Add utility program to help find what exists in georgi's submission dirs

Report missing directory names to help diagnose sequence scanning problems

Validate fastq files in both phred33 & phred64 versions
Do not validate some imaginary fasta/fastq hybrid that I imagined
late some night.

I needed to add a parameter to pick which fastq format is in use.

Be more flexible with fastq filenames.
Allow pass/nopass, all, or no filter flag.

Also add more information to exception text

django-nose didn't work with django 1.1, so I went back to the nose plugin NoseDjango
I needed to move the settings file around a bit so the default build of
nosedjango will find it (instead of my previously hacked copy).

I got tired of modifying the location of the settings files and
discovered that django has a standardized way of grabbign the config
file. with "from django.conf import settings", though that will
only show uppercased config entries.

Adjust django driver script to test the whole package.
I moved settings & manage up a bit in the tree, and added a dependency
on python-django-nose which uses nose for the django test runner.

This version is using the class based runner, which appears
to require django 1.2. I'm not sure what's on the cluster machines
right now.

Revert a bad change. Apparently past me knew what I was doing,
and I needed to manually construct the dictionary for feeding
a json object, instead of just handing the json.dumps function a
random django object.

unlike the RDFa template which can just operate on the django ORM object.

remove spurious debugging print

Remove spurious debug print statements

Fix a typo inserted into the template.

Apparently a {% trans "value" %} needs to be on one line.
This didn't show up until I'd provided the get_absolute_url reference
for flowcells.

Merge branch 'master' of mus.cacr.caltech.edu:htsworkflow

Add pages to show information about a particular flowcell.
-- in both human and RDFa formats.

Also I implemented get_absolute_url for flowcells & lanes, which
means "view on site" pops up on the flowcell admin page.

Also with modifying the templates for RDFa, many more elements
on the library, flowcell, and flowcell lane detail pages link to
each other.

I moved the table formatting css out of the library page
and into app.css.

I also switched experiments/views.py from using Context to RequestContext
which provides the default media url to the template.

There were a few changes to samples/views.py to get the more informative
object to the template instead of our on-the-fly created lists.

Update single vs paired guessing code
Add in new guesses for Georgi files to view names

Update spoolwatcher to 0.2 benderjab's logging api

Move some common runfolder path management code into its own module
I discovered I had two different functions for checking if something
was a runfolder name. I put them in once place and linked the
two together.
Then I cleaned up the test code that was calling them.

Add a place for "breadcrumbs" back into the base.html page so
navigation links appear on the started email page

Ignore emacs backup files for things other than python files

Save the overrides to the RDF model.
They're designed to be loaded into the model before we start pulling data
from UCSC and our website.

Currently the file just defines submission to library URN/URL mappings
for the submissions whose submission name doesn't include the correct
library ID.

Only pull web data when its missing from the rdf model.

This involved alterning the RDF model.

I changed the namespace to something a bit more discriptive.
The information grabbed from the ddf is now attached to the submission
status node, as changing the ddf will change the status.

Merge branch 'master' of mus.cacr.caltech.edu:htsworkflow

Major updateds to encode_find for extracting encode cell line life cycle.
Its still not done, but I'm going to rip out more and wanted to save
my current progress.

Also I abstracted out the optparse options for setting up htswapi
access into htsworkflow.util.api

Only use one name for dates on the page.
Also the django database uses a date field for creation date
and wont let you format it to an isoformatted timestamp
so I hacked in the time portion into the RDFa field.

Minor RDFa cleanups
I changed the XMLSchema prefix to the example used by the W3c "xsd"
instead of the random other sites example "xmls".

More importantly the content tag is content and not contents so
the places I was trying to replace the human readable value with
a standardized number or date were being ignored.

Lastly I figured out how to get django 1.1 to spit out a
XMLSchema#dateTime value. (which is not XMLSchema#datetime value)

Change default font size to 14pt
So many old

Merge branch 'master' of mus.cacr.caltech.edu:htsworkflow

Add RDFa data to our library pages.
While doing that I discovered that the library_index page was spitting up
seriously bad HTML, with two DOCTYPE & html tags.
It looks like it was a combination of my simplifications with the
leftovers of brandon's "app" templates I ended up putting in two
base.html templates.

I stripped out the app templates and tried to simplify the template
inheritance.

As a side effect the library detail page, now has a header and is using
a css based font.

There was also a minor issue where I discovered the paginator was showing
"X libraries libraries" because the views was adding "libraries" to
the changelist result count. (And the change list also adds in the name).

I needed to replace the default admin pagination template, as
RDFa uses xhtml, and xhtml doesn't support the   entity.
(The solution is to use a unicode character for nbsp -- such as
  -- unicode for non-breaking space.

Add a small comment defining "results_dir"
because I confused myself

Add in patterns for Encode Elements submission

Starting component to try and figure out what we've submitted.

Merge branch 'master' of mus.cacr.caltech.edu:htsworkflow

Make plus/minus bigwig filename extension a bit more lax.
*plus.bigwig vs *.plus.bigwig

Add in support for generating md5sums for files

Add in a little bit of qseq2fastq testing code. More is still needed.
This one just tests the slice parsing code

Add documentation about which Phred format we're generating

Merge branch 'master' of mus.cacr.caltech.edu:htsworkflow

First cycle can be 2 digit.

Fix typo in a function name.
(Silly character bleed through from a different application)

Add in 12x / 18x PCR protocol end points from Lorian

Merge branch 'master' of mus.cacr.caltech.edu:htsworkflow

Merge branch 'master' of mus.cacr.caltech.edu:htsworkflow

Merge branch 'master' of mus.cacr.caltech.edu:htsworkflow

Update view names as per Cricket for the Jan 21st encode submission.
Also we're avoiding submitting the GENCODE v4 models for this
submission so I commented them out

Merge branch 'master' of gitosis@mus.cacr.caltech.edu:htsworkflow

Add function to ucsc submission tool to make symlink tree.
I needed a way to read data files from one tree and build archives in
another.

This also changed the condor scripts to tell tar to read the contents
of the file being pointed at by the symlink.

In addition there were slight additions and loosenings of the
file name to ucsc view matching patterns. (As Georgi slightly
changed his names.)

Make replicate field visable on the public page.
We might want to change the default value for replicate to "None"

Include version.py in source distribution for setup.py

Add validation script
Current version just validates illumina phred64 fastq files.
But I can add more later.

Rename all the scripts to start with htsw-

In preparation for making a debian package I thought
I should try to limit my pollution of the command namespace.

so now everything that's actually an installed script starts
with htsw-. There's one left-over that still might be useful
in the future but isn't currently that was left with its old
name.

Add utility to fix the off-by-3 error in the amplified from field.

The bug appeared because the library name and library primary key
drifted apart because of some accidental deletions.

I eventually moved us back to using raw primary keys as that
made constructing django urls simplier & easier. However
I'd apparently forgotten to adjust the amplified from field.

Make the inventory login page look a bit nicer.
This involved adjusting some of the base django templates.
Whenever given a choice I try to make our pages look more like the
admin site.

Adjust some whitespace

This mildly adjusts the css to be a bit prettier

Add a new ini-file option to point to the flowcell repository.
It's in the [frontend] section called "results_dir".

Add config option notification_bcc for always attaching to notify emails.
Its called notification_bcc in the htsworkflow.ini file and
NOTIFICATION_BCC in the django settings.py file.

It ignores the "send bcc" option on the email_started form.

Cache the attributes for each type of fastq file.
Previously it was just using whatever was last as the
set of attributes. Which led to everything being flagged as
FastqRd2

Map junctions.bed to the Junctions view.
Hopefully it'll pass validation and not be treated as a bed file,
even though it ends in the .bed extension.

(There were lots of problems with a previous subission because the
cufflinks bed file was almost but not quite a match to ucsc's bed
file validator. Or maybe they caved on the definition of a score.)

Autodetect location of *2fastq scripts
Uses the .__file__ variable of the python modules.

Don't count failed flowcells when guessing if a library is paired or single ended
In addition the NameToView map was extended to cache the is_paired flag
so I don't have to keep searching through the dictionary of library information.

Merge branch 'master' of mus.cacr.caltech.edu:htsworkflow

Very basic non-ExtJS version of the inventory page
It needs to group by object type. Possible with an index of types
followed by index of objects before getting to the detail page.

The component where it forces you to login before viewing the
inventory page is broken. It shows a super-plain form, but
fails on submit with some kind of cross site forgery prevention
cookie fails

Remove another ExtJS panel reference.
This version has a working two column independantly scrollable
library browse with no ExtJS dependency.

Update to the new UCSC DAF file.
We are submitting 3 different types of expression data,
one for Gencode v3c, one for Gencode v4, and one for the
de novo cufflinks assembly.

As a result I needed to update the file name to ucsc view map
to describe these new, more specific datasets.

Also I modified the name of the archival and upload condor scripts
to include a username.

Create a class to handle mapping extension to ucsc view attributes.

This will attempt to guess if a library is paired end by seeing
if there are more paired end lanes than single read lanes.

The file exention matching was changed to use fnmatch instead of
ends with.

I still haven't added the ability to define extensions to ucsc DAF
view maps in a config file, as I don't know how to handle the case
of the .bam file that goes to a different view depending on if its
a paired end vs single end.

Also the ucsc_gather script is too long and parts of it need
to migrate into the rest of the htsworkflow tree.

Two lines between functions (trivial change)

Only complane about missing genomes if we _wanted_ to align the lane.
If it was flagged for sequencing, don't complain.

Check for s_${lane}_02_matrix.txt as well as s_${lane}_1_matrix.txt
It still could use more test coverage

Remove dependency on ExtJS for library & lanes_for pages.
The inventory page still needs extjs.

In the process I cleaned up some of the CSS as well.

The downside is you'll need to link
htsworkflow/static/js/jquery.min.js
to a valid jquery sourcefile.

The WITH_SEQUENCE flag needs to be lower-case "true".

Report version number derived from git tag.
This patch includes the necessary infrastructure to support that
feature and its been added to qseq2fastq and srf2fastq.

Additionally to improve testability of qseq2fastq and srf2fastq, the
original standalone module was moved into htsworkflow.pipelines and a
small stub module was placed in scripts.

Set WITH_SEQUENCE as both a per-lane AND global parameter
the per-lane version set $(lane)_WITH_SEQUENCE := TRUE in the makefiles
the gerald WITH_SEQUENCE TRUE changed the setting in the config.txt file

So lets just set both versions and hopefully we'll get sequence files
out the other end.

Let me show you my hammer...

WITH_SEQUENCE is actually a global GERALD option, remove the lane specifier.

Update gerald config file generation.
Include ELAND_SET_SIZE, WITH_SEQUENCE options
Stop commenting SEQUENCE_FORMAT out

Minor changes to display

Removed some models from the admin index view

Changed Frequently Used links to be properly relative

Removed from admin index page

Removed unused DataRun model from admin index page

Removed all analysis models from main admin index

Limited which models show up on admin index page
Removed some fields from view in the Library Change/Add page
Rearranged the remaining Library fields

Ignore some files generated by python
.coverage
*.egg-info

Adjust spoolwatchers use of inotify to correspond to pyinotify 0.8.9

Handle the case when a sequencing lane lacks any yield information.
(For instance if we only run one lane of analysis on a flowcell)

Remind myself that dry-run doesn't work with the extract results code

Add support for CASAVA 1.7

They stopped generating eland_extended files so I needed to parse
the export files instead.

Also more carefully test how I'm computing the U0-2 and R0-2
scores.

Better detect which program ids generated CNF4 srf files.
apparently illumina2srf v1.11.5Illumina.1.3 also genrated CNF4s.
It's only illumina2srf v1.11.6... that generated CNF1s.

Split parts of build_fastqs into a seperate function.
Use the database to flag if a lane is bad instead of hard coding it.
Support comments and spaces in the library_id to target directory file.

Add a "All Lanes" option to the control-lane field for the cases
where we didn't set a control lane, but instead let the pipeline
estimate from the entire flowcell.

Shrink flowcell notes field.
See [ticket:167]

Don't offer to track flowcell config files in svn

Remove debug print statement

Reduce the size of the bioanalyzer summary text box
to 3 lines.

Tell git to ignore *.py[co]~ files.
(Useful if you're using git-svn)

This patch adds in fields to support storing bioanalyzer results. [ticket:166]

Georgi used slightly different extensions for the second batch
of data

Add search field to the lanes admin page

Use the htsworkflow API to determine if a flowcell is paired end or not.

Under some conditions urlerror doesn't have a code,
so just report the raw error message in that case

Report if a lane was on a paired end flowcell from the library
json structure.

Since srf2named_fastq detects what type of srf file I can remove
the -c option that was forcing it to read CNF1 formatted srf files

Update srf2named_fastq to try to detect if the srf file is CNF1 or CNF4
and figure out the correct option to pass to srf2fastq.