debian/changelog

   1 samtools (0.1.18-2ubuntu2) quantal; urgency=low
   2
   3   * Change install location of bam.h
   4
   5  -- Diane Trout <diane@caltech.edu>  Thu, 26 Jan 2012 16:00:48 -0800
   6
   7 samtools (0.1.18-2ubuntu1) oneiric; urgency=low
   8
   9   * build oneiric version
  10
  11  -- Diane Trout <diane@caltech.edu>  Mon, 24 Oct 2011 16:50:37 -0700
  12
  13 samtools (0.1.18-2) UNRELEASED; urgency=low
  14
  15   * Work in progress, see git commits.
  16
  17  -- Charles Plessy <plessy@debian.org>  Thu, 15 Sep 2011 13:26:37 +0900
  18
  19 samtools (0.1.18-1) unstable; urgency=low
  20
  21   [b990d9d3] New upstream release.
  22   [d59366b9] Updated copyright statements.
  23   [aa08abe5] Compress binary packages with xz.
  24   [9a36c994] Added a DEP 3 header to debian/patches/no-pileup-tests.patch.
  25
  26  -- Charles Plessy <plessy@debian.org>  Tue, 06 Sep 2011 16:52:04 +0900
  27
  28 samtools (0.1.17-1) unstable; urgency=low
  29
  30   * New upstream release 0.1.17 (6 July, 2011).
  31   * bcftools.1 and samtools.1 merged (debian/rules, debian/samtools.manpages).
  32   * Patched the example makefile to not use samtools pileup, deprecated.
  33     (debian/control, debian/rules, debian/patches/series,
  34     debian/patches/no-pileup-tests.patch)
  35
  36  -- Charles Plessy <plessy@debian.org>  Mon, 11 Jul 2011 21:04:30 +0900
  37
  38 samtools (0.1.16-1) unstable; urgency=low
  39
  40   * New upstream release, implementing SAM Spec v1.4.
  41   * Distribute sam.h and the other headers in /usr/include/samtools.
  42     Closes: #625622, #626044, LP: #690997.
  43
  44  -- Charles Plessy <plessy@debian.org>  Thu, 19 May 2011 13:24:25 +0900
  45
  46 samtools (0.1.15-1) unstable; urgency=low
  47
  48   * New upstream release.
  49   * Incremented Standards-Version to reflect conformance with Policy 3.9.2
  50     (debian/control, no changes needed).
  51   * debian/watch directly interrogates and downloads froms SourceForge.
  52
  53  -- Charles Plessy <plessy@debian.org>  Tue, 12 Apr 2011 19:44:41 +0900
  54
  55 samtools (0.1.14-1) unstable; urgency=low
  56
  57   * New upstream release.
  58
  59  -- Charles Plessy <plessy@debian.org>  Tue, 29 Mar 2011 13:13:54 +0900
  60
  61 samtools (0.1.13-1) unstable; urgency=low
  62
  63   * New upstream release:
  64     - backward incompatible with VCF/BCF generated by samtools older
  65       than r921 inclusive (0.1.12a is r862);
  66     - buildable with with ld --as-needed (Closes: #606004);
  67     - the helper tool bcf-fix.pl was removed.
  68   * Install the manual page of bcftools (debian/rules,
  69     debian/samtools.manpages). Closes: #616025.
  70
  71  -- Charles Plessy <plessy@debian.org>  Wed, 02 Mar 2011 13:54:34 +0900
  72
  73 samtools (0.1.12a-1) unstable; urgency=low
  74
  75   * New upstream release.
  76   * Use bzip2 compression for the binary packages (debian/rules).
  77   * Incremented debhelper compatibility level to 8, in case ‘--‘ is not
  78     available in earlier versions (debian/compat, debian/control).
  79
  80  -- Charles Plessy <plessy@debian.org>  Fri, 03 Dec 2010 13:32:21 +0900
  81
  82 samtools (0.1.10-1) unstable; urgency=low
  83
  84   * New upstream release.
  85
  86  -- Charles Plessy <plessy@debian.org>  Wed, 17 Nov 2010 20:32:40 +0900
  87
  88 samtools (0.1.9-1) unstable; urgency=low
  89
  90   * New upstream release, and new program: bcftools.
  91   * debian/rules, debian/samtools.install: install bcftools, its manpage,
  92     and bcf-fix.pl and vcfutils.pl.
  93   * debian/samtools.examples, debian/rules: install and clean new examples.
  94   * Incremented Standards-Version to reflect conformance with Policy 3.9.1
  95     (debian/control, no changes needed).
  96   * Updated and reformatted debian/copyright according to latest DEP-5 draft.
  97
  98  -- Charles Plessy <plessy@debian.org>  Mon, 01 Nov 2010 20:06:32 +0900
  99
 100 samtools (0.1.8-1) unstable; urgency=low
 101
 102   * New upstream release.
 103   * Updated the VCS fields to the current Git repository (debian/control).
 104   * Install python scripts in usr/share/samtools, and suggest python
 105     (debian/samtools.install, debian/rules, debian/control).
 106   * Incremented Standards-Version to reflect conformance with Policy 3.9.0
 107     (debian/control, no changes needed).
 108   * Added notes on how the package is tested (debian/README.Debian).
 109
 110  -- Charles Plessy <plessy@debian.org>  Wed, 14 Jul 2010 14:08:59 +0900
 111
 112 samtools (0.1.7a~dfsg-1) unstable; urgency=low
 113
 114   * New upstream release: new script sam2vcf.pl, and many other changes.
 115   * Package converted to the format ‘3.0 (quilt)’ (debian/source/format).
 116   * Wrote a manual page for razip (debian/razip.1).
 117   * Better clean the example directory to make the source package
 118     buildable twice in a row (debian/rules).
 119
 120  -- Charles Plessy <plessy@debian.org>  Tue, 17 Nov 2009 21:38:24 +0900
 121
 122 samtools (0.1.6~dfsg-1) unstable; urgency=low
 123
 124   * New upstream release.
 125   * Upstream sources repackaged to remove the win32 directory:
 126     - The removal was done with git-import-orig in a parallel Git repository,
 127       and the corresponding debian/gbp.conf file was added to this package.
 128     - Mangled the ~dfsg string of the Debian version in debian/watch.
 129     - Added a debian/README.source file and explanations in debian/copyright.
 130
 131  -- Charles Plessy <plessy@debian.org>  Mon, 14 Sep 2009 21:58:36 +0900
 132
 133 samtools (0.1.5c-2) unstable; urgency=low
 134
 135   * Rebuilt with -fPIC (debian/rules, README.Debian).
 136   * Small corrections to the description from upstream (debian/changelog).
 137   * Incremented Standards-Version to reflect conformance with Policy 3.8.3
 138     (no changes needed).
 139
 140  -- Charles Plessy <plessy@debian.org>  Thu, 03 Sep 2009 19:29:40 +0900
 141
 142 samtools (0.1.5c-1) unstable; urgency=low
 143
 144   * Initial release (Closes: #540453)
 145
 146  -- Charles Plessy <plessy@debian.org>  Sun, 16 Aug 2009 14:38:20 +0900