remove unused imports

Unicode munging for python3

Not sure if I'm breaking python2 though

Implement writing to compressed files for qseq2fastq

Along the way refactor some of the code I had in
desplit_fastq to make it easier to share the open compressed
streams logic

Extract part of get_json into get_response

For some experiments I wanted the ability to grab
the raw requests response, previously it was hidden
by just directly returning response.json()

Initial implementation of importencoded

This version reads from a json dump file and dumps it
into postgresql using sqlalchemy.

Considering the rest of htsworkflow uses django it might
be better to switch to using django's ORM and also to take advantage
of requests.

Increase size of Library.multiplex_id field

report run_type

report if a flowcell was single or paired ended as a file property

remove unused imports and variables

make a more informative log message

Read the first sequence out of the fastq to find the read_length

For some reason we had a flowcell where the sequencer thought
there were 66 cycles but the file only had 50.

refactor encode3 spreadsheet based object creation to be a bit easier to read

remove wsgiref requirement

argparse is in versions of python we care about

use decorator syntax for registering admin urls

update dotted path for python3

update url to new standard url

Update schema tests for upstreams release 33

make exception dotted name python3 compliant

this works better with python 3...

apparently json.dump can write to a stream

Add mode to connect to the DCC and make sure the files with a .upload file are actually present at the DCC

fix import path for HTTPError exception

fix typo, use print_function

add knowledge about file links

updates to deal with encoded 33 path changes

Merge branch 'django1.7' of mus.cacr.caltech.edu:htsworkflow into django1.7

move run_aws_cp command out of class to make it easier to use from other scripts

Return read_length for file properties

Use a re.split so we can accept both ', ' and ',' between list items.

indicate we want text not bytes

covert to using python3 config.get fallback=

convert from optparse to argparse

add some documentation -- shocking I know

python3 byte vs str compatibility for constructing document data urls

script to help remigrate from old sqlite database to new server

configuration file largely only useful for emacs elpy users

sort load_accession to make it easier to find things

remove unused imports

rename datarun to sequencing run, and propogate the change all over the place

set a created datetime in the factory, since I removed the default from the model

remove unused import

load in our encode3 accession numbers seperately from the migration system

add a few common accession agencies to the standard dataset

Add AccessionAgency and LibraryAccession

For all your library accessioning needs.

localize all the RDF imports and use skipUnless to avoid tests when we don't have redland installed

remove commented out code

import specific names instead of import factory

remove some unused imports

remove commented out code

remove unused imports

flake8 whitespace cleanup

remove unused imports

flake8 whitespace cleanup

flake8 whitespace cleanup

move comments out of experiments_flowcell flowcell id and into lane status

remove unused import

flake8 whitespace cleanup

flake8 whitespace change

recreate samples initial migration as strings instead of bytestrings

recreate initial migration as strings instead of bytestrings

move experiment templates into the experiments app

change the default for the DJANGO_SETTINGS_MODULE to be a little more flexible

simplify library report

update docstring

add in missing import

add in some missing imports

Remove unused imports

adjust whitespace

Add more tests for lanes_for

Move lanes_for from samples to experiments

Update dependency list

Also adjust the formatting a bit.

make version utf/python3 friendly

remove extra blank line

Oops I had a test function name collision. Rename one so it gets executed

Drop support for simplejson

We're only targeting python2.7+ & python3.3+ so I can drop
that archaic code.

(Also gets me some more test coverage)

Remove suprious comma. Fixing a tuple <= int bug

python 2 didn't catch this type error. Thankfully python 3 does.

Missed a couple of smart_text wrappings of django test client response.content.

(it comes back as bytes in python3, which causes trouble for librdf)

Update test to be more robust to changing dictionary order.

The test used to be stable in python2 days, but lets just
use sets to make sure it wont fail in the future.

fix a white space issue

convert non-unit-tested module to use newer raise Exception(msg) syntax

convert several not covered by unit-test modules to use print function

Be more careful looking up keys when the fastqname is uninitialized.

By removing the default return of None from getitem, the is_valid test
failed when the object was uninitialized.

add post_spreadsheet to create encoded objects from a excel like spreadsheet

also validate documents before creating them

actually complain if we get the wrong type

add a docstring to validate

Add get_accession_name to use collection name to find commonly used spreadsheet accesssion column name

support trying to figure out object type based on what collection its going to be posted to

Merge branch 'django1.7' of mus.cacr.caltech.edu:htsworkflow into django1.7

Switch encode3 submitter to use aws.

I needed to write a submission class to support submitting to
aws, and of course there's a slightly different set of metadata
they want to know for submission.

Import flowcell details into the triple store from a lane

store flowcell name in the triple store if its known

record file size information for a file in the triple store

Adjust logging overrides and move django.setup to after the override.

(Otherwise the extra logging doesn't do much.

getitem should only return the key

clean up a bit of whitespace

configure using a local postgres install

Convert reads to an integer, if if it was a float in the xml.

Some versions of the pipeline include a trailing .0 for read length,
this made python 3s parser unhappy. so convert to a float and then
truncate to work around the type issue.

Actually comare an integer (length of list) to an integer 0.

Why was list() > 0 ever valid code?