ImageSaveDialog cout removal

ImageSaveDialog

First version of ImageScaler Widget

Image File Icon & Lock Icon

cleanup nway code
Purged the sp_num variable and replaced it with either a .size() call, or
a call to a new member function sequence_count()
Renamed Nway_Paths to NwayPaths
Used vector<>::size_type in a number of places
Reflowed some blocks.

line rendering fixes
Get the reversed versus forward conservation lines correct. The color is
blue if the orientation of the current vertex differs from the previous
vertex, and red if they have the same oreintation. I also (hopefully)
adjusted the x position so the line points to the center of the conserved
window (adjusting to the right for forward and left for reverse compliment
sequences).

Also we discovered that you can't use both depth testing and alpha blending
at the same time, and so now the selection highlighter is hopefully alpha
blended while all the various lines are depth ordered.

move glsequence into "alg" comonent
decided to try to make the opengl rendering code toolkit independent
this makes it easier to test some of these components as then I can
just use boost.unittest to verify them.

Also when I python wrap parts it might make sense for the gl components
to be the part that ends up getting exported as the python package.

this is actually a hacked version of the original patch that moves
the test directory a file at a time.

show conservation paths
This patch draws the windows of conservation between the various sequences.
Getting this to work also required making a number of member functions
properly const.

fix many mussa_class.cxx warnings
Got rid of a bunch of signed vs unsigned warning messages by using size_type,
and also put the bodies of a few if or for statements in { }

advance_sp_itor_track was triggering an infinite loop
I somehow missed moving the logic that detected when we'd finished advancing
all the species iterators, which was causing an infinite loop.
I also changed int to vector<>::size_type to get rid of some warnings.

render the sequences from the mussa analysis
I implemented a GlSequence which attempts to handle the opengl rendering
for a sequence object. Also to make Sequence a bit more consistent
with STL I changed len() to length() and added size() (and changed
the code using it to size()

I added some unit tests for GlSequence as I was not remotely confident
that const_cast was actually the right way to implement the assignment
operator= when one of the member variables is a const reference.

The updateAnalysis code currently is what is handling the layout of the
various sequence objects.

provide an annotation for our example data
Admittedly the sample annotation is utterly meaningless.
We should probably go look up some real annotations.

Added WhatsThis feature to Mussa.

To use this feature, take any QWidget inherited object and call:

widget->setWhatsThis(tr("Long description"));

That's it!

Crystal Icons added to repository + Added icons to menu.
Crystal SVG Icons are LGPL, comment in README.txt about license.

Toolbar is now toggleable from menu.

Added icon for motif toggle.

View Toolbar Action in View Menu.

put the fake lines at a clipable depth
I'm not sure why these precise parameters work, but the slider now
nicely makes my fake lines fade in and out of existence.

add a toolbar with toggle motifs and the base pair threshold

load mupa and show fake path scene
Enable loading a mupa file.
Use the gl scene widget from the qtgl prototype to make it look
like we've done something.

reduce warning messages in sequence.cxx

tell doxygen to create docs for the qt classes too

skeleten of a qt version of mussa
One annoying thing about qmake is that each .pro file can only make one
binary. So the old make file which build the fltk gui and more importantly
the boost based unittests is now available as Makefile.noqt.

qmake-qt4 mussagl.pro will generate the qt4 makefile for building the qt4
mussa.

(And I may switch to boost build or scons so I can have one build file
for all the versions).

refactor nway_other.cxx
In order to understand how the transitive and radial nway comparisons
worked I wanted to make the algorithms fit in a single window. I did
this by taking various types of initialization loops that were duplicated
between both algortihms and refactored them into seperate functions.
(mostly these common loops handled building paths that were between
our various iterators on each species lists of FLPs)

I thought it might be nice to turn the various functions I ripped out
into a class that manages the march of the iterators across the lists
of FLPs.

I also added some fairly basic unit tests for the nway (transitive) comparison.

use exceptions to indicate Mussa::analyze failed
also modified the fltk gui code to report the exception text.

subanalysis menu option wont crash mussa

only include headers by names relative to project base path

build mussa with CXXFLAGS, so I can run gdb.

fixing the number of sequences at setup is silly
there's little reason to store seq_num as it's just as easily computed
from the size of our sequence vector.

fix inability to do reverse compliments
When I added the dynamic allocation of the all_matches vector, I assumed
that seqcomp would only be called once. It turns out that in actuality,
its called twice. Once for the forward compliment and once for the reverse
compliment. This includes a unittest that detects the problem and a fix
for the bug.

more thoroughly document FLPs

use boost to delete my temp file
the unittest now depends on boost/filesystem

refactor and test FLPs
FLPs now dynamically allocate the list of all_matches, which
has the bonus of not needing to pass in the size of the two
sequences that will be seqcomped.
I renamed win_num to size to make it more constent with other container
classes.
Also file_load and file_save were renamed to load and save, again
to be more consistent.
Lastly, I do make sure that I can construct FLPs and save and load them.

rename mussa_nway to nway_paths

i think a binary called unittests is more obvious.

rename the_Seqs to the_seqs

load a mupa file and test it
Start trying to isolate ConnWindow from the mussa_class object by using
accessors.
Try to get rid of seq_num and make mussa_class a bit more dynamic,
unfortunately when I killed a bit more in mussa_class than what's gone in
this patch the test cases noticed trying to free an invalid pointer.

add get_analysis_mode_name
get_analysis_mode_name returns a string representation of our analysis
name.
also added some consts to a couple of member functions

refactor and test sequence class

put exception definitions in one place and use them
use exceptions that are derived from runtime_error, and
use them for the cmdline argument parsing and sequence loading

always use all the prequisites when building
$? is the prereqs "newer" than the target
$^ is all the prerequisites
Needless to say when building binaries you need all the libraries,
even when they haven't changed.

force doxygen to look at all of our directories

rename some mussa_class members (ana_name to analysis_name)
also add some getters, reformat the parse_args if/else tree.
Change using character flags for analysis mode to using an enumeration.

test mussa class
Also the test case extension should match that of the other source
files.

unit test skeleton
Now we build a unit test binary, though currently there aren't any tests.

remove library blessings

break algorithm out into a subdirectory.

build fltk gui stuff as a library

we also want docs about the fltk gui code

add notes of what i learned about seqcomp and nway
stored notes as doxygen comments

add parse error exceptions for the command line args.

number of seqs is more informative than seq num

massive code move
mussa_gui_ was redundant so i moved all of those modules into
gui/
Also I used the non-recursive gnu make style build system.
And lastly there are some Doxygen compatible bits of doucmentation thrown in
here.

make headers less interdependent
The mussa headers all depended on including each other to get
all of the right include files. This has been broken and files are more
explicit at including what they depend on.

Also based on Accellerated C++, I followed the convention that header files
should never do a using namespace std, on the off chance that someone
wants to redefine something in the std namespace.

remove unnecessary member variable length.
One should trust the string.length() instead

[project @ 16]
Build settings for mingw32 (under cygwin)

[project @ 15]
As mussa is a c++ program switch from using $(CC) to $(CXX) for compilations

[project @ 14]
Fix save_path_base undefined error. Ticket:1

[project @ 13]
mussa015

[project @ 12]
mussa014 example

[project @ 11]
mussa014

[project @ 10]
mussa010

[project @ 9]
mussa009

[project @ 8]
mussa_008

[project @ 7]
mussa_pre.7

[project @ 6]
musssa_pre.5

[project @ 5]
mussa_pre.4.tar.gz

[project @ 4]
mussa_pI.3

[project @ 3]
checked in mussa_pI.2

[project @ 2]
Checked in mussa_pI.1