tests/vcf-examples/issue85.vcf

   1 ##fileformat=VCFv4.1
   2 ##samtoolsVersion=0.1.18 (r982:295)
   3 ##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Raw read depth">
   4 ##INFO=<ID=DP4,Number=4,Type=Integer,Description="# high-quality ref-forward bases, ref-reverse, alt-forward and alt-reverse bases">
   5 ##INFO=<ID=MQ,Number=1,Type=Integer,Description="Root-mean-square mapping quality of covering reads">
   6 ##INFO=<ID=FQ,Number=1,Type=Float,Description="Phred probability of all samples being the same">
   7 ##INFO=<ID=AF1,Number=1,Type=Float,Description="Max-likelihood estimate of the first ALT allele frequency (assuming HWE)">
   8 ##INFO=<ID=AC1,Number=1,Type=Float,Description="Max-likelihood estimate of the first ALT allele count (no HWE assumption)">
   9 ##INFO=<ID=G3,Number=3,Type=Float,Description="ML estimate of genotype frequencies">
  10 ##INFO=<ID=HWE,Number=1,Type=Float,Description="Chi^2 based HWE test P-value based on G3">
  11 ##INFO=<ID=CLR,Number=1,Type=Integer,Description="Log ratio of genotype likelihoods with and without the constraint">
  12 ##INFO=<ID=UGT,Number=1,Type=String,Description="The most probable unconstrained genotype configuration in the trio">
  13 ##INFO=<ID=CGT,Number=1,Type=String,Description="The most probable constrained genotype configuration in the trio">
  14 ##INFO=<ID=PV4,Number=4,Type=Float,Description="P-values for strand bias, baseQ bias, mapQ bias and tail distance bias">
  15 ##INFO=<ID=INDEL,Number=0,Type=Flag,Description="Indicates that the variant is an INDEL.">
  16 ##INFO=<ID=PC2,Number=2,Type=Integer,Description="Phred probability of the nonRef allele frequency in group1 samples being larger (,smaller) than in group2.">
  17 ##INFO=<ID=PCHI2,Number=1,Type=Float,Description="Posterior weighted chi^2 P-value for testing the association between group1 and group2 samples.">
  18 ##INFO=<ID=QCHI2,Number=1,Type=Integer,Description="Phred scaled PCHI2.">
  19 ##INFO=<ID=PR,Number=1,Type=Integer,Description="# permutations yielding a smaller PCHI2.">
  20 ##INFO=<ID=VDB,Number=1,Type=Float,Description="Variant Distance Bias">
  21 ##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
  22 ##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Integer,Description="Genotype Quality">
  23 ##FORMAT=<ID=GL,Number=3,Type=Float,Description="Likelihoods for RR,RA,AA genotypes (R=ref,A=alt)">
  24 ##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="# high-quality bases">
  25 ##FORMAT=<ID=SP,Number=1,Type=Integer,Description="Phred-scaled strand bias P-value">
  26 ##FORMAT=<ID=PL,Number=G,Type=Integer,Description="List of Phred-scaled genotype likelihoods">