Use a re.split so we can accept both ', ' and ',' between list items.

indicate we want text not bytes

covert to using python3 config.get fallback=

convert from optparse to argparse

add some documentation -- shocking I know

python3 byte vs str compatibility for constructing document data urls

script to help remigrate from old sqlite database to new server

configuration file largely only useful for emacs elpy users

sort load_accession to make it easier to find things

remove unused imports

rename datarun to sequencing run, and propogate the change all over the place

set a created datetime in the factory, since I removed the default from the model

remove unused import

load in our encode3 accession numbers seperately from the migration system

add a few common accession agencies to the standard dataset

Add AccessionAgency and LibraryAccession

For all your library accessioning needs.

localize all the RDF imports and use skipUnless to avoid tests when we don't have redland installed

remove commented out code

import specific names instead of import factory

remove some unused imports

remove commented out code

remove unused imports

flake8 whitespace cleanup

remove unused imports

flake8 whitespace cleanup

flake8 whitespace cleanup

move comments out of experiments_flowcell flowcell id and into lane status

remove unused import

flake8 whitespace cleanup

flake8 whitespace change

recreate samples initial migration as strings instead of bytestrings

recreate initial migration as strings instead of bytestrings

move experiment templates into the experiments app

change the default for the DJANGO_SETTINGS_MODULE to be a little more flexible

simplify library report

update docstring

add in missing import

add in some missing imports

Remove unused imports

adjust whitespace

Add more tests for lanes_for

Move lanes_for from samples to experiments

Update dependency list

Also adjust the formatting a bit.

make version utf/python3 friendly

remove extra blank line

Oops I had a test function name collision. Rename one so it gets executed

Drop support for simplejson

We're only targeting python2.7+ & python3.3+ so I can drop
that archaic code.

(Also gets me some more test coverage)

Remove suprious comma. Fixing a tuple <= int bug

python 2 didn't catch this type error. Thankfully python 3 does.

Missed a couple of smart_text wrappings of django test client response.content.

(it comes back as bytes in python3, which causes trouble for librdf)

Update test to be more robust to changing dictionary order.

The test used to be stable in python2 days, but lets just
use sets to make sure it wont fail in the future.

fix a white space issue

convert non-unit-tested module to use newer raise Exception(msg) syntax

convert several not covered by unit-test modules to use print function

Be more careful looking up keys when the fastqname is uninitialized.

By removing the default return of None from getitem, the is_valid test
failed when the object was uninitialized.

add post_spreadsheet to create encoded objects from a excel like spreadsheet

also validate documents before creating them

actually complain if we get the wrong type

add a docstring to validate

Add get_accession_name to use collection name to find commonly used spreadsheet accesssion column name

support trying to figure out object type based on what collection its going to be posted to

Merge branch 'django1.7' of mus.cacr.caltech.edu:htsworkflow into django1.7

Switch encode3 submitter to use aws.

I needed to write a submission class to support submitting to
aws, and of course there's a slightly different set of metadata
they want to know for submission.

Import flowcell details into the triple store from a lane

store flowcell name in the triple store if its known

record file size information for a file in the triple store

Adjust logging overrides and move django.setup to after the override.

(Otherwise the extra logging doesn't do much.

getitem should only return the key

clean up a bit of whitespace

configure using a local postgres install

Convert reads to an integer, if if it was a float in the xml.

Some versions of the pipeline include a trailing .0 for read length,
this made python 3s parser unhappy. so convert to a float and then
truncate to work around the type issue.

Actually comare an integer (length of list) to an integer 0.

Why was list() > 0 ever valid code?

The empty list is now not found

No I don't know why.

Drop library id encoding

Use regex to make sure scripts end with the right command

python 3 doesn't seem to return the path to a .pyc file
like python 2.

Use six.moves to find urlencode and urlopen

filter out None c.times in list of potential times

use relative import for submission_test_common

Try to detect if an object is a file type on python python 2 & 3.

The base type for files changed between the two releases.

replace xrange with enumerate

Use ''.splitlines() instead of split('\n')

it seems to handle byte vs text strings a bit better.

adapt to python2 returning lists and python3 iterators

This leads to code like next(iter(obj.values())) instead of
obj.values()[0]. Honestly Im not sure which is less ugly.

Also there's a few places where I have to cast things with list()
to get my tests to pass.

use sorted on the iterator instead of an in-place sort

Use max on the iterator to find the last key

add more from __future__ import print_function, unicode_literals

Call print(msg) instead of print msg

special case unicode handling that differs between python2 & 3

Replace some unicode() with str()

Use isinstance(object, (types)) pattern instead of type(object) == types.Type

Specify text vs binary mode for opening files.

(And another smart_text cast sliped in)

prefer native string types.

Things get really messy when trying to pass unicode strings
to redland in python2. I found it simpler to just try and keep
using the native string type.

So this patch is largely replacing unicode() to str() and
changing u'' to ''.

update more raise exceptions to Exception(message) syntax

Use django.utils.encode smart_text or smart_str for intelligent unicode handling

some things like writing files or talking to redland are
quite picky about whether or not they're unicode or ascii strings.

import urljoin from six.moves.urllib.parse

use JsonResponse instead of making a json response by hand using HttpResponse

drop support for simplejson. were only caring about python 2.7+ and 3.3+

import ConfigParser classes from six.moves.configparser

use absolute_import

new json code returns [] when there are no lanes

convert to unicode_literals

convert all the string handling to unicode.
to make the RDF stuff work I needed to mark those strings
as byte arrays

take advantage of absolute_import to simplify import statements