,1,0.16,1 PL:GT:GQ 37,0,28:0/1:30
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450 chr7 36734603 . G C 9.31 . DP=2;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,0,2;MQ=40 PL:GT:GQ 40,6,0:1/1:49
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463 chr7 132431838 . C T 13.3 . DP=5;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=1,0,4,0;MQ=23;PV4=1,1,1,1 PL:GT:GQ 44,5,0:1/1:46
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467 chr7 146831870 . C T 4.77 . DP=14;AF1=0.5003;CI95=0.5,0.5;DP4=1,0,3,0;MQ=37;PV4=1,0.0029,0.28,1 PL:GT:GQ 33,0,28:0/1:30
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470 chr7 148742642 . G A 68 . DP=14;AF1=0.5032;CI95=0.5,0.5;DP4=4,0,10,0;MQ=28;PV4=1,1,1,1 PL:GT:GQ 98,0,19:0/1:22
471 chr7 148879148 . C T 22 . DP=3;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,3,0;MQ=48 PL:GT:GQ 54,9,0:1/1:63
472 chr7 149484407 . A G 41.8 . DP=2;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,0,2;MQ=45 PL:GT:GQ 73,6,0:1/1:49
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724 chr11 114843578 . G C 41.8 . DP=2;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,2,0;MQ=50 PL:GT:GQ 73,6,0:1/1:49
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733 chr12 1555916 . G A 7.18 . DP=5;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,5,0;MQ=23 PL:GT:GQ 39,15,0:1/1:75
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735 chr12 2283756 . G A 13.9 . DP=2;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,2,0;MQ=34 PL:GT:GQ 45,6,0:1/1:49
736 chr12 2805983 . G C 12.7 . DP=4;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,0,4;MQ=35 PL:GT:GQ 45,12,0:1/1:72
737 chr12 6088203 . T C 72.3 . DP=5;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,0,5;MQ=37 PL:GT:GQ 105,15,0:1/1:75
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739 chr12 7099464 . G A 13.3 . DP=6;AF1=0.9966;CI95=0.5,1;DP4=2,0,3,0;MQ=28;PV4=1,0.16,1,1 PL:GT:GQ 42,1,0:1/1:23
740 chr12 7198516 . T G 4.61 . DP=5;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,2,0;MQ=35 PL:GT:GQ 34,6,0:1/1:49
741 chr12 23331895 . C T 9.31 . DP=2;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,0,2;MQ=49 PL:GT:GQ 40,6,0:1/1:49
742 chr12 28209020 . T G 14.4 . DP=5;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,0,5;MQ=31 PL:GT:GQ 47,15,0:1/1:75
743 chr12 30074073 . C T 32.8 . DP=2;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,0,2;MQ=35 PL:GT:GQ 64,6,0:1/1:49
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745 chr12 30563453 . A G 25 . DP=4;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,0,3;MQ=46 PL:GT:GQ 57,9,0:1/1:63
746 chr12 30563464 . C A 78.8 . DP=8;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,2,0,5;MQ=34;PV4=1,0.29,1,1 PL:GT:GQ 110,6,0:1/1:49
747 chr12 31505085 . G A 13.9 . DP=2;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,2,0;MQ=35 PL:GT:GQ 45,6,0:1/1:49
748 chr12 34041336 . G A 5.46 . DP=5;AF1=0.5;CI95=0.5,0.5;DP4=2,0,2,0;MQ=36;PV4=1,1,0.48,0.21 PL:GT:GQ 34,0,34:0/1:34
749 chr12 49003648 . C G 42 . DP=8;AF1=1;CI95=1,1;DP4=0,0,8,0;MQ=39 PL:GT:GQ 75,24,0:1/1:96
750 chr12 51280690 . G A 69 . DP=98;AF1=0.5;CI95=0.5,0.5;DP4=13,0,18,0;MQ=45;PV4=1,1,0.051,1 PL:GT:GQ 99,0,84:0/1:87
751 chr12 69206633 . T C 17.1 . DP=12;AF1=1;CI95=1,1;DP4=0,0,0,11;MQ=17 PL:GT:GQ 50,33,0:1/1:99
752 chr12 80417253 . T C 41.8 . DP=2;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,2,0;MQ=48 PL:GT:GQ 73,6,0:1/1:49
753 chr12 86633033 . C T 34 . DP=3;AF1=0.5002;CI95=0.5,0.5;DP4=0,1,0,2;MQ=43;PV4=1,1,0.33,1 PL:GT:GQ 64,0,31:0/1:34
754 chr12 98097274 . C T 47.3 . DP=5;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,5,0;MQ=31 PL:GT:GQ 80,15,0:1/1:75
755 chr12 105269319 . C T 19 . DP=3;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,3,0;MQ=26 PL:GT:GQ 51,9,0:1/1:63
756 chr12 109053425 . G A 9.53 . DP=8;AF1=0.5012;CI95=0.5,0.5;DP4=2,0,6,0;MQ=25;PV4=1,1,0.19,1 PL:GT:GQ 39,0,23:0/1:26
757 chr12 111904540 . A G 3.41 . DP=65;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,0,2;MQ=31 PL:GT:GQ 32,6,0:1/1:49
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759 chr12 115039419 . A G 4.11 . DP=3;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,0,3;MQ=30 PL:GT:GQ 34,9,0:1/1:63
760 chr12 115103890 . G A 66 . DP=39;AF1=1;CI95=1,1;DP4=0,0,0,38;MQ=49 PL:GT:GQ 99,114,0:1/1:99
761 chr12 115833830 . G A 68 . DP=3;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,0,3;MQ=49 PL:GT:GQ 100,9,0:1/1:63
762 chr12 116361873 . T G 6.34 . DP=5;AF1=0.7302;CI95=0.5,1;DP4=0,2,0,2;MQ=23;PV4=1,1,1,1 PL:GT:GQ 34,0,2:0/1:3
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802 chr13 115267482 . A G 16.1 . DP=3;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,0,3;MQ=29 PL:GT:GQ 48,9,0:1/1:63
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814 chr14 37440609 . A G 13 . DP=2;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,0,2;MQ=33 PL:GT:GQ 44,6,0:1/1:49
815 chr14 40432807 . A G 18.6 . DP=5;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,4,0;MQ=23 PL:GT:GQ 51,12,0:1/1:72
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817 chr14 61368162 . G T 7.18 . DP=5;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,5,0;MQ=17 PL:GT:GQ 39,15,0:1/1:75
818 chr14 65152922 . G A 92 . DP=33;AF1=0.5;CI95=0.5,0.5;DP4=0,18,0,15;MQ=36;PV4=1,0.059,0.35,1 PL:GT:GQ 122,0,144:0/1:99
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821 chr14 75546678 . C T 19.2 . DP=7;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,0,6;MQ=17 PL:GT:GQ 52,18,0:1/1:90
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823 chr14 77313295 . T A 99 . DP=12;AF1=1;CI95=1,1;DP4=0,0,0,10;MQ=48 PL:GT:GQ 191,30,0:1/1:99
824 chr14 77673422 . G A 11.5 . DP=7;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,6,0;MQ=24 PL:GT:GQ 44,18,0:1/1:90
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826 chr14 91702449 . A G 9.31 . DP=2;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,2,0;MQ=47 PL:GT:GQ 40,6,0:1/1:49
827 chr14 91769842 . G A 63 . DP=3;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,3,0;MQ=47 PL:GT:GQ 95,9,0:1/1:63
828 chr14 91775899 . C G 41.8 . DP=2;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,0,2;MQ=45 PL:GT:GQ 73,6,0:1/1:49
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830 chr14 93482918 . A C 68 . DP=3;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,3,0;MQ=49 PL:GT:GQ 100,9,0:1/1:63
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855 chr15 25175286 . C T 36.5 . DP=3;AF1=0.9998;CI95=0.5,1;DP4=1,0,2,0;MQ=42;PV4=1,1,1,1 PL:GT:GQ 66,2,0:1/1:37
856 chr15 25385709 . G A 9.31 . DP=2;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=0,0,2,0;MQ=48 PL:GT:GQ 40,6,0:1/1:49
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