Manual: UCSC Update, Copy sequence, Sub-analysis

 * Added more screenshots
 * Updated UCSC Genome Browser sequence retrieval information
 * Copy sequence to clipboard section added
 * Subanalysis section added

Empty Subanalyses should not be run
brandon found a problem ticket:110 where clicking run with an empty
set of sequences caused a segfault. This patch disables the run button
when the model is empty.

Write cmake scripts for building the html manual
this is also the start of some docutils CMAKE support

SequenceLocationModel::clear should actually clear the model.
a cut-n-paste error meant that it actually just removed one element.

remove MotifDetail:: from function in class declaration

SequenceLocation was being intialized with left,right
not left,count. this made the getSubsequence rather wrong when the
'right' side was being used as a count.

make sure subsequences have a species name
copy species name from our source sequence

make subanalysis window editable
one can now edit the left and right sequence positions for the subanalysis
mode.

Implement UI for subanalysis mode
unfortunately its still only a read-only user interface but
the a user can select a sequence region, add it to our track display
and then either cancel or run the analysis.

It unfortunately blocks the UI while it runs, but there's not a whole lot
I can do about that.

While implementing this I added a number of unittests to make sure
that my sequence selection code workes.

fix boost::python sequence interface
Making sequence a subclass of string caused some problems for
the boost::python sequence class. This updates the interface so it
works again.

store motifs as sequences instead of strings
this gives me a place to store at least some annotation information
about a motif.

Allow disabling motifs
So this adds a check box that'll let one enable/disable a motif
though i really should think about adding some headers ot my dialog box
or perhaps even use a table widget of somet type.

move edit motifs to the edit menu option

set_motifs should erase the previous motifs
I renamed add_motifs to set_motifs as I was expecting that the function
would clear out the previous motifs that were stored in the analysis.
this should fix ticket:95

allow specifying a name for a sequence
provide a place for specifying a species name for a sequence track
in the define analysis gui.

update the annotation grammer to make species name optional

view sequence alignment is a more biologically useful name
change the menu name to be a little more informative.

break the core of add_motifs loop into a seperate function

Allow setting a name for a motif
its a quick hack, but there's now a field for entering a name for a motif
though it'd be nice to change the dialog box to use Qts MVC classes.

Tailorization
Import of the upstream sources from
 Repository: /home/diane/proj/tailor/mussa/mussa.hashed
       Kind: darcs
   Revision: SequenceLocationModel improvements

Getting closer to a subanalysis mode
This is a big patch, in order to create the subanalysis mode I wanted a
class that'd hold a reference to a sequence and some start/stop locations
which'd let the user edit what region they want to use in the subanalysis
before creating the new analysis.

I started setting up a SequenceLocation and SequenceLocationModel (for
the qt MVC classes) but then I learned that C++ reference types aren't
particularly good things to store in containers, as when the original
variable that all the references are pointing to goes away you get
invalid memory exceptions.

So I went through and switched most of those references to the
boost::shared_ptr which is a fairly simple reference counted pointer.

This did make most of the C++ code happy, but my python wrapping
is increasingly losing functionality.

Also as a bonus this increased use of pointers I think will improve the
sharing of the AnnotationColors color mappers.

More progress toward subanalysis
With our previous efforts at turnning Sequence into a string, the
places where we were comparing a Sequence to a string didn't work so well.
So this patch lets the compiler cast strings and const char *s to Sequence.

additionally I made the copySelectedTrackAs functions a bit more generic
by making the base function copySelectedTracks a template function
that returns a list of formatted objects. The two string style copy
functions AsFasta and AsString, then needed a bit more code to convert
the list back into a string. But I needed this so I can let users
edit what regions they want for SubanalysisWindows.

And lastly, there's a very simple box for defining a subanalysis that
still needs to be connected to the above copy functions.

use a specific exception when nextTo breaks
throw conserved_path_size_mismatch, hopefully we can catch it at some point
and then reset that analysis (hopefully).

I'd like to know why it breaks?

extend annotation names and types to allow punctuation
I tweaked the spirit grammar so the name & type fields are letter followed
by "non-space printing characters"

add view alignment to the sequence browser context menu

make Sequence a subclass of std::string
There were a lot of changes associated with making Sequence a subclass
of std::string. Hopefully that'll make it easier for me to use paircomp
at some point.

However the major useful new feature is subseq now returns a Sequence
instead of a string, and this sub-sequence has the header copied over
and the annotations copied (and their start/end locations adjusted).

Additionally this patch includes adding the coordianates copied with the
copySelectedSequenceAsFasta command to the header.

I'm getting closer to have the parts needed to do a sub-analysis.

remove unnecessary class decoration
would you believe that you don't need the name of the class inside the
class declaration?

ticket:104 fix some pointer problems with MussaAlignedWindow
the vector of MussaAlignedWindow * was having prolems with a double delete.
when a MussaAlignedWindow was open and one tried to load a different
analysis, the code that was closing all of the open windows crashed.

when I found boost::shared_ptr to fix it, I then found a problem
with the Qt trying to delete my shared zoom object which was also
causing a crash. This should have all of that fixed, and as a bonus
the new analysis doesn't have any of the old analysis' selections open.

share one instance of the copySelectedSequenceAsFastaAction
create the copySelectedSequenceAsFastaAction in the inner-most class
and provide accessors so all the other appropriate levels can stick it
in their menus.

The weakness to this is if we ever let users override keybindings

Disabled code to try and get bundle path on OS X

Tell CMake not to include QtAssistant if not available

be more informative when DISPLAY isn't set under unix

try to make including QtAssistant optional

don't bother to build the old fltk code base

AMD64 build support
AMD64 needs some -fPICs to build correctly

Make cmake happier about my target declariation order
recent versions of cmake reported that my ordering would break
some of the dependency analysis, this patch cleans that warning up.

implement selection context menu
so it isn't perfect, left clicking can cause it to get confused and lose
the selection. But it mostly works if one doesn't taunt it too much.

reformat some braces

include the sequence coordinates when copying sequence

SequenceBrowser should handle the copying
viva encapsulation, I pushed the code to handle copying sequence
down into the SequenceBrowser from SequenceBrowserWidget on the idea
that someone might want to use the inner widget on its own.

Hmm... maybe that's not reasonable? Not sure anymore. However
I do think that I want the popup menu to be tied to the innermost widget.

Manual: last modified update

Manual: UCSC Genome Browser section

Manual: UCSC Genome Browser screenshot pack

alg/glseqbrowser.cpp:127: error: jump to case label

Fixes the following:
alg/glseqbrowser.cpp: In member function oid GlSeqBrowser::processSelection(GLuint, GLuint*, GLuint, const GlSeqBrowser::rect<float>&)
alg/glseqbrowser.cpp:127: error: jump to case label
alg/glseqbrowser.cpp:120: error:  crosses initialization of nt rightalg/glseqbrowser.cpp:119: error:  crosses initialization of nt leftalg/glseqbrowser.cpp: In member function oid GlSeqBrowser::copySelectedTracks(std::string&, std::string (*)(const Sequence&, int, int))
alg/glseqbrowser.cpp:399: warning: comparison between signed and unsigned integer expressions
make: *** [glseqbrowser.o Error 1

remove a useless debugging message

Actually copy our selected sequence to the clipboard

partial implementation of sequence track copy
this includes the code to track the portion of a sequence track that
has been selected, and provides a MussaWindow option to "copy" the selection
as a fasta file.

However the selection doesn't go to the clipboard yet, and the
MussaAlignedWindow also needs the option.

The actual Qt Slot that calls the glseqbrowser::copySelectedTrackAsFasta
is in the SequenceBrowserWidget.

More robust eol handling for Sequence::load_fasta
The load_fasta code used getline() which only uses "native" end of line
conventions. Unfortunately for me OS X has "native" and "backwards
compatible" eol conventions (which aren't compatible). So this patch
will accept  CR, CR-LF, LF, and because I was lazy LF-CR.

I also unit tested that which required breaking load_fasta into a
function that  handles loading from a file name and one that works
from an iostream.

improve fasta parsing
This extends the parser to use both upper & lower case iupac symbols for
our annotation file. (And also I'm trying to simplify the grammar).
Additionally this patch also throws an error message when the result of
reading a fasta sequence is empty.

minor ui label tweaks
The end users wanted more explanatory text on the browser and slightly
different menu text.

minor improvements to python embedding code
tweak the cmake files a bit, and shorten the namespace name

Report error when sequence couldn't be loaded
Report something a bit more meaningful when unable to parse some sequence
out of a fasta file.

Turn on more doxygen features
Sourcebrowser looks neat, it allows seeing the source from the documentation
and provides some references/refered by

Manual: Progress towards retrieval data for mussa section

Manual Image Pack: UCSC Genome Broswer data retrieval screenshots

keep track of how far through a seqcomp we've gotten

use Qt Signals & Slots for progress tracking
this replaces my first attempt that used boost signals (which is now
removed from the repository).

Mussa and NwayPaths now inherit from QObject and can emit a progress
signal to give some indication of how far they've gotten at long running
tasks. Though I don't have a solution for long running seqcomps yet.

Also instead of hard coding a % constant to cut down on the number of calls
to emit the signal, I should use some kind of timer.

Warning dialog upon Mussa Manual (QAssistant) error.

If there is an error with QAssistant when loading the Mussagl Manual,
a warning dialog will pop up with the error message.

This patch implements ticket:97.

add callback for tracking analysis progress
This version just writes the information to standard out, but
the callback should be useable bythe the GUI.

also I killed the parameters to analyze(), you need to customize the class
in order setup the analysis.

rename [gset_soft_thres to [gs]et_soft_threshold]

configure cmake to include support for QtAssistant

Variable declared locally elsewere... not needed.

Mussagl Manual QAssistant Profile

Mussagl Manual QAssistant Patch

 * Adds a QAssistant client for Mussagl Manual
 * New menu action -> 'Help > Mussa Manual..'
 * New action icon
 * Updated icon.qrc with new icon
 * CONFIG += assistant added to mussagl.pro

let the keyboard reasonably control the browser window
Set tab order, single step size and page step size to make interacting with
the glseqbrowser from the keyboard a bit more pleasant.

add some documentation for glseqbrowser::viewport*

combine a declaration and assignment

set all the QAction pointers to 0

Manual: View mussa alignment section + minor fixes

Updated Mussagl launched screenshot.

Manual: Spelling patch

Screenshot image pack (for manual)

Conservation tracks + IUPAC Neucleotide Table

 * Added information about conservation tracks, and the meaning of
   blue vs red track.

 * Added an IUPAC Neucleotide Table

rename ExtendedConservedPath for the old fltk code

we should be defaulting to qt 4.1.2

make linking python optional
I'm getting a crash when running under rosetta which i think might
be related to having linked in python. So since I'm not currently
using the embedded interpreter, lets not bother linking it in.

turn color back on
reimplemnt some code to try and compute coloring things that are
reverse complimented with respect to their previous sequence as blue.

Also there was a bug in my previous patch for computing the aligned paths
where paths that partially had matched through a few of the n-way sequences
would still be added to the list of matches. (now something has to
match all the way through before being added)

ticket:62 fix local alignment
This appears to fix the problem where the local alignment was being
miscomputed. In implementing this I collapsed ExtendedConservedPath into
ConservedPath, and I finished seperating computing the local alignment
from drawing said alignment. Once I seperated the two and could actually
call the core algorithm I was able to add some (simple) unittesting of
the local alignment code, and use some much simpler drawing code.

specify what version of cmake is required

Manual: Motif/Annotation documentation

Load Motif List png

New version of mussagl, updated screenshot.

Manual: Main Window section added

Screenshots for next patch of the manual.

Updated manual

* Updated threshold setting based on latest build of Mussagl
* Continued outline development
* Added FIXME: where ever work needs to be done.

rename the python extension to _mussa.so
when working on the setup.py version of the build system it seemd like I
might want some python code to wrap the extension, so I renamed it to
_mussa. not sure if i still need that or not.

expose more of the sequence class to python

finish implementing annotation by sequence
I connected the previous find_sequence code with the new spirit annotation
loading file. So now I can actually use (nearly exact) sequences for
annotating.

switch to a character based spirit parser
by not letting spirit automatically deal with the spacing I was able
to actually get parsing to work correctly.

try to read fasta blocks in the annotation file
though this also revealed some problems with the spirit parser not
really splitting on whitespace. I should look into how to do per
character parsing.

use spirit parser for reading annot file
This basically duplicates tristans original annot parser using boost::spirit.
That was more complicated than I thought, and required implementing
a functor struct that stored data when the class was instantiated and then
performed some action with the operator() was called. Look at the comment
at sequence.cpp:push_back_annot for more descriptions of how that worked.

I improved the annotate_from_sequence unit test to not use hard coded values.

I have the start of a unit test fort the annot parsing code.
(currently it parses a string and then dumps out the result)

Though I did run the gui using this code and annotations did show up in roughly
the right places.

add annotations by sequence string
Ok so this is a rather limited search system as it is just using the
motif searching code, but adding things to the annot list instead of the
motif list. (and it handles looking at a list of sequences).

Ideally there should be some better way of specifying which algorithm to use
but i'm really tired today and not coding well.

try to make setup.py multiplatform

minor tweaks for building mussa under setup.py

super simple mussa gui driver

build all of mussagl as a python extension
unfortunately only works on os x so far.

lets try letting python build mussa
I wonder how distutils will fare building mussa? As I made more progress
getting to interact with the C++ libraries from python than the reverse
I want to see if I can everything to build with just distutils.

increase the use of python in mussa
This patch does let the python extension launch the gui successfully.
I tried to get the C++ gui app to also be able to talk to the python extension
but that didn't work so well. (causes a crash on os x when I statically
link the python extension module in).

allow saving aligned window browser to image
ticket:70

show the name of the analysis loaded
ticket:84 put the filename (for gui loaded) or the analysis name
(for command line loaded) names in the mussa window.