Actually the an_urls.py was importing the views, if we remove that
we can remove the views file

Add queuecommand to htswcommon,
add tests for ethelp and queuecommand, though nose will only work
if run from within the htswcommon directory

cleaned the code a bit: put the  method in utils.py

removed views url

Django really wanted a view in analys_track, it was periodically
tossing an import error.

I inserted a fairly basic views.py, which seemed to make things better.

Added a program to help compare libraries

added Affiliation FK to Libarary + Affiliation table to associate each library record to a project/lab/contact etc..

I think this was missing... manage.py is fairly useful. =o)

added Affiliation table and linked to Library in a ManyToMany relathionship

small GUI change

Tasks functionality added. Lots of cleanup to do, but a good start. It remains to test and set up the Projects aspect of the code, which includes reporting html pages on a webserver somewhere.

Added align_to_bed script. Used to turn MACS output into a bed file

Added wiggle fiole generation

minor updates

minor url updates

the only used function here is makeFCSheet. the other are used for testings.

minor adjastments

added Replicate filed in Library table. added as well a 'Short Name' field in Antibody table, to store antigene 'nickname'

Quest_2_bed conversaion added.

Added auxillliary programs needed to run projects

Smalle bug fix

added comm module of communication.

Added communitaion between projects and lims

Initial attempt to get Projects and Tasks framework brought into repository. Lots of work needs to be done gettign directories hooked up and general. Might make sense to start a config files somewhere.

added search interface to the Task and Project entities. Now, for example, you can search all Projects by LibraryId

Major bug-fix where some probes in the in-silico qPCR were not working.

Small change to fix directory structure problem

These are the template directories and files.

Replaced 'gaworflow' with 'htsworkflow'; updated settings.py, urls.py etc... Tested: site load sucessfully from /htsworkflow

Migrating Rami's frontend changes from stanford branch to htsworkflow branch.

This text file includes step by step SQL commands to convert your DB into our schema. If used the new htsw_frontend models.py your web site should be able to load your data on the new model.

Fixed another directory problem: the libraries repo had an assumed location relative to the cwd that is not necessarily true.

Fixed directories to be more general and easy to set via the environment variable:

HTSW_ANALYSIS_DIR

Fixed bug that bailed on empty alignment files. (weird exception case)

Took our some old targets from the Makefile that are going unused.

Made changes to add quarterly information to the sequencign summary.

Big steps on getting the library automation going. Small code changes in the qPCR progrm to make output nicer. Then, added a "Makefile" for reference data to get the GenericBackground file used by the qPCR. Lastly, made various changes to correct incorrect paths in the LibrariesMakefile. Stll under testing, but the library system here is becoming funcitonal in the new framework.

rendered compatible with the updated MPListener

rendered compatible with the new MainPipelineScript, which is now ran from runner bot

rendered compatible with the new MainPipelineScript, which is now ran from runner bot

rendered completely runnable from runner bot

Finished adding LibraryMakefile related code. Nothing tested yet, but all the necessary source, scripts, and reference data is there. Some parts of LibraryMakefile are commented out until I decide whether to keep them or remove them.

Initial Checkin. Not complete package yet, but a starting point. Bringing in lots of code from various places and making them all talk to each other under a revised directory structure.

Initial Checkin

more dev

Need the os module.

Update from gaworkflow package to htswdataprod and htswcommon packages.

Importing Diane's opener.py from trunk.

gaworkflow to htswdataprod package fix.

Pulling in Diane's gerald, bustard, and firecrest modules from trunk.

Added a Stanford CollectReads compatibility mode.
 * Use --compat_mode with --extract-results to trigger this new mdoe.

Importing the rest of the code needed for Diane's runfolder.

Pulling in Diane's runfolder script from trunk.

continuing the try to make the MainPScript run sucessfully from the bot

Progress towards a Stanford runner bot.

Migrated exp_track_comm into htswdataprod.exp_track_comm python module.

Might actually need the runner_s implementation!

Start of Stanford runner bot... currently stripped down runner.

Handles all the data collection at the end of the data pipeline (Perl). All collected (and formated) data files are put in a (create) folder 'CollectReads' unders the run folder root. The content of CollectReads will be copied - at a later stage - (currently using scp) to a separate analysis server.

[dataprod <-> frontend] messaging functions. among others, it gets the run config file, reports run status (e.g. bustard finished) etc..

command script that runs [dataprod <-> frontend] messaging functions.

sub script of MainPipelineScript: counts Image folders and sub folders and return calculated run cycle for the current run folder.

ran by the MPListener, at the end. Collects all important data from the pipeline results, converts some formats, then runs some quality control programs (from QC script folder). Creates 2 folders CollectReads and QC. CollectReads's content is then all transfered to the analysis server where down stream analysis part is performed and other data handling stuff.

sub script of MainPipelineScript: checks finished.txt files and reports back to frontend. when gerald finished runs the next sub script, MPCollectData

updated paths

inotify doesn't work on Mac so we made it optional (on the existance of the package) to run the disk even monitoring

Fixing of spoolwatch for hybrid version.

Migration of runner bot to new package directories.
 * All of htswdataprod/scripts/runner modules have been moved and corrected.
 * copier and spoolwatcher still need to be updated and dependancies imported.

rrauch taouch

The Main Controller to thhe Data production pipeline - Stanford version

Migration of bots to new package structure started.

Migrating the bots to hybrid htsworkflow

Accidently put runner in the wrong place.

Migrating to hyrid version of htsworkflow

Adding a little bit of documentation.

First attempt at breaking up code into seperately installable packages (experiment).

Start of Hybrid (merging) of Stanford & Caltech flavors of HTSWorkflow.