small change

upgraded to work with the upgraded MainPipelineScript

upgraded to work both in standard and IPAR modes, and to run goat 1.3

fixed: read correctly the Lanes attribute in Track tag for multiple lanes

small html change

added: assembles reads count per Lane, besides total per Flowcell, for the ByFlowcell parse-query

added: display reads count per Lane, besides total per Flowcell

added FlowcellId data status (by read count from libinfo). Now data status is reported on DatRun level, besides the Library level.

minor update

minor update

added parse LibInfo by FlowcellId and count reads. This allows us to report data status on the Flowcell/DatRun level, besides the Library level.

patched to handle new pf file format with generality to old format.

minor changes

minor changes

Small bug fix

added grey highlight for bad libraries (by tag text)

added grey highlight for bad libraries (by tag text)

added unique contraint to Tag.name filed

added a flag for data submission status

ongoing adjustments according to lab requirements

trying to integrate a django admin template with this customised html.

adjusted Projects XML schema to add new CALC type

added some help text near the text boxes and added a new value in CALCS. NOTE: We should defenitly store CALCS in a separate table

some minot changes

Added file to flatten fasta as prep for bioprospector

Change over from wiggle files to bedgraph files to profile reads. Reasons are
1) Wiggle files at some point exceed the amount of data that ucsc will accept
2) Bedgraph is more accurate, I think
3) Also, used this as an opportunity to put strand direction on profiles, so now two tracks
   are made, one for forward strand reads, one for reverse strand reads.

Added new profile program to make a bedgraph file. This is partically the result of size limits imposed on the wig files by ucsc. As an added
feature, two bedgraph tracks are actually propduced, which give the forward and reverse strand reads in different colors.

Added new program to profile reads using bedgraph format. Deep sequencing projects go beyong the limits of a wiggle file size set by ucsc

Initial check in of c++ short read programming library. These classes give functionality to store and to basic processing on short read data and gneomic coordinates. Functions include loading in a list of reads, mapping them to selected windows, identifying variants and heterozygosities in the regions, and outputting the sequences and variants. The goal is to start to consolidate the various versions of these classes scattered amongst the existing code in order to create a more robust and easy to improve code base.

Bugfixes

Working on a bug fix...

Added code to identify snps and update the gneome accordingly. This code has an insidious bug in which occasionally the first character of the output consensus sequences is modified, or the consensus sequence does not properly end, and has a few nonsense characters. So far, the bug has eluded my memory debugger.

Forgot to add count_reads.pm script

Updated read counts to give information about aligment percent, and adapter percent.

Small edits to make code nicer.

Initial checkin of code to evaluate known snps from dbsnp in solexa sequencing

Final installation of methylseq analysis.

Added hg18 known genes file from ucsc

Bug fixes to bring up methylseq analysis Tasks

Added framework for methylseq analysis.

Bug-fixes in sequence repository code and projects code

added checking on parser Status check: if !='OK' print err message and skip the count printing

added checking on parser Status check: if !='OK' print err message and skip the count printing

added exception catching to the parser and a simple Status (Msg property) to the handler

changed Tasks&Projects Server to illumin-mac.stanford... and put that in a global var in settings.py

minor typo.

Small change to handle the odd case when no alignment is performed.

Minor typeo fix

Re-factored the repository to automatically calculate QC on every flowcell. I also split the library code form the flowcell_qc code into two different makefiles to make things cleaner.

Major analysis server update. Had to switch to a new server, and used the opportunity to move 100% to running from repository code.

Added script front-end for primer-design code

Added qPCR Validation design code

Add validation primer code to MACS source

Moving QC functionalty into repository so we can run outside of the pipeline.

Removed from hard-coded directories. Starting to bring the QC into the sequence repository.

Changes the install line to be a copy instead of a move

converts the HTSW align format (derived from Eland format) into ENCODE 'TagAlign' format

added: if peak score < zero put zero

Progress Reports Generator

Added a LibInfo folder

added updLibInfo function

added case for calling updLibInfo

update imports for runfolder and eland_makebed for location in htswdataprod.

Added a display column (not DB) to show the total count of alligned reads for each library record

I moved more of options in settings.py to the .htsworkflow.ini
In this case, the list of admin users were moved to a [admins]
section in the ini file as well as the allowed_ips to [allowed_hosts]
and allowed_analys_ips to [allowed_analysis_hosts].

Currently localhost is always allowed.

I modified the admin base site login page slightly to be less
stanford specific. It would be nice if there was someway of
passing variables to the admin site templates so we could
provide per site branding without having to commit the site
customization to the repository

update imports in srf for htsw directory structure

Pull tool to make srf files from trunk (depends on
util/queuecommands.py)

solexa2srf likes to produce output, so my trick of watching the
sockets to block until when the process ends didn't work.

This patch inserts a simple sleep(1) (second) into the code that
waits for the jobs to finish to prevent the queue manager from rapidly
spinning.

It should probably be fixed with a better way of monitoring for when
a process finishes

MERGED from trunk (the hard way)

add setuptools setup.py scripts for the modules I need to be able to use

converts QuEST peakcalls output file into narrowPeak ENCODE format

Removed all Antibody related fields from the Library search_fields list. The Library search for some reason fails to retrieve these records that have NULL in Antibody FK value.

removed affiliation field from the search_fields option

Updates to profile reads to be more general in how chromosomes are handled

Added installation notes

Added MACS source

Change the django settings.py file to get configuration settings from
an ini-like file. Currently it searches, ~/.htsworkflow and
/etc/htsworkflow.ini.

Currently I only implemented the most basic settings overrides needed to
run a django server in development mode.

Minor typos fixes

Merge in all of my testing code from trunk.

Added a master runtest.sh script that deals with the annoying problem
caused by nesting each package in its own source tree.

I moved in my eland to bed file code (which might still need to be
renamed).

I resolved all the import errors in my illumina specific parsing
code (thanks to the test code)

merge in my changes from trunk

Template loading fix.
 * Relative path was slightly off.

Ignore *.py[co~] files

return the project xml config file as text/plain so you can read it in
your browser.

update the url matching to provide proper access to the
analys_track/getProject url

First complete Projects/Tasks build.